Added cool quote from Viveca's defense
[gromacs.git] / share / top / amber99sb.ff / aminoacids.hdb
blob4df98139c95bc74bd705a48c8576ad5f740fcaab
1 HOH     1
2 2       7       HW      OW      
3 HO4     1
4 3       10      HW      OW      
5 ACE     1
6 3       4       HH3     CH3     C       O       
7 NME     2
8 1       1       H       N       -C      CH3     
9 3       4       HH3     CH3     N       -C
10 NHE     1
11 2       3       H       N       -C      -CA
12 NH2     1
13 2       3       H       N       -C      -CA
14 ALA     3
15 1       1       H       N       -C      CA      
16 1       5       HA      CA      N       CB      C       
17 3       4       HB      CB      CA      N       
18 GLY     2
19 1       1       H       N       -C      CA      
20 2       6       HA      CA      N       C       
21 SER     4
22 1       1       H       N       -C      CA      
23 1       5       HA      CA      N       CB      C       
24 2       6       HB      CB      CA      OG      
25 1       2       HG      OG      CB      CA      
26 THR     5
27 1       1       H       N       -C      CA      
28 1       5       HA      CA      N       CB      C       
29 1       5       HB      CB      CA      CG2     OG1     
30 3       4       HG2     CG2     CB      CA      
31 1       2       HG1     OG1     CB      CA      
32 LEU     6
33 1       1       H       N       -C      CA      
34 1       5       HA      CA      N       CB      C       
35 2       6       HB      CB      CA      CG      
36 1       5       HG      CG      CB      CD1     CD2     
37 3       4       HD1     CD1     CG      CB      
38 3       4       HD2     CD2     CG      CB      
39 ILE     6
40 1       1       H       N       -C      CA      
41 1       5       HA      CA      N       CB      C       
42 1       5       HB      CB      CA      CG2     CG1     
43 3       4       HG2     CG2     CB      CA      
44 2       6       HG1     CG1     CB      CD      
45 3       4       HD      CD      CG1     CB      
46 VAL     5
47 1       1       H       N       -C      CA      
48 1       5       HA      CA      N       CB      C       
49 1       5       HB      CB      CA      CG1     CG2     
50 3       4       HG1     CG1     CB      CA      
51 3       4       HG2     CG2     CB      CA      
52 ASN     4
53 1       1       H       N       -C      CA      
54 1       5       HA      CA      N       CB      C       
55 2       6       HB      CB      CA      CG      
56 2       3       HD2     ND2     CG      CB      
57 GLN     5
58 1       1       H       N       -C      CA      
59 1       5       HA      CA      N       CB      C       
60 2       6       HB      CB      CA      CG      
61 2       6       HG      CG      CB      CD      
62 2       3       HE2     NE2     CD      CG      
63 ARG     8
64 1       1       H       N       -C      CA      
65 1       5       HA      CA      N       CB      C       
66 2       6       HB      CB      CA      CG      
67 2       6       HG      CG      CB      CD      
68 2       6       HD      CD      CG      NE      
69 1       1       HE      NE      CD      CZ      
70 2       3       HH1     NH1     CZ      NE      
71 2       3       HH2     NH2     CZ      NE      
72 HID     6
73 1       1       H       N       -C      CA      
74 1       5       HA      CA      N       CB      C       
75 2       6       HB      CB      CA      CG      
76 1       1       HD1     ND1     CG      CE1     
77 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2     
78 1       1       HD2     CD2     CG      NE2     
79 HIE     6
80 1       1       H       N       -C      CA      
81 1       5       HA      CA      N       CB      C       
82 2       6       HB      CB      CA      CG      
83 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2     
84 1       1       HE2     NE2     CE1     CD2     
85 1       1       HD2     CD2     CG      NE2     
86 HIP     7
87 1       1       H       N       -C      CA      
88 1       5       HA      CA      N       CB      C       
89 2       6       HB      CB      CA      CG      
