Added cool quote from Viveca's defense
[gromacs.git] / share / top / residues.xml
blobea75ae444539e12c9faf8e171ca777544f78c92a
1 <?xml version="1.0"?>
2 <!DOCTYPE residues SYSTEM "residues.dtd">
4 <residues>
5   <residue restype="ACE">
6     <ratom name="CA">
7     <ratom name="HA1">
8     <ratom name="HA2">
9     <ratom name="HA3">
10     <ratom name="C">
11     <ratom name="O">
12     <rbond a1="CA" a2="HA1"/>
13     <rbond a1="CA" a2="HA2"/>
14     <rbond a1="CA" a2="HA3"/>
15     <rbond a1="CA" a2="C"/>
16     <rbond a1="C" a2="O"/>
17     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CA C O"/>
18   </residue>
20   <residue restype="ALA">
21     <ratom name="N">
22     <ratom name="H">
23     <ratom name="CA">
24     <ratom name="HA">
25     <ratom name="CB">
26     <ratom name="HB1">
27     <ratom name="HB2">
28     <ratom name="HB3">
29     <ratom name="C">
30     <ratom name="O">
31     <rbond a1="N" a2="H"/>
32     <rbond a1="N" a2="CA"/>
33     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
34     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
35     <rbond a1="CA" a2="C"/>
36     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
37     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
38     <rbond a1="CB" a2="HB3"/>
39     <rbond a1="C" a2="O"/>
40     <rbond a1="-C" a2="N"/>
41     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
42     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
43     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
44     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
45     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
46     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CB CA N"/>
47   </residue>
49   <residue restype="ARG">
50     <ratom name="N">
51     <ratom name="H">
52     <ratom name="CA">
53     <ratom name="HA">
54     <ratom name="CB">
55     <ratom name="HB1">
56     <ratom name="HB2">
57     <ratom name="CG">
58     <ratom name="HG1">
59     <ratom name="HG2">
60     <ratom name="CD">
61     <ratom name="HD1">
62     <ratom name="HD2">
63     <ratom name="NE">
64     <ratom name="HE">
65     <ratom name="CZ">
66     <ratom name="NH1">
67     <ratom name="HH11">
68     <ratom name="HH12">
69     <ratom name="NH2">
70     <ratom name="HH21">
71     <ratom name="HH22">
72     <ratom name="C">
73     <ratom name="O">
74     <rbond a1="N" a2="H"/>
75     <rbond a1="N" a2="CA"/>
76     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
77     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
78     <rbond a1="CA" a2="C"/>
79     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
80     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
81     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
82     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
83     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
84     <rbond a1="CG" a2="CD"/>
85     <rbond a1="CD" a2="HD1"/>
86     <rbond a1="CD" a2="HD2"/>
87     <rbond a1="CD" a2="NE"/>
88     <rbond a1="NE" a2="HE"/>
89     <rbond a1="NE" a2="CZ"/>
90     <rbond a1="CZ" a2="NH1"/>
91     <rbond a1="CZ" a2="NH2"/>
92     <rbond a1="NH1" a2="HH11"/>
93     <rbond a1="NH1" a2="HH12"/>
94     <rbond a1="NH2" a2="HH21"/>
95     <rbond a1="NH2" a2="HH22"/>
96     <rbond a1="C" a2="O"/>
97     <rbond a1="-C" a2="N"/>
98     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
99     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
100     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
101     <rimproper a1="NE" a2="CD" a3="CZ" a4="HE"/>
102     <rimproper a1="CZ" a2="NH1" a3="NH2" a4="NE"/>
103     <rimproper a1="NH1" a2="HH11" a3="HH12" a4="CZ"/>
104     <rimproper a1="NH2" a2="HH21" a3="HH22" a4="CZ"/>
105     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
106     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
107     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
108     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG CD CB"/>
109     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CD NE CG"/>
110     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="NE CD CZ"/>
111     <raddh hclass="polar"     addgeom="3" addnum="2" addto="NH1 CZ NE"/>
112     <raddh hclass="polar"     addgeom="3" addnum="2" addto="NH2 CZ NE"/>
113   </residue>
115   <residue restype="ASN">
116     <ratom name="N">
117     <ratom name="H">
118     <ratom name="CA">
119     <ratom name="HA">
120     <ratom name="CB">
121     <ratom name="HB1">
122     <ratom name="HB2">
123     <ratom name="CG">
124     <ratom name="OD1">
125     <ratom name="ND2">
126     <ratom name="HD21">
127     <ratom name="HD22">
128     <ratom name="C">
129     <ratom name="O">
130     <rbond a1="N" a2="H"/>
131     <rbond a1="N" a2="CA"/>
132     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
133     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
134     <rbond a1="CA" a2="C"/>
135     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
136     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
137     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
138     <rbond a1="CG" a2="OD1"/>
139     <rbond a1="CG" a2="ND2"/>
140     <rbond a1="ND2" a2="HD21"/>
141     <rbond a1="ND2" a2="HD22"/>
142     <rbond a1="C" a2="O"/>
143     <rbond a1="-C" a2="N"/>
144     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
145     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
146     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
147     <rimproper a1="CG" a2="OD1" a3="ND2" a4="CB"/>
148     <rimproper a1="ND2" a2="HD21" a3="HD22" a4="CG"/>
149     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
150     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
151     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
152     <raddh hclass="polar"     addgeom="3" addnum="2" addto="ND2 CG CB"/>
153   </residue>
155   <residue restype="ASP">
156     <ratom name="N">
157     <ratom name="H">
158     <ratom name="CA">
159     <ratom name="HA">
160     <ratom name="CB">
161     <ratom name="HB1">
162     <ratom name="HB2">
163     <ratom name="CG">
164     <ratom name="OD1">
165     <ratom name="OD2">
166     <ratom name="C">
167     <ratom name="O">
168     <rbond a1="N" a2="H"/>
169     <rbond a1="N" a2="CA"/>
170     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
171     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
172     <rbond a1="CA" a2="C"/>
173     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
174     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
175     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
176     <rbond a1="CG" a2="OD1"/>
177     <rbond a1="CG" a2="OD2"/>
178     <rbond a1="C" a2="O"/>
179     <rbond a1="-C" a2="N"/>
180     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
181     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
182     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
183     <rimproper a1="CG" a2="OD1" a3="OD2" a4="CB"/>
184     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
185     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
186     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
187   </residue>
189   <residue restype="ASPH">
190     <ratom name="N">
191     <ratom name="H">
192     <ratom name="CA">
193     <ratom name="HA">
194     <ratom name="CB">
195     <ratom name="HB1">
196     <ratom name="HB2">
197     <ratom name="CG">
198     <ratom name="OD1">
199     <ratom name="OD2">
200     <ratom name="HD2">
201     <ratom name="C">
202     <ratom name="O">
203     <rbond a1="N" a2="H"/>
204     <rbond a1="N" a2="CA"/>
205     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
206     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
207     <rbond a1="CA" a2="C"/>
208     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
