[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForCharmm27_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_5.xml
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7 <String Name="Title">Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">291</Int>
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11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "charmm27.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 18 THR rtp THR q +1.0
33 1 MNH3 18 THR MN1 1 0 8.5155
34 2 MNH3 18 THR MN2 1 0 8.5155
35 3 NH3 18 THR N 1 -0.3 0
36 4 HC 18 THR H1 2 0.33 0
37 5 HC 18 THR H2 3 0.33 0
38 6 HC 18 THR H3 4 0.33 0
39 7 CT1 18 THR CA 5 0.21 13.019
40 8 HB 18 THR HA 6 0.1 0
41 9 CT1 18 THR CB 7 0.14 13.019
42 10 HA 18 THR HB 8 0.09 0
43 11 OH1 18 THR OG1 9 -0.66 15.999
44 12 H 18 THR HG1 10 0.43 1.008
45 13 MCH3 18 THR MCG1 11 0 7.5175
46 14 MCH3 18 THR MCG2 11 0 7.5175
47 15 CT3 18 THR CG2 11 -0.27 0
48 16 HA 18 THR HG21 12 0.09 0
49 17 HA 18 THR HG22 13 0.09 0
50 18 HA 18 THR HG23 14 0.09 0
51 19 C 18 THR C 15 0.51 12.011
52 20 O 18 THR O 16 -0.51 15.999 ; qtot 1
53 ; residue 19 VAL rtp VAL q 0.0
54 21 NH1 19 VAL N 17 -0.47 15.015
55 22 H 19 VAL HN 18 0.31 0
56 23 CT1 19 VAL CA 19 0.07 13.019
57 24 HB 19 VAL HA 20 0.09 0
58 25 CT1 19 VAL CB 21 -0.09 13.019
59 26 HA 19 VAL HB 22 0.09 0
60 27 MCH3 19 VAL MCG1 23 0 7.5175
61 28 MCH3 19 VAL MCG2 23 0 7.5175
62 29 CT3 19 VAL CG1 23 -0.27 0
63 30 HA 19 VAL HG11 24 0.09 0
64 31 HA 19 VAL HG12 25 0.09 0
65 32 HA 19 VAL HG13 26 0.09 0
66 33 MCH3 19 VAL MCG1 27 0 7.5175
67 34 MCH3 19 VAL MCG2 27 0 7.5175
68 35 CT3 19 VAL CG2 27 -0.27 0
69 36 HA 19 VAL HG21 28 0.09 0
70 37 HA 19 VAL HG22 29 0.09 0
71 38 HA 19 VAL HG23 30 0.09 0
72 39 C 19 VAL C 31 0.51 12.011
73 40 O 19 VAL O 32 -0.51 15.999 ; qtot 1
74 ; residue 20 TRP rtp TRP q 0.0
75 41 NH1 20 TRP N 33 -0.47 15.015
76 42 H 20 TRP HN 34 0.31 0
77 43 CT1 20 TRP CA 35 0.07 13.019
78 44 HB 20 TRP HA 36 0.09 0
79 45 CT2 20 TRP CB 37 -0.18 14.027
80 46 HA 20 TRP HB1 38 0.09 0
81 47 HA 20 TRP HB2 39 0.09 0
82 48 CY 20 TRP CG 40 -0.03 12.011
83 49 CA 20 TRP CD1 41 0.035 13.019
84 50 HP 20 TRP HD1 42 0.115 0
85 51 NY 20 TRP NE1 43 -0.61 15.015
86 52 H 20 TRP HE1 44 0.38 0
87 53 CPT 20 TRP CE2 45 0.13 12.011
88 54 CPT 20 TRP CD2 46 -0.02 12.011
89 55 CA 20 TRP CE3 47 -0.115 13.019
90 56 HP 20 TRP HE3 48 0.115 0
91 57 CA 20 TRP CZ3 49 -0.115 13.019
92 58 HP 20 TRP HZ3 50 0.115 0
93 59 CA 20 TRP CZ2 51 -0.115 13.019
94 60 HP 20 TRP HZ2 52 0.115 0
95 61 CA 20 TRP CH2 53 -0.115 13.019
96 62 HP 20 TRP HH2 54 0.115 0
97 63 C 20 TRP C 55 0.51 12.011
98 64 O 20 TRP O 56 -0.51 15.999 ; qtot 1
99 ; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0
100 65 NH1 21 TYR N 57 -0.47 15.015
101 66 H 21 TYR HN 58 0.31 0
102 67 CT1 21 TYR CA 59 0.07 13.019
103 68 HB 21 TYR HA 60 0.09 0
104 69 CT2 21 TYR CB 61 -0.18 14.027
