src/gromacs/gmxpreprocess/tests/refdata/GetIrTest_AcceptsKeyWithoutValue.xml

   1 <?xml version="1.0"?>
   2 <?xml-stylesheet type="text/xsl" href="referencedata.xsl"?>
   3 <ReferenceData>
   4   <Bool Name="Error parsing mdp file">false</Bool>
   5   <String Name="OutputMdpFile">
   6 ; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS
   7 ; Preprocessor information: use cpp syntax.
   8 ; e.g.: -I/home/joe/doe -I/home/mary/roe
   9 include                  =
  10 ; e.g.: -DPOSRES -DFLEXIBLE (note these variable names are case sensitive)
  11 define                   =
  12
  13 ; RUN CONTROL PARAMETERS
  14 integrator               = md
  15 ; Start time and timestep in ps
  16 tinit                    = 0
  17 dt                       = 0.001
  18 nsteps                   = 0
  19 ; For exact run continuation or redoing part of a run
  20 init-step                = 0
  21 ; Part index is updated automatically on checkpointing (keeps files separate)
  22 simulation-part          = 1
  23 ; Multiple time-stepping
  24 mts                      = no
  25 ; mode for center of mass motion removal
  26 comm-mode                = Linear
  27 ; number of steps for center of mass motion removal
  28 nstcomm                  = 100
  29 ; group(s) for center of mass motion removal
  30 comm-grps                =
  31
  32 ; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS
  33 ; Friction coefficient (amu/ps) and random seed
  34 bd-fric                  = 0
  35 ld-seed                  = -1
  36
  37 ; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS
  38 ; Force tolerance and initial step-size
  39 emtol                    = 10
  40 emstep                   = 0.01
  41 ; Max number of iterations in relax-shells
  42 niter                    = 20
  43 ; Step size (ps^2) for minimization of flexible constraints
  44 fcstep                   = 0
  45 ; Frequency of steepest descents steps when doing CG
  46 nstcgsteep               = 1000
  47 nbfgscorr                = 10
  48
  49 ; TEST PARTICLE INSERTION OPTIONS
  50 rtpi                     = 0.05
  51
  52 ; OUTPUT CONTROL OPTIONS
  53 ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)
  54 nstxout                  = 0
  55 nstvout                  = 0
  56 nstfout                  = 0
  57 ; Output frequency for energies to log file and energy file
  58 nstlog                   = 1000
  59 nstcalcenergy            = 100
  60 nstenergy                = 1000
  61 ; Output frequency and precision for .xtc file
  62 nstxout-compressed       = 0
  63 compressed-x-precision   = 1000
  64 ; This selects the subset of atoms for the compressed
  65 ; trajectory file. You can select multiple groups. By
  66 ; default, all atoms will be written.
  67 compressed-x-grps        =
  68 ; Selection of energy groups
  69 energygrps               =
  70
  71 ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS
  72 ; cut-off scheme (Verlet: particle based cut-offs)
  73 cutoff-scheme            = Verlet
  74 ; nblist update frequency
  75 nstlist                  = 10
  76 ; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy
  77 pbc                      = xyz
  78 periodic-molecules       = no
  79 ; Allowed energy error due to the Verlet buffer in kJ/mol/ps per atom,
  80 ; a value of -1 means: use rlist
  81 verlet-buffer-tolerance  = 0.005
  82 ; nblist cut-off
  83 rlist                    = 1
  84 ; long-range cut-off for switched potentials
  85
  86 ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW
  87 ; Method for doing electrostatics
  88 coulombtype              = Cut-off
  89 coulomb-modifier         = Potential-shift-Verlet
  90 rcoulomb-switch          = 0
  91 rcoulomb                 = 1
  92 ; Relative dielectric constant for the medium and the reaction field
  93 epsilon-r                = 1
  94 epsilon-rf               = 0
  95 ; Method for doing Van der Waals
  96 vdw-type                 = Cut-off
  97 vdw-modifier             = Potential-shift-Verlet
  98 ; cut-off lengths
  99 rvdw-switch              = 0
 100 rvdw                     = 1
 101 ; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure
 102 DispCorr                 = No
 103 ; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off
 104 table-extension          = 1
 105 ; Separate tables between energy group pairs
 106 energygrp-table          =
 107 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
 108 fourierspacing           = 0.12
 109 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
 110 fourier-nx               = 0
 111 fourier-ny               = 0
 112 fourier-nz               = 0
 113 ; EWALD/PME/PPPM parameters
 114 pme-order                = 4
 115 ewald-rtol               = 1e-05
 116 ewald-rtol-lj            = 0.001
 117 lj-pme-comb-rule         = Geometric
 118 ewald-geometry           = 3d
 119 epsilon-surface          = 0
 120 implicit-solvent         = no
 121
 122 ; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS
 123 ; Temperature coupling
 124 tcoupl                   = No
 125 nsttcouple               = -1
 126 nh-chain-length          = 10
 127 print-nose-hoover-chain-variables = no
 128 ; Groups to couple separately
 129 tc-grps                  =
 130 ; Time constant (ps) and reference temperature (K)
 131 tau-t                    =
 132 ref-t                    =
 133 ; pressure coupling
 134 pcoupl                   = No
 135 pcoupltype               = Isotropic
 136 nstpcouple               = -1
 137 ; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
 138 tau-p                    = 1
 139 compressibility          =
 140 ref-p                    =
 141 ; Scaling of reference coordinates, No, All or COM
 142 refcoord-scaling         = No
 143
 144 ; OPTIONS FOR QMMM calculations
 145 QMMM                     = no
 146 ; Groups treated with MiMiC
 147 QMMM-grps                =
 148
 149 ; SIMULATED ANNEALING
 150 ; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
 151 annealing                =
 152 ; Number of time points to use for specifying annealing in each group
 153 annealing-npoints        =
 154 ; List of times at the annealing points for each group
 155 annealing-time           =
 156 ; Temp. at each annealing point, for each group.
