Added cool quote from Viveca's defense
[gromacs.git] / share / top / amber99sb.ff / dna.rtp
blobc237514743953d4095f15e8fec3dfef3c6b8d0c2
1 [ bondedtypes ]
2 ; Column 1 : default bondtype
3 ; Column 2 : default angletype
4 ; Column 3 : default proper dihedraltype
5 ; Column 4 : default improper dihedraltype
6 ; Column 5 : This controls the generation of dihedrals from the bonding.
7 ;            All possible dihedrals are generated automatically. A value of
8 ;            1 here means that all these are retained. A value of
9 ;            0 here requires generated dihedrals be removed if
10 ;              * there are any dihedrals on the same central atoms
11 ;                specified in the residue topology, or
12 ;              * there are other identical generated dihedrals
13 ;                sharing the same central atoms, or
14 ;              * there are other generated dihedrals sharing the
15 ;                same central bond that have fewer hydrogen atoms
16 ; Column 6 : number of neighbors to exclude from non-bonded interactions
17 ; Column 7 : 1 = generate 1,4 interactions between pairs of hydrogen atoms
18 ;            0 = do not generate such
19 ; Column 8 : 1 = remove proper dihedrals if found centered on the same
20 ;                bond as an improper dihedral
21 ;            0 = do not generate such
22 ; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih
23      1       1          9          4        1         3      1     0
25                  
26 ; 5' (XXF), 3' (XXT), non-terminal (XX), and monomer (XXN) nuc's 
28 [ DA5 ]
29  [ atoms ]
30    H5T    HO            0.44220     1
31    O5'    OH           -0.63180     2
32    C5'    CT           -0.00690     3
33   H5'1    H1            0.07540     4
34   H5'2    H1            0.07540     5
35    C4'    CT            0.16290     6
36    H4'    H1            0.11760     7
37    O4'    OS           -0.36910     8
38    C1'    CT            0.04310     9
39    H1'    H2            0.18380    10
40     N9    N*           -0.02680    11
41     C8    CK            0.16070    12
42     H8    H5            0.18770    13
43     N7    NB           -0.61750    14
44     C5    CB            0.07250    15
45     C6    CA            0.68970    16
46     N6    N2           -0.91230    17
47    H61    H             0.41670    18
48    H62    H             0.41670    19
49     N1    NC           -0.76240    20
50     C2    CQ            0.57160    21
51     H2    H5            0.05980    22
52     N3    NC           -0.74170    23
53     C4    CB            0.38000    24
54    C3'    CT            0.07130    25
55    H3'    H1            0.09850    26
56    C2'    CT           -0.08540    27
57   H2'1    HC            0.07180    28
58   H2'2    HC            0.07180    29
59    O3'    OS           -0.52320    30
60  [ bonds ]
61    H5T   O5'
62    O5'   C5'
63    C5'  H5'1
64    C5'  H5'2
65    C5'   C4'
66    C4'   H4'
67    C4'   O4'
68    C4'   C3'
69    O4'   C1'
70    C1'   H1'
71    C1'    N9
72    C1'   C2'
73     N9    C8
74     N9    C4
75     C8    H8
76     C8    N7
77     N7    C5
78     C5    C6
79     C5    C4
80     C6    N6
81     C6    N1
82     N6   H61
83     N6   H62
84     N1    C2
85     C2    H2
86     C2    N3
87     N3    C4
88    C3'   H3'
89    C3'   C2'
90    C3'   O3'
91    C2'  H2'1
92    C2'  H2'2
93  [ impropers ]
94     C4    C8    N9   C1'
95     C6   H61    N6   H62
96     N9    N7    C8    H8
97     N1    N3    C2    H2
98     C5    N6    C6    N1
99                         
100 [ DA ]
101  [ atoms ]
102      P    P             1.16590     1
103    O1P    O2           -0.77610     2
104    O2P    O2           -0.77610     3
105    O5'    OS           -0.49540     4
106    C5'    CT           -0.00690     5
107   H5'1    H1            0.07540     6
108   H5'2    H1            0.07540     7
109    C4'    CT            0.16290     8
110    H4'    H1            0.11760     9
111    O4'    OS           -0.36910    10
112    C1'    CT            0.04310    11
113    H1'    H2            0.18380    12
114     N9    N*           -0.02680    13
115     C8    CK            0.16070    14
116     H8    H5            0.18770    15
117     N7    NB           -0.61750    16
118     C5    CB            0.07250    17
119     C6    CA            0.68970    18
120     N6    N2           -0.91230    19
121    H61    H             0.41670    20
122    H62    H             0.41670    21
123     N1    NC           -0.76240    22
