[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForOplsaa_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_23.xml
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4 <OutputFiles Name="Files">
5 <File Name="-o">
6 <GroFile Name="Header">
7 <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">246</Int>
9 </GroFile>
10 </File>
11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
33 1 MNH3 50 LYS MN1 1 0 8.51335
34 2 MNH3 50 LYS MN2 1 0 8.51335
35 3 opls_287 50 LYS N 1 -0.3 0
36 4 opls_290 50 LYS H1 1 0.33 0
37 5 opls_290 50 LYS H2 1 0.33 0
38 6 opls_290 50 LYS H3 1 0.33 0
39 7 opls_293B 50 LYS CA 1 0.25 13.019
40 8 opls_140 50 LYS HA 1 0.06 0
41 9 opls_136 50 LYS CB 2 -0.12 14.027
42 10 opls_140 50 LYS HB1 2 0.06 0
43 11 opls_140 50 LYS HB2 2 0.06 0
44 12 opls_136 50 LYS CG 3 -0.12 14.027
45 13 opls_140 50 LYS HG1 3 0.06 0
46 14 opls_140 50 LYS HG2 3 0.06 0
47 15 opls_136 50 LYS CD 4 -0.12 14.027
48 16 opls_140 50 LYS HD1 4 0.06 0
49 17 opls_140 50 LYS HD2 4 0.06 0
50 18 opls_292 50 LYS CE 5 0.19 14.027
51 19 opls_140 50 LYS HE1 5 0.06 0
52 20 opls_140 50 LYS HE2 5 0.06 0
53 21 MNH3 50 LYS MNZ1 6 0 8.51535
54 22 MNH3 50 LYS MNZ2 6 0 8.51535
55 23 opls_287 50 LYS NZ 6 -0.3 0
56 24 opls_290 50 LYS HZ1 6 0.33 0
57 25 opls_290 50 LYS HZ2 6 0.33 0
58 26 opls_290 50 LYS HZ3 6 0.33 0
59 27 opls_235 50 LYS C 7 0.5 12.011
60 28 opls_236 50 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2
61 ; residue 51 SER rtp SER q 0.0
62 29 opls_238 51 SER N 8 -0.5 15.0147
63 30 opls_241 51 SER H 8 0.3 0
64 31 opls_224B 51 SER CA 8 0.14 13.019
65 32 opls_140 51 SER HA 8 0.06 0
66 33 opls_157 51 SER CB 9 0.145 14.027
67 34 opls_140 51 SER HB1 9 0.06 0
68 35 opls_140 51 SER HB2 9 0.06 0
69 36 opls_154 51 SER OG 10 -0.683 15.9994
70 37 opls_155 51 SER HG 10 0.418 1.008
71 38 opls_235 51 SER C 11 0.5 12.011
72 39 opls_236 51 SER O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 2
73 ; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
74 40 opls_238 52 GLY N 12 -0.5 15.0147
75 41 opls_241 52 GLY H 12 0.3 0
76 42 opls_223B 52 GLY CA 12 0.08 14.027
77 43 opls_140 52 GLY HA1 12 0.06 0
78 44 opls_140 52 GLY HA2 12 0.06 0
79 45 opls_235 52 GLY C 13 0.5 12.011
80 46 opls_236 52 GLY O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 2
81 ; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
82 47 opls_238 53 TYR N 14 -0.5 15.0147
83 48 opls_241 53 TYR H 14 0.3 0
84 49 opls_224B 53 TYR CA 14 0.14 13.019
85 50 opls_140 53 TYR HA 14 0.06 0
86 51 opls_149 53 TYR CB 15 -0.005 14.027
87 52 opls_140 53 TYR HB1 15 0.06 0
88 53 opls_140 53 TYR HB2 15 0.06 0
89 54 opls_145 53 TYR CG 15 -0.115 12.011
90 55 opls_145 53 TYR CD1 16 -0.115 13.019
91 56 opls_146 53 TYR HD1 16 0.115 0
92 57 opls_145 53 TYR CD2 17 -0.115 13.019
93 58 opls_146 53 TYR HD2 17 0.115 0
94 59 opls_145 53 TYR CE1 18 -0.115 13.019
95 60 opls_146 53 TYR HE1 18 0.115 0
96 61 opls_145 53 TYR CE2 19 -0.115 13.019
97 62 opls_146 53 TYR HE2 19 0.115 0
98 63 opls_166 53 TYR CZ 20 0.15 12.011
99 64 opls_167 53 TYR OH 20 -0.585 15.9994
100 65 opls_168 53 TYR HH 20 0.435 1.008
101 66 opls_235 53 TYR C 21 0.5 12.011
102 67 opls_236 53 TYR O 21 -0.5 15.9994 ; qtot 2
103 ; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
104 68 opls_238 54 ASP N 22 -0.5 15.0147
105 69 opls_241 54 ASP H 22 0.3 0
106 70 opls_224B 54 ASP CA 22 0.14 13.019
107 71 opls_140 54 ASP HA 22 0.06 0
108 72 opls_274 54 ASP CB 23 -0.22 14.027
109 73 opls_140 54 ASP HB1 23 0.06 0
110 74 opls_140 54 ASP HB2 23 0.06 0