105 70 HA 21 TYR HB1 62 0.09 0
106 71 HA 21 TYR HB2 63 0.09 0
107 72 CA 21 TYR CG 64 0 12.011
108 73 CA 21 TYR CD1 65 -0.115 13.019
109 74 HP 21 TYR HD1 66 0.115 0
110 75 CA 21 TYR CE1 67 -0.115 13.019
111 76 HP 21 TYR HE1 68 0.115 0
112 77 CA 21 TYR CZ 69 0.11 12.011
113 78 OH1 21 TYR OH 70 -0.54 15.999
114 79 H 21 TYR HH 71 0.43 1.008
115 80 CA 21 TYR CD2 72 -0.115 13.019
116 81 HP 21 TYR HD2 73 0.115 0
117 82 CA 21 TYR CE2 74 -0.115 13.019
118 83 HP 21 TYR HE2 75 0.115 0
119 84 C 21 TYR C 76 0.51 12.011
120 85 O 21 TYR O 77 -0.51 15.999 ; qtot 1
121 ; residue 22 LYS rtp LYS q +1.0
122 86 NH1 22 LYS N 78 -0.47 15.015
123 87 H 22 LYS HN 79 0.31 0
124 88 CT1 22 LYS CA 80 0.07 13.019
125 89 HB 22 LYS HA 81 0.09 0
126 90 CT2 22 LYS CB 82 -0.18 14.027
127 91 HA 22 LYS HB1 83 0.09 0
128 92 HA 22 LYS HB2 84 0.09 0
129 93 CT2 22 LYS CG 85 -0.18 14.027
130 94 HA 22 LYS HG1 86 0.09 0
131 95 HA 22 LYS HG2 87 0.09 0
132 96 CT2 22 LYS CD 88 -0.18 14.027
133 97 HA 22 LYS HD1 89 0.09 0
134 98 HA 22 LYS HD2 90 0.09 0
135 99 CT2 22 LYS CE 91 0.21 14.027
136 100 HA 22 LYS HE1 92 0.05 0
137 101 HA 22 LYS HE2 93 0.05 0
138 102 MNH3 22 LYS MNZ1 94 0 8.5155
139 103 MNH3 22 LYS MNZ2 94 0 8.5155
140 104 NH3 22 LYS NZ 94 -0.3 0
141 105 HC 22 LYS HZ1 95 0.33 0
142 106 HC 22 LYS HZ2 96 0.33 0
143 107 HC 22 LYS HZ3 97 0.33 0
144 108 C 22 LYS C 98 0.51 12.011
145 109 O 22 LYS O 99 -0.51 15.999 ; qtot 2
146 ; residue 23 GLU rtp GLU q -1.0
147 110 NH1 23 GLU N 100 -0.47 15.015
148 111 H 23 GLU HN 101 0.31 0
149 112 CT1 23 GLU CA 102 0.07 13.019
150 113 HB 23 GLU HA 103 0.09 0
151 114 CT2 23 GLU CB 104 -0.18 14.027
152 115 HA 23 GLU HB1 105 0.09 0
153 116 HA 23 GLU HB2 106 0.09 0
154 117 CT2 23 GLU CG 107 -0.28 14.027
155 118 HA 23 GLU HG1 108 0.09 0
156 119 HA 23 GLU HG2 109 0.09 0
157 120 CC 23 GLU CD 110 0.62 12.011
158 121 OC 23 GLU OE1 111 -0.76 15.999
159 122 OC 23 GLU OE2 112 -0.76 15.999
160 123 C 23 GLU C 113 0.51 12.011
161 124 O 23 GLU O 114 -0.51 15.999 ; qtot 1
162 ; residue 24 TRP rtp TRP q 0.0
163 125 NH1 24 TRP N 115 -0.47 15.015
164 126 H 24 TRP HN 116 0.31 0
165 127 CT1 24 TRP CA 117 0.07 13.019
166 128 HB 24 TRP HA 118 0.09 0
167 129 CT2 24 TRP CB 119 -0.18 14.027
168 130 HA 24 TRP HB1 120 0.09 0
169 131 HA 24 TRP HB2 121 0.09 0
170 132 CY 24 TRP CG 122 -0.03 12.011
171 133 CA 24 TRP CD1 123 0.035 13.019
172 134 HP 24 TRP HD1 124 0.115 0
173 135 NY 24 TRP NE1 125 -0.61 15.015
174 136 H 24 TRP HE1 126 0.38 0
175 137 CPT 24 TRP CE2 127 0.13 12.011
176 138 CPT 24 TRP CD2 128 -0.02 12.011
177 139 CA 24 TRP CE3 129 -0.115 13.019
178 140 HP 24 TRP HE3 130 0.115 0
179 141 CA 24 TRP CZ3 131 -0.115 13.019
180 142 HP 24 TRP HZ3 132 0.115 0
181 143 CA 24 TRP CZ2 133 -0.115 13.019
182 144 HP 24 TRP HZ2 134 0.115 0
183 145 CA 24 TRP CH2 135 -0.115 13.019
184 146 HP 24 TRP HH2 136 0.115 0
185 147 C 24 TRP C 137 0.51 12.011