124     C2    CQ            0.57160    23
125     H2    H5            0.05980    24
126     N3    NC           -0.74170    25
127     C4    CB            0.38000    26
128    C3'    CT            0.07130    27
129    H3'    H1            0.09850    28
130    C2'    CT           -0.08540    29
131   H2'1    HC            0.07180    30
132   H2'2    HC            0.07180    31
133    O3'    OS           -0.52320    32
134  [ bonds ]
135      P   O1P
136      P   O2P
137      P   O5'
138    O5'   C5'
139    C5'  H5'1
140    C5'  H5'2
141    C5'   C4'
142    C4'   H4'
143    C4'   O4'
144    C4'   C3'
145    O4'   C1'
146    C1'   H1'
147    C1'    N9
148    C1'   C2'
149     N9    C8
150     N9    C4
151     C8    H8
152     C8    N7
153     N7    C5
154     C5    C6
155     C5    C4
156     C6    N6
157     C6    N1
158     N6   H61
159     N6   H62
160     N1    C2
161     C2    H2
162     C2    N3
163     N3    C4
164    C3'   H3'
165    C3'   C2'
166    C3'   O3'
167    C2'  H2'1
168    C2'  H2'2
169   -O3'     P
170  [ impropers ]
171     C4    C8    N9   C1'  
172     C6   H61    N6   H62
173     N9    N7    C8    H8
174     N1    N3    C2    H2
175     C5    N6    C6    N1  
176                         
177 [ DA3 ]
178  [ atoms ]
179      P    P             1.16590     1
180    O1P    O2           -0.77610     2
181    O2P    O2           -0.77610     3
182    O5'    OS           -0.49540     4
183    C5'    CT           -0.00690     5
184   H5'1    H1            0.07540     6
185   H5'2    H1            0.07540     7
186    C4'    CT            0.16290     8
187    H4'    H1            0.11760     9
188    O4'    OS           -0.36910    10
189    C1'    CT            0.04310    11
190    H1'    H2            0.18380    12
191     N9    N*           -0.02680    13
192     C8    CK            0.16070    14
193     H8    H5            0.18770    15
194     N7    NB           -0.61750    16
195     C5    CB            0.07250    17
196     C6    CA            0.68970    18
197     N6    N2           -0.91230    19
198    H61    H             0.41670    20
199    H62    H             0.41670    21
200     N1    NC           -0.76240    22
201     C2    CQ            0.57160    23
202     H2    H5            0.05980    24
203     N3    NC           -0.74170    25
204     C4    CB            0.38000    26
205    C3'    CT            0.07130    27
206    H3'    H1            0.09850    28
207    C2'    CT           -0.08540    29
208   H2'1    HC            0.07180    30
209   H2'2    HC            0.07180    31
210    O3'    OH           -0.65490    32
211    H3T    HO            0.43960    33
212  [ bonds ]
213      P   O1P
214      P   O2P
215      P   O5'
216    O5'   C5'
217    C5'  H5'1
218    C5'  H5'2
219    C5'   C4'
220    C4'   H4'
221    C4'   O4'
222    C4'   C3'
223    O4'   C1'
224    C1'   H1'
225    C1'    N9
226    C1'   C2'
227     N9    C8
228     N9    C4
229     C8    H8
230     C8    N7
231     N7    C5
232     C5    C6
233     C5    C4
234     C6    N6
235     C6    N1
236     N6   H61
237     N6   H62
238     N1    C2
239     C2    H2
240     C2    N3
241     N3    C4
242    C3'   H3'
243    C3'   C2'
244    C3'   O3'
245    C2'  H2'1
246    C2'  H2'2
247    O3'   H3T
248   -O3'     P
249  [ impropers ]
250     C4    C8    N9   C1'  
251     C6   H61    N6   H62
252     N9    N7    C8    H8
253     N1    N3    C2    H2
254     C5    N6    C6    N1  
256 [ DAN ]
257  [ atoms ]
258    H5T    HO            0.44220     1
259    O5'    OH           -0.63180     2
260    C5'    CT           -0.00690     3
261   H5'1    H1            0.07540     4
262   H5'2    H1            0.07540     5
263    C4'    CT            0.16290     6
264    H4'    H1            0.11760     7
265    O4'    OS           -0.36910     8
266    C1'    CT            0.04310     9
267    H1'    H2            0.18380    10
268     N9    N*           -0.02680    11
269     C8    CK            0.16070    12
270     H8    H5            0.18770    13
271     N7    NB           -0.61750    14
272     C5    CB            0.07250    15
273     C6    CA            0.68970    16
274     N6    N2           -0.91230    17
275    H61    H             0.41670    18
276    H62    H             0.41670    19
277     N1    NC           -0.76240    20
278     C2    CQ            0.57160    21
279     H2    H5            0.05980    22
280     N3    NC           -0.74170    23
281     C4    CB            0.38000    24