90 1       1       HD1     ND1     CG      CE1     
91 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2     
92 1       1       HE2     NE2     CE1     CD2     
93 1       1       HD2     CD2     CG      NE2     
94 TRP     9
95 1       1       H       N       -C      CA      
96 1       5       HA      CA      N       CB      C       
97 2       6       HB      CB      CA      CG      
98 1       1       HD1     CD1     CG      NE1     
99 1       1       HE1     NE1     CD1     CE2     
100 1       1       HZ2     CZ2     CE2     CH2     
101 1       1       HH2     CH2     CZ2     CZ3     
102 1       1       HZ3     CZ3     CH2     CE3     
103 1       1       HE3     CE3     CZ3     CD2     
104 PHE     8
105 1       1       H       N       -C      CA      
106 1       5       HA      CA      N       CB      C       
107 2       6       HB      CB      CA      CG      
108 1       1       HD1     CD1     CG      CE1     
109 1       1       HE1     CE1     CD1     CZ      
110 1       1       HZ      CZ      CE1     CE2     
111 1       1       HE2     CE2     CZ      CD2     
112 1       1       HD2     CD2     CG      CE2     
113 TYR     8
114 1       1       H       N       -C      CA      
115 1       5       HA      CA      N       CB      C       
116 2       6       HB      CB      CA      CG      
117 1       1       HD1     CD1     CG      CE1     
118 1       1       HE1     CE1     CD1     CZ      
119 1       2       HH      OH      CZ      CE1     
120 1       1       HE2     CE2     CZ      CD2     
121 1       1       HD2     CD2     CG      CE2     
122 GLU     4
123 1       1       H       N       -C      CA      
124 1       5       HA      CA      N       CB      C       
125 2       6       HB      CB      CA      CG      
126 2       6       HG      CG      CB      CD      
127 ASP     3
128 1       1       H       N       -C      CA      
129 1       5       HA      CA      N       CB      C       
130 2       6       HB      CB      CA      CG      
131 LYS     7
132 1       1       H       N       -C      CA      
133 1       5       HA      CA      N       CB      C       
134 2       6       HB      CB      CA      CG      
135 2       6       HG      CG      CB      CD      
136 2       6       HD      CD      CG      CE      
137 2       6       HE      CE      CD      NZ      
138 3       4       HZ      NZ      CE      CD      
139 ORN     6
140 1       1       H       N       -C      CA      
141 1       5       HA      CA      N       CB      C       
142 2       6       HB      CB      CA      CG      
143 2       6       HG      CG      CB      CD      
144 2       6       HD      CD      CG      NE      
145 3       4       HE      NE      CD      CG      
146 DAB     5
147 1       1       H       N       -C      CA      
148 1       5       HA      CA      N       CB      C       
149 2       6       HB      CB      CA      CG      
150 2       6       HG      CG      CB      ND      
151 3       4       HD      ND      CG      CB      
152 LYN     7
153 1       1       H       N       -C      CA      
154 1       5       HA      CA      N       CB      C       
155 2       6       HB      CB      CA      CG      
156 2       6       HG      CG      CB      CD      
157 2       6       HD      CD      CG      CE      
158 2       6       HE      CE      CD      NZ      
159 2       3       HZ      NZ      CE      CD      
160 PRO     4
161 2       6       HD      CD      N       CG      
162 2       6       HG      CG      CD      CB      
163 2       6       HB      CB      CG      CA      
164 1       5       HA      CA      N       CB      C       
165 HYP     5
166 2       6       HD2     CD2     N       CG      
167 1       5       HG      CG      CD2     OD1     CB      
168 1       2       HD1     OD1     CG      CD2     
169 2       6       HB      CB      CG      CA      
170 1       5       HA      CA      N       CB      C       
171 CYS     4
172 1       1       H       N       -C      CA      
173 1       5       HA      CA      N       CB      C       
174 2       6       HB      CB      CA      SG      
175 1       2       HG      SG      CB      CA      
