[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForCharmm27_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_1.xml
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7 <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">281</Int>
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11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "charmm27.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 18 THR rtp THR q +1.0
33 1 NH3 18 THR N 1 -0.3 14.007
34 2 HC 18 THR H1 2 0.33 1.008
35 3 HC 18 THR H2 3 0.33 1.008
36 4 HC 18 THR H3 4 0.33 1.008
37 5 CT1 18 THR CA 5 0.21 12.011
38 6 HB 18 THR HA 6 0.1 1.008
39 7 CT1 18 THR CB 7 0.14 12.011
40 8 HA 18 THR HB 8 0.09 1.008
41 9 OH1 18 THR OG1 9 -0.66 15.999
42 10 H 18 THR HG1 10 0.43 1.008
43 11 CT3 18 THR CG2 11 -0.27 12.011
44 12 HA 18 THR HG21 12 0.09 1.008
45 13 HA 18 THR HG22 13 0.09 1.008
46 14 HA 18 THR HG23 14 0.09 1.008
47 15 C 18 THR C 15 0.51 12.011
48 16 O 18 THR O 16 -0.51 15.999 ; qtot 1
49 ; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
50 17 NH1 19 VAL N 17 -0.47 14.007
51 18 H 19 VAL HN 18 0.31 1.008
52 19 CT1 19 VAL CA 19 0.07 12.011
53 20 HB 19 VAL HA 20 0.09 1.008
54 21 CT1 19 VAL CB 21 -0.09 12.011
55 22 HA 19 VAL HB 22 0.09 1.008
56 23 CT3 19 VAL CG1 23 -0.27 12.011
57 24 HA 19 VAL HG11 24 0.09 1.008
58 25 HA 19 VAL HG12 25 0.09 1.008
59 26 HA 19 VAL HG13 26 0.09 1.008
60 27 CT3 19 VAL CG2 27 -0.27 12.011
61 28 HA 19 VAL HG21 28 0.09 1.008
62 29 HA 19 VAL HG22 29 0.09 1.008
63 30 HA 19 VAL HG23 30 0.09 1.008
64 31 C 19 VAL C 31 0.51 12.011
65 32 O 19 VAL O 32 -0.51 15.999 ; qtot 1
66 ; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
67 33 NH1 20 TRP N 33 -0.47 14.007
68 34 H 20 TRP HN 34 0.31 1.008
69 35 CT1 20 TRP CA 35 0.07 12.011
70 36 HB 20 TRP HA 36 0.09 1.008
71 37 CT2 20 TRP CB 37 -0.18 12.011
72 38 HA 20 TRP HB1 38 0.09 1.008
73 39 HA 20 TRP HB2 39 0.09 1.008
74 40 CY 20 TRP CG 40 -0.03 12.011
75 41 CA 20 TRP CD1 41 0.035 12.011
76 42 HP 20 TRP HD1 42 0.115 1.008
77 43 NY 20 TRP NE1 43 -0.61 14.007
78 44 H 20 TRP HE1 44 0.38 1.008
79 45 CPT 20 TRP CE2 45 0.13 12.011
80 46 CPT 20 TRP CD2 46 -0.02 12.011
81 47 CA 20 TRP CE3 47 -0.115 12.011
82 48 HP 20 TRP HE3 48 0.115 1.008
83 49 CA 20 TRP CZ3 49 -0.115 12.011
84 50 HP 20 TRP HZ3 50 0.115 1.008
85 51 CA 20 TRP CZ2 51 -0.115 12.011
86 52 HP 20 TRP HZ2 52 0.115 1.008
87 53 CA 20 TRP CH2 53 -0.115 12.011
88 54 HP 20 TRP HH2 54 0.115 1.008
89 55 C 20 TRP C 55 0.51 12.011
90 56 O 20 TRP O 56 -0.51 15.999 ; qtot 1
91 ; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
92 57 NH1 21 TYR N 57 -0.47 14.007
93 58 H 21 TYR HN 58 0.31 1.008
94 59 CT1 21 TYR CA 59 0.07 12.011
95 60 HB 21 TYR HA 60 0.09 1.008