186 148 O 24 TRP O 138 -0.51 15.999 ; qtot 1
187 ; residue 25 PRO rtp PRO q 0.0
188 149 N 25 PRO N 139 -0.29 14.007
189 150 CP3 25 PRO CD 140 0 14.027
190 151 HA 25 PRO HD1 141 0.09 0
191 152 HA 25 PRO HD2 142 0.09 0
192 153 CP1 25 PRO CA 143 0.02 13.019
193 154 HB 25 PRO HA 144 0.09 0
194 155 CP2 25 PRO CB 145 -0.18 14.027
195 156 HA 25 PRO HB1 146 0.09 0
196 157 HA 25 PRO HB2 147 0.09 0
197 158 CP2 25 PRO CG 148 -0.18 14.027
198 159 HA 25 PRO HG1 149 0.09 0
199 160 HA 25 PRO HG2 150 0.09 0
200 161 C 25 PRO C 151 0.51 12.011
201 162 O 25 PRO O 152 -0.51 15.999 ; qtot 1
202 ; residue 26 PRO rtp PRO q 0.0
203 163 N 26 PRO N 153 -0.29 14.007
204 164 CP3 26 PRO CD 154 0 14.027
205 165 HA 26 PRO HD1 155 0.09 0
206 166 HA 26 PRO HD2 156 0.09 0
207 167 CP1 26 PRO CA 157 0.02 13.019
208 168 HB 26 PRO HA 158 0.09 0
209 169 CP2 26 PRO CB 159 -0.18 14.027
210 170 HA 26 PRO HB1 160 0.09 0
211 171 HA 26 PRO HB2 161 0.09 0
212 172 CP2 26 PRO CG 162 -0.18 14.027
213 173 HA 26 PRO HG1 163 0.09 0
214 174 HA 26 PRO HG2 164 0.09 0
215 175 C 26 PRO C 165 0.51 12.011
216 176 O 26 PRO O 166 -0.51 15.999 ; qtot 1
217 ; residue 27 CYS rtp CYS q 0.0
218 177 NH1 27 CYS N 167 -0.47 15.015
219 178 H 27 CYS HN 168 0.31 0
220 179 CT1 27 CYS CA 169 0.07 13.019
221 180 HB 27 CYS HA 170 0.09 0
222 181 CT2 27 CYS CB 171 -0.11 14.027
223 182 HA 27 CYS HB1 172 0.09 0
224 183 HA 27 CYS HB2 173 0.09 0
225 184 S 27 CYS SG 174 -0.23 32.06
226 185 HS 27 CYS HG1 175 0.16 1.008
227 186 C 27 CYS C 176 0.51 12.011
228 187 O 27 CYS O 177 -0.51 15.999 ; qtot 1
229 ; residue 28 ARG rtp ARG q +1.0
230 188 NH1 28 ARG N 178 -0.47 15.015
231 189 H 28 ARG HN 179 0.31 0
232 190 CT1 28 ARG CA 180 0.07 13.019
233 191 HB 28 ARG HA 181 0.09 0
234 192 CT2 28 ARG CB 182 -0.18 14.027
235 193 HA 28 ARG HB1 183 0.09 0
236 194 HA 28 ARG HB2 184 0.09 0
237 195 CT2 28 ARG CG 185 -0.18 14.027
238 196 HA 28 ARG HG1 186 0.09 0
239 197 HA 28 ARG HG2 187 0.09 0
240 198 CT2 28 ARG CD 188 0.2 14.027
241 199 HA 28 ARG HD1 189 0.09 0
242 200 HA 28 ARG HD2 190 0.09 0
243 201 NC2 28 ARG NE 191 -0.7 15.015
244 202 HC 28 ARG HE 192 0.44 0
245 203 C 28 ARG CZ 193 0.64 12.011
246 204 NC2 28 ARG NH1 194 -0.8 16.023
247 205 HC 28 ARG HH11 195 0.46 0
248 206 HC 28 ARG HH12 196 0.46 0
249 207 NC2 28 ARG NH2 197 -0.8 16.023
250 208 HC 28 ARG HH21 198 0.46 0
251 209 HC 28 ARG HH22 199 0.46 0
252 210 C 28 ARG C 200 0.51 12.011
253 211 O 28 ARG O 201 -0.51 15.999 ; qtot 2
254 ; residue 29 HIS rtp HSE q 0.0
255 212 NH1 29 HIS N 202 -0.47 15.015
256 213 H 29 HIS HN 203 0.31 0
257 214 CT1 29 HIS CA 204 0.07 13.019
258 215 HB 29 HIS HA 205 0.09 0
259 216 CT2 29 HIS CB 206 -0.08 14.027
260 217 HA 29 HIS HB1 207 0.09 0
261 218 HA 29 HIS HB2 208 0.09 0
262 219 NR2 29 HIS ND1 209 -0.7 14.007
263 220 CPH1 29 HIS CG 210 0.22 12.011
264 221 CPH2 29 HIS CE1 211 0.25 13.019
265 222 HR1 29 HIS HE1 212 0.13 0
