[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForCharmm27_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_0.xml
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7 <String Name="Title">Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">252</Int>
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11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "charmm27.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 2 ALA rtp ALA q +1.0
33 1 NH3 2 ALA N 1 -0.3 14.007
34 2 HC 2 ALA H1 2 0.33 1.008
35 3 HC 2 ALA H2 3 0.33 1.008
36 4 HC 2 ALA H3 4 0.33 1.008
37 5 CT1 2 ALA CA 5 0.21 12.011
38 6 HB 2 ALA HA 6 0.1 1.008
39 7 CT3 2 ALA CB 7 -0.27 12.011
40 8 HA 2 ALA HB1 8 0.09 1.008
41 9 HA 2 ALA HB2 9 0.09 1.008
42 10 HA 2 ALA HB3 10 0.09 1.008
43 11 C 2 ALA C 11 0.51 12.011
44 12 O 2 ALA O 12 -0.51 15.999 ; qtot 1
45 ; residue 3 CYS rtp CYS q 0.0
46 13 NH1 3 CYS N 13 -0.47 14.007
47 14 H 3 CYS HN 14 0.31 1.008
48 15 CT1 3 CYS CA 15 0.07 12.011
49 16 HB 3 CYS HA 16 0.09 1.008
50 17 CT2 3 CYS CB 17 -0.11 12.011
51 18 HA 3 CYS HB1 18 0.09 1.008
52 19 HA 3 CYS HB2 19 0.09 1.008
53 20 S 3 CYS SG 20 -0.23 32.06
54 21 HS 3 CYS HG1 21 0.16 1.008
55 22 C 3 CYS C 22 0.51 12.011
56 23 O 3 CYS O 23 -0.51 15.999 ; qtot 1
57 ; residue 4 ASP rtp ASP q -1.0
58 24 NH1 4 ASP N 24 -0.47 14.007
59 25 H 4 ASP HN 25 0.31 1.008
60 26 CT1 4 ASP CA 26 0.07 12.011
61 27 HB 4 ASP HA 27 0.09 1.008
62 28 CT2 4 ASP CB 28 -0.28 12.011
63 29 HA 4 ASP HB1 29 0.09 1.008
64 30 HA 4 ASP HB2 30 0.09 1.008
65 31 CC 4 ASP CG 31 0.62 12.011
66 32 OC 4 ASP OD1 32 -0.76 15.999
67 33 OC 4 ASP OD2 33 -0.76 15.999
68 34 C 4 ASP C 34 0.51 12.011
69 35 O 4 ASP O 35 -0.51 15.999 ; qtot 0
70 ; residue 5 GLU rtp GLU q -1.0
71 36 NH1 5 GLU N 36 -0.47 14.007
72 37 H 5 GLU HN 37 0.31 1.008
73 38 CT1 5 GLU CA 38 0.07 12.011
74 39 HB 5 GLU HA 39 0.09 1.008
75 40 CT2 5 GLU CB 40 -0.18 12.011
76 41 HA 5 GLU HB1 41 0.09 1.008
77 42 HA 5 GLU HB2 42 0.09 1.008
78 43 CT2 5 GLU CG 43 -0.28 12.011
79 44 HA 5 GLU HG1 44 0.09 1.008
80 45 HA 5 GLU HG2 45 0.09 1.008
81 46 CC 5 GLU CD 46 0.62 12.011
82 47 OC 5 GLU OE1 47 -0.76 15.999
83 48 OC 5 GLU OE2 48 -0.76 15.999
84 49 C 5 GLU C 49 0.51 12.011
85 50 O 5 GLU O 50 -0.51 15.999 ; qtot -1
86 ; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
87 51 NH1 6 PHE N 51 -0.47 14.007
88 52 H 6 PHE HN 52 0.31 1.008
89 53 CT1 6 PHE CA 53 0.07 12.011
90 54 HB 6 PHE HA 54 0.09 1.008
91 55 CT2 6 PHE CB 55 -0.18 12.011
92 56 HA 6 PHE HB1 56 0.09 1.008
93 57 HA 6 PHE HB2 57 0.09 1.008