96 61 CT2 21 TYR CB 61 -0.18 12.011
97 62 HA 21 TYR HB1 62 0.09 1.008
98 63 HA 21 TYR HB2 63 0.09 1.008
99 64 CA 21 TYR CG 64 0 12.011
100 65 CA 21 TYR CD1 65 -0.115 12.011
101 66 HP 21 TYR HD1 66 0.115 1.008
102 67 CA 21 TYR CE1 67 -0.115 12.011
103 68 HP 21 TYR HE1 68 0.115 1.008
104 69 CA 21 TYR CZ 69 0.11 12.011
105 70 OH1 21 TYR OH 70 -0.54 15.999
106 71 H 21 TYR HH 71 0.43 1.008
107 72 CA 21 TYR CD2 72 -0.115 12.011
108 73 HP 21 TYR HD2 73 0.115 1.008
109 74 CA 21 TYR CE2 74 -0.115 12.011
110 75 HP 21 TYR HE2 75 0.115 1.008
111 76 C 21 TYR C 76 0.51 12.011
112 77 O 21 TYR O 77 -0.51 15.999 ; qtot 1
113 ; residue 22 LYS rtp LYS q +1.0
114 78 NH1 22 LYS N 78 -0.47 14.007
115 79 H 22 LYS HN 79 0.31 1.008
116 80 CT1 22 LYS CA 80 0.07 12.011
117 81 HB 22 LYS HA 81 0.09 1.008
118 82 CT2 22 LYS CB 82 -0.18 12.011
119 83 HA 22 LYS HB1 83 0.09 1.008
120 84 HA 22 LYS HB2 84 0.09 1.008
121 85 CT2 22 LYS CG 85 -0.18 12.011
122 86 HA 22 LYS HG1 86 0.09 1.008
123 87 HA 22 LYS HG2 87 0.09 1.008
124 88 CT2 22 LYS CD 88 -0.18 12.011
125 89 HA 22 LYS HD1 89 0.09 1.008
126 90 HA 22 LYS HD2 90 0.09 1.008
127 91 CT2 22 LYS CE 91 0.21 12.011
128 92 HA 22 LYS HE1 92 0.05 1.008
129 93 HA 22 LYS HE2 93 0.05 1.008
130 94 NH3 22 LYS NZ 94 -0.3 14.007
131 95 HC 22 LYS HZ1 95 0.33 1.008
132 96 HC 22 LYS HZ2 96 0.33 1.008
133 97 HC 22 LYS HZ3 97 0.33 1.008
134 98 C 22 LYS C 98 0.51 12.011
135 99 O 22 LYS O 99 -0.51 15.999 ; qtot 2
136 ; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
137 100 NH1 23 GLU N 100 -0.47 14.007
138 101 H 23 GLU HN 101 0.31 1.008
139 102 CT1 23 GLU CA 102 0.07 12.011
140 103 HB 23 GLU HA 103 0.09 1.008
141 104 CT2 23 GLU CB 104 -0.18 12.011
142 105 HA 23 GLU HB1 105 0.09 1.008
143 106 HA 23 GLU HB2 106 0.09 1.008
144 107 CT2 23 GLU CG 107 -0.28 12.011
145 108 HA 23 GLU HG1 108 0.09 1.008
146 109 HA 23 GLU HG2 109 0.09 1.008
147 110 CC 23 GLU CD 110 0.62 12.011
148 111 OC 23 GLU OE1 111 -0.76 15.999
149 112 OC 23 GLU OE2 112 -0.76 15.999
150 113 C 23 GLU C 113 0.51 12.011
151 114 O 23 GLU O 114 -0.51 15.999 ; qtot 1
152 ; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
153 115 NH1 24 TRP N 115 -0.47 14.007
154 116 H 24 TRP HN 116 0.31 1.008
155 117 CT1 24 TRP CA 117 0.07 12.011
156 118 HB 24 TRP HA 118 0.09 1.008
157 119 CT2 24 TRP CB 119 -0.18 12.011
158 120 HA 24 TRP HB1 120 0.09 1.008
159 121 HA 24 TRP HB2 121 0.09 1.008
160 122 CY 24 TRP CG 122 -0.03 12.011
161 123 CA 24 TRP CD1 123 0.035 12.011
162 124 HP 24 TRP HD1 124 0.115 1.008
163 125 NY 24 TRP NE1 125 -0.61 14.007
164 126 H 24 TRP HE1 126 0.38 1.008
165 127 CPT 24 TRP CE2 127 0.13 12.011
166 128 CPT 24 TRP CD2 128 -0.02 12.011
167 129 CA 24 TRP CE3 129 -0.115 12.011