176 CYM     3
177 1       1       H       N       -C      CA      
178 1       5       HA      CA      N       CB      C       
179 2       6       HB      CB      CA      SG      
180 CYX     3
181 1       1       H       N       -C      CA      
182 1       5       HA      CA      N       CB      C       
183 2       6       HB      CB      CA      SG      
184 CYS2    3
185 1       1       H       N       -C      CA      
186 1       5       HA      CA      N       CB      C       
187 2       6       HB      CB      CA      SG      
188 MET     5
189 1       1       H       N       -C      CA      
190 1       5       HA      CA      N       CB      C       
191 2       6       HB      CB      CA      CG      
192 2       6       HG      CG      CB      SD      
193 3       4       HE      CE      SD      CG      
194 ASH     4
195 1       1       H       N       -C      CA      
196 1       5       HA      CA      N       CB      C       
197 2       6       HB      CB      CA      CG      
198 1       2       HD2     OD2     CG      CB      
199 GLH     5
200 1       1       H       N       -C      CA      
201 1       5       HA      CA      N       CB      C       
202 2       6       HB      CB      CA      CG      
203 2       6       HG      CG      CB      CD      
204 1       2       HE2     OE2     CD      CG      
205 CALA    4
206 1       1       H       N       -C      CA      
207 1       5       HA      CA      N       CB      C       
208 3       4       HB      CB      CA      N       
209 1       1       OC1     C       CA      OC2
210 CGLY    3
211 1       1       H       N       -C      CA      
212 2       6       HA      CA      N       C       
213 1       1       OC1     C       CA      OC2
214 CSER    5
215 1       1       H       N       -C      CA      
216 1       5       HA      CA      N       CB      C       
217 2       6       HB      CB      CA      OG      
218 1       2       HG      OG      CB      CA      
219 1       1       OC1     C       CA      OC2
220 CTHR    6
221 1       1       H       N       -C      CA      
222 1       5       HA      CA      N       CB      C       
223 1       5       HB      CB      CA      CG2     OG1     
224 3       4       HG2     CG2     CB      CA      
225 1       2       HG1     OG1     CB      CA      
226 1       1       OC1     C       CA      OC2
227 CLEU    7
228 1       1       H       N       -C      CA      
229 1       5       HA      CA      N       CB      C       
230 2       6       HB      CB      CA      CG      
231 1       5       HG      CG      CB      CD1     CD2     
232 3       4       HD1     CD1     CG      CB      
233 3       4       HD2     CD2     CG      CB      
234 1       1       OC1     C       CA      OC2
235 CILE    7
236 1       1       H       N       -C      CA      
237 1       5       HA      CA      N       CB      C       
238 1       5       HB      CB      CA      CG2     CG1     
239 3       4       HG2     CG2     CB      CA      
240 2       6       HG1     CG1     CB      CD      
241 3       4       HD      CD      CG1     CB      
242 1       1       OC1     C       CA      OC2
243 CVAL    6
244 1       1       H       N       -C      CA      
245 1       5       HA      CA      N       CB      C       
246 1       5       HB      CB      CA      CG1     CG2     
247 3       4       HG1     CG1     CB      CA      
248 3       4       HG2     CG2     CB      CA      
249 1       1       OC1     C       CA      OC2
250 CASN    5
251 1       1       H       N       -C      CA      
252 1       5       HA      CA      N       CB      C       
253 2       6       HB      CB      CA      CG      
254 2       3       HD2     ND2     CG      CB      
255 1       1       OC1     C       CA      OC2
256 CGLN    6
257 1       1       H       N       -C      CA      
258 1       5       HA      CA      N       CB      C       
259 2       6       HB      CB      CA      CG      
260 2       6       HG      CG      CB      CD      
261 2       3       HE2     NE2     CD      CG      
262 1       1       OC1     C       CA      OC2