111 75 opls_271 54 ASP CG 24 0.7 12.011
112 76 opls_272 54 ASP OD1 24 -0.8 15.9994
113 77 opls_272 54 ASP OD2 24 -0.8 15.9994
114 78 opls_235 54 ASP C 25 0.5 12.011
115 79 opls_236 54 ASP O 25 -0.5 15.9994 ; qtot 1
116 ; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
117 80 opls_238 55 ALA N 26 -0.5 15.0147
118 81 opls_241 55 ALA H 26 0.3 0
119 82 opls_224B 55 ALA CA 26 0.14 13.019
120 83 opls_140 55 ALA HA 26 0.06 0
121 84 MCH3B 55 ALA MCB1 27 0 7.5175
122 85 MCH3B 55 ALA MCB2 27 0 7.5175
123 86 opls_135 55 ALA CB 27 -0.18 0
124 87 opls_140 55 ALA HB1 27 0.06 0
125 88 opls_140 55 ALA HB2 27 0.06 0
126 89 opls_140 55 ALA HB3 27 0.06 0
127 90 opls_235 55 ALA C 28 0.5 12.011
128 91 opls_236 55 ALA O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
129 ; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
130 92 opls_239 56 PRO N 29 -0.14 14.0067
131 93 opls_246 56 PRO CA 29 0.01 13.019
132 94 opls_140 56 PRO HA 29 0.06 0
133 95 opls_136 56 PRO CB 30 -0.12 14.027
134 96 opls_140 56 PRO HB1 30 0.06 0
135 97 opls_140 56 PRO HB2 30 0.06 0
136 98 opls_136 56 PRO CG 31 -0.12 14.027
137 99 opls_140 56 PRO HG1 31 0.06 0
138 100 opls_140 56 PRO HG2 31 0.06 0
139 101 opls_245 56 PRO CD 32 -0.05 14.027
140 102 opls_140 56 PRO HD1 32 0.06 0
141 103 opls_140 56 PRO HD2 32 0.06 0
142 104 opls_235 56 PRO C 33 0.5 12.011
143 105 opls_236 56 PRO O 33 -0.5 15.9994 ; qtot 1
144 ; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
145 106 opls_238 57 PHE N 34 -0.5 15.0147
146 107 opls_241 57 PHE H 34 0.3 0
147 108 opls_224B 57 PHE CA 34 0.14 13.019
148 109 opls_140 57 PHE HA 34 0.06 0
149 110 opls_149 57 PHE CB 35 -0.005 14.027
150 111 opls_140 57 PHE HB1 35 0.06 0
151 112 opls_140 57 PHE HB2 35 0.06 0
152 113 opls_145 57 PHE CG 35 -0.115 12.011
153 114 opls_145 57 PHE CD1 36 -0.115 13.019
154 115 opls_146 57 PHE HD1 36 0.115 0
155 116 opls_145 57 PHE CD2 37 -0.115 13.019
156 117 opls_146 57 PHE HD2 37 0.115 0
157 118 opls_145 57 PHE CE1 38 -0.115 13.019
158 119 opls_146 57 PHE HE1 38 0.115 0
159 120 opls_145 57 PHE CE2 39 -0.115 13.019
160 121 opls_146 57 PHE HE2 39 0.115 0
161 122 opls_145 57 PHE CZ 40 -0.115 13.019
162 123 opls_146 57 PHE HZ 40 0.115 0
163 124 opls_235 57 PHE C 41 0.5 12.011
164 125 opls_236 57 PHE O 41 -0.5 15.9994 ; qtot 1
165 ; residue 58 THR rtp THR q 0.0
166 126 opls_238 58 THR N 42 -0.5 15.0147
167 127 opls_241 58 THR H 42 0.3 0
168 128 opls_224B 58 THR CA 42 0.14 13.019
169 129 opls_140 58 THR HA 42 0.06 0
170 130 opls_158 58 THR CB 43 0.205 13.019
171 131 opls_140 58 THR HB 43 0.06 0
172 132 opls_154 58 THR OG1 43 -0.683 15.9994
173 133 opls_155 58 THR HG1 43 0.418 1.008
174 134 MCH3B 58 THR MCG1 44 0 7.5175
175 135 MCH3B 58 THR MCG2 44 0 7.5175
176 136 opls_135 58 THR CG2 44 -0.18 0
177 137 opls_140 58 THR HG21 44 0.06 0
178 138 opls_140 58 THR HG22 44 0.06 0
179 139 opls_140 58 THR HG23 44 0.06 0
180 140 opls_235 58 THR C 45 0.5 12.011
181 141 opls_236 58 THR O 45 -0.5 15.9994 ; qtot 1
182 ; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
183 142 opls_238 59 ILE N 46 -0.5 15.0147
184 143 opls_241 59 ILE H 46 0.3 0
185 144 opls_224B 59 ILE CA 46 0.14 13.019
186 145 opls_140 59 ILE HA 46 0.06 0
187 146 opls_137 59 ILE CB 47 -0.06 13.019
188 147 opls_140 59 ILE HB 47 0.06 0
189 148 opls_136 59 ILE CG1 48 -0.12 14.027
190 149 opls_140 59 ILE HG11 48 0.06 0
191 150 opls_140 59 ILE HG12 48 0.06 0
192 151 MCH3B 59 ILE MCG1 49 0 7.5175
193 152 MCH3B 59 ILE MCG2 49 0 7.5175
194 153 opls_135 59 ILE CG2 49 -0.18 0