209     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
210     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
211     <rbond a1="CG" a2="OD1"/>
212     <rbond a1="CG" a2="OD2"/>
213     <rbond a1="OD2" a2="HD2"/>
214     <rbond a1="C" a2="O"/>
215     <rbond a1="-C" a2="N"/>
216     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
217     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
218     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
219     <rimproper a1="CG" a2="OD1" a3="OD2" a4="CB"/>
220     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
221     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
222     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
223     <raddh hclass="polar"     addgeom="2" addnum="1" addto="OD1 CG CB"/>
224   </residue>
226   <residue restype="CYS2">
227     <ratom name="N">
228     <ratom name="H">
229     <ratom name="CA">
230     <ratom name="HA">
231     <ratom name="CB">
232     <ratom name="HB1">
233     <ratom name="HB2">
234     <ratom name="SG">
235     <ratom name="C">
236     <ratom name="O">
237     <rbond a1="N" a2="H"/>
238     <rbond a1="N" a2="CA"/>
239     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
240     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
241     <rbond a1="CA" a2="C"/>
242     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
243     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
244     <rbond a1="CB" a2="SG"/>
245     <rbond a1="C" a2="O"/>
246     <rbond a1="-C" a2="N"/>
247     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
248     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
249     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
250     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
251     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
252     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB SG CA"/>
253   </residue>
255   <residue restype="CYSH">
256     <ratom name="N">
257     <ratom name="H">
258     <ratom name="CA">
259     <ratom name="HA">
260     <ratom name="CB">
261     <ratom name="HB1">
262     <ratom name="HB2">
263     <ratom name="SG">
264     <ratom name="HG">
265     <ratom name="C">
266     <ratom name="O">
267     <rbond a1="N" a2="H"/>
268     <rbond a1="N" a2="CA"/>
269     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
270     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
271     <rbond a1="CA" a2="C"/>
272     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
273     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
274     <rbond a1="CB" a2="SG"/>
275     <rbond a1="SG" a2="HG"/>
276     <rbond a1="C" a2="O"/>
277     <rbond a1="-C" a2="N"/>
278     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
279     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
280     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
281     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
282     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
283     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB SG CA"/>
284     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="2" addnum="1" addto="SG CB CA"/>
285   </residue>
287   <residue restype="GLN">
288     <ratom name="N">
289     <ratom name="H">
290     <ratom name="CA">
291     <ratom name="HA">
292     <ratom name="CB">
293     <ratom name="HB1">
294     <ratom name="HB2">
295     <ratom name="CG">
296     <ratom name="HG1">
297     <ratom name="HG2">
298     <ratom name="CD">
299     <ratom name="OE1">
300     <ratom name="NE2">
301     <ratom name="HE21">
302     <ratom name="HE22">
303     <ratom name="C">
304     <ratom name="O">
305     <rbond a1="N" a2="H"/>
306     <rbond a1="N" a2="CA"/>
307     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
308     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
309     <rbond a1="CA" a2="C"/>
310     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
311     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
312     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
313     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
314     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
315     <rbond a1="CG" a2="CD"/>
316     <rbond a1="CD" a2="OE1"/>
317     <rbond a1="CD" a2="NE2"/>
318     <rbond a1="NE2" a2="HE21"/>
319     <rbond a1="NE2" a2="HE22"/>
320     <rbond a1="C" a2="O"/>
321     <rbond a1="-C" a2="N"/>
322     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
323     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
324     <rimproper a1="CD" a2="OE1" a3="NE2" a4="CG"/>
325     <rimproper a1="NE2" a2="HE21" a3="HE22" a4="CD"/>
326     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
327     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
328     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
329     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
330     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG CD CB"/>
331     <raddh hclass="polar"     addgeom="3" addnum="2" addto="NE2 CD CG"/>
332   </residue>
334   <residue restype="GLU">
335     <ratom name="N">
336     <ratom name="H">
337     <ratom name="CA">
338     <ratom name="HA">
339     <ratom name="CB">
340     <ratom name="HB1">
341     <ratom name="HB2">
342     <ratom name="CG">
343     <ratom name="HG1">
344     <ratom name="HG2">
345     <ratom name="CD">
346     <ratom name="OE1">
347     <ratom name="OE2">
348     <ratom name="C">
349     <ratom name="O">
350     <rbond a1="N" a2="H"/>
351     <rbond a1="N" a2="CA"/>
352     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
353     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
354     <rbond a1="CA" a2="C"/>
355     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
356     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
357     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
358     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
359     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
360     <rbond a1="CG" a2="CD"/>
361     <rbond a1="CD" a2="OE1"/>
362     <rbond a1="CD" a2="OE2"/>
363     <rbond a1="C" a2="O"/>
364     <rbond a1="-C" a2="N"/>
365     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
366     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
367     <rimproper a1="CD" a2="OE1" a3="OE2" a4="CG"/>
368     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
369     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
370     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
371     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
372     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG CD CB"/>
373   </residue>
375   <residue restype="GLUH">
376     <ratom name="N">
377     <ratom name="H">
378     <ratom name="CA">
379     <ratom name="HA">
380     <ratom name="CB">
381     <ratom name="HB1">
382     <ratom name="HB2">
383     <ratom name="CG">
384     <ratom name="HG1">
385     <ratom name="HG2">
386     <ratom name="CD">
387     <ratom name="OE1">
388     <ratom name="OE2">
389     <ratom name="HE2">
390     <ratom name="C">
391     <ratom name="O">
392     <rbond a1="N" a2="H"/>
393     <rbond a1="N" a2="CA"/>
394     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
395     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
396     <rbond a1="CB" a2="C"/>
397     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
398     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
399     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
400     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
401     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
402     <rbond a1="CG" a2="CD"/>
403     <rbond a1="CD" a2="OE1"/>
404     <rbond a1="CD" a2="OE2"/>
405     <rbond a1="OE2" a2="HE2"/>
406     <rbond a1="C" a2="O"/>