282    C3'    CT            0.07130    25
283    H3'    H1            0.09850    26
284    C2'    CT           -0.08540    27
285   H2'1    HC            0.07180    28
286   H2'2    HC            0.07180    29
287    O3'    OH           -0.65490    30
288    H3T    HO            0.43960    31
289  [ bonds ]
290    H5T   O5'
291    O5'   C5'
292    C5'  H5'1
293    C5'  H5'2
294    C5'   C4'
295    C4'   H4'
296    C4'   O4'
297    C4'   C3'
298    O4'   C1'
299    C1'   H1'
300    C1'    N9
301    C1'   C2'
302     N9    C8
303     N9    C4
304     C8    H8
305     C8    N7
306     N7    C5
307     C5    C6
308     C5    C4
309     C6    N6
310     C6    N1
311     N6   H61
312     N6   H62
313     N1    C2
314     C2    H2
315     C2    N3
316     N3    C4
317    C3'   H3'
318    C3'   C2'
319    C3'   O3'
320    C2'  H2'1
321    C2'  H2'2
322    O3'   H3T
323  [ impropers ]
324     C4    C8    N9   C1'
325     C6   H61    N6   H62
326     N9    N7    C8    H8
327     N1    N3    C2    H2
328     C5    N6    C6    N1
331                  
332 [ DT5 ]
333  [ atoms ]
334    H5T    HO            0.44220     1
335    O5'    OH           -0.63180     2
336    C5'    CT           -0.00690     3
337   H5'1    H1            0.07540     4
338   H5'2    H1            0.07540     5
339    C4'    CT            0.16290     6
340    H4'    H1            0.11760     7
341    O4'    OS           -0.36910     8
342    C1'    CT            0.06800     9
343    H1'    H2            0.18040    10
344     N1    N*           -0.02390    11
345     C6    CM           -0.22090    12
346     H6    H4            0.26070    13
347     C5    CM            0.00250    14
348     C7    CT           -0.22690    15
349    H71    HC            0.07700    16
350    H72    HC            0.07700    17
351    H73    HC            0.07700    18
352     C4    C             0.51940    19
353     O4    O            -0.55630    20
354     N3    NA           -0.43400    21
355     H3    H             0.34200    22
356     C2    C             0.56770    23
357     O2    O            -0.58810    24
358    C3'    CT            0.07130    25
359    H3'    H1            0.09850    26
360    C2'    CT           -0.08540    27
361   H2'1    HC            0.07180    28
362   H2'2    HC            0.07180    29
363    O3'    OS           -0.52320    30
364  [ bonds ]
365    H5T   O5'
366    O5'   C5'
367    C5'  H5'1
368    C5'  H5'2
369    C5'   C4'
370    C4'   H4'
371    C4'   O4'
372    C4'   C3'
373    O4'   C1'
374    C1'   H1'
375    C1'    N1
376    C1'   C2'
377     N1    C6
378     N1    C2
379     C6    H6
380     C6    C5
381     C5    C7
382     C5    C4
383     C7   H71
384     C7   H72
385     C7   H73
386     C4    O4
387     C4    N3
388     N3    H3
389     N3    C2
390     C2    O2
391    C3'   H3'
392    C3'   C2'
393    C3'   O3'
394    C2'  H2'1
395    C2'  H2'2
396  [ impropers ]
397     C2    C6    N1   C1'
398     C4    C6    C5    C7
399     N1    N3    C2    O2
400     C5    N3    C4    O4
401     C4    C2    N3    H3  
402     N1    C5    C6    H6
403                         
404 [ DT ]
405  [ atoms ]
406      P    P             1.16590     1
407    O1P    O2           -0.77610     2
408    O2P    O2           -0.77610     3
409    O5'    OS           -0.49540     4
410    C5'    CT           -0.00690     5
411   H5'1    H1            0.07540     6
412   H5'2    H1            0.07540     7
413    C4'    CT            0.16290     8
414    H4'    H1            0.11760     9
415    O4'    OS           -0.36910    10
416    C1'    CT            0.06800    11
417    H1'    H2            0.18040    12
418     N1    N*           -0.02390    13
419     C6    CM           -0.22090    14
420     H6    H4            0.26070    15
421     C5    CM            0.00250    16
422     C7    CT           -0.22690    17
423    H71    HC            0.07700    18
424    H72    HC            0.07700    19
425    H73    HC            0.07700    20
426     C4    C             0.51940    21
427     O4    O            -0.55630    22
428     N3    NA           -0.43400    23
429     H3    H             0.34200    24
430     C2    C             0.56770    25
431     O2    O            -0.58810    26
432    C3'    CT            0.07130    27
433    H3'    H1            0.09850    28
434    C2'    CT           -0.08540    29
435   H2'1    HC            0.07180    30
436   H2'2    HC            0.07180    31
437    O3'    OS           -0.52320    32