266 223 NR1 29 HIS NE2 213 -0.36 15.015
267 224 H 29 HIS HE2 214 0.32 0
268 225 CPH1 29 HIS CD2 215 -0.05 13.019
269 226 HR3 29 HIS HD2 216 0.09 0
270 227 C 29 HIS C 217 0.51 12.011
271 228 O 29 HIS O 218 -0.51 15.999 ; qtot 2
272 ; residue 30 ASN rtp ASN q 0.0
273 229 NH1 30 ASN N 219 -0.47 15.015
274 230 H 30 ASN HN 220 0.31 0
275 231 CT1 30 ASN CA 221 0.07 13.019
276 232 HB 30 ASN HA 222 0.09 0
277 233 CT2 30 ASN CB 223 -0.18 14.027
278 234 HA 30 ASN HB1 224 0.09 0
279 235 HA 30 ASN HB2 225 0.09 0
280 236 CC 30 ASN CG 226 0.55 12.011
281 237 O 30 ASN OD1 227 -0.55 15.999
282 238 NH2 30 ASN ND2 228 -0.62 16.023
283 239 H 30 ASN HD21 229 0.32 0
284 240 H 30 ASN HD22 230 0.3 0
285 241 C 30 ASN C 231 0.51 12.011
286 242 O 30 ASN O 232 -0.51 15.999 ; qtot 2
287 ; residue 31 SER rtp SER q 0.0
288 243 NH1 31 SER N 233 -0.47 15.015
289 244 H 31 SER HN 234 0.31 0
290 245 CT1 31 SER CA 235 0.07 13.019
291 246 HB 31 SER HA 236 0.09 0
292 247 CT2 31 SER CB 237 0.05 14.027
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294 249 HA 31 SER HB2 239 0.09 0
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1394 [ angles ]
1395 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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1398 4 3 7 5
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1406 8 7 19 5
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1737 192 190 210 5
1738 190 192 193 5
1739 190 192 194 5
1740 190 192 195 5
1741 193 192 194 5
1742 193 192 195 5
1743 194 192 195 5
1744 192 195 196 5
1745 192 195 197 5
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1748 196 195 198 5
1749 197 195 198 5
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1751 195 198 200 5
1752 195 198 201 5
1753 199 198 200 5
1754 199 198 201 5
1755 200 198 201 5
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1758 202 201 203 5
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1760 201 203 207 5
1761 204 203 207 5
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1763 203 204 206 5
1764 205 204 206 5
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1767 208 207 209 5
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1800 214 227 229 5
1801 228 227 229 5
1802 227 229 230 5
1803 227 229 231 5
1804 230 229 231 5
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1833 246 245 252 5
1834 247 245 252 5
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1840 249 247 250 5
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1842 245 252 253 5
1843 245 252 254 5
1844 253 252 254 5
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1849 254 256 258 5
1850 254 256 269 5
1851 257 256 258 5
1852 257 256 269 5
1853 258 256 269 5
1854 256 258 259 5
1855 256 258 260 5
1856 256 258 262 5
1857 259 258 260 5
1858 259 258 262 5
1859 260 258 262 5
1860 262 261 263 5