407     <rbond a1="-C" a2="N"/>
408     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
409     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
410     <rimproper a1="CD" a2="OE1" a3="OE2" a4="CG"/>
411     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
412     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
413     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
414     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
415     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG CD CB"/>
416     <raddh hclass="polar"     addgeom="2" addnum="1" addto="OE2 CD CG"/>
417   </residue>
419   <residue restype="GLY">
420     <ratom name="N">
421     <ratom name="H">
422     <ratom name="CA">
423     <ratom name="HA1">
424     <ratom name="HA2">
425     <ratom name="C">
426     <ratom name="O">
427     <rbond a1="N" a2="H"/>
428     <rbond a1="N" a2="CA"/>
429     <rbond a1="CA" a2="HA1"/>
430     <rbond a1="CA" a2="HA2"/>
431     <rbond a1="CA" a2="C"/>
432     <rbond a1="C" a2="O"/>
433     <rbond a1="-C" a2="N"/>
434     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
435     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
436     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
437     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CA C N"/>
438   </residue>
440   <residue restype="HEME">
441     <ratom name="FE">
442     <ratom name="NA">
443     <ratom name="NB">
444     <ratom name="NC">
445     <ratom name="ND">
446     <ratom name="CHA">
447     <ratom name="HHA">
448     <ratom name="C1A">
449     <ratom name="C2A">
450     <ratom name="C3A">
451     <ratom name="C4A">
452     <ratom name="CMA">
453     <ratom name="HMA1">
454     <ratom name="HMA2">
455     <ratom name="HMA3">
456     <ratom name="CAA">
457     <ratom name="HAA1">
458     <ratom name="HAA2">
459     <ratom name="CBA">
460     <ratom name="HBA1">
461     <ratom name="HBA2">
462     <ratom name="CGA">
463     <ratom name="O1A">
464     <ratom name="O2A">
465     <ratom name="H2A">
466     <ratom name="CHB">
467     <ratom name="HHB">
468     <ratom name="C1B">
469     <ratom name="C2B">
470     <ratom name="H2B">
471     <ratom name="C3B">
472     <ratom name="C4B">
473     <ratom name="CMB">
474     <ratom name="HMB1">
475     <ratom name="HMB2">
476     <ratom name="HMB3">
477     <ratom name="CAB">
478     <ratom name="HAB1">
479     <ratom name="HAB2">
480     <ratom name="CBB">
481     <ratom name="HBB1">
482     <ratom name="HBB2">
483     <ratom name="HBB3">
484     <ratom name="CHC">
485     <ratom name="HHC">
486     <ratom name="C1C">
487     <ratom name="C2C">
488     <ratom name="H2C">
489     <ratom name="C3C">
490     <ratom name="C4C">
491     <ratom name="CMC">
492     <ratom name="HMC1">
493     <ratom name="HMC2">
494     <ratom name="HMC3">
495     <ratom name="CAC">
496     <ratom name="HAC1">
497     <ratom name="HAC2">
498     <ratom name="CBC">
499     <ratom name="HBC1">
500     <ratom name="HBC2">
501     <ratom name="HBC3">
502     <ratom name="CHD">
503     <ratom name="HHD">
504     <ratom name="C1D">
505     <ratom name="C2D">
506     <ratom name="C3D">
507     <ratom name="C4D">
508     <ratom name="CMD">
509     <ratom name="HMD1">
510     <ratom name="HMD2">
511     <ratom name="HMD3">
512     <ratom name="CAD">
513     <ratom name="HAD1">
514     <ratom name="HAD2">
515     <ratom name="CBD">
516     <ratom name="HBD1">
517     <ratom name="HBD2">
518     <ratom name="CGD">
519     <ratom name="O1D">
520     <ratom name="O2D">
521     <ratom name="H2D">
522     <rbond a1="FE" a2="NA"/>
523     <rbond a1="FE" a2="NB"/>
524     <rbond a1="FE" a2="NC"/>
525     <rbond a1="FE" a2="ND"/>
526     <rbond a1="NA" a2="C1A"/>
527     <rbond a1="C1A" a2="C2A"/>
528     <rbond a1="C2A" a2="C3A"/>
529     <rbond a1="C3A" a2="C4A"/>
530     <rbond a1="NA" a2="C4A"/>
531     <rbond a1="C2A" a2="CAA"/>
532     <rbond a1="CAA" a2="CBA"/>
533     <rbond a1="CBA" a2="CGA"/>
534     <rbond a1="CGA" a2="O1A"/>
535     <rbond a1="CGA" a2="O2A"/>
536     <rbond a1="C3A" a2="CMA"/>
537     <rbond a1="CMA" a2="HMA1"/>
538     <rbond a1="CMA" a2="HMA2"/>
539     <rbond a1="CMA" a2="HMA3"/>
540     <rbond a1="C4A" a2="CHB"/>
541     <rbond a1="CHB" a2="C1B"/>
542     <rbond a1="NB" a2="C1B"/>
543     <rbond a1="C1B" a2="C2B"/>
544     <rbond a1="C2B" a2="C3B"/>
545     <rbond a1="C3B" a2="C4B"/>
546     <rbond a1="NB" a2="C4B"/>
547     <rbond a1="C2B" a2="CMB"/>
548     <rbond a1="CMB" a2="HMB1"/>
549     <rbond a1="CMB" a2="HMB2"/>
550     <rbond a1="CMB" a2="HMB3"/>
551     <rbond a1="C3B" a2="CAB"/>
552     <rbond a1="CAB" a2="CBB"/>
553     <rbond a1="C4B" a2="CHC"/>
554     <rbond a1="CHC" a2="C1C"/>
555     <rbond a1="NC" a2="C1C"/>
556     <rbond a1="C1C" a2="C2C"/>
557     <rbond a1="C2C" a2="C3C"/>
558     <rbond a1="C3C" a2="C4C"/>
559     <rbond a1="NC" a2="C4C"/>
560     <rbond a1="C2C" a2="CMC"/>
561     <rbond a1="CMC" a2="HMC1"/>
562     <rbond a1="CMC" a2="HMC2"/>
563     <rbond a1="CMC" a2="HMC3"/>
564     <rbond a1="C3C" a2="CAC"/>
565     <rbond a1="CAC" a2="CBC"/>
566     <rbond a1="C4C" a2="CHD"/>
567     <rbond a1="CHD" a2="C1D"/>
568     <rbond a1="ND" a2="C1D"/>
569     <rbond a1="C1D" a2="C2D"/>
570     <rbond a1="C2D" a2="C3D"/>
571     <rbond a1="C3D" a2="C4D"/>
572     <rbond a1="ND" a2="C4D"/>
573     <rbond a1="C2D" a2="CMD"/>
574     <rbond a1="CMD" a2="HMD1"/>
575     <rbond a1="CMD" a2="HMD2"/>
576     <rbond a1="CMD" a2="HMD3"/>
577     <rbond a1="C3D" a2="CAD"/>
578     <rbond a1="CAD" a2="CBD"/>
579     <rbond a1="CBD" a2="CGD"/>
580     <rbond a1="CGD" a2="O1D"/>
581     <rbond a1="CGD" a2="O2D"/>
582     <rbond a1="CHA" a2="C4D"/>
583     <rbond a1="CHA" a2="C1A"/>
584     <rangle a1="NA" a2="FE" a3="NC"/>
585     <rangle a1="NB" a2="FE" a3="ND"/>
586     <rdihedral a1="ND" a2="FE" a3="NA" a4="C1A"/>
587     <rdihedral a1="NA" a2="FE" a3="NB" a4="C1B"/>
588     <rdihedral a1="NB" a2="FE" a3="NC" a4="C1C"/>
589     <rdihedral a1="NC" a2="FE" a3="ND" a4="C1D"/>
590     <rdihedral a1="FE" a2="NA" a3="C1A" a4="CHA"/>
591     <rdihedral a1="FE" a2="NA" a3="C4A" a4="C3A"/>
592     <rdihedral a1="FE" a2="NB" a3="C1B" a4="CHB"/>
593     <rdihedral a1="FE" a2="NB" a3="C4B" a4="C3B"/>
594     <rdihedral a1="FE" a2="NC" a3="C1C" a4="CHC"/>
595     <rdihedral a1="FE" a2="NC" a3="C4C" a4="C3C"/>
596     <rdihedral a1="FE" a2="ND" a3="C1D" a4="CHD"/>
597     <rdihedral a1="FE" a2="ND" a3="C4D" a4="CHA"/>
598     <rdihedral a1="NA" a2="C1A" a3="C2A" a4="C3A"/>
599     <rdihedral a1="C1A" a2="C2A" a3="C3A" a4="C4A"/>
600     <rdihedral a1="C2A" a2="C3A" a3="C4A" a4="NA"/>
601     <rdihedral a1="NB" a2="C1B" a3="C2B" a4="C3B"/>
602     <rdihedral a1="C1B" a2="C2B" a3="C3B" a4="C4B"/>
603     <rdihedral a1="C2B" a2="C3B" a3="C4B" a4="NB"/>
604     <rdihedral a1="NC" a2="C1C" a3="C2C" a4="C3C"/>
605     <rdihedral a1="C1C" a2="C2C" a3="C3C" a4="C4C"/>
606     <rdihedral a1="C2C" a2="C3C" a3="C4C" a4="NC"/>
607     <rdihedral a1="ND" a2="C1D" a3="C2D" a4="C3D"/>
608     <rdihedral a1="C1D" a2="C2D" a3="C3D" a4="C4D"/>
609     <rdihedral a1="C2D" a2="C3D" a3="C4D" a4="ND"/>
610     <rimproper a1="FE" a2="C1A" a3="C4A" a4="NA"/>
611     <rimproper a1="FE" a2="C1B" a3="C4B" a4="NB"/>
612     <rimproper a1="FE" a2="C1C" a3="C4C" a4="NC"/>
613     <rimproper a1="FE" a2="C1D" a3="C4D" a4="ND"/>
614     <rimproper a1="CHA" a2="NA" a3="C2A" a4="C1A"/>
615     <rimproper a1="CHB" a2="NA" a3="C3A" a4="C4A"/>
616     <rimproper a1="CHB" a2="NB" a3="C2B" a4="C1B"/>
617     <rimproper a1="CHC" a2="NB" a3="C3B" a4="C4B"/>
618     <rimproper a1="CHC" a2="NC" a3="C2C" a4="C1C"/>
619     <rimproper a1="CHD" a2="NC" a3="C3C" a4="C4C"/>
620     <rimproper a1="CHD" a2="ND" a3="C2D" a4="C1D"/>
621     <rimproper a1="CHA" a2="ND" a3="C3D" a4="C4D"/>
622     <rimproper a1="C2A" a2="C1A" a3="C3A" a4="CAA"/>