195 154 opls_140 59 ILE HG21 49 0.06 0
196 155 opls_140 59 ILE HG22 49 0.06 0
197 156 opls_140 59 ILE HG23 49 0.06 0
198 157 MCH3B 59 ILE MCD1 50 0 7.5175
199 158 MCH3B 59 ILE MCD2 50 0 7.5175
200 159 opls_135 59 ILE CD 50 -0.18 0
201 160 opls_140 59 ILE HD1 50 0.06 0
202 161 opls_140 59 ILE HD2 50 0.06 0
203 162 opls_140 59 ILE HD3 50 0.06 0
204 163 opls_235 59 ILE C 51 0.5 12.011
205 164 opls_236 59 ILE O 51 -0.5 15.9994 ; qtot 1
206 ; residue 60 HIS rtp HISE q 0.0
207 165 opls_238 60 HIS N 52 -0.5 15.0147
208 166 opls_241 60 HIS H 52 0.3 0
209 167 opls_224B 60 HIS CA 52 0.14 13.019
210 168 opls_140 60 HIS HA 52 0.06 0
211 169 opls_505 60 HIS CB 53 -0.005 14.027
212 170 opls_140 60 HIS HB1 53 0.06 0
213 171 opls_140 60 HIS HB2 53 0.06 0
214 172 opls_507 60 HIS CG 54 -0.015 12.011
215 173 opls_511 60 HIS ND1 54 -0.49 14.0067
216 174 opls_508 60 HIS CD2 55 0.015 13.019
217 175 opls_146 60 HIS HD2 55 0.115 0
218 176 opls_506 60 HIS CE1 56 0.295 13.019
219 177 opls_146 60 HIS HE1 56 0.115 0
220 178 opls_503 60 HIS NE2 57 -0.57 15.0147
221 179 opls_504 60 HIS HE2 57 0.42 0
222 180 opls_235 60 HIS C 58 0.5 12.011
223 181 opls_236 60 HIS O 58 -0.5 15.9994 ; qtot 1
224 ; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
225 182 opls_238 61 VAL N 59 -0.5 15.0147
226 183 opls_241 61 VAL H 59 0.3 0
227 184 opls_224B 61 VAL CA 59 0.14 13.019
228 185 opls_140 61 VAL HA 59 0.06 0
229 186 opls_137 61 VAL CB 60 -0.06 13.019
230 187 opls_140 61 VAL HB 60 0.06 0
231 188 MCH3B 61 VAL MCG1 61 0 7.5175
232 189 MCH3B 61 VAL MCG2 61 0 7.5175
233 190 opls_135 61 VAL CG1 61 -0.18 0
234 191 opls_140 61 VAL HG11 61 0.06 0
235 192 opls_140 61 VAL HG12 61 0.06 0
236 193 opls_140 61 VAL HG13 61 0.06 0
237 194 MCH3B 61 VAL MCG1 62 0 7.5175
238 195 MCH3B 61 VAL MCG2 62 0 7.5175
239 196 opls_135 61 VAL CG2 62 -0.18 0
240 197 opls_140 61 VAL HG21 62 0.06 0
241 198 opls_140 61 VAL HG22 62 0.06 0
242 199 opls_140 61 VAL HG23 62 0.06 0
243 200 opls_235 61 VAL C 63 0.5 12.011
244 201 opls_236 61 VAL O 63 -0.5 15.9994 ; qtot 1
245 ; residue 62 CYS rtp CYSH q 0.0
246 202 opls_238 62 CYS N 64 -0.5 15.0147
247 203 opls_241 62 CYS H 64 0.3 0
248 204 opls_224B 62 CYS CA 64 0.14 13.019
249 205 opls_140 62 CYS HA 64 0.06 0
250 206 opls_206 62 CYS CB 65 0.06 14.027
251 207 opls_140 62 CYS HB1 65 0.06 0
252 208 opls_140 62 CYS HB2 65 0.06 0
253 209 opls_200 62 CYS SG 66 -0.335 32.06
254 210 opls_204 62 CYS HG 66 0.155 1.008
255 211 opls_235 62 CYS C 67 0.5 12.011
256 212 opls_236 62 CYS O 67 -0.5 15.9994 ; qtot 1
257 ; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
258 213 opls_238 63 GLY N 68 -0.5 15.0147
259 214 opls_241 63 GLY H 68 0.3 0
260 215 opls_223B 63 GLY CA 68 0.08 14.027
261 216 opls_140 63 GLY HA1 68 0.06 0
262 217 opls_140 63 GLY HA2 68 0.06 0
263 218 opls_235 63 GLY C 69 0.5 12.011
264 219 opls_236 63 GLY O 69 -0.5 15.9994 ; qtot 1
265 ; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
266 220 opls_238 64 ALA N 70 -0.5 15.0147
267 221 opls_241 64 ALA H 70 0.3 0
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1159 239 243 1
1160 240 242 1
1161 240 243 1
1162 241 244 1
1164 [ angles ]
1165 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1166 4 3 5 1
1167 4 3 6 1
1168 4 3 7 1
1169 5 3 6 1
1170 5 3 7 1
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1172 3 7 8 1
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1174 3 7 27 1
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1176 8 7 27 1
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1178 7 9 10 1