438  [ bonds ]
439      P   O1P
440      P   O2P
441      P   O5'
442    O5'   C5'
443    C5'  H5'1
444    C5'  H5'2
445    C5'   C4'
446    C4'   H4'
447    C4'   O4'
448    C4'   C3'
449    O4'   C1'
450    C1'   H1'
451    C1'    N1
452    C1'   C2'
453     N1    C6
454     N1    C2
455     C6    H6
456     C6    C5
457     C5    C7
458     C5    C4
459     C7   H71
460     C7   H72
461     C7   H73
462     C4    O4
463     C4    N3
464     N3    H3
465     N3    C2
466     C2    O2
467    C3'   H3'
468    C3'   C2'
469    C3'   O3'
470    C2'  H2'1
471    C2'  H2'2
472   -O3'     P
473  [ impropers ]
474     C2    C6    N1   C1'
475     C4    C6    C5    C7
476     N1    N3    C2    O2
477     C5    N3    C4    O4
478     C4    C2    N3    H3  
479     N1    C5    C6    H6
480                         
481 [ DT3 ]
482  [ atoms ]
483      P    P             1.16590     1
484    O1P    O2           -0.77610     2
485    O2P    O2           -0.77610     3
486    O5'    OS           -0.49540     4
487    C5'    CT           -0.00690     5
488   H5'1    H1            0.07540     6
489   H5'2    H1            0.07540     7
490    C4'    CT            0.16290     8
491    H4'    H1            0.11760     9
492    O4'    OS           -0.36910    10
493    C1'    CT            0.06800    11
494    H1'    H2            0.18040    12
495     N1    N*           -0.02390    13
496     C6    CM           -0.22090    14
497     H6    H4            0.26070    15
498     C5    CM            0.00250    16
499     C7    CT           -0.22690    17
500    H71    HC            0.07700    18
501    H72    HC            0.07700    19
502    H73    HC            0.07700    20
503     C4    C             0.51940    21
504     O4    O            -0.55630    22
505     N3    NA           -0.43400    23
506     H3    H             0.34200    24
507     C2    C             0.56770    25
508     O2    O            -0.58810    26
509    C3'    CT            0.07130    27
510    H3'    H1            0.09850    28
511    C2'    CT           -0.08540    29
512   H2'1    HC            0.07180    30
513   H2'2    HC            0.07180    31
514    O3'    OH           -0.65490    32
515    H3T    HO            0.43960    33
516  [ bonds ]
517      P   O1P
518      P   O2P
519      P   O5'
520    O5'   C5'
521    C5'  H5'1
522    C5'  H5'2
523    C5'   C4'
524    C4'   H4'
525    C4'   O4'
526    C4'   C3'
527    O4'   C1'
528    C1'   H1'
529    C1'    N1
530    C1'   C2'
531     N1    C6
532     N1    C2
533     C6    H6
534     C6    C5
535     C5    C7
536     C5    C4
537     C7   H71
538     C7   H72
539     C7   H73
540     C4    O4
541     C4    N3
542     N3    H3
543     N3    C2
544     C2    O2
545    C3'   H3'
546    C3'   C2'
547    C3'   O3'
548    C2'  H2'1
549    C2'  H2'2
550    O3'   H3T
551   -O3'     P
552  [ impropers ]
553     C2    C6    N1   C1'
554     C4    C6    C5    C7
555     N1    N3    C2    O2
556     C5    N3    C4    O4
557     C4    C2    N3    H3  
558     N1    C5    C6    H6
559                         
560 [ DTN ]
561  [ atoms ]
562    H5T    HO            0.44220     1
563    O5'    OH           -0.63180     2
564    C5'    CT           -0.00690     3
565   H5'1    H1            0.07540     4
566   H5'2    H1            0.07540     5
567    C4'    CT            0.16290     6
568    H4'    H1            0.11760     7
569    O4'    OS           -0.36910     8
570    C1'    CT            0.06800     9
571    H1'    H2            0.18040    10
572     N1    N*           -0.02390    11
573     C6    CM           -0.22090    12
574     H6    H4            0.26070    13
575     C5    CM            0.00250    14
576     C7    CT           -0.22690    15
577    H71    HC            0.07700    16
578    H72    HC            0.07700    17
579    H73    HC            0.07700    18
580     C4    C             0.51940    19
581     O4    O            -0.55630    20
582     N3    NA           -0.43400    21
583     H3    H             0.34200    22
584     C2    C             0.56770    23
585     O2    O            -0.58810    24
586    C3'    CT            0.07130    25
587    H3'    H1            0.09850    26
588    C2'    CT           -0.08540    27
589   H2'1    HC            0.07180    28
590   H2'2    HC            0.07180    29
591    O3'    OH           -0.65490    30
592    H3T    HO            0.43960    31
593  [ bonds ]
594    H5T   O5'
595    O5'   C5'
596    C5'  H5'1