168 130 HP 24 TRP HE3 130 0.115 1.008
169 131 CA 24 TRP CZ3 131 -0.115 12.011
170 132 HP 24 TRP HZ3 132 0.115 1.008
171 133 CA 24 TRP CZ2 133 -0.115 12.011
172 134 HP 24 TRP HZ2 134 0.115 1.008
173 135 CA 24 TRP CH2 135 -0.115 12.011
174 136 HP 24 TRP HH2 136 0.115 1.008
175 137 C 24 TRP C 137 0.51 12.011
176 138 O 24 TRP O 138 -0.51 15.999 ; qtot 1
177 ; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
178 139 N 25 PRO N 139 -0.29 14.007
179 140 CP3 25 PRO CD 140 0 12.011
180 141 HA 25 PRO HD1 141 0.09 1.008
181 142 HA 25 PRO HD2 142 0.09 1.008
182 143 CP1 25 PRO CA 143 0.02 12.011
183 144 HB 25 PRO HA 144 0.09 1.008
184 145 CP2 25 PRO CB 145 -0.18 12.011
185 146 HA 25 PRO HB1 146 0.09 1.008
186 147 HA 25 PRO HB2 147 0.09 1.008
187 148 CP2 25 PRO CG 148 -0.18 12.011
188 149 HA 25 PRO HG1 149 0.09 1.008
189 150 HA 25 PRO HG2 150 0.09 1.008
190 151 C 25 PRO C 151 0.51 12.011
191 152 O 25 PRO O 152 -0.51 15.999 ; qtot 1
192 ; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
193 153 N 26 PRO N 153 -0.29 14.007
194 154 CP3 26 PRO CD 154 0 12.011
195 155 HA 26 PRO HD1 155 0.09 1.008
196 156 HA 26 PRO HD2 156 0.09 1.008
197 157 CP1 26 PRO CA 157 0.02 12.011
198 158 HB 26 PRO HA 158 0.09 1.008
199 159 CP2 26 PRO CB 159 -0.18 12.011
200 160 HA 26 PRO HB1 160 0.09 1.008
201 161 HA 26 PRO HB2 161 0.09 1.008
202 162 CP2 26 PRO CG 162 -0.18 12.011
203 163 HA 26 PRO HG1 163 0.09 1.008
204 164 HA 26 PRO HG2 164 0.09 1.008
205 165 C 26 PRO C 165 0.51 12.011
206 166 O 26 PRO O 166 -0.51 15.999 ; qtot 1
207 ; residue 27 CYS rtp CYS q 0.0
208 167 NH1 27 CYS N 167 -0.47 14.007
209 168 H 27 CYS HN 168 0.31 1.008
210 169 CT1 27 CYS CA 169 0.07 12.011
211 170 HB 27 CYS HA 170 0.09 1.008
212 171 CT2 27 CYS CB 171 -0.11 12.011
213 172 HA 27 CYS HB1 172 0.09 1.008
214 173 HA 27 CYS HB2 173 0.09 1.008
215 174 S 27 CYS SG 174 -0.23 32.06
216 175 HS 27 CYS HG1 175 0.16 1.008
217 176 C 27 CYS C 176 0.51 12.011
218 177 O 27 CYS O 177 -0.51 15.999 ; qtot 1
219 ; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
220 178 NH1 28 ARG N 178 -0.47 14.007
221 179 H 28 ARG HN 179 0.31 1.008
222 180 CT1 28 ARG CA 180 0.07 12.011
223 181 HB 28 ARG HA 181 0.09 1.008
224 182 CT2 28 ARG CB 182 -0.18 12.011
225 183 HA 28 ARG HB1 183 0.09 1.008
226 184 HA 28 ARG HB2 184 0.09 1.008
227 185 CT2 28 ARG CG 185 -0.18 12.011
228 186 HA 28 ARG HG1 186 0.09 1.008
229 187 HA 28 ARG HG2 187 0.09 1.008
230 188 CT2 28 ARG CD 188 0.2 12.011
231 189 HA 28 ARG HD1 189 0.09 1.008
232 190 HA 28 ARG HD2 190 0.09 1.008
233 191 NC2 28 ARG NE 191 -0.7 14.007
234 192 HC 28 ARG HE 192 0.44 1.008
235 193 C 28 ARG CZ 193 0.64 12.011
236 194 NC2 28 ARG NH1 194 -0.8 14.007
237 195 HC 28 ARG HH11 195 0.46 1.008