623     <rimproper a1="C3A" a2="C2A" a3="C4A" a4="CMA"/>
624     <rimproper a1="C2B" a2="C1B" a3="C3B" a4="CMB"/>
625     <rimproper a1="C3B" a2="C2B" a3="C4B" a4="CAB"/>
626     <rimproper a1="C2C" a2="C1C" a3="C3C" a4="CMC"/>
627     <rimproper a1="C3C" a2="C2C" a3="C4C" a4="CAC"/>
628     <rimproper a1="C2D" a2="C1D" a3="C3D" a4="CMD"/>
629     <rimproper a1="C3D" a2="C2D" a3="C4D" a4="CAD"/>
630     <rimproper a1="CBA" a2="O1A" a3="O2A" a4="CGA"/>
631     <rimproper a1="CBD" a2="O1D" a3="O2D" a4="CGD"/>
632     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CMA C3A C4A"/>
633     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CMB C2B C3B"/>
634     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CMC C2C C3C"/>
635     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CMD C2D C1D"/>
636     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CBC CAC C3C"/>
637     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CAC C3C CBC"/>
638     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CAB CBB C3B"/>
639     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CBB CAB C3B"/>
640     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CHC C4B C1C"/>
641     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CHD C4C C1D"/>
642     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CHB C4A C1B"/>
643     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CHA C4D C1A"/>
644     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CBA CAA CGA"/>
645     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CAA CBA C2A"/>
646     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CBD CAD CGD"/>
647     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CAD CBD C2D"/>
648     <raddh hclass="polar"     addgeom="4" addnum="1" addto="O2A CGA CBA"/>
649     <raddh hclass="polar"     addgeom="4" addnum="1" addto="O2D CGD CBD"/>
650   </residue>
652   <residue restype="HIS1">
653     <ratom name="N">
654     <ratom name="H">
655     <ratom name="CA">
656     <ratom name="HA">
657     <ratom name="CB">
658     <ratom name="HB1">
659     <ratom name="HB2">
660     <ratom name="CG">
661     <ratom name="ND1">
662     <ratom name="HD1">
663     <ratom name="CD2">
664     <ratom name="HD2">
665     <ratom name="CE1">
666     <ratom name="HE1">
667     <ratom name="NE2">
668     <ratom name="C">
669     <ratom name="O">
670     <rbond a1="N" a2="H"/>
671     <rbond a1="N" a2="CA"/>
672     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
673     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
674     <rbond a1="CA" a2="C"/>
675     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
676     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
677     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
678     <rbond a1="CG" a2="ND1"/>
679     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
680     <rbond a1="ND1" a2="HD1"/>
681     <rbond a1="ND1" a2="CE1"/>
682     <rbond a1="CD2" a2="HD2"/>
683     <rbond a1="CD2" a2="NE2"/>
684     <rbond a1="CE1" a2="HE1"/>
685     <rbond a1="CE1" a2="NE2"/>
686     <rbond a1="C" a2="O"/>
687     <rbond a1="-C" a2="N"/>
688     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
689     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
690     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CD2" a4="CB"/>
691     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="ND1" a4="CE1"/>
692     <rimproper a1="ND1" a2="CG" a3="CD2" a4="NE2"/>
693     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CE1" a4="NE2"/>
694     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="NE2" a4="CE1"/>
695     <rimproper a1="CD2" a2="NE2" a3="CE1" a4="ND1"/>
696     <rimproper a1="ND1" a2="CG" a3="CE1" a4="HD1"/>
697     <rimproper a1="CE1" a2="ND1" a3="NE2" a4="HE1"/>
698     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="NE2" a4="HD2"/>
699     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
700     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
701     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
702     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
703     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD2 CG NE2"/>
704     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE1 ND1 NE2"/>
705     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="ND1 CG CE1"/>
706   </residue>
708   <residue restype="HISA">
709     <ratom name="N">
710     <ratom name="H">
711     <ratom name="CA">
712     <ratom name="HA">
713     <ratom name="CB">
714     <ratom name="HB1">
715     <ratom name="HB2">
716     <ratom name="CG">
717     <ratom name="ND1">
718     <ratom name="HD1">
719     <ratom name="CD2">
720     <ratom name="HD2">
721     <ratom name="CE1">
722     <ratom name="HE1">
723     <ratom name="NE2">
724     <ratom name="C">
725     <ratom name="O">
726     <rbond a1="N" a2="H"/>
727     <rbond a1="N" a2="CA"/>
728     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
729     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
730     <rbond a1="CA" a2="C"/>
731     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
732     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
733     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
734     <rbond a1="CG" a2="ND1"/>
735     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
736     <rbond a1="ND1" a2="HD1"/>
737     <rbond a1="ND1" a2="CE1"/>
738     <rbond a1="CD2" a2="HD2"/>
739     <rbond a1="CD2" a2="NE2"/>
740     <rbond a1="CE1" a2="HE1"/>
741     <rbond a1="CE1" a2="NE2"/>
742     <rbond a1="C" a2="O"/>
743     <rbond a1="-C" a2="N"/>
744     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
745     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
746     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CD2" a4="CB"/>
747     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="ND1" a4="CE1"/>
748     <rimproper a1="ND1" a2="CG" a3="CD2" a4="NE2"/>
749     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CE1" a4="NE2"/>
750     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="NE2" a4="CE1"/>
751     <rimproper a1="CD2" a2="NE2" a3="CE1" a4="ND1"/>
752     <rimproper a1="ND1" a2="CG" a3="CE1" a4="HD1"/>
753     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="NE2" a4="HD2"/>
754     <rimproper a1="CE1" a2="ND1" a3="NE2" a4="HE1"/>
755     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
756     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
757     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
758     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
759     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="ND1 CG CE1"/>
760     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD2 CG NE2"/>
761     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE1 ND1 NE2"/>
762   </residue>
764   <residue restype="HISB">
765     <ratom name="N">
766     <ratom name="H">
767     <ratom name="CA">
768     <ratom name="HA">
769     <ratom name="CB">
770     <ratom name="HB1">
771     <ratom name="HB2">
772     <ratom name="CG">
773     <ratom name="ND1">
774     <ratom name="CD2">
775     <ratom name="HD2">
776     <ratom name="CE1">
777     <ratom name="HE1">
778     <ratom name="NE2">
779     <ratom name="HE2">
780     <ratom name="C">
781     <ratom name="O">
782     <rbond a1="N" a2="H"/>
783     <rbond a1="N" a2="CA"/>
784     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
785     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
786     <rbond a1="CA" a2="C"/>
787     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
788     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
789     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
790     <rbond a1="CG" a2="ND1"/>
791     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
792     <rbond a1="ND1" a2="CE1"/>
793     <rbond a1="CD2" a2="HD2"/>