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1862 258 262 267 5
1863 261 262 267 5
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1870 262 267 265 5
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1873 256 269 270 5
1874 256 269 271 5
1875 270 269 271 5
1876 269 271 272 5
1877 269 271 273 5
1878 272 271 273 5
1879 271 273 274 5
1880 271 273 275 5
1881 271 273 289 5
1882 274 273 275 5
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1885 273 275 276 5
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1887 273 275 278 5
1888 276 275 277 5
1889 276 275 278 5
1890 277 275 278 5
1891 275 278 279 5
1892 275 278 285 5
1893 279 278 285 5
1894 278 279 280 5
1895 278 279 281 5
1896 280 279 281 5
1897 279 281 282 5
1898 279 281 283 5
1899 282 281 283 5
1900 281 283 284 5
1901 281 283 287 5
1902 284 283 287 5
1903 278 285 286 5
1904 278 285 287 5
1905 286 285 287 5
1906 283 287 285 5
1907 283 287 288 5
1908 285 287 288 5
1909 273 289 290 5
1910 273 289 291 5
1911 290 289 291 5
1913 [ dihedrals ]
1914 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1915 4 3 7 8 9
1916 4 3 7 9 9
1917 4 3 7 19 9
1918 5 3 7 8 9
1919 5 3 7 9 9
1920 5 3 7 19 9
1921 6 3 7 8 9
1922 6 3 7 9 9
1923 6 3 7 19 9
1924 3 7 9 10 9
1925 3 7 9 11 9
1926 3 7 9 15 9
1927 8 7 9 10 9
1928 8 7 9 11 9
1929 8 7 9 15 9
1930 19 7 9 10 9
1931 19 7 9 11 9
1932 19 7 9 15 9
1933 3 7 19 20 9
1934 3 7 19 21 9
1935 8 7 19 20 9
1936 8 7 19 21 9
1937 9 7 19 20 9
1938 9 7 19 21 9
1939 7 9 11 12 9
1940 10 9 11 12 9
1941 15 9 11 12 9
1942 7 9 15 16 9
1943 7 9 15 17 9
1944 7 9 15 18 9
1945 10 9 15 16 9
1946 10 9 15 17 9
1947 10 9 15 18 9
1948 11 9 15 16 9
1949 11 9 15 17 9
1950 11 9 15 18 9
1951 7 19 21 22 9
1952 7 19 21 23 9
1953 20 19 21 22 9
1954 20 19 21 23 9
1955 19 21 23 24 9
1956 19 21 23 25 9
1957 19 21 23 39 9
1958 22 21 23 24 9
1959 22 21 23 25 9
1960 22 21 23 39 9
1961 21 23 25 26 9
1962 21 23 25 29 9
1963 21 23 25 35 9
1964 24 23 25 26 9
1965 24 23 25 29 9
1966 24 23 25 35 9
1967 39 23 25 26 9
1968 39 23 25 29 9
1969 39 23 25 35 9
1970 21 23 39 40 9
1971 21 23 39 41 9
1972 24 23 39 40 9
1973 24 23 39 41 9
1974 25 23 39 40 9
1975 25 23 39 41 9
1976 23 25 29 30 9
1977 23 25 29 31 9
1978 23 25 29 32 9
1979 26 25 29 30 9
1980 26 25 29 31 9
1981 26 25 29 32 9
1982 35 25 29 30 9
1983 35 25 29 31 9
1984 35 25 29 32 9
1985 23 25 35 36 9
1986 23 25 35 37 9
1987 23 25 35 38 9
1988 26 25 35 36 9
1989 26 25 35 37 9
1990 26 25 35 38 9
1991 29 25 35 36 9
1992 29 25 35 37 9
1993 29 25 35 38 9
1994 23 39 41 42 9
1995 23 39 41 43 9
1996 40 39 41 42 9
1997 40 39 41 43 9
1998 39 41 43 44 9
1999 39 41 43 45 9
2000 39 41 43 63 9
2001 42 41 43 44 9
2002 42 41 43 45 9
2003 42 41 43 63 9
2004 41 43 45 46 9
2005 41 43 45 47 9
2006 41 43 45 48 9
2007 44 43 45 46 9
2008 44 43 45 47 9
2009 44 43 45 48 9
2010 63 43 45 46 9
2011 63 43 45 47 9
2012 63 43 45 48 9
2013 41 43 63 64 9