 157 annealing-temp           =
 158
 159 ; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN
 160 gen-vel                  = no
 161 gen-temp                 = 300
 162 gen-seed                 = -1
 163
 164 ; OPTIONS FOR BONDS
 165 constraints              = none
 166 ; Type of constraint algorithm
 167 constraint-algorithm     = Lincs
 168 ; Do not constrain the start configuration
 169 continuation             = no
 170 ; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations
 171 Shake-SOR                = no
 172 ; Relative tolerance of shake
 173 shake-tol                = 0.0001
 174 ; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix
 175 lincs-order              = 4
 176 ; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for
 177 ; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.
 178 ; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.
 179 lincs-iter               = 1
 180 ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond
 181 ; rotates over more degrees than
 182 lincs-warnangle          = 30
 183 ; Convert harmonic bonds to morse potentials
 184 morse                    = no
 185
 186 ; ENERGY GROUP EXCLUSIONS
 187 ; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded
 188 energygrp-excl           =
 189
 190 ; WALLS
 191 ; Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor for Ewald
 192 nwall                    = 0
 193 wall-type                = 9-3
 194 wall-r-linpot            = -1
 195 wall-atomtype            =
 196 wall-density             =
 197 wall-ewald-zfac          = 3
 198
 199 ; COM PULLING
 200 pull                     = no
 201
 202 ; AWH biasing
 203 awh                      = no
 204
 205 ; ENFORCED ROTATION
 206 ; Enforced rotation: No or Yes
 207 rotation                 = no
 208
 209 ; Group to display and/or manipulate in interactive MD session
 210 IMD-group                =
 211
 212 ; NMR refinement stuff
 213 ; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble
 214 disre                    = No
 215 ; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal
 216 disre-weighting          = Conservative
 217 ; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation
 218 disre-mixed              = no
 219 disre-fc                 = 1000
 220 disre-tau                = 0
 221 ; Output frequency for pair distances to energy file
 222 nstdisreout              = 100
 223 ; Orientation restraints: No or Yes
 224 orire                    = no
 225 ; Orientation restraints force constant and tau for time averaging
 226 orire-fc                 = 0
 227 orire-tau                = 0
 228 orire-fitgrp             =
 229 ; Output frequency for trace(SD) and S to energy file
 230 nstorireout              = 100
 231
 232 ; Free energy variables
 233 free-energy              = no
 234 couple-moltype           =
 235 couple-lambda0           = vdw-q
 236 couple-lambda1           = vdw-q
 237 couple-intramol          = no
 238 init-lambda              = -1
 239 init-lambda-state        = -1
 240 delta-lambda             = 0
 241 nstdhdl                  = 50
 242 fep-lambdas              =
 243 mass-lambdas             =
 244 coul-lambdas             =
 245 vdw-lambdas              =
 246 bonded-lambdas           =
 247 restraint-lambdas        =
 248 temperature-lambdas      =
 249 calc-lambda-neighbors    = 1
 250 init-lambda-weights      =
 251 dhdl-print-energy        = no
 252 sc-alpha                 = 0
 253 sc-power                 = 1
 254 sc-r-power               = 6
 255 sc-sigma                 = 0.3
 256 sc-coul                  = no
 257 separate-dhdl-file       = yes
 258 dhdl-derivatives         = yes
 259 dh_hist_size             = 0
 260 dh_hist_spacing          = 0.1
 261
 262 ; Non-equilibrium MD stuff
 263 acc-grps                 =
 264 accelerate               =
 265 freezegrps               =
 266 freezedim                =
 267 cos-acceleration         = 0
 268 deform                   =
 269
 270 ; simulated tempering variables
 271 simulated-tempering      = no
 272 simulated-tempering-scaling = geometric
 273 sim-temp-low             = 300
 274 sim-temp-high            = 300
 275
 276 ; Ion/water position swapping for computational electrophysiology setups
 277 ; Swap positions along direction: no, X, Y, Z
 278 swapcoords               = no
 279 adress                   = no
 280
 281 ; User defined thingies
 282 user1-grps               =
 283 user2-grps               =
 284 userint1                 = 0
 285 userint2                 = 0
 286 userint3                 = 0
 287 userint4                 = 0
 288 userreal1                = 0
 289 userreal2                = 0
 290 userreal3                = 0
 291 userreal4                = 0
 292 ; Electric fields
 293 ; Format for electric-field-x, etc. is: four real variables:
 294 ; amplitude (V/nm), frequency omega (1/ps), time for the pulse peak (ps),
 295 ; and sigma (ps) width of the pulse. Omega = 0 means static field,
 296 ; sigma = 0 means no pulse, leaving the field to be a cosine function.
 297 electric-field-x         = 0 0 0 0
 298 electric-field-y         = 0 0 0 0
 299 electric-field-z         = 0 0 0 0
 300
 301 ; Density guided simulation
 302 density-guided-simulation-active = false
 303 </String>
 304 </ReferenceData>