263 CARG    9
264 1       1       H       N       -C      CA      
265 1       5       HA      CA      N       CB      C       
266 2       6       HB      CB      CA      CG      
267 2       6       HG      CG      CB      CD      
268 2       6       HD      CD      CG      NE      
269 1       1       HE      NE      CD      CZ      
270 2       3       HH1     NH1     CZ      NE      
271 2       3       HH2     NH2     CZ      NE      
272 1       1       OC1     C       CA      OC2
273 CHID    7
274 1       1       H       N       -C      CA      
275 1       5       HA      CA      N       CB      C       
276 2       6       HB      CB      CA      CG      
277 1       1       HD1     ND1     CG      CE1     
278 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2     
279 1       1       HD2     CD2     CG      NE2     
280 1       1       OC1     C       CA      OC2
281 CHIE    7
282 1       1       H       N       -C      CA      
283 1       5       HA      CA      N       CB      C       
284 2       6       HB      CB      CA      CG      
285 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2     
286 1       1       HE2     NE2     CE1     CD2     
287 1       1       HD2     CD2     CG      NE2     
288 1       1       OC1     C       CA      OC2
289 CHIP    8
290 1       1       H       N       -C      CA      
291 1       5       HA      CA      N       CB      C       
292 2       6       HB      CB      CA      CG      
293 1       1       HD1     ND1     CG      CE1     
294 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2     
295 1       1       HE2     NE2     CE1     CD2     
296 1       1       HD2     CD2     CG      NE2     
297 1       1       OC1     C       CA      OC2
298 CTRP    10
299 1       1       H       N       -C      CA      
300 1       5       HA      CA      N       CB      C       
301 2       6       HB      CB      CA      CG      
302 1       1       HD1     CD1     CG      NE1     
303 1       1       HE1     NE1     CD1     CE2     
304 1       1       HZ2     CZ2     CE2     CH2     
305 1       1       HH2     CH2     CZ2     CZ3     
306 1       1       HZ3     CZ3     CH2     CE3     
307 1       1       HE3     CE3     CZ3     CD2     
308 1       1       OC1     C       CA      OC2
309 CPHE    9
310 1       1       H       N       -C      CA      
311 1       5       HA      CA      N       CB      C       
312 2       6       HB      CB      CA      CG      
313 1       1       HD1     CD1     CG      CE1     
314 1       1       HE1     CE1     CD1     CZ      
315 1       1       HZ      CZ      CE1     CE2     
316 1       1       HE2     CE2     CZ      CD2     
317 1       1       HD2     CD2     CG      CE2     
318 1       1       OC1     C       CA      OC2
319 CTYR    9
320 1       1       H       N       -C      CA      
321 1       5       HA      CA      N       CB      C       
322 2       6       HB      CB      CA      CG      
323 1       1       HD1     CD1     CG      CE1     
324 1       1       HE1     CE1     CD1     CZ      
325 1       2       HH      OH      CZ      CE1     
326 1       1       HE2     CE2     CZ      CD2     
327 1       1       HD2     CD2     CG      CE2     
328 1       1       OC1     C       CA      OC2
329 CGLU    5
330 1       1       H       N       -C      CA      
331 1       5       HA      CA      N       CB      C       
332 2       6       HB      CB      CA      CG      
333 2       6       HG      CG      CB      CD      
334 1       1       OC1     C       CA      OC2
335 CASP    4
336 1       1       H       N       -C      CA      
337 1       5       HA      CA      N       CB      C       
338 2       6       HB      CB      CA      CG      
339 1       1       OC1     C       CA      OC2
340 CLYS    8
341 1       1       H       N       -C      CA      
342 1       5       HA      CA      N       CB      C       
343 2       6       HB      CB      CA      CG      
344 2       6       HG      CG      CB      CD      
345 2       6       HD      CD      CG      CE      
346 2       6       HE      CE      CD      NZ      