2014 41 43 63 65 9
2015 44 43 63 64 9
2016 44 43 63 65 9
2017 45 43 63 64 9
2018 45 43 63 65 9
2019 43 45 48 49 9
2020 43 45 48 54 9
2021 46 45 48 49 9
2022 46 45 48 54 9
2023 47 45 48 49 9
2024 47 45 48 54 9
2025 45 48 49 50 9
2026 45 48 49 51 9
2027 54 48 49 50 9
2028 54 48 49 51 9
2029 45 48 54 53 9
2030 45 48 54 55 9
2031 49 48 54 53 9
2032 49 48 54 55 9
2033 48 49 51 52 9
2034 48 49 51 53 9
2035 50 49 51 52 9
2036 50 49 51 53 9
2037 49 51 53 54 9
2038 49 51 53 59 9
2039 52 51 53 54 9
2040 52 51 53 59 9
2041 51 53 54 48 9
2042 51 53 54 55 9
2043 59 53 54 48 9
2044 59 53 54 55 9
2045 51 53 59 60 9
2046 51 53 59 61 9
2047 54 53 59 60 9
2048 54 53 59 61 9
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2050 48 54 55 57 9
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2060 58 57 61 62 9
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2062 53 59 61 62 9
2063 60 59 61 57 9
2064 60 59 61 62 9
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2066 43 63 65 67 9
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2082 84 67 69 71 9
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2090 67 69 72 73 9
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2092 70 69 72 73 9
2093 70 69 72 80 9
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2095 71 69 72 80 9
2096 69 72 73 74 9
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2098 80 72 73 74 9
2099 80 72 73 75 9
2100 69 72 80 81 9
2101 69 72 80 82 9
2102 73 72 80 81 9
2103 73 72 80 82 9
2104 72 73 75 76 9
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2107 74 73 75 77 9
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2119 72 80 82 83 9
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2127 84 86 88 90 9
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2692 286 285 287 288 9
2694 [ dihedrals ]
2695 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
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2743 271 269 273 272 2
2744 289 273 291 290 2
2746 [ cmap ]
2747 ; ai aj ak al am funct
2748 19 21 23 39 41 1
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2761 252 254 256 269 271 1
2763 [ virtual_sites3 ]
2764 ; ai aj ak al funct c0 c1
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2766 4 7 1 2 1
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2774 105 99 102 103 1
2776 [ virtual_sites3 ]
2777 ; ai aj ak al funct c0 c1
2778 22 21 19 23 2
2779 42 41 39 43 2
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2796 140 139 138 141 2
2797 142 141 139 145 2
2798 144 143 137 145 2
2799 146 145 141 143 2
2800 178 177 175 179 2
2801 189 188 186 190 2
2802 202 201 198 203 2
2803 213 212 210 214 2
2804 222 221 219 223 2
2805 224 223 221 225 2
2806 226 225 220 223 2
2807 230 229 227 231 2
2808 244 243 241 245 2
2809 255 254 252 256 2
2810 264 263 261 265 2
2811 266 265 263 267 2
2812 268 267 262 265 2