238 196 HC 28 ARG HH12 196 0.46 1.008
239 197 NC2 28 ARG NH2 197 -0.8 14.007
240 198 HC 28 ARG HH21 198 0.46 1.008
241 199 HC 28 ARG HH22 199 0.46 1.008
242 200 C 28 ARG C 200 0.51 12.011
243 201 O 28 ARG O 201 -0.51 15.999 ; qtot 2
244 ; residue 29 HIS rtp HSE q 0.0
245 202 NH1 29 HIS N 202 -0.47 14.007
246 203 H 29 HIS HN 203 0.31 1.008
247 204 CT1 29 HIS CA 204 0.07 12.011
248 205 HB 29 HIS HA 205 0.09 1.008
249 206 CT2 29 HIS CB 206 -0.08 12.011
250 207 HA 29 HIS HB1 207 0.09 1.008
251 208 HA 29 HIS HB2 208 0.09 1.008
252 209 NR2 29 HIS ND1 209 -0.7 14.007
253 210 CPH1 29 HIS CG 210 0.22 12.011
254 211 CPH2 29 HIS CE1 211 0.25 12.011
255 212 HR1 29 HIS HE1 212 0.13 1.008
256 213 NR1 29 HIS NE2 213 -0.36 14.007
257 214 H 29 HIS HE2 214 0.32 1.008
258 215 CPH1 29 HIS CD2 215 -0.05 12.011
259 216 HR3 29 HIS HD2 216 0.09 1.008
260 217 C 29 HIS C 217 0.51 12.011
261 218 O 29 HIS O 218 -0.51 15.999 ; qtot 2
262 ; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
263 219 NH1 30 ASN N 219 -0.47 14.007
264 220 H 30 ASN HN 220 0.31 1.008
265 221 CT1 30 ASN CA 221 0.07 12.011
266 222 HB 30 ASN HA 222 0.09 1.008
267 223 CT2 30 ASN CB 223 -0.18 12.011
268 224 HA 30 ASN HB1 224 0.09 1.008
269 225 HA 30 ASN HB2 225 0.09 1.008
270 226 CC 30 ASN CG 226 0.55 12.011
271 227 O 30 ASN OD1 227 -0.55 15.999
272 228 NH2 30 ASN ND2 228 -0.62 14.007
273 229 H 30 ASN HD21 229 0.32 1.008
274 230 H 30 ASN HD22 230 0.3 1.008
275 231 C 30 ASN C 231 0.51 12.011
276 232 O 30 ASN O 232 -0.51 15.999 ; qtot 2
277 ; residue 31 SER rtp SER q 0.0
278 233 NH1 31 SER N 233 -0.47 14.007
279 234 H 31 SER HN 234 0.31 1.008
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289 ; residue 32 HIS rtp HSE q 0.0
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1359 274 278 1
1360 276 278 1
1362 [ angles ]
1363 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1364 2 1 3 5
1365 2 1 4 5
1366 2 1 5 5
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1368 3 1 5 5
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1372 1 5 15 5
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1376 5 7 8 5
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1378 5 7 11 5
1379 8 7 9 5
1380 8 7 11 5
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1714 182 185 188 5
1715 186 185 187 5
1716 186 185 188 5
1717 187 185 188 5
1718 185 188 189 5
1719 185 188 190 5
1720 185 188 191 5
1721 189 188 190 5
1722 189 188 191 5
1723 190 188 191 5
1724 188 191 192 5
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1726 192 191 193 5
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1729 194 193 197 5
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1732 195 194 196 5