597    C5'  H5'2
598    C5'   C4'
599    C4'   H4'
600    C4'   O4'
601    C4'   C3'
602    O4'   C1'
603    C1'   H1'
604    C1'    N1
605    C1'   C2'
606     N1    C6
607     N1    C2
608     C6    H6
609     C6    C5
610     C5    C7
611     C5    C4
612     C7   H71
613     C7   H72
614     C7   H73
615     C4    O4
616     C4    N3
617     N3    H3
618     N3    C2
619     C2    O2
620    C3'   H3'
621    C3'   C2'
622    C3'   O3'
623    C2'  H2'1
624    C2'  H2'2
625    O3'   H3T
626  [ impropers ]
627     C2    C6    N1   C1'
628     C4    C6    C5    C7
629     N1    N3    C2    O2
630     C5    N3    C4    O4
631     C4    C2    N3    H3  
632     N1    C5    C6    H6
634                      
636 [ DG5 ]
637  [ atoms ]
638    H5T    HO            0.44220     1
639    O5'    OH           -0.63180     2
640    C5'    CT           -0.00690     3
641   H5'1    H1            0.07540     4
642   H5'2    H1            0.07540     5
643    C4'    CT            0.16290     6
644    H4'    H1            0.11760     7
645    O4'    OS           -0.36910     8
646    C1'    CT            0.03580     9
647    H1'    H2            0.17460    10
648     N9    N*            0.05770    11
649     C8    CK            0.07360    12
650     H8    H5            0.19970    13
651     N7    NB           -0.57250    14
652     C5    CB            0.19910    15
653     C6    C             0.49180    16
654     O6    O            -0.56990    17
655     N1    NA           -0.50530    18
656     H1    H             0.35200    19
657     C2    CA            0.74320    20
658     N2    N2           -0.92300    21
659    H21    H             0.42350    22
660    H22    H             0.42350    23
661     N3    NC           -0.66360    24
662     C4    CB            0.18140    25
663    C3'    CT            0.07130    26
664    H3'    H1            0.09850    27
665    C2'    CT           -0.08540    28
666   H2'1    HC            0.07180    29
667   H2'2    HC            0.07180    30
668    O3'    OS           -0.52320    31
669  [ bonds ]
670    H5T   O5'
671    O5'   C5'
672    C5'  H5'1
673    C5'  H5'2
674    C5'   C4'
675    C4'   H4'
676    C4'   O4'
677    C4'   C3'
678    O4'   C1'
679    C1'   H1'
680    C1'    N9
681    C1'   C2'
682     N9    C8
683     N9    C4
684     C8    H8
685     C8    N7
686     N7    C5
687     C5    C6
688     C5    C4
689     C6    O6
690     C6    N1
691     N1    H1
692     N1    C2
693     C2    N2
694     C2    N3
695     N2   H21
696     N2   H22
697     N3    C4
698    C3'   H3'
699    C3'   C2'
700    C3'   O3'
701    C2'  H2'1
702    C2'  H2'2
703  [ impropers ]
704     C4    C8    N9   C1'
705     C5    N1    C6    O6
706     C6    C2    N1    H1
707     C2   H21    N2   H22
708     N9    N7    C8    H8
709     N2    N1    C2    N3
710                         
711 [ DG ]
712  [ atoms ]
713      P    P             1.16590     1
714    O1P    O2           -0.77610     2
715    O2P    O2           -0.77610     3
716    O5'    OS           -0.49540     4
717    C5'    CT           -0.00690     5
718   H5'1    H1            0.07540     6
719   H5'2    H1            0.07540     7
720    C4'    CT            0.16290     8
721    H4'    H1            0.11760     9
722    O4'    OS           -0.36910    10
723    C1'    CT            0.03580    11
724    H1'    H2            0.17460    12
725     N9    N*            0.05770    13
726     C8    CK            0.07360    14
727     H8    H5            0.19970    15
728     N7    NB           -0.57250    16
729     C5    CB            0.19910    17
730     C6    C             0.49180    18
731     O6    O            -0.56990    19
732     N1    NA           -0.50530    20
733     H1    H             0.35200    21
734     C2    CA            0.74320    22
735     N2    N2           -0.92300    23
736    H21    H             0.42350    24
737    H22    H             0.42350    25
738     N3    NC           -0.66360    26
739     C4    CB            0.18140    27
740    C3'    CT            0.07130    28
741    H3'    H1            0.09850    29
742    C2'    CT           -0.08540    30
743   H2'1    HC            0.07180    31
744   H2'2    HC            0.07180    32
745    O3'    OS           -0.52320    33
746  [ bonds ]
747      P   O1P
748      P   O2P
749      P   O5'
750    O5'   C5'
751    C5'  H5'1
752    C5'  H5'2
753    C5'   C4'
754    C4'   H4'
755    C4'   O4'
756    C4'   C3'
757    O4'   C1'
758    C1'   H1'
759    C1'    N9