1179 7 9 11 1
1180 7 9 12 1
1181 10 9 11 1
1182 10 9 12 1
1183 11 9 12 1
1184 9 12 13 1
1185 9 12 14 1
1186 9 12 15 1
1187 13 12 14 1
1188 13 12 15 1
1189 14 12 15 1
1190 12 15 16 1
1191 12 15 17 1
1192 12 15 18 1
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1281 69 68 70 1
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1283 68 70 72 1
1284 68 70 78 1
1285 71 70 72 1
1286 71 70 78 1
1287 72 70 78 1
1288 70 72 73 1
1289 70 72 74 1
1290 70 72 75 1
1291 73 72 74 1
1292 73 72 75 1
1293 74 72 75 1
1294 72 75 76 1
1295 72 75 77 1
1296 76 75 77 1
1297 70 78 79 1
1298 70 78 80 1
1299 79 78 80 1
1300 78 80 81 1
1301 78 80 82 1
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1315 82 90 91 1
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1319 90 92 101 1
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1321 92 93 94 1
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1324 94 93 95 1
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1328 93 95 97 1
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1337 99 98 101 1
1338 100 98 101 1
1339 92 101 98 1
1340 92 101 102 1
1341 92 101 103 1
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1343 98 101 103 1
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1346 93 104 106 1
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1354 109 108 110 1
1355 109 108 124 1
1356 110 108 124 1
1357 108 110 111 1
1358 108 110 112 1
1359 108 110 113 1
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1371 117 116 120 1
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1374 119 118 122 1
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1377 121 120 122 1
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1379 118 122 123 1
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1382 108 124 126 1
1383 125 124 126 1
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1391 129 128 140 1
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1393 128 130 131 1
1394 128 130 132 1
1395 128 130 136 1
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1399 130 132 133 1
1400 130 136 137 1
1401 130 136 138 1
1402 130 136 139 1
1403 137 136 138 1
1404 137 136 139 1
1405 138 136 139 1
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1407 128 140 142 1
1408 141 140 142 1
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1410 140 142 144 1
1411 143 142 144 1
1412 142 144 145 1
1413 142 144 146 1
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1416 145 144 163 1
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1427 149 148 150 1
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1429 150 148 159 1
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1431 146 153 155 1
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1433 154 153 155 1
1434 154 153 156 1
1435 155 153 156 1
1436 148 159 160 1
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1441 161 159 162 1
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1443 144 163 165 1
1444 164 163 165 1
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1459 171 169 172 1
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1469 177 176 178 1
1470 174 178 176 1
1471 174 178 179 1
1472 176 178 179 1
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1474 167 180 182 1
1475 181 180 182 1
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1478 183 182 184 1
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1481 182 184 200 1
1482 185 184 186 1
1483 185 184 200 1
1484 186 184 200 1