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1735 198 197 199 5
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1738 201 200 202 5
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1812 243 242 244 5
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1819 247 246 248 5
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1821 248 246 259 5
1822 246 248 249 5
1823 246 248 250 5
1824 246 248 252 5
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1826 249 248 252 5
1827 250 248 252 5
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1829 248 252 251 5
1830 248 252 257 5
1831 251 252 257 5
1832 251 253 254 5
1833 251 253 255 5
1834 254 253 255 5
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1837 256 255 257 5
1838 252 257 255 5
1839 252 257 258 5
1840 255 257 258 5
1841 246 259 260 5
1842 246 259 261 5
1843 260 259 261 5
1844 259 261 262 5
1845 259 261 263 5
1846 262 261 263 5
1847 261 263 264 5
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1849 261 263 279 5
1850 264 263 265 5
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1852 265 263 279 5
1853 263 265 266 5
1854 263 265 267 5
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1861 269 268 275 5
1862 268 269 270 5
1863 268 269 271 5
1864 270 269 271 5
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1867 272 271 273 5
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1869 271 273 277 5
1870 274 273 277 5
1871 268 275 276 5
1872 268 275 277 5
1873 276 275 277 5
1874 273 277 275 5
1875 273 277 278 5
1876 275 277 278 5
1877 263 279 280 5
1878 263 279 281 5
1879 280 279 281 5
1881 [ dihedrals ]
1882 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1883 2 1 5 6 9
1884 2 1 5 7 9
1885 2 1 5 15 9
1886 3 1 5 6 9
1887 3 1 5 7 9
1888 3 1 5 15 9
1889 4 1 5 6 9
1890 4 1 5 7 9
1891 4 1 5 15 9
1892 1 5 7 8 9
1893 1 5 7 9 9
1894 1 5 7 11 9
1895 6 5 7 8 9
1896 6 5 7 9 9
1897 6 5 7 11 9
1898 15 5 7 8 9
1899 15 5 7 9 9
1900 15 5 7 11 9
1901 1 5 15 16 9
1902 1 5 15 17 9
1903 6 5 15 16 9
1904 6 5 15 17 9
1905 7 5 15 16 9
1906 7 5 15 17 9
1907 5 7 9 10 9
1908 8 7 9 10 9
1909 11 7 9 10 9
1910 5 7 11 12 9
1911 5 7 11 13 9
1912 5 7 11 14 9
1913 8 7 11 12 9
1914 8 7 11 13 9
1915 8 7 11 14 9
1916 9 7 11 12 9
1917 9 7 11 13 9
1918 9 7 11 14 9
1919 5 15 17 18 9
1920 5 15 17 19 9
1921 16 15 17 18 9
1922 16 15 17 19 9
1923 15 17 19 20 9
1924 15 17 19 21 9
1925 15 17 19 31 9
1926 18 17 19 20 9
1927 18 17 19 21 9
1928 18 17 19 31 9
1929 17 19 21 22 9
1930 17 19 21 23 9
1931 17 19 21 27 9
1932 20 19 21 22 9
1933 20 19 21 23 9
1934 20 19 21 27 9
1935 31 19 21 22 9
1936 31 19 21 23 9
1937 31 19 21 27 9
1938 17 19 31 32 9
1939 17 19 31 33 9
1940 20 19 31 32 9
1941 20 19 31 33 9