760    C1'   C2'
761     N9    C8
762     N9    C4
763     C8    H8
764     C8    N7
765     N7    C5
766     C5    C6
767     C5    C4
768     C6    O6
769     C6    N1
770     N1    H1
771     N1    C2
772     C2    N2
773     C2    N3
774     N2   H21
775     N2   H22
776     N3    C4
777    C3'   H3'
778    C3'   C2'
779    C3'   O3'
780    C2'  H2'1
781    C2'  H2'2
782   -O3'     P
783  [ impropers ]
784     C4    C8    N9   C1'
785     C5    N1    C6    O6
786     C6    C2    N1    H1
787     C2   H21    N2   H22
788     N9    N7    C8    H8
789     N2    N1    C2    N3
790                         
791 [ DG3 ]
792  [ atoms ]
793      P    P             1.16590     1
794    O1P    O2           -0.77610     2
795    O2P    O2           -0.77610     3
796    O5'    OS           -0.49540     4
797    C5'    CT           -0.00690     5
798   H5'1    H1            0.07540     6
799   H5'2    H1            0.07540     7
800    C4'    CT            0.16290     8
801    H4'    H1            0.11760     9
802    O4'    OS           -0.36910    10
803    C1'    CT            0.03580    11
804    H1'    H2            0.17460    12
805     N9    N*            0.05770    13
806     C8    CK            0.07360    14
807     H8    H5            0.19970    15
808     N7    NB           -0.57250    16
809     C5    CB            0.19910    17
810     C6    C             0.49180    18
811     O6    O            -0.56990    19
812     N1    NA           -0.50530    20
813     H1    H             0.35200    21
814     C2    CA            0.74320    22
815     N2    N2           -0.92300    23
816    H21    H             0.42350    24
817    H22    H             0.42350    25
818     N3    NC           -0.66360    26
819     C4    CB            0.18140    27
820    C3'    CT            0.07130    28
821    H3'    H1            0.09850    29
822    C2'    CT           -0.08540    30
823   H2'1    HC            0.07180    31
824   H2'2    HC            0.07180    32
825    O3'    OH           -0.65490    33
826    H3T    HO            0.43960    34
827  [ bonds ]
828      P   O1P
829      P   O2P
830      P   O5'
831    O5'   C5'
832    C5'  H5'1
833    C5'  H5'2
834    C5'   C4'
835    C4'   H4'
836    C4'   O4'
837    C4'   C3'
838    O4'   C1'
839    C1'   H1'
840    C1'    N9
841    C1'   C2'
842     N9    C8
843     N9    C4
844     C8    H8
845     C8    N7
846     N7    C5
847     C5    C6
848     C5    C4
849     C6    O6
850     C6    N1
851     N1    H1
852     N1    C2
853     C2    N2
854     C2    N3
855     N2   H21
856     N2   H22
857     N3    C4
858    C3'   H3'
859    C3'   C2'
860    C3'   O3'
861    C2'  H2'1
862    C2'  H2'2
863    O3'   H3T
864   -O3'     P
865  [ impropers ]
866     C4    C8    N9   C1'
867     C5    N1    C6    O6
868     C6    C2    N1    H1
869     C2   H21    N2   H22
870     N9    N7    C8    H8
871     N2    N1    C2    N3
872                         
873 [ DGN ]
874  [ atoms ]
875    H5T    HO            0.44220     1
876    O5'    OH           -0.63180     2
877    C5'    CT           -0.00690     3
878   H5'1    H1            0.07540     4
879   H5'2    H1            0.07540     5
880    C4'    CT            0.16290     6
881    H4'    H1            0.11760     7
882    O4'    OS           -0.36910     8
883    C1'    CT            0.03580     9
884    H1'    H2            0.17460    10
885     N9    N*            0.05770    11
886     C8    CK            0.07360    12
887     H8    H5            0.19970    13
888     N7    NB           -0.57250    14
889     C5    CB            0.19910    15
890     C6    C             0.49180    16
891     O6    O            -0.56990    17
892     N1    NA           -0.50530    18
893     H1    H             0.35200    19
894     C2    CA            0.74320    20
895     N2    N2           -0.92300    21
896    H21    H             0.42350    22
897    H22    H             0.42350    23
898     N3    NC           -0.66360    24
899     C4    CB            0.18140    25
900    C3'    CT            0.07130    26
901    H3'    H1            0.09850    27
902    C2'    CT           -0.08540    28
903   H2'1    HC            0.07180    29
904   H2'2    HC            0.07180    30
905    O3'    OH           -0.65490    31
906    H3T    HO            0.43960    32
907  [ bonds ]
908    H5T   O5'
909    O5'   C5'
910    C5'  H5'1
911    C5'  H5'2
912    C5'   C4'
913    C4'   H4'
914    C4'   O4'
915    C4'   C3'
916    O4'   C1'