794     <rbond a1="CD2" a2="NE2"/>
795     <rbond a1="CE1" a2="HE1"/>
796     <rbond a1="CE1" a2="NE2"/>
797     <rbond a1="NE2" a2="HE2"/>
798     <rbond a1="C" a2="O"/>
799     <rbond a1="-C" a2="N"/>
800     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
801     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
802     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CD2" a4="CB"/>
803     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="ND1" a4="CE1"/>
804     <rimproper a1="ND1" a2="CG" a3="CD2" a4="NE2"/>
805     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CE1" a4="NE2"/>
806     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="NE2" a4="CE1"/>
807     <rimproper a1="CD2" a2="NE2" a3="CE1" a4="ND1"/>
808     <rimproper a1="CE1" a2="ND1" a3="NE2" a4="HE1"/>
809     <rimproper a1="NE2" a2="CD2" a3="CE1" a4="HE2"/>
810     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="NE2" a4="HD2"/>
811     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
812     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
813     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
814     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
815     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="NE2 CE1 CD2"/>
816     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD2 CG NE2"/>
817     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE1 ND1 NE2"/>
818   </residue>
820   <residue restype="HISH">
821     <ratom name="N">
822     <ratom name="H">
823     <ratom name="CA">
824     <ratom name="HA">
825     <ratom name="CB">
826     <ratom name="HB1">
827     <ratom name="HB2">
828     <ratom name="CG">
829     <ratom name="ND1">
830     <ratom name="HD1">
831     <ratom name="CD2">
832     <ratom name="HD2">
833     <ratom name="CE1">
834     <ratom name="HE1">
835     <ratom name="NE2">
836     <ratom name="HE2">
837     <ratom name="C">
838     <ratom name="O">
839     <rbond a1="N" a2="H"/>
840     <rbond a1="N" a2="CA"/>
841     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
842     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
843     <rbond a1="CA" a2="C"/>
844     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
845     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
846     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
847     <rbond a1="CG" a2="ND1"/>
848     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
849     <rbond a1="ND1" a2="HD1"/>
850     <rbond a1="ND1" a2="CE1"/>
851     <rbond a1="CD2" a2="HD2"/>
852     <rbond a1="CD2" a2="NE2"/>
853     <rbond a1="CE1" a2="HE1"/>
854     <rbond a1="CE1" a2="NE2"/>
855     <rbond a1="NE2" a2="HE2"/>
856     <rbond a1="C" a2="O"/>
857     <rbond a1="-C" a2="N"/>
858     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
859     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
860     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CD2" a4="CB"/>
861     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="ND1" a4="CE1"/>
862     <rimproper a1="ND1" a2="CG" a3="CD2" a4="NE2"/>
863     <rimproper a1="CG" a2="ND1" a3="CE1" a4="NE2"/>
864     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="NE2" a4="CE1"/>
865     <rimproper a1="CD2" a2="NE2" a3="CE1" a4="ND1"/>
866     <rimproper a1="ND1" a2="CG" a3="CE1" a4="HD1"/>
867     <rimproper a1="CE1" a2="ND1" a3="NE2" a4="HE1"/>
868     <rimproper a1="NE2" a2="CE1" a3="CD2" a4="HE2"/>
869     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="NE2" a4="HD2"/>
870     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
871     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
872     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
873     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
874     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD2 CG NE2"/>
875     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE1 ND1 NE2"/>
876     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="ND1 CG CE1"/>
877     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="NE2 CE1 CD2"/>
878   </residue>
880   <residue restype="HOH">
881     <ratom name="OW">
882     <ratom name="HW1">
883     <ratom name="HW2">
884     <rbond a1="OW" a2="HW1"/>
885     <rbond a1="OW" a2="HW2"/>
886     <raddh hclass="polar"     addgeom="7" addnum="2" addto="OW (null) (null)"/>
887   </residue>
889   <residue restype="HYP">
890     <ratom name="N">
891     <ratom name="CA">
892     <ratom name="HA">
893     <ratom name="CB">
894     <ratom name="HB1">
895     <ratom name="HB2">
896     <ratom name="CG">
897     <ratom name="HG">
898     <ratom name="OD1">
899     <ratom name="HD1">
900     <ratom name="CD2">
901     <ratom name="HD1">
902     <ratom name="HD2">
903     <ratom name="C">
904     <ratom name="O">
905     <rbond a1="N" a2="CA"/>
906     <rbond a1="CA" a2="C"/>
907     <rbond a1="C" a2="O"/>
908     <rbond a1="-C" a2="N"/>
909     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
910     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
911     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
912     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
913     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
914     <rbond a1="CG" a2="HG"/>
915     <rbond a1="CG" a2="OD1"/>
916     <rbond a1="OD1" a2="HD1"/>
917     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
918     <rbond a1="CD2" a2="HD1"/>
919     <rbond a1="CD2" a2="HD2"/>
920     <rbond a1="CD2" a2="N"/>
921     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="CD2"/>
922     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
923     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
924     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="CB" a4="OD1"/>
925     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
926     <raddh hclass="polar"     addgeom="2" addnum="1" addto="OD1 CG CB"/>
927     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CG CB OD1 CD2"/>
928   </residue>
930   <residue restype="ILE">
931     <ratom name="N">
932     <ratom name="H">
933     <ratom name="CA">
934     <ratom name="HA">
935     <ratom name="CB">
936     <ratom name="HB">
937     <ratom name="CG1">
938     <ratom name="HG11">
939     <ratom name="HG12">
940     <ratom name="CG2">
941     <ratom name="HG21">
942     <ratom name="HG22">
943     <ratom name="HG23">
944     <ratom name="CD">
945     <ratom name="HD1">
946     <ratom name="HD2">
947     <ratom name="HD3">
948     <ratom name="C">
949     <ratom name="O">
950     <rbond a1="N" a2="H"/>
951     <rbond a1="N" a2="CA"/>
952     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
953     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
954     <rbond a1="CA" a2="C"/>
955     <rbond a1="CB" a2="HB"/>
956     <rbond a1="CB" a2="CG1"/>
957     <rbond a1="CB" a2="CG2"/>
958     <rbond a1="CG1" a2="HG11"/>
959     <rbond a1="CG1" a2="HG12"/>
960     <rbond a1="CG1" a2="CD"/>
961     <rbond a1="CG2" a2="HG21"/>
962     <rbond a1="CG2" a2="HG22"/>
963     <rbond a1="CG2" a2="HG23"/>
964     <rbond a1="CD" a2="HD1"/>
965     <rbond a1="CD" a2="HD2"/>
966     <rbond a1="CD" a2="HD3"/>
967     <rbond a1="C" a2="O"/>
968     <rbond a1="-C" a2="N"/>
969     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
970     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
971     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
972     <rimproper a1="CB" a2="CG1" a3="CG2" a4="CA"/>
973     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
974     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
975     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CB CA CG1 CG2"/>
976     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG1 CD CB"/>
977     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CG2 CB CA"/>
978     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CD CG1 CB"/>