94 58 CA 6 PHE CG 58 0 12.011
95 59 CA 6 PHE CD1 59 -0.115 12.011
96 60 HP 6 PHE HD1 60 0.115 1.008
97 61 CA 6 PHE CE1 61 -0.115 12.011
98 62 HP 6 PHE HE1 62 0.115 1.008
99 63 CA 6 PHE CZ 63 -0.115 12.011
100 64 HP 6 PHE HZ 64 0.115 1.008
101 65 CA 6 PHE CD2 65 -0.115 12.011
102 66 HP 6 PHE HD2 66 0.115 1.008
103 67 CA 6 PHE CE2 67 -0.115 12.011
104 68 HP 6 PHE HE2 68 0.115 1.008
105 69 C 6 PHE C 69 0.51 12.011
106 70 O 6 PHE O 70 -0.51 15.999 ; qtot -1
107 ; residue 7 GLY rtp GLY q 0.0
108 71 NH1 7 GLY N 71 -0.47 14.007
109 72 H 7 GLY HN 72 0.31 1.008
110 73 CT2 7 GLY CA 73 -0.02 12.011
111 74 HB 7 GLY HA1 74 0.09 1.008
112 75 HB 7 GLY HA2 75 0.09 1.008
113 76 C 7 GLY C 76 0.51 12.011
114 77 O 7 GLY O 77 -0.51 15.999 ; qtot -1
115 ; residue 8 HIS rtp HSE q 0.0
116 78 NH1 8 HIS N 78 -0.47 14.007
117 79 H 8 HIS HN 79 0.31 1.008
118 80 CT1 8 HIS CA 80 0.07 12.011
119 81 HB 8 HIS HA 81 0.09 1.008
120 82 CT2 8 HIS CB 82 -0.08 12.011
121 83 HA 8 HIS HB1 83 0.09 1.008
122 84 HA 8 HIS HB2 84 0.09 1.008
123 85 NR2 8 HIS ND1 85 -0.7 14.007
124 86 CPH1 8 HIS CG 86 0.22 12.011
125 87 CPH2 8 HIS CE1 87 0.25 12.011
126 88 HR1 8 HIS HE1 88 0.13 1.008
127 89 NR1 8 HIS NE2 89 -0.36 14.007
128 90 H 8 HIS HE2 90 0.32 1.008
129 91 CPH1 8 HIS CD2 91 -0.05 12.011
130 92 HR3 8 HIS HD2 92 0.09 1.008
131 93 C 8 HIS C 93 0.51 12.011
132 94 O 8 HIS O 94 -0.51 15.999 ; qtot -1
133 ; residue 9 ILE rtp ILE q 0.0
134 95 NH1 9 ILE N 95 -0.47 14.007
135 96 H 9 ILE HN 96 0.31 1.008
136 97 CT1 9 ILE CA 97 0.07 12.011
137 98 HB 9 ILE HA 98 0.09 1.008
138 99 CT1 9 ILE CB 99 -0.09 12.011
139 100 HA 9 ILE HB 100 0.09 1.008
140 101 CT3 9 ILE CG2 101 -0.27 12.011
141 102 HA 9 ILE HG21 102 0.09 1.008
142 103 HA 9 ILE HG22 103 0.09 1.008
143 104 HA 9 ILE HG23 104 0.09 1.008
144 105 CT2 9 ILE CG1 105 -0.18 12.011
145 106 HA 9 ILE HG11 106 0.09 1.008
146 107 HA 9 ILE HG12 107 0.09 1.008
147 108 CT3 9 ILE CD 108 -0.27 12.011
148 109 HA 9 ILE HD1 109 0.09 1.008
149 110 HA 9 ILE HD2 110 0.09 1.008
150 111 HA 9 ILE HD3 111 0.09 1.008
151 112 C 9 ILE C 112 0.51 12.011
152 113 O 9 ILE O 113 -0.51 15.999 ; qtot -1
153 ; residue 10 LYS rtp LYS q +1.0
154 114 NH1 10 LYS N 114 -0.47 14.007
155 115 H 10 LYS HN 115 0.31 1.008
156 116 CT1 10 LYS CA 116 0.07 12.011
157 117 HB 10 LYS HA 117 0.09 1.008
158 118 CT2 10 LYS CB 118 -0.18 12.011
159 119 HA 10 LYS HB1 119 0.09 1.008
160 120 HA 10 LYS HB2 120 0.09 1.008
161 121 CT2 10 LYS CG 121 -0.18 12.011
162 122 HA 10 LYS HG1 122 0.09 1.008
163 123 HA 10 LYS HG2 123 0.09 1.008
164 124 CT2 10 LYS CD 124 -0.18 12.011