1942 21 19 31 32 9
1943 21 19 31 33 9
1944 19 21 23 24 9
1945 19 21 23 25 9
1946 19 21 23 26 9
1947 22 21 23 24 9
1948 22 21 23 25 9
1949 22 21 23 26 9
1950 27 21 23 24 9
1951 27 21 23 25 9
1952 27 21 23 26 9
1953 19 21 27 28 9
1954 19 21 27 29 9
1955 19 21 27 30 9
1956 22 21 27 28 9
1957 22 21 27 29 9
1958 22 21 27 30 9
1959 23 21 27 28 9
1960 23 21 27 29 9
1961 23 21 27 30 9
1962 19 31 33 34 9
1963 19 31 33 35 9
1964 32 31 33 34 9
1965 32 31 33 35 9
1966 31 33 35 36 9
1967 31 33 35 37 9
1968 31 33 35 55 9
1969 34 33 35 36 9
1970 34 33 35 37 9
1971 34 33 35 55 9
1972 33 35 37 38 9
1973 33 35 37 39 9
1974 33 35 37 40 9
1975 36 35 37 38 9
1976 36 35 37 39 9
1977 36 35 37 40 9
1978 55 35 37 38 9
1979 55 35 37 39 9
1980 55 35 37 40 9
1981 33 35 55 56 9
1982 33 35 55 57 9
1983 36 35 55 56 9
1984 36 35 55 57 9
1985 37 35 55 56 9
1986 37 35 55 57 9
1987 35 37 40 41 9
1988 35 37 40 46 9
1989 38 37 40 41 9
1990 38 37 40 46 9
1991 39 37 40 41 9
1992 39 37 40 46 9
1993 37 40 41 42 9
1994 37 40 41 43 9
1995 46 40 41 42 9
1996 46 40 41 43 9
1997 37 40 46 45 9
1998 37 40 46 47 9
1999 41 40 46 45 9
2000 41 40 46 47 9
2001 40 41 43 44 9
2002 40 41 43 45 9
2003 42 41 43 44 9
2004 42 41 43 45 9
2005 41 43 45 46 9
2006 41 43 45 51 9
2007 44 43 45 46 9
2008 44 43 45 51 9
2009 43 45 46 40 9
2010 43 45 46 47 9
2011 51 45 46 40 9
2012 51 45 46 47 9
2013 43 45 51 52 9
2014 43 45 51 53 9
2015 46 45 51 52 9
2016 46 45 51 53 9
2017 40 46 47 48 9
2018 40 46 47 49 9
2019 45 46 47 48 9
2020 45 46 47 49 9
2021 46 47 49 50 9
2022 46 47 49 53 9
2023 48 47 49 50 9
2024 48 47 49 53 9
2025 47 49 53 51 9
2026 47 49 53 54 9
2027 50 49 53 51 9
2028 50 49 53 54 9
2029 45 51 53 49 9
2030 45 51 53 54 9
2031 52 51 53 49 9
2032 52 51 53 54 9
2033 35 55 57 58 9
2034 35 55 57 59 9
2035 56 55 57 58 9
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2041 58 57 59 61 9
2042 58 57 59 76 9
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2051 76 59 61 64 9
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2053 57 59 76 78 9
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2059 59 61 64 72 9
2060 62 61 64 65 9
2061 62 61 64 72 9
2062 63 61 64 65 9
2063 63 61 64 72 9
2064 61 64 65 66 9
2065 61 64 65 67 9
2066 72 64 65 66 9
2067 72 64 65 67 9
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2071 65 64 72 74 9
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2091 59 76 78 80 9
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2093 77 76 78 80 9
2094 76 78 80 81 9
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2096 76 78 80 98 9
2097 79 78 80 81 9
2098 79 78 80 82 9
2099 79 78 80 98 9
2100 78 80 82 83 9
2101 78 80 82 84 9
2102 78 80 82 85 9
2103 81 80 82 83 9