979   </residue>
981   <residue restype="LEU">
982     <ratom name="N">
983     <ratom name="H">
984     <ratom name="CA">
985     <ratom name="HA">
986     <ratom name="CB">
987     <ratom name="HB1">
988     <ratom name="HB2">
989     <ratom name="CG">
990     <ratom name="HG">
991     <ratom name="CD1">
992     <ratom name="HD11">
993     <ratom name="HD12">
994     <ratom name="HD13">
995     <ratom name="CD2">
996     <ratom name="HD21">
997     <ratom name="HD22">
998     <ratom name="HD23">
999     <ratom name="C">
1000     <ratom name="O">
1001     <rbond a1="N" a2="H"/>
1002     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1003     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1004     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1005     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1006     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1007     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1008     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1009     <rbond a1="CG" a2="HG"/>
1010     <rbond a1="CG" a2="CD1"/>
1011     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
1012     <rbond a1="CD1" a2="HD11"/>
1013     <rbond a1="CD1" a2="HD12"/>
1014     <rbond a1="CD1" a2="HD13"/>
1015     <rbond a1="CD2" a2="HD21"/>
1016     <rbond a1="CD2" a2="HD22"/>
1017     <rbond a1="CD2" a2="HD23"/>
1018     <rbond a1="C" a2="O"/>
1019     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1020     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1021     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1022     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1023     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="CD1" a4="CB"/>
1024     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1025     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1026     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1027     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CG CB CD1 CD2"/>
1028     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CD1 CG CB"/>
1029     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CD2 CG CB"/>
1030   </residue>
1032   <residue restype="LYS">
1033     <ratom name="N">
1034     <ratom name="H">
1035     <ratom name="CA">
1036     <ratom name="HA">
1037     <ratom name="CB">
1038     <ratom name="HB1">
1039     <ratom name="HB2">
1040     <ratom name="CG">
1041     <ratom name="HG1">
1042     <ratom name="HG2">
1043     <ratom name="CD">
1044     <ratom name="HD1">
1045     <ratom name="HD2">
1046     <ratom name="CE">
1047     <ratom name="HE1">
1048     <ratom name="HE2">
1049     <ratom name="NZ">
1050     <ratom name="HZ1">
1051     <ratom name="HZ2">
1052     <ratom name="C">
1053     <ratom name="O">
1054     <rbond a1="N" a2="H"/>
1055     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1056     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1057     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1058     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1059     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1060     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1061     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1062     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
1063     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
1064     <rbond a1="CG" a2="CD"/>
1065     <rbond a1="CD" a2="HD1"/>
1066     <rbond a1="CD" a2="HD2"/>
1067     <rbond a1="CD" a2="CE"/>
1068     <rbond a1="CE" a2="HE1"/>
1069     <rbond a1="CE" a2="HE2"/>
1070     <rbond a1="CE" a2="NZ"/>
1071     <rbond a1="NZ" a2="HZ1"/>
1072     <rbond a1="NZ" a2="HZ2"/>
1073     <rbond a1="C" a2="O"/>
1074     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1075     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1076     <rimproper a1="NZ" a2="CE" a3="HZ2" a4="NZ"/>
1077     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1078     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1079     <rimproper a1="NZ" a2="CE" a3="HZ2" a4="HZ1"/>
1080     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1081     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1082     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1083     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG CD CB"/>
1084     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CD CE CG"/>
1085     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CE NZ CD"/>
1086     <raddh hclass="polar"     addgeom="4" addnum="2" addto="NZ CE CD"/>
1087   </residue>
1089   <residue restype="LYSH">
1090     <ratom name="N">
1091     <ratom name="H">
1092     <ratom name="CA">
1093     <ratom name="HA">
1094     <ratom name="CB">
1095     <ratom name="HB1">
1096     <ratom name="HB2">
1097     <ratom name="CG">
1098     <ratom name="HG1">
1099     <ratom name="HG2">
1100     <ratom name="CD">
1101     <ratom name="HD1">
1102     <ratom name="HD2">
1103     <ratom name="CE">
1104     <ratom name="HE1">
1105     <ratom name="HE2">
1106     <ratom name="NZ">
1107     <ratom name="HZ1">
1108     <ratom name="HZ2">
1109     <ratom name="HZ3">
1110     <ratom name="C">
1111     <ratom name="O">
1112     <rbond a1="N" a2="H"/>
1113     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1114     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1115     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1116     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1117     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1118     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1119     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1120     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
1121     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
1122     <rbond a1="CG" a2="CD"/>
1123     <rbond a1="CD" a2="HD1"/>
1124     <rbond a1="CD" a2="HD2"/>
1125     <rbond a1="CD" a2="CE"/>
1126     <rbond a1="CE" a2="HE1"/>
1127     <rbond a1="CE" a2="HE2"/>
1128     <rbond a1="CE" a2="NZ"/>
1129     <rbond a1="NZ" a2="HZ1"/>
1130     <rbond a1="NZ" a2="HZ2"/>
1131     <rbond a1="NZ" a2="HZ3"/>
1132     <rbond a1="C" a2="O"/>
1133     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1134     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1135     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1136     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1137     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1138     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1139     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1140     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG CD CB"/>
1141     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CD CE CG"/>
1142     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CE NZ CD"/>
1143     <raddh hclass="polar"     addgeom="4" addnum="3" addto="NZ CE CD"/>
1144   </residue>
1146   <residue restype="MET">
1147     <ratom name="N">
1148     <ratom name="H">
1149     <ratom name="CA">
1150     <ratom name="HA">
1151     <ratom name="CB">
1152     <ratom name="HB1">
1153     <ratom name="HB2">
1154     <ratom name="CG">
1155     <ratom name="HG1">
1156     <ratom name="HG2">
1157     <ratom name="SD">
1158     <ratom name="CE">
1159     <ratom name="HE1">
1160     <ratom name="HE2">
1161     <ratom name="HE3">
1162     <ratom name="C">
1163     <ratom name="O">
1164     <rbond a1="N" a2="H"/>
1165     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1166     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1167     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1168     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1169     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1170     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1171     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1172     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