165 125 HA 10 LYS HD1 125 0.09 1.008
166 126 HA 10 LYS HD2 126 0.09 1.008
167 127 CT2 10 LYS CE 127 0.21 12.011
168 128 HA 10 LYS HE1 128 0.05 1.008
169 129 HA 10 LYS HE2 129 0.05 1.008
170 130 NH3 10 LYS NZ 130 -0.3 14.007
171 131 HC 10 LYS HZ1 131 0.33 1.008
172 132 HC 10 LYS HZ2 132 0.33 1.008
173 133 HC 10 LYS HZ3 133 0.33 1.008
174 134 C 10 LYS C 134 0.51 12.011
175 135 O 10 LYS O 135 -0.51 15.999 ; qtot 0
176 ; residue 11 LEU rtp LEU q 0.0
177 136 NH1 11 LEU N 136 -0.47 14.007
178 137 H 11 LEU HN 137 0.31 1.008
179 138 CT1 11 LEU CA 138 0.07 12.011
180 139 HB 11 LEU HA 139 0.09 1.008
181 140 CT2 11 LEU CB 140 -0.18 12.011
182 141 HA 11 LEU HB1 141 0.09 1.008
183 142 HA 11 LEU HB2 142 0.09 1.008
184 143 CT1 11 LEU CG 143 -0.09 12.011
185 144 HA 11 LEU HG 144 0.09 1.008
186 145 CT3 11 LEU CD1 145 -0.27 12.011
187 146 HA 11 LEU HD11 146 0.09 1.008
188 147 HA 11 LEU HD12 147 0.09 1.008
189 148 HA 11 LEU HD13 148 0.09 1.008
190 149 CT3 11 LEU CD2 149 -0.27 12.011
191 150 HA 11 LEU HD21 150 0.09 1.008
192 151 HA 11 LEU HD22 151 0.09 1.008
193 152 HA 11 LEU HD23 152 0.09 1.008
194 153 C 11 LEU C 153 0.51 12.011
195 154 O 11 LEU O 154 -0.51 15.999 ; qtot 0
196 ; residue 12 MET rtp MET q 0.0
197 155 NH1 12 MET N 155 -0.47 14.007
198 156 H 12 MET HN 156 0.31 1.008
199 157 CT1 12 MET CA 157 0.07 12.011
200 158 HB 12 MET HA 158 0.09 1.008
201 159 CT2 12 MET CB 159 -0.18 12.011
202 160 HA 12 MET HB1 160 0.09 1.008
203 161 HA 12 MET HB2 161 0.09 1.008
204 162 CT2 12 MET CG 162 -0.14 12.011
205 163 HA 12 MET HG1 163 0.09 1.008
206 164 HA 12 MET HG2 164 0.09 1.008
207 165 S 12 MET SD 165 -0.09 32.06
208 166 CT3 12 MET CE 166 -0.22 12.011
209 167 HA 12 MET HE1 167 0.09 1.008
210 168 HA 12 MET HE2 168 0.09 1.008
211 169 HA 12 MET HE3 169 0.09 1.008
212 170 C 12 MET C 170 0.51 12.011
213 171 O 12 MET O 171 -0.51 15.999 ; qtot 0
214 ; residue 13 ASN rtp ASN q 0.0
215 172 NH1 13 ASN N 172 -0.47 14.007
216 173 H 13 ASN HN 173 0.31 1.008
217 174 CT1 13 ASN CA 174 0.07 12.011
218 175 HB 13 ASN HA 175 0.09 1.008
219 176 CT2 13 ASN CB 176 -0.18 12.011
220 177 HA 13 ASN HB1 177 0.09 1.008
221 178 HA 13 ASN HB2 178 0.09 1.008
222 179 CC 13 ASN CG 179 0.55 12.011
223 180 O 13 ASN OD1 180 -0.55 15.999
224 181 NH2 13 ASN ND2 181 -0.62 14.007
225 182 H 13 ASN HD21 182 0.32 1.008
226 183 H 13 ASN HD22 183 0.3 1.008
227 184 C 13 ASN C 184 0.51 12.011
228 185 O 13 ASN O 185 -0.51 15.999 ; qtot 0
229 ; residue 14 PRO rtp PRO q 0.0
230 186 N 14 PRO N 186 -0.29 14.007
231 187 CP3 14 PRO CD 187 0 12.011
