share/top/oplsaa.ff/tip5p.itp

   1 ; original reference: [M. W. Mahoney and W. L. Jorgensen, J. Chem. Phys. 112 , 2000]
   2 ;
   3 ; Note that there are various issues with tip5p and the different forcefields.
   4 ; Discussion is here: http://redmine.gromacs.org/issues/1348
   5
   6 [ moleculetype ]
   7 ; molname       nrexcl
   8 SOL             2
   9
  10 [ atoms ]
  11 ; id    at type res nr  residu name     at name         cg nr   charge
  12 1       opls_118     1       SOL              OW             1       0
  13 2       opls_119     1       SOL             HW1             1       0.241
  14 3       opls_119     1       SOL             HW2             1       0.241
  15 4       opls_120     1       SOL             LP1             1      -0.241
  16 5       opls_120     1       SOL             LP2             1      -0.241
  17
  18 #ifndef FLEXIBLE
  19
  20 [ settles ]
  21 ; i     funct   doh     dhh
  22 1       1       0.09572 0.15139
  23
  24 #else
  25
  26 [ bonds ]
  27 ; i     j       funct   length  force.c.
  28 1       2       1       0.09572 502416.0 0.09572        502416.0
  29 1       3       1       0.09572 502416.0 0.09572        502416.0
  30
  31 [ angles ]
  32 ; i     j       k       funct   angle   force.c.
  33 2       1       3       1       104.52  628.02  104.52  628.02
  34
  35 #endif
  36
  37 [ virtual_sites3 ]
  38 ; The position of the virtual site is computed as follows:
  39 ;
  40 ; The distance from OW to L is 0.07 nm, the geometry is tetrahedral
  41 ; (109.47 deg)
  42 ; Therefore, a = b = 0.07 * cos (109.47/2) / | xOH1 + xOH2 |
  43 ;            c = 0.07 * sin (109.47/2) / | xOH1 X xOH2 |
  44 ;
  45 ; Using | xOH1 X xOH2 | = | xOH1 | | xOH2 | sin (H1-O-H2)
  46 ;       | xOH1 + xOH2 | = 2 | xOH1 | cos (H1-O-H2)
  47 ; Vsite pos x4 = x1 + a*x21 + b*x31 + c*(x21 X x31)
  48
  49 ; Vsite from                    funct   a       b               c
  50 4       1       2       3       4       -0.344908  -0.344908  -6.4437903493
  51 5       1       2       3       4       -0.344908  -0.344908   6.4437903493
  52
  53 [ exclusions ]
  54 1       2       3       4       5
  55 2       1       3       4       5
  56 3       1       2       4       5
  57 4       1       2       3       5
  58 5       1       2       3       4