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1490 190 186 196 1
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1494 191 190 192 1
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1496 192 190 193 1
1497 186 196 197 1
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1499 186 196 199 1
1500 197 196 198 1
1501 197 196 199 1
1502 198 196 199 1
1503 184 200 201 1
1504 184 200 202 1
1505 201 200 202 1
1506 200 202 203 1
1507 200 202 204 1
1508 203 202 204 1
1509 202 204 205 1
1510 202 204 206 1
1511 202 204 211 1
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1513 205 204 211 1
1514 206 204 211 1
1515 204 206 207 1
1516 204 206 208 1
1517 204 206 209 1
1518 207 206 208 1
1519 207 206 209 1
1520 208 206 209 1
1521 206 209 210 1
1522 204 211 212 1
1523 204 211 213 1
1524 212 211 213 1
1525 211 213 214 1
1526 211 213 215 1
1527 214 213 215 1
1528 213 215 216 1
1529 213 215 217 1
1530 213 215 218 1
1531 216 215 217 1
1532 216 215 218 1
1533 217 215 218 1
1534 215 218 219 1
1535 215 218 220 1
1536 219 218 220 1
1537 218 220 221 1
1538 218 220 222 1
1539 221 220 222 1
1540 220 222 223 1
1541 220 222 226 1
1542 220 222 230 1
1543 223 222 226 1
1544 223 222 230 1
1545 226 222 230 1
1546 222 226 227 1
1547 222 226 228 1
1548 222 226 229 1
1549 227 226 228 1
1550 227 226 229 1
1551 228 226 229 1
1552 222 230 231 1
1553 222 230 232 1
1554 231 230 232 1
1555 230 232 233 1
1556 230 232 241 1
1557 233 232 241 1
1558 232 233 234 1
1559 232 233 235 1
1560 232 233 244 1
1561 234 233 235 1
1562 234 233 244 1
1563 235 233 244 1
1564 233 235 236 1
1565 233 235 237 1
1566 233 235 238 1
1567 236 235 237 1
1568 236 235 238 1
1569 237 235 238 1
1570 235 238 239 1
1571 235 238 240 1
1572 235 238 241 1
1573 239 238 240 1
1574 239 238 241 1
1575 240 238 241 1
1576 232 241 238 1
1577 232 241 242 1
1578 232 241 243 1
1579 238 241 242 1
1580 238 241 243 1
1581 242 241 243 1
1582 233 244 245 1
1583 233 244 246 1
1584 245 244 246 1
1586 [ dihedrals ]
1587 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1588 4 3 7 8 3
1589 4 3 7 9 3
1590 4 3 7 27 3
1591 5 3 7 8 3
1592 5 3 7 9 3
1593 5 3 7 27 3
1594 6 3 7 8 3
1595 6 3 7 9 3
1596 6 3 7 27 3
1597 3 7 9 12 3 dih_LYS_chi1_N_C_C_C
1598 27 7 9 12 3 dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
1599 3 7 9 10 3
1600 3 7 9 11 3
1601 8 7 9 10 3
1602 8 7 9 11 3
1603 8 7 9 12 3
1604 27 7 9 10 3
1605 27 7 9 11 3
1606 3 7 27 28 3
1607 3 7 27 29 3
1608 8 7 27 28 3
1609 8 7 27 29 3
1610 9 7 27 28 3
1611 9 7 27 29 3
1612 7 9 12 13 3
1613 7 9 12 14 3
1614 7 9 12 15 3
1615 10 9 12 13 3
1616 10 9 12 14 3
1617 10 9 12 15 3
1618 11 9 12 13 3
1619 11 9 12 14 3
1620 11 9 12 15 3
1621 9 12 15 16 3
1622 9 12 15 17 3
1623 9 12 15 18 3
1624 13 12 15 16 3
1625 13 12 15 17 3
1626 13 12 15 18 3
1627 14 12 15 16 3
1628 14 12 15 17 3
1629 14 12 15 18 3
1630 12 15 18 19 3
1631 12 15 18 20 3
1632 12 15 18 23 3
1633 16 15 18 19 3
1634 16 15 18 20 3
1635 16 15 18 23 3
1636 17 15 18 19 3
1637 17 15 18 20 3
1638 17 15 18 23 3
1639 15 18 23 24 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1640 15 18 23 25 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1641 15 18 23 26 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1642 19 18 23 24 3
1643 19 18 23 25 3
1644 19 18 23 26 3
1645 20 18 23 24 3
1646 20 18 23 25 3
1647 20 18 23 26 3
1648 7 27 29 30 3
1649 7 27 29 31 3
1650 28 27 29 30 3
1651 28 27 29 31 3
1652 27 29 31 32 3
1653 27 29 31 33 3
1654 27 29 31 38 3
1655 30 29 31 32 3
1656 30 29 31 33 3
1657 30 29 31 38 3