917    C1'   H1'
918    C1'    N9
919    C1'   C2'
920     N9    C8
921     N9    C4
922     C8    H8
923     C8    N7
924     N7    C5
925     C5    C6
926     C5    C4
927     C6    O6
928     C6    N1
929     N1    H1
930     N1    C2
931     C2    N2
932     C2    N3
933     N2   H21
934     N2   H22
935     N3    C4
936    C3'   H3'
937    C3'   C2'
938    C3'   O3'
939    C2'  H2'1
940    C2'  H2'2
941    O3'   H3T
942  [ impropers ]
943     C4    C8    N9   C1'
944     C5    N1    C6    O6
945     C6    C2    N1    H1
946     C2   H21    N2   H22
947     N9    N7    C8    H8
948     N2    N1    C2    N3
949                       
950 [ DC5 ]
951  [ atoms ]
952    H5T    HO            0.44220     1
953    O5'    OH           -0.63180     2
954    C5'    CT           -0.00690     3
955   H5'1    H1            0.07540     4
956   H5'2    H1            0.07540     5
957    C4'    CT            0.16290     6
958    H4'    H1            0.11760     7
959    O4'    OS           -0.36910     8
960    C1'    CT           -0.01160     9
961    H1'    H2            0.19630    10
962     N1    N*           -0.03390    11
963     C6    CM           -0.01830    12
964     H6    H4            0.22930    13
965     C5    CM           -0.52220    14
966     H5    HA            0.18630    15
967     C4    CA            0.84390    16
968     N4    N2           -0.97730    17
969    H41    H             0.43140    18
970    H42    H             0.43140    19
971     N3    NC           -0.77480    20
972     C2    C             0.79590    21
973     O2    O            -0.65480    22
974    C3'    CT            0.07130    23
975    H3'    H1            0.09850    24
976    C2'    CT           -0.08540    25
977   H2'1    HC            0.07180    26
978   H2'2    HC            0.07180    27
979    O3'    OS           -0.52320    28
980  [ bonds ]
981    H5T   O5'
982    O5'   C5'
983    C5'  H5'1
984    C5'  H5'2
985    C5'   C4'
986    C4'   H4'
987    C4'   O4'
988    C4'   C3'
989    O4'   C1'
990    C1'   H1'
991    C1'    N1
992    C1'   C2'
993     N1    C6
994     N1    C2
995     C6    H6
996     C6    C5
997     C5    H5
998     C5    C4
999     C4    N4
1000     C4    N3
1001     N4   H41
1002     N4   H42
1003     N3    C2
1004     C2    O2
1005    C3'   H3'
1006    C3'   C2'
1007    C3'   O3'
1008    C2'  H2'1
1009    C2'  H2'2
1010  [ impropers ]
1011    C1'    N1    C6    C2
1012     N1    N3    C2    O2 
1013     C4   H41    N4   H42
1014     N1    C5    C6    H6
1015     C6    C4    C5    H5
1016     C5    N4    C4    N3
1017                         
1018 [ DC ]
1019  [ atoms ]
1020      P    P             1.16590     1
1021    O1P    O2           -0.77610     2
1022    O2P    O2           -0.77610     3
1023    O5'    OS           -0.49540     4
1024    C5'    CT           -0.00690     5
1025   H5'1    H1            0.07540     6
1026   H5'2    H1            0.07540     7
1027    C4'    CT            0.16290     8
1028    H4'    H1            0.11760     9
1029    O4'    OS           -0.36910    10
1030    C1'    CT           -0.01160    11
1031    H1'    H2            0.19630    12
1032     N1    N*           -0.03390    13
1033     C6    CM           -0.01830    14
1034     H6    H4            0.22930    15
1035     C5    CM           -0.52220    16
1036     H5    HA            0.18630    17
1037     C4    CA            0.84390    18
1038     N4    N2           -0.97730    19
1039    H41    H             0.43140    20
1040    H42    H             0.43140    21
1041     N3    NC           -0.77480    22
1042     C2    C             0.79590    23
1043     O2    O            -0.65480    24
1044    C3'    CT            0.07130    25
1045    H3'    H1            0.09850    26
1046    C2'    CT           -0.08540    27
1047   H2'1    HC            0.07180    28
1048   H2'2    HC            0.07180    29
1049    O3'    OS           -0.52320    30
1050  [ bonds ]
1051      P   O1P
1052      P   O2P
1053      P   O5'
1054    O5'   C5'
1055    C5'  H5'1
1056    C5'  H5'2
1057    C5'   C4'
1058    C4'   H4'
1059    C4'   O4'
1060    C4'   C3'
1061    O4'   C1'
1062    C1'   H1'
1063    C1'    N1
1064    C1'   C2'
1065     N1    C6
1066     N1    C2
1067     C6    H6
1068     C6    C5
1069     C5    H5
1070     C5    C4
1071     C4    N4
1072     C4    N3
1073     N4   H41
1074     N4   H42
1075     N3    C2
1076     C2    O2
1077    C3'   H3'
1078    C3'   C2'
1079    C3'   O3'
1080    C2'  H2'1