2813 272 271 269 273 2
2814 280 279 278 281 2
2815 282 281 279 283 2
2816 284 283 281 287 2
2817 286 285 278 287 2
2818 288 287 283 285 2
2820 [ virtual_sites3 ]
2821 ; ai aj ak al funct c0 c1
2822 205 204 203 201 3
2823 206 204 203 201 -3
2824 208 207 203 201 3
2825 209 207 203 201 -3
2826 239 238 236 233 3
2827 240 238 236 233 -3
2829 [ virtual_sites3 ]
2830 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2
2831 5 7 1 2 -4
2832 6 7 1 2 4
2833 17 9 13 14 -4
2834 18 9 13 14 4
2835 31 25 27 28 -4
2836 32 25 27 28 4
2837 37 25 33 34 -4
2838 38 25 33 34 4
2839 46 45 43 48 4
2840 47 45 43 48 -4
2841 70 69 67 72 4
2842 71 69 67 72 -4
2843 91 90 88 93 4
2844 92 90 88 93 -4
2845 94 93 90 96 4
2846 95 93 90 96 -4
2847 97 96 93 99 4
2848 98 96 93 99 -4
2849 100 99 96 104 4
2850 101 99 96 104 -4
2851 106 99 102 103 -4
2852 107 99 102 103 4
2853 115 114 112 117 4
2854 116 114 112 117 -4
2855 118 117 114 120 4
2856 119 117 114 120 -4
2857 130 129 127 132 4
2858 131 129 127 132 -4
2859 151 150 149 158 4
2860 152 150 149 158 -4
2861 156 155 153 158 4
2862 157 155 153 158 -4
2863 159 158 150 155 4
2864 160 158 150 155 -4
2865 165 164 163 172 4
2866 166 164 163 172 -4
2867 170 169 167 172 4
2868 171 169 167 172 -4
2869 173 172 164 169 4
2870 174 172 164 169 -4
2871 182 181 179 184 4
2872 183 181 179 184 -4
2873 193 192 190 195 4
2874 194 192 190 195 -4
2875 196 195 192 198 4
2876 197 195 192 198 -4
2877 199 198 195 201 4
2878 200 198 195 201 -4
2879 217 216 214 220 4
2880 218 216 214 220 -4
2881 234 233 231 236 4
2882 235 233 231 236 -4
2883 248 247 245 250 4
2884 249 247 245 250 -4
2885 259 258 256 262 4
2886 260 258 256 262 -4
2887 276 275 273 278 4
2888 277 275 273 278 -4
2890 [ virtual_sites4 ]
2891 ; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
2892 8 7 3 9 19 2
2893 10 9 11 7 15 2
2894 24 23 21 25 39 2
2895 26 25 23 29 35 2
2896 44 43 41 45 63 2
2897 68 67 65 69 84 2
2898 89 88 86 90 108 2
2899 113 112 110 114 123 2
2900 128 127 125 129 147 2
2901 154 153 149 155 161 2
2902 168 167 163 169 175 2
2903 180 179 177 181 186 2
2904 191 190 188 192 210 2
2905 215 214 212 216 227 2
2906 232 231 229 233 241 2
2907 246 245 243 247 252 2
2908 257 256 254 258 269 2
2909 274 273 271 275 289 2
2911 ; Include Position restraint file
2912 #ifdef POSRES
2913 #include "posre.itp"
2914 #endif
2916 ; Include water topology
2917 #include "charmm27.ff/tip3p.itp"
2919 #ifdef POSRES_WATER
2920 ; Position restraint for each water oxygen
2921 [ position_restraints ]
2922 ; i funct fcx fcy fcz
2923 1 1 1000 1000 1000
2924 #endif
2926 ; Include topology for ions
2927 #include "charmm27.ff/ions.itp"
2929 [ system ]
2930 ; Name
2931 Protein (second fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2933 [ molecules ]
2934 ; Compound #mols
2935 Protein 1
2936 ]]></String>
2937 </File>
2938 </OutputFiles>
2939 </ReferenceData>