1173     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
1174     <rbond a1="CG" a2="SD"/>
1175     <rbond a1="SD" a2="CE"/>
1176     <rbond a1="CE" a2="HE1"/>
1177     <rbond a1="CE" a2="HE2"/>
1178     <rbond a1="CE" a2="HE3"/>
1179     <rbond a1="C" a2="O"/>
1180     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1181     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1182     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1183     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1184     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1185     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1186     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1187     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG SD CB"/>
1188     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CE SD CG"/>
1189   </residue>
1191   <residue restype="NAC">
1192     <ratom name="N">
1193     <ratom name="H">
1194     <ratom name="CA">
1195     <ratom name="HA1">
1196     <ratom name="HA2">
1197     <ratom name="HA3">
1198     <rbond a1="N" a2="H"/>
1199     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1200     <rbond a1="CA" a2="HA1"/>
1201     <rbond a1="CA" a2="HA2"/>
1202     <rbond a1="CA" a2="HA3"/>
1203     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1204     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1205     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1206     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CA N -C"/>
1207   </residue>
1209   <residue restype="NH2">
1210     <ratom name="N">
1211     <ratom name="H1">
1212     <ratom name="H2">
1213     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1214     <rbond a1="N" a2="H1"/>
1215     <rbond a1="N" a2="H2"/>
1216     <rimproper a1="-C" a2="H1" a3="H2" a4="N"/>
1217     <rimproper a1="-C" a2="-O" a3="N" a4="-CA"/>
1218     <raddh hclass="polar"     addgeom="3" addnum="2" addto="N -C -CA"/>
1219   </residue>
1221   <residue restype="OCT">
1222     <ratom name="C1">
1223     <ratom name="H11">
1224     <ratom name="H12">
1225     <ratom name="H13">
1226     <ratom name="C2">
1227     <ratom name="H21">
1228     <ratom name="H22">
1229     <ratom name="C3">
1230     <ratom name="H31">
1231     <ratom name="H32">
1232     <ratom name="C4">
1233     <ratom name="H41">
1234     <ratom name="H42">
1235     <ratom name="C5">
1236     <ratom name="H51">
1237     <ratom name="H52">
1238     <ratom name="C6">
1239     <ratom name="H61">
1240     <ratom name="H62">
1241     <ratom name="C7">
1242     <ratom name="H71">
1243     <ratom name="H72">
1244     <ratom name="C8">
1245     <ratom name="H81">
1246     <ratom name="H82">
1247     <ratom name="O9">
1248     <ratom name="H10">
1249     <rbond a1="C1" a2="H11"/>
1250     <rbond a1="C1" a2="H12"/>
1251     <rbond a1="C1" a2="H13"/>
1252     <rbond a1="C1" a2="C2"/>
1253     <rbond a1="C2" a2="H21"/>
1254     <rbond a1="C2" a2="H22"/>
1255     <rbond a1="C2" a2="C3"/>
1256     <rbond a1="C3" a2="H31"/>
1257     <rbond a1="C3" a2="H32"/>
1258     <rbond a1="C3" a2="C4"/>
1259     <rbond a1="C4" a2="H41"/>
1260     <rbond a1="C4" a2="H42"/>
1261     <rbond a1="C4" a2="C5"/>
1262     <rbond a1="C5" a2="H51"/>
1263     <rbond a1="C5" a2="H52"/>
1264     <rbond a1="C5" a2="C6"/>
1265     <rbond a1="C6" a2="H61"/>
1266     <rbond a1="C6" a2="H62"/>
1267     <rbond a1="C6" a2="C7"/>
1268     <rbond a1="C7" a2="H71"/>
1269     <rbond a1="C7" a2="H72"/>
1270     <rbond a1="C7" a2="C8"/>
1271     <rbond a1="C8" a2="H81"/>
1272     <rbond a1="C8" a2="H82"/>
1273     <rbond a1="C8" a2="O9"/>
1274     <rbond a1="O9" a2="H10"/>
1275     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="C1 C2 C3"/>
1276     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="C2 C1 C3"/>
1277     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="C3 C2 C4"/>
1278     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="C4 C3 C5"/>
1279     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="C5 C4 C6"/>
1280     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="C6 C5 C7"/>
1281     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="C7 C6 C8"/>
1282     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="C8 C7 O9"/>
1283   </residue>
1285   <residue restype="PHE">
1286     <ratom name="N">
1287     <ratom name="H">
1288     <ratom name="CA">
1289     <ratom name="HA">
1290     <ratom name="CB">
1291     <ratom name="HB1">
1292     <ratom name="HB2">
1293     <ratom name="CG">
1294     <ratom name="CD1">
1295     <ratom name="HD1">
1296     <ratom name="CD2">
1297     <ratom name="HD2">
1298     <ratom name="CE1">
1299     <ratom name="HE1">
1300     <ratom name="CE2">
1301     <ratom name="HE2">
1302     <ratom name="CZ">
1303     <ratom name="HZ">
1304     <ratom name="C">
1305     <ratom name="O">
1306     <rbond a1="N" a2="H"/>
1307     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1308     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1309     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1310     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1311     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1312     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1313     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1314     <rbond a1="CG" a2="CD1"/>
1315     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
1316     <rbond a1="CD1" a2="HD1"/>
1317     <rbond a1="CD1" a2="CE1"/>
1318     <rbond a1="CD2" a2="HD2"/>
1319     <rbond a1="CD2" a2="CE2"/>
1320     <rbond a1="CE1" a2="HE1"/>
1321     <rbond a1="CE1" a2="CZ"/>
1322     <rbond a1="CE2" a2="HE2"/>
1323     <rbond a1="CE2" a2="CZ"/>
1324     <rbond a1="CZ" a2="HZ"/>
1325     <rbond a1="C" a2="O"/>
1326     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1327     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1328     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1329     <rimproper a1="CG" a2="CD1" a3="CD2" a4="CB"/>
1330     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="CD1" a4="CE1"/>
1331     <rimproper a1="CD1" a2="CG" a3="CD2" a4="CE2"/>
1332     <rimproper a1="CG" a2="CD1" a3="CE1" a4="CZ"/>
1333     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="CE2" a4="CZ"/>
1334     <rimproper a1="CD1" a2="CE1" a3="CZ" a4="CE2"/>
1335     <rimproper a1="CD2" a2="CE2" a3="CZ" a4="CE1"/>
1336     <rimproper a1="CD1" a2="CE1" a3="CG" a4="HD1"/>
1337     <rimproper a1="CE1" a2="CZ" a3="CD1" a4="HE1"/>
1338     <rimproper a1="CZ" a2="CE2" a3="CE1" a4="HZ"/>
1339     <rimproper a1="CE2" a2="CD2" a3="CZ" a4="HE2"/>
1340     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="CE2" a4="HD2"/>
1341     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1342     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1343     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1344     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1345     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD1 CG CE1"/>
1346     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD2 CG CE2"/>
1347     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE1 CD1 CZ"/>
1348     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE2 CD2 CZ"/>
1349     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CZ CE1 CE2"/>
1350   </residue>
1352   <residue restype="PRO">
1353     <ratom name="N">
1354     <ratom name="CA">
1355     <ratom name="HA">
1356     <ratom name="CB">
1357     <ratom name="HB1">
1358     <ratom name="HB2">
1359     <ratom name="CG">
1360     <ratom name="HG1">
1361     <ratom name="HG2">
1362     <ratom name="CD">
1363     <ratom name="HD1">
1364     <ratom name="HD2">
1365     <ratom name="C">
1366     <ratom name="O">