232 188 HA 14 PRO HD1 188 0.09 1.008
233 189 HA 14 PRO HD2 189 0.09 1.008
234 190 CP1 14 PRO CA 190 0.02 12.011
235 191 HB 14 PRO HA 191 0.09 1.008
236 192 CP2 14 PRO CB 192 -0.18 12.011
237 193 HA 14 PRO HB1 193 0.09 1.008
238 194 HA 14 PRO HB2 194 0.09 1.008
239 195 CP2 14 PRO CG 195 -0.18 12.011
240 196 HA 14 PRO HG1 196 0.09 1.008
241 197 HA 14 PRO HG2 197 0.09 1.008
242 198 C 14 PRO C 198 0.51 12.011
243 199 O 14 PRO O 199 -0.51 15.999 ; qtot 0
244 ; residue 15 GLN rtp GLN q 0.0
245 200 NH1 15 GLN N 200 -0.47 14.007
246 201 H 15 GLN HN 201 0.31 1.008
247 202 CT1 15 GLN CA 202 0.07 12.011
248 203 HB 15 GLN HA 203 0.09 1.008
249 204 CT2 15 GLN CB 204 -0.18 12.011
250 205 HA 15 GLN HB1 205 0.09 1.008
251 206 HA 15 GLN HB2 206 0.09 1.008
252 207 CT2 15 GLN CG 207 -0.18 12.011
253 208 HA 15 GLN HG1 208 0.09 1.008
254 209 HA 15 GLN HG2 209 0.09 1.008
255 210 CC 15 GLN CD 210 0.55 12.011
256 211 O 15 GLN OE1 211 -0.55 15.999
257 212 NH2 15 GLN NE2 212 -0.62 14.007
258 213 H 15 GLN HE21 213 0.32 1.008
259 214 H 15 GLN HE22 214 0.3 1.008
260 215 C 15 GLN C 215 0.51 12.011
261 216 O 15 GLN O 216 -0.51 15.999 ; qtot 0
262 ; residue 16 ARG rtp ARG q +1.0
263 217 NH1 16 ARG N 217 -0.47 14.007
264 218 H 16 ARG HN 218 0.31 1.008
265 219 CT1 16 ARG CA 219 0.07 12.011
266 220 HB 16 ARG HA 220 0.09 1.008
267 221 CT2 16 ARG CB 221 -0.18 12.011
268 222 HA 16 ARG HB1 222 0.09 1.008
269 223 HA 16 ARG HB2 223 0.09 1.008
270 224 CT2 16 ARG CG 224 -0.18 12.011
271 225 HA 16 ARG HG1 225 0.09 1.008
272 226 HA 16 ARG HG2 226 0.09 1.008
273 227 CT2 16 ARG CD 227 0.2 12.011
274 228 HA 16 ARG HD1 228 0.09 1.008
275 229 HA 16 ARG HD2 229 0.09 1.008
276 230 NC2 16 ARG NE 230 -0.7 14.007
277 231 HC 16 ARG HE 231 0.44 1.008
278 232 C 16 ARG CZ 232 0.64 12.011
279 233 NC2 16 ARG NH1 233 -0.8 14.007
280 234 HC 16 ARG HH11 234 0.46 1.008
281 235 HC 16 ARG HH12 235 0.46 1.008
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1208 247 250 1
1209 248 250 1
1211 [ angles ]
1212 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1213 2 1 3 5
1214 2 1 4 5
1215 2 1 5 5
1216 3 1 4 5
1217 3 1 5 5
1218 4 1 5 5
1219 1 5 6 5
1220 1 5 7 5
1221 1 5 11 5
1222 6 5 7 5
1223 6 5 11 5
1224 7 5 11 5
1225 5 7 8 5
1226 5 7 9 5
1227 5 7 10 5
1228 8 7 9 5
1229 8 7 10 5
1230 9 7 10 5
1231 5 11 12 5
1232 5 11 13 5
1233 12 11 13 5
1234 11 13 14 5
1235 11 13 15 5
1236 14 13 15 5
1237 13 15 16 5
1238 13 15 17 5
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1249 17 20 21 5
1250 15 22 23 5
1251 15 22 24 5
1252 23 22 24 5