347 3       4       HZ      NZ      CE      CD      
348 1       1       OC1     C       CA      OC2
349 CPRO    5
350 2       6       HD      CD      N       CG      
351 2       6       HG      CG      CD      CB      
352 2       6       HB      CB      CG      CA      
353 1       5       HA      CA      N       CB      C       
354 1       1       OC1     C       CA      OC2
355 CCYS    5
356 1       1       H       N       -C      CA      
357 1       5       HA      CA      N       CB      C       
358 2       6       HB      CB      CA      SG      
359 1       2       HG      SG      CB      CA      
360 1       1       OC1     C       CA      OC2
361 CCYX    4
362 1       1       H       N       -C      CA      
363 1       5       HA      CA      N       CB      C       
364 2       6       HB      CB      CA      SG      
365 1       1       OC1     C       CA      OC2
366 CMET    6
367 1       1       H       N       -C      CA      
368 1       5       HA      CA      N       CB      C       
369 2       6       HB      CB      CA      CG      
370 2       6       HG      CG      CB      SD      
371 3       4       HE      CE      SD      CG      
372 1       1       OC1     C       CA      OC2
373 NALA    3
374 3       4       H       N       CA      CB      
375 1       5       HA      CA      N       CB      C       
376 3       4       HB      CB      CA      N       
377 NGLY    2
378 3       4       H       N       CA      C       
379 2       6       HA      CA      N       C       
380 NSER    4
381 3       4       H       N       CA      CB      
382 1       5       HA      CA      N       CB      C       
383 2       6       HB      CB      CA      OG      
384 1       2       HG      OG      CB      CA      
385 NTHR    5
386 3       4       H       N       CA      CB      
387 1       5       HA      CA      N       CB      C       
388 1       5       HB      CB      CA      CG2     OG1     
389 3       4       HG2     CG2     CB      CA      
390 1       2       HG1     OG1     CB      CA      
391 NLEU    6
392 3       4       H       N       CA      CB      
393 1       5       HA      CA      N       CB      C       
394 2       6       HB      CB      CA      CG      
395 1       5       HG      CG      CB      CD1     CD2     
396 3       4       HD1     CD1     CG      CB      
397 3       4       HD2     CD2     CG      CB      
398 NILE    6
399 3       4       H       N       CA      CB      
400 1       5       HA      CA      N       CB      C       
401 1       5       HB      CB      CA      CG2     CG1     
402 3       4       HG2     CG2     CB      CA      
403 2       6       HG1     CG1     CB      CD      
404 3       4       HD      CD      CG1     CB      
405 NVAL    5
406 3       4       H       N       CA      CB      
407 1       5       HA      CA      N       CB      C       
408 1       5       HB      CB      CA      CG1     CG2     
409 3       4       HG1     CG1     CB      CA      
410 3       4       HG2     CG2     CB      CA      
411 NASN    4
412 3       4       H       N       CA      CB      
413 1       5       HA      CA      N       CB      C       
414 2       6       HB      CB      CA      CG      
415 2       3       HD2     ND2     CG      CB      
416 NGLN    5
417 3       4       H       N       CA      CB      
418 1       5       HA      CA      N       CB      C       
419 2       6       HB      CB      CA      CG      
420 2       6       HG      CG      CB      CD      
421 2       3       HE2     NE2     CD      CG      
422 NARG    8
423 3       4       H       N       CA      CB      
424 1       5       HA      CA      N       CB      C       
425 2       6       HB      CB      CA      CG      
426 2       6       HG      CG      CB      CD      
427 2       6       HD      CD      CG      NE      
428 1       1       HE      NE      CD      CZ      
429 2       3       HH1     NH1     CZ      NE      
430 2       3       HH2     NH2     CZ      NE      
431 NHID    6
432 3       4       H       N       CA      CB      
433 1       5       HA      CA      N       CB      C       