1658 29 31 33 36 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
1659 38 31 33 36 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
1660 29 31 33 34 3
1661 29 31 33 35 3
1662 32 31 33 34 3
1663 32 31 33 35 3
1664 32 31 33 36 3
1665 38 31 33 34 3
1666 38 31 33 35 3
1667 29 31 38 39 3
1668 29 31 38 40 3
1669 32 31 38 39 3
1670 32 31 38 40 3
1671 33 31 38 39 3
1672 33 31 38 40 3
1673 31 33 36 37 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
1674 34 33 36 37 3
1675 35 33 36 37 3
1676 31 38 40 41 3
1677 31 38 40 42 3
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2022 169 167 180 182 3
2023 167 169 172 173 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
2024 167 169 172 174 3
2025 170 169 172 173 3
2026 170 169 172 174 3
2027 171 169 172 173 3
2028 171 169 172 174 3
2029 169 172 173 176 3
2030 174 172 173 176 3
2031 169 172 174 175 3
2032 169 172 174 178 3
2033 173 172 174 175 3
2034 173 172 174 178 3
2035 172 173 176 177 3
2036 172 173 176 178 3
2037 172 174 178 176 3
2038 172 174 178 179 3
2039 175 174 178 176 3
2040 175 174 178 179 3
2041 173 176 178 174 3
2042 173 176 178 179 3
2043 177 176 178 174 3
2044 177 176 178 179 3
2045 167 180 182 183 3
2046 167 180 182 184 3
2047 181 180 182 183 3
2048 181 180 182 184 3
2049 180 182 184 185 3
2050 180 182 184 186 3
2051 180 182 184 200 3
2052 183 182 184 185 3
2053 183 182 184 186 3
2054 183 182 184 200 3
2055 182 184 186 190 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
2056 182 184 186 196 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
2057 200 184 186 190 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
2058 200 184 186 196 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
2059 182 184 186 187 3
2060 185 184 186 187 3
2061 185 184 186 190 3
2062 185 184 186 196 3
2063 200 184 186 187 3
2064 182 184 200 201 3
2065 182 184 200 202 3
2066 185 184 200 201 3
2067 185 184 200 202 3
2068 186 184 200 201 3
2069 186 184 200 202 3
2070 184 186 190 191 3
2071 184 186 190 192 3
2072 184 186 190 193 3
2073 187 186 190 191 3
2074 187 186 190 192 3
2075 187 186 190 193 3
2076 196 186 190 191 3
2077 196 186 190 192 3
2078 196 186 190 193 3
2079 184 186 196 197 3
2080 184 186 196 198 3
2081 184 186 196 199 3
2082 187 186 196 197 3
2083 187 186 196 198 3
2084 187 186 196 199 3
2085 190 186 196 197 3
2086 190 186 196 198 3
2087 190 186 196 199 3
2088 184 200 202 203 3
2089 184 200 202 204 3
2090 201 200 202 203 3
2091 201 200 202 204 3
2092 200 202 204 205 3
2093 200 202 204 206 3
2094 200 202 204 211 3
2095 203 202 204 205 3
2096 203 202 204 206 3
2097 203 202 204 211 3
2098 202 204 206 209 3 dih_CYS_chi1_N_C_C_S
2099 211 204 206 209 3 dih_CYS_chi1_CO_C_C_S
2100 202 204 206 207 3
2101 202 204 206 208 3
2102 205 204 206 207 3
2103 205 204 206 208 3
2104 205 204 206 209 3
2105 211 204 206 207 3
2106 211 204 206 208 3
2107 202 204 211 212 3
2108 202 204 211 213 3
2109 205 204 211 212 3
2110 205 204 211 213 3
2111 206 204 211 212 3
2112 206 204 211 213 3
2113 204 206 209 210 3
2114 207 206 209 210 3
2115 208 206 209 210 3
2116 204 211 213 214 3
2117 204 211 213 215 3
2118 212 211 213 214 3
2119 212 211 213 215 3
2120 211 213 215 216 3
2121 211 213 215 217 3
2122 211 213 215 218 3
2123 214 213 215 216 3
2124 214 213 215 217 3
2125 214 213 215 218 3
2126 213 215 218 219 3
2127 213 215 218 220 3
2128 216 215 218 219 3
2129 216 215 218 220 3
2130 217 215 218 219 3
2131 217 215 218 220 3
2132 215 218 220 221 3
2133 215 218 220 222 3
2134 219 218 220 221 3