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1406 107 105 108 5
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1578 199 198 200 5
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1581 201 200 202 5
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1584 200 202 215 5
1585 203 202 204 5
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1587 204 202 215 5
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1589 202 204 206 5
1590 202 204 207 5
1591 205 204 206 5
1592 205 204 207 5
1593 206 204 207 5
1594 204 207 208 5
1595 204 207 209 5
1596 204 207 210 5
1597 208 207 209 5
1598 208 207 210 5
1599 209 207 210 5
1600 207 210 211 5
1601 207 210 212 5
1602 211 210 212 5
1603 210 212 213 5
1604 210 212 214 5
1605 213 212 214 5
1606 202 215 216 5
1607 202 215 217 5
1608 216 215 217 5
1609 215 217 218 5
1610 215 217 219 5
1611 218 217 219 5
1612 217 219 220 5
1613 217 219 221 5
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1615 220 219 221 5
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1618 219 221 222 5
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1620 219 221 224 5
1621 222 221 223 5
1622 222 221 224 5
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1628 225 224 227 5
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1632 224 227 230 5
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1638 231 230 232 5
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1640 230 232 236 5
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1648 219 239 240 5
1649 219 239 241 5
1650 240 239 241 5
1651 239 241 242 5
1652 239 241 243 5
1653 242 241 243 5
1654 241 243 244 5
1655 241 243 245 5
1656 241 243 250 5
1657 244 243 245 5
1658 244 243 250 5
1659 245 243 250 5
1660 243 245 246 5
1661 243 245 247 5
1662 243 245 248 5
1663 246 245 247 5
1664 246 245 248 5
1665 247 245 248 5
1666 245 248 249 5
1667 243 250 251 5
1668 243 250 252 5
1669 251 250 252 5
1671 [ dihedrals ]
1672 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1673 2 1 5 6 9
1674 2 1 5 7 9
1675 2 1 5 11 9
1676 3 1 5 6 9
1677 3 1 5 7 9
1678 3 1 5 11 9
1679 4 1 5 6 9
1680 4 1 5 7 9
1681 4 1 5 11 9
1682 1 5 7 8 9
1683 1 5 7 9 9
1684 1 5 7 10 9
1685 6 5 7 8 9
1686 6 5 7 9 9
1687 6 5 7 10 9
1688 11 5 7 8 9
1689 11 5 7 9 9
1690 11 5 7 10 9
1691 1 5 11 12 9
1692 1 5 11 13 9
1693 6 5 11 12 9
1694 6 5 11 13 9
1695 7 5 11 12 9
1696 7 5 11 13 9
1697 5 11 13 14 9
1698 5 11 13 15 9
1699 12 11 13 14 9
1700 12 11 13 15 9
1701 11 13 15 16 9
1702 11 13 15 17 9
1703 11 13 15 22 9
1704 14 13 15 16 9
1705 14 13 15 17 9