1367     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1368     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1369     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1370     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1371     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1372     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1373     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1374     <rbond a1="CG" a2="HG1"/>
1375     <rbond a1="CG" a2="HG2"/>
1376     <rbond a1="CG" a2="CD"/>
1377     <rbond a1="CD" a2="HD1"/>
1378     <rbond a1="CD" a2="HD2"/>
1379     <rbond a1="CD" a2="N"/>
1380     <rbond a1="C" a2="O"/>
1381     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1382     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="CD"/>
1383     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1384     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1385     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1386     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1387     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CG CD CB"/>
1388     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CD N CG"/>
1389   </residue>
1391   <residue restype="SER">
1392     <ratom name="N">
1393     <ratom name="H">
1394     <ratom name="CA">
1395     <ratom name="HA">
1396     <ratom name="CB">
1397     <ratom name="HB1">
1398     <ratom name="HB2">
1399     <ratom name="OG">
1400     <ratom name="HG">
1401     <ratom name="C">
1402     <ratom name="O">
1403     <rbond a1="N" a2="H"/>
1404     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1405     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1406     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1407     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1408     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1409     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1410     <rbond a1="CB" a2="OG"/>
1411     <rbond a1="OG" a2="HG"/>
1412     <rbond a1="C" a2="O"/>
1413     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1414     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1415     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1416     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1417     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1418     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1419     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB OG CA"/>
1420     <raddh hclass="polar"     addgeom="2" addnum="1" addto="OG CB CA"/>
1421   </residue>
1423   <residue restype="THR">
1424     <ratom name="N">
1425     <ratom name="H">
1426     <ratom name="CA">
1427     <ratom name="HA">
1428     <ratom name="CB">
1429     <ratom name="HB">
1430     <ratom name="OG1">
1431     <ratom name="HG1">
1432     <ratom name="CG2">
1433     <ratom name="HG21">
1434     <ratom name="HG22">
1435     <ratom name="HG23">
1436     <ratom name="C">
1437     <ratom name="O">
1438     <rbond a1="N" a2="H"/>
1439     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1440     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1441     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1442     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1443     <rbond a1="CB" a2="HB"/>
1444     <rbond a1="CB" a2="OG1"/>
1445     <rbond a1="CB" a2="CG2"/>
1446     <rbond a1="OG1" a2="HG1"/>
1447     <rbond a1="CG2" a2="HG21"/>
1448     <rbond a1="CG2" a2="HG22"/>
1449     <rbond a1="CG2" a2="HG23"/>
1450     <rbond a1="C" a2="O"/>
1451     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1452     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1453     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1454     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1455     <rimproper a1="CB" a2="OG1" a3="CG2" a4="CA"/>
1456     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1457     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1458     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CB CA OG1 CG2"/>
1459     <raddh hclass="polar"     addgeom="2" addnum="1" addto="OG1 CB CA"/>
1460     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CG2 CB CA"/>
1461   </residue>
1463   <residue restype="TRP">
1464     <ratom name="N">
1465     <ratom name="H">
1466     <ratom name="CA">
1467     <ratom name="HA">
1468     <ratom name="CB">
1469     <ratom name="HB1">
1470     <ratom name="HB2">
1471     <ratom name="CG">
1472     <ratom name="CD1">
1473     <ratom name="HD1">
1474     <ratom name="CD2">
1475     <ratom name="NE1">
1476     <ratom name="HE1">
1477     <ratom name="CE2">
1478     <ratom name="CE3">
1479     <ratom name="HE3">
1480     <ratom name="CZ2">
1481     <ratom name="HZ2">
1482     <ratom name="CZ3">
1483     <ratom name="HZ3">
1484     <ratom name="CH2">
1485     <ratom name="HH2">
1486     <ratom name="C">
1487     <ratom name="O">
1488     <rbond a1="N" a2="H"/>
1489     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1490     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1491     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1492     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1493     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1494     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1495     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1496     <rbond a1="CG" a2="CD1"/>
1497     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
1498     <rbond a1="CD1" a2="HD1"/>
1499     <rbond a1="CD1" a2="NE1"/>
1500     <rbond a1="CD2" a2="CE2"/>
1501     <rbond a1="CD2" a2="CE3"/>
1502     <rbond a1="NE1" a2="HE1"/>
1503     <rbond a1="NE1" a2="CE2"/>
1504     <rbond a1="CE2" a2="CZ2"/>
1505     <rbond a1="CE3" a2="HE3"/>
1506     <rbond a1="CE3" a2="CZ3"/>
1507     <rbond a1="CZ2" a2="HZ2"/>
1508     <rbond a1="CZ2" a2="CH2"/>
1509     <rbond a1="CZ3" a2="HZ3"/>
1510     <rbond a1="CZ3" a2="CH2"/>
1511     <rbond a1="CH2" a2="HH2"/>
1512     <rbond a1="C" a2="O"/>
1513     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1514     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1515     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1516     <rimproper a1="CG" a2="CD1" a3="CD2" a4="CB"/>
1517     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="CD1" a4="NE1"/>
1518     <rimproper a1="CD1" a2="CG" a3="CD2" a4="CE2"/>
1519     <rimproper a1="CG" a2="CD1" a3="NE1" a4="CE2"/>
1520     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="CE2" a4="NE1"/>
1521     <rimproper a1="CD1" a2="NE1" a3="CE2" a4="CD2"/>
1522     <rimproper a1="NE1" a2="CD1" a3="CE2" a4="HE1"/>
1523     <rimproper a1="CD1" a2="CG" a3="NE1" a4="HD1"/>
1524     <rimproper a1="CD2" a2="CE2" a3="CE3" a4="CG"/>
1525     <rimproper a1="CE2" a2="CD2" a3="CZ2" a4="NE1"/>
1526     <rimproper a1="CE3" a2="CD2" a3="CE2" a4="CZ2"/>
1527     <rimproper a1="CD2" a2="CE2" a3="CZ2" a4="CH2"/>
1528     <rimproper a1="CE2" a2="CD2" a3="CE3" a4="CZ3"/>
1529     <rimproper a1="CE2" a2="CZ2" a3="CH2" a4="CZ3"/>
1530     <rimproper a1="CD2" a2="CE3" a3="CZ3" a4="CH2"/>
1531     <rimproper a1="CE3" a2="CZ3" a3="CH2" a4="CZ2"/>
1532     <rimproper a1="CE3" a2="CD2" a3="CZ3" a4="HE3"/>
1533     <rimproper a1="CZ3" a2="CE3" a3="CH2" a4="HZ3"/>
1534     <rimproper a1="CH2" a2="CZ3" a3="CZ2" a4="HH2"/>
1535     <rimproper a1="CZ2" a2="CH2" a3="CE2" a4="HZ2"/>
1536     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1537     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1538     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1539     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1540     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD1 NE1 CG"/>
1541     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="NE1 CD1 CE2"/>
1542     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE3 CD2 CZ3"/>
1543     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CZ3 CE3 