2135 219 218 220 222 3
2136 218 220 222 223 3
2137 218 220 222 226 3
2138 218 220 222 230 3
2139 221 220 222 223 3
2140 221 220 222 226 3
2141 221 220 222 230 3
2142 220 222 226 227 3
2143 220 222 226 228 3
2144 220 222 226 229 3
2145 223 222 226 227 3
2146 223 222 226 228 3
2147 223 222 226 229 3
2148 230 222 226 227 3
2149 230 222 226 228 3
2150 230 222 226 229 3
2151 220 222 230 231 3
2152 220 222 230 232 3
2153 223 222 230 231 3
2154 223 222 230 232 3
2155 226 222 230 231 3
2156 226 222 230 232 3
2157 222 230 232 233 3
2158 222 230 232 241 3
2159 231 230 232 233 3
2160 231 230 232 241 3
2161 230 232 233 234 3
2162 230 232 233 235 3
2163 230 232 233 244 3
2164 241 232 233 234 3
2165 241 232 233 235 3
2166 241 232 233 244 3
2167 230 232 241 238 3
2168 230 232 241 242 3
2169 230 232 241 243 3
2170 233 232 241 238 3
2171 233 232 241 242 3
2172 233 232 241 243 3
2173 232 233 235 236 3
2174 232 233 235 237 3
2175 232 233 235 238 3
2176 234 233 235 236 3
2177 234 233 235 237 3
2178 234 233 235 238 3
2179 244 233 235 236 3
2180 244 233 235 237 3
2181 244 233 235 238 3
2182 232 233 244 245 3
2183 232 233 244 246 3
2184 234 233 244 245 3
2185 234 233 244 246 3
2186 235 233 244 245 3
2187 235 233 244 246 3
2188 233 235 238 239 3
2189 233 235 238 240 3
2190 233 235 238 241 3
2191 236 235 238 239 3
2192 236 235 238 240 3
2193 236 235 238 241 3
2194 237 235 238 239 3
2195 237 235 238 240 3
2196 237 235 238 241 3
2197 235 238 241 232 3
2198 235 238 241 242 3
2199 235 238 241 243 3
2200 239 238 241 232 3
2201 239 238 241 242 3
2202 239 238 241 243 3
2203 240 238 241 232 3
2204 240 238 241 242 3
2205 240 238 241 243 3
2207 [ dihedrals ]
2208 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2209 7 29 27 28 1 improper_O_C_X_Y
2210 27 31 29 30 1 improper_Z_N_X_Y
2211 31 40 38 39 1 improper_O_C_X_Y
2212 38 42 40 41 1 improper_Z_N_X_Y
2213 42 47 45 46 1 improper_O_C_X_Y
2214 45 49 47 48 1 improper_Z_N_X_Y
2215 49 68 66 67 1 improper_O_C_X_Y
2216 51 54 57 55 1 improper_Z_CA_X_Y
2217 54 59 55 56 1 improper_Z_CA_X_Y
2218 54 61 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
2219 55 63 59 60 1 improper_Z_CA_X_Y
2220 57 63 61 62 1 improper_Z_CA_X_Y
2221 59 61 63 64 1 improper_Z_CA_X_Y
2222 66 70 68 69 1 improper_Z_N_X_Y
2223 70 80 78 79 1 improper_O_C_X_Y
2224 72 76 75 77 1 improper_O_C_X_Y
2225 78 82 80 81 1 improper_Z_N_X_Y
2226 82 92 90 91 1 improper_O_C_X_Y
2227 90 93 92 101 1 improper_Z_N_X_Y
2228 93 106 104 105 1 improper_O_C_X_Y
2229 104 108 106 107 1 improper_Z_N_X_Y
2230 108 126 124 125 1 improper_O_C_X_Y
2231 110 113 116 114 1 improper_Z_CA_X_Y
2232 113 118 114 115 1 improper_Z_CA_X_Y
2233 113 120 116 117 1 improper_Z_CA_X_Y
2234 114 122 118 119 1 improper_Z_CA_X_Y
2235 116 122 120 121 1 improper_Z_CA_X_Y
2236 118 120 122 123 1 improper_Z_CA_X_Y
2237 124 128 126 127 1 improper_Z_N_X_Y
2238 128 142 140 141 1 improper_O_C_X_Y
2239 140 144 142 143 1 improper_Z_N_X_Y
2240 144 165 163 164 1 improper_O_C_X_Y
2241 163 167 165 166 1 improper_Z_N_X_Y
2242 167 182 180 181 1 improper_O_C_X_Y
2243 169 172 174 173 1 improper_Z_CA_X_Y
2244 172 178 174 175 1 improper_Z_CA_X_Y
2245 173 178 176 177 1 improper_Z_CA_X_Y
2246 176 174 178 179 1 improper_Z_N_X_Y
2247 180 184 182 183 1 improper_Z_N_X_Y
2248 184 202 200 201 1 improper_O_C_X_Y
2249 200 204 202 203 1 improper_Z_N_X_Y
2250 204 213 211 212 1 improper_O_C_X_Y
2251 211 215 213 214 1 improper_Z_N_X_Y
2252 215 220 218 219 1 improper_O_C_X_Y
2253 218 222 220 221 1 improper_Z_N_X_Y
2254 222 232 230 231 1 improper_O_C_X_Y