2104 81 80 82 84 9
2105 81 80 82 85 9
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2648 270 269 271 273 9
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2650 269 271 273 277 9
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2652 272 271 273 277 9
2653 271 273 277 275 9
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2655 274 273 277 275 9
2656 274 273 277 278 9
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2658 268 275 277 278 9
2659 276 275 277 273 9
2660 276 275 277 278 9
2662 [ dihedrals ]
2663 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2664 15 5 17 16 2
2665 17 15 19 18 2
2666 31 19 33 32 2
2667 33 31 35 34 2
2668 55 35 57 56 2
2669 57 55 59 58 2
2670 76 59 78 77 2
2671 78 76 80 79 2
2672 98 80 100 99 2
2673 100 98 102 101 2
2674 110 107 112 111 2
2675 113 102 115 114 2
2676 115 113 117 116 2
2677 137 117 139 138 2
2678 139 137 143 140 2
2679 151 143 153 152 2
2680 153 151 157 154 2
2681 165 157 167 166 2
2682 167 165 169 168 2
2683 176 169 178 177 2
2684 178 176 180 179 2
2685 191 197 194 193 2
2686 200 180 202 201 2
2687 202 200 204 203 2
2688 211 209 213 212 2
2689 211 213 209 212 2
2690 213 211 215 214 2
2691 213 215 211 214 2
2692 215 210 213 216 2
2693 215 213 210 216 2
2694 217 204 219 218 2
2695 219 217 221 220 2
2696 226 223 228 227 2
2697 226 228 223 227 2
2698 228 226 230 229 2
2699 228 226 229 230 2
2700 231 221 233 232 2
2701 233 231 235 234 2
2702 242 235 244 243 2
2703 244 242 246 245 2
2704 253 251 255 254 2
2705 253 255 251 254 2
2706 255 253 257 256 2
2707 255 257 253 256 2
2708 257 252 255 258 2
2709 257 255 252 258 2
2710 259 246 261 260 2
2711 261 259 263 262 2
2712 279 263 281 280 2
2714 [ cmap ]
2715 ; ai aj ak al am funct
2716 15 17 19 31 33 1
2717 31 33 35 55 57 1
2718 55 57 59 76 78 1
2719 76 78 80 98 100 1
2720 98 100 102 113 115 1
2721 113 115 117 137 139 1
2722 137 139 143 151 153 1
2723 151 153 157 165 167 1
2724 165 167 169 176 178 1
2725 176 178 180 200 202 1
2726 200 202 204 217 219 1
2727 217 219 221 231 233 1
2728 231 233 235 242 244 1
2729 242 244 246 259 261 1
2731 ; Include Position restraint file
2732 #ifdef POSRES
2733 #include "posre.itp"
2734 #endif
2736 ; Include water topology
2737 #include "charmm27.ff/tip3p.itp"
2739 #ifdef POSRES_WATER
2740 ; Position restraint for each water oxygen
2741 [ position_restraints ]
2742 ; i funct fcx fcy fcz
2743 1 1 1000 1000 1000
2744 #endif
2746 ; Include topology for ions
2747 #include "charmm27.ff/ions.itp"
2749 [ system ]
2750 ; Name
2751 Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2753 [ molecules ]
2754 ; Compound #mols
2755 Protein 1
2756 ]]></String>
2757 </File>
2758 </OutputFiles>
2759 </ReferenceData>