434 2       6       HB      CB      CA      CG      
435 1       1       HD1     ND1     CG      CE1     
436 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2     
437 1       1       HD2     CD2     CG      NE2     
438 NHIE    6
439 3       4       H       N       CA      CB      
440 1       5       HA      CA      N       CB      C       
441 2       6       HB      CB      CA      CG      
442 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2     
443 1       1       HE2     NE2     CE1     CD2     
444 1       1       HD2     CD2     CG      NE2     
445 NHIP    7
446 3       4       H       N       CA      CB      
447 1       5       HA      CA      N       CB      C       
448 2       6       HB      CB      CA      CG      
449 1       1       HD1     ND1     CG      CE1     
450 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2     
451 1       1       HE2     NE2     CE1     CD2     
452 1       1       HD2     CD2     CG      NE2     
453 NTRP    9
454 3       4       H       N       CA      CB      
455 1       5       HA      CA      N       CB      C       
456 2       6       HB      CB      CA      CG      
457 1       1       HD1     CD1     CG      NE1     
458 1       1       HE1     NE1     CD1     CE2     
459 1       1       HZ2     CZ2     CE2     CH2     
460 1       1       HH2     CH2     CZ2     CZ3     
461 1       1       HZ3     CZ3     CH2     CE3     
462 1       1       HE3     CE3     CZ3     CD2     
463 NPHE    8
464 3       4       H       N       CA      CB      
465 1       5       HA      CA      N       CB      C       
466 2       6       HB      CB      CA      CG      
467 1       1       HD1     CD1     CG      CE1     
468 1       1       HE1     CE1     CD1     CZ      
469 1       1       HZ      CZ      CE1     CE2     
470 1       1       HE2     CE2     CZ      CD2     
471 1       1       HD2     CD2     CG      CE2     
472 NTYR    8
473 3       4       H       N       CA      CB      
474 1       5       HA      CA      N       CB      C       
475 2       6       HB      CB      CA      CG      
476 1       1       HD1     CD1     CG      CE1     
477 1       1       HE1     CE1     CD1     CZ      
478 1       2       HH      OH      CZ      CE1     
479 1       1       HE2     CE2     CZ      CD2     
480 1       1       HD2     CD2     CG      CE2     
481 NGLU    4
482 3       4       H       N       CA      CB      
483 1       5       HA      CA      N       CB      C       
484 2       6       HB      CB      CA      CG      
485 2       6       HG      CG      CB      CD      
486 NASP    3
487 3       4       H       N       CA      CB      
488 1       5       HA      CA      N       CB      C       
489 2       6       HB      CB      CA      CG      
490 NLYS    7
491 3       4       H       N       CA      CB      
492 1       5       HA      CA      N       CB      C       
493 2       6       HB      CB      CA      CG      
494 2       6       HG      CG      CB      CD      
495 2       6       HD      CD      CG      CE      
496 2       6       HE      CE      CD      NZ      
497 3       4       HZ      NZ      CE      CD      
498 NPRO    5
499 2       6       H       N       CA      CD      
500 2       6       HD      CD      N       CG      
501 2       6       HG      CG      CD      CB      
502 2       6       HB      CB      CG      CA      
503 1       5       HA      CA      N       CB      C       
504 NCYS    4
505 3       4       H       N       CA      CB      
506 1       5       HA      CA      N       CB      C       
507 2       6       HB      CB      CA      SG      
508 1       2       HG      SG      CB      CA      
509 NCYX    3
510 3       4       H       N       CA      CB      
511 1       5       HA      CA      N       CB      C       
512 2       6       HB      CB      CA      SG      
513 NMET    5
514 3       4       H       N       CA      CB      
515 1       5       HA      CA      N       CB      C       
516 2       6       HB      CB      CA      CG      
517 2       6       HG      CG      CB      SD      
518 3       4       HE      CE      SD      CG