1081    C2'  H2'2
1082   -O3'     P
1083  [ impropers ]
1084     C2    C6    N1   C1'
1085     N1    N3    C2    O2 
1086     C4   H41    N4   H42
1087     N1    C5    C6    H6
1088     C6    C4    C5    H5
1089     C5    N4    C4    N3
1090                         
1091 [ DC3 ]
1092  [ atoms ]
1093      P    P             1.16590     1
1094    O1P    O2           -0.77610     2
1095    O2P    O2           -0.77610     3
1096    O5'    OS           -0.49540     4
1097    C5'    CT           -0.00690     5
1098   H5'1    H1            0.07540     6
1099   H5'2    H1            0.07540     7
1100    C4'    CT            0.16290     8
1101    H4'    H1            0.11760     9
1102    O4'    OS           -0.36910    10
1103    C1'    CT           -0.01160    11
1104    H1'    H2            0.19630    12
1105     N1    N*           -0.03390    13
1106     C6    CM           -0.01830    14
1107     H6    H4            0.22930    15
1108     C5    CM           -0.52220    16
1109     H5    HA            0.18630    17
1110     C4    CA            0.84390    18
1111     N4    N2           -0.97730    19
1112    H41    H             0.43140    20
1113    H42    H             0.43140    21
1114     N3    NC           -0.77480    22
1115     C2    C             0.79590    23
1116     O2    O            -0.65480    24
1117    C3'    CT            0.07130    25
1118    H3'    H1            0.09850    26
1119    C2'    CT           -0.08540    27
1120   H2'1    HC            0.07180    28
1121   H2'2    HC            0.07180    29
1122    O3'    OH           -0.65490    30
1123    H3T    HO            0.43960    31
1124  [ bonds ]
1125      P   O1P
1126      P   O2P
1127      P   O5'
1128    O5'   C5'
1129    C5'  H5'1
1130    C5'  H5'2
1131    C5'   C4'
1132    C4'   H4'
1133    C4'   O4'
1134    C4'   C3'
1135    O4'   C1'
1136    C1'   H1'
1137    C1'    N1
1138    C1'   C2'
1139     N1    C6
1140     N1    C2
1141     C6    H6
1142     C6    C5
1143     C5    H5
1144     C5    C4
1145     C4    N4
1146     C4    N3
1147     N4   H41
1148     N4   H42
1149     N3    C2
1150     C2    O2
1151    C3'   H3'
1152    C3'   C2'
1153    C3'   O3'
1154    C2'  H2'1
1155    C2'  H2'2
1156    O3'   H3T
1157   -O3'     P
1158  [ impropers ]
1159     C2    C6    N1   C1'
1160     N1    N3    C2    O2
1161     C4   H41    N4   H42
1162     N1    C5    C6    H6
1163     C6    C4    C5    H5
1164     C5    N4    C4    N3
1166 [ DCN ]
1167  [ atoms ]
1168    H5T    HO            0.44220     1
1169    O5'    OH           -0.63180     2
1170    C5'    CT           -0.00690     3
1171   H5'1    H1            0.07540     4
1172   H5'2    H1            0.07540     5
1173    C4'    CT            0.16290     6
1174    H4'    H1            0.11760     7
1175    O4'    OS           -0.36910     8
1176    C1'    CT           -0.01160     9
1177    H1'    H2            0.19630    10
1178     N1    N*           -0.03390    11
1179     C6    CM           -0.01830    12
1180     H6    H4            0.22930    13
1181     C5    CM           -0.52220    14
1182     H5    HA            0.18630    15
1183     C4    CA            0.84390    16
1184     N4    N2           -0.97730    17
1185    H41    H             0.43140    18
1186    H42    H             0.43140    19
1187     N3    NC           -0.77480    20
1188     C2    C             0.79590    21
1189     O2    O            -0.65480    22
1190    C3'    CT            0.07130    23
1191    H3'    H1            0.09850    24
1192    C2'    CT           -0.08540    25
1193   H2'1    HC            0.07180    26
1194   H2'2    HC            0.07180    27
1195    O3'    OH           -0.65490    28
1196    H3T    HO            0.43960    29
1197  [ bonds ]
1198    H5T   O5'
1199    O5'   C5'
1200    C5'  H5'1
1201    C5'  H5'2
1202    C5'   C4'
1203    C4'   H4'
1204    C4'   O4'
1205    C4'   C3'
1206    O4'   C1'
1207    C1'   H1'
1208    C1'    N1
1209    C1'   C2'
1210     N1    C6
1211     N1    C2
1212     C6    H6
1213     C6    C5
1214     C5    H5
1215     C5    C4
1216     C4    N4
1217     C4    N3
1218     N4   H41
1219     N4   H42
1220     N3    C2
1221     C2    O2
1222    C3'   H3'
1223    C3'   C2'
1224    C3'   O3'
1225    C2'  H2'1
1226    C2'  H2'2
1227    O3'   H3T
1228  [ impropers ]
1229     C2    C6    N1   C1'
1230     N1    N3    C2    O2
1231     C4   H41    N4   H42
1232     N1    C5    C6    H6
1233     C6    C4    C5    H5
1234     N3    C4    N4    C5