1706 14 13 15 22 9
1707 13 15 17 18 9
1708 13 15 17 19 9
1709 13 15 17 20 9
1710 16 15 17 18 9
1711 16 15 17 19 9
1712 16 15 17 20 9
1713 22 15 17 18 9
1714 22 15 17 19 9
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2330 244 243 250 252 9
2331 245 243 250 251 9
2332 245 243 250 252 9
2333 243 245 248 249 9
2334 246 245 248 249 9
2335 247 245 248 249 9
2337 [ dihedrals ]
2338 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2339 11 5 13 12 2
2340 13 11 15 14 2
2341 22 15 24 23 2
2342 24 22 26 25 2
2343 31 28 33 32 2
2344 34 26 36 35 2
2345 36 34 38 37 2
2346 46 43 48 47 2
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2348 51 49 53 52 2
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2350 71 69 73 72 2
2351 76 73 78 77 2
2352 78 76 80 79 2
2353 87 85 89 88 2
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2360 95 93 97 96 2
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2362 114 112 116 115 2
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2364 136 134 138 137 2
2365 153 138 155 154 2
2366 155 153 157 156 2
2367 170 157 172 171 2
2368 172 170 174 173 2
2369 179 176 181 180 2
2370 179 181 176 180 2
2371 181 179 183 182 2
2372 181 179 182 183 2
2373 184 174 186 185 2
2374 186 184 190 187 2
2375 198 190 200 199 2
2376 200 198 202 201 2
2377 210 207 212 211 2
2378 210 212 207 211 2
2379 212 210 214 213 2
2380 212 210 213 214 2
2381 215 202 217 216 2
2382 217 215 219 218 2
2383 230 236 233 232 2
2384 239 219 241 240 2
2385 241 239 243 242 2
2386 250 243 252 251 2
2388 [ cmap ]
2389 ; ai aj ak al am funct
2390 11 13 15 22 24 1
2391 22 24 26 34 36 1
2392 34 36 38 49 51 1
2393 49 51 53 69 71 1
2394 69 71 73 76 78 1
2395 76 78 80 93 95 1
2396 93 95 97 112 114 1
2397 112 114 116 134 136 1
2398 134 136 138 153 155 1
2399 153 155 157 170 172 1
2400 170 172 174 184 186 1
2401 184 186 190 198 200 1
2402 198 200 202 215 217 1
2403 215 217 219 239 241 1
2405 ; Include Position restraint file
2406 #ifdef POSRES
2407 #include "posre.itp"
2408 #endif
2410 ; Include water topology
2411 #include "charmm27.ff/tip3p.itp"
2413 #ifdef POSRES_WATER
2414 ; Position restraint for each water oxygen
2415 [ position_restraints ]
2416 ; i funct fcx fcy fcz
2417 1 1 1000 1000 1000
2418 #endif
2420 ; Include topology for ions
2421 #include "charmm27.ff/ions.itp"
2423 [ system ]
2424 ; Name
2425 Protein (first fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2427 [ molecules ]
2428 ; Compound #mols
2429 Protein 1
2430 ]]></String>
2431 </File>
2432 </OutputFiles>
2433 </ReferenceData>