2255 230 233 232 241 1 improper_Z_N_X_Y
2256 233 245 244 246 1 improper_O_C_X_Y
2258 [ virtual_sites3 ]
2259 ; ai aj ak al funct c0 c1
2260 3 7 1 2 1
2261 4 7 1 2 1
2262 23 18 21 22 1
2263 24 18 21 22 1
2264 86 82 84 85 1
2265 87 82 84 85 1
2266 136 130 134 135 1
2267 137 130 134 135 1
2268 153 146 151 152 1
2269 154 146 151 152 1
2270 159 148 157 158 1
2271 160 148 157 158 1
2272 190 186 188 189 1
2273 191 186 188 189 1
2274 196 186 194 195 1
2275 197 186 194 195 1
2276 226 222 224 225 1
2277 227 222 224 225 1
2279 [ virtual_sites3 ]
2280 ; ai aj ak al funct c0 c1
2281 30 29 27 31 2
2282 41 40 38 42 2
2283 48 47 45 49 2
2284 56 55 54 59 2
2285 58 57 54 61 2
2286 60 59 55 63 2
2287 62 61 57 63 2
2288 69 68 66 70 2
2289 81 80 78 82 2
2290 107 106 104 108 2
2291 115 114 113 118 2
2292 117 116 113 120 2
2293 119 118 114 122 2
2294 121 120 116 122 2
2295 123 122 118 120 2
2296 127 126 124 128 2
2297 143 142 140 144 2
2298 166 165 163 167 2
2299 175 174 172 178 2
2300 177 176 173 178 2
2301 179 178 174 176 2
2302 183 182 180 184 2
2303 203 202 200 204 2
2304 214 213 211 215 2
2305 221 220 218 222 2
2307 [ virtual_sites3 ]
2308 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2
2309 5 7 1 2 -4
2310 6 7 1 2 4
2311 10 9 7 12 4
2312 11 9 7 12 -4
2313 13 12 9 15 4
2314 14 12 9 15 -4
2315 16 15 12 18 4
2316 17 15 12 18 -4
2317 19 18 15 23 4
2318 20 18 15 23 -4
2319 25 18 21 22 -4
2320 26 18 21 22 4
2321 34 33 31 36 4
2322 35 33 31 36 -4
2323 43 42 40 45 4
2324 44 42 40 45 -4
2325 52 51 49 54 4
2326 53 51 49 54 -4
2327 73 72 70 75 4
2328 74 72 70 75 -4
2329 88 82 84 85 -4
2330 89 82 84 85 4
2331 96 95 93 98 4
2332 97 95 93 98 -4
2333 99 98 95 101 4
2334 100 98 95 101 -4
2335 102 101 92 98 4
2336 103 101 92 98 -4
2337 111 110 108 113 4
2338 112 110 108 113 -4
2339 138 130 134 135 -4
2340 139 130 134 135 4
2341 149 148 146 159 4
2342 150 148 146 159 -4
2343 155 146 151 152 -4
2344 156 146 151 152 4
2345 161 148 157 158 -4
2346 162 148 157 158 4
2347 170 169 167 172 4
2348 171 169 167 172 -4
2349 192 186 188 189 -4
2350 193 186 188 189 4
2351 198 186 194 195 -4
2352 199 186 194 195 4
2353 207 206 204 209 4
2354 208 206 204 209 -4
2355 216 215 213 218 4
2356 217 215 213 218 -4
2357 228 222 224 225 -4
2358 229 222 224 225 4
2359 236 235 233 238 4
2360 237 235 233 238 -4
2361 239 238 235 241 4
2362 240 238 235 241 -4
2363 242 241 232 238 4
2364 243 241 232 238 -4
2366 [ virtual_sites4 ]
2367 ; ai aj ak al am funct c0 c1 c2
2368 8 7 3 9 27 2
2369 32 31 29 33 38 2
2370 50 49 47 51 66 2
2371 71 70 68 72 78 2
2372 83 82 80 86 90 2
2373 94 93 92 95 104 2
2374 109 108 106 110 124 2
2375 129 128 126 130 140 2
2376 131 130 132 128 136 2
2377 145 144 142 146 163 2
2378 147 146 148 144 153 2
2379 168 167 165 169 180 2
2380 185 184 182 186 200 2
2381 187 186 184 190 196 2
2382 205 204 202 206 211 2
2383 223 222 220 226 230 2
2384 234 233 232 235 244 2
2386 ; Include Position restraint file
2387 #ifdef POSRES
2388 #include "posre.itp"
2389 #endif
2391 ; Include water topology
2392 #include "oplsaa.ff/tip5p.itp"
2394 #ifdef POSRES_WATER
2395 ; Position restraint for each water oxygen
2396 [ position_restraints ]
2397 ; i funct fcx fcy fcz
2398 1 1 1000 1000 1000
2399 #endif
2401 ; Include topology for ions
2402 #include "oplsaa.ff/ions.itp"
2404 [ system ]
2405 ; Name
2406 Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2408 [ molecules ]
2409 ; Compound #mols
2410 Protein 1
2411 ]]></String>
2412 </File>
2413 </OutputFiles>
2414 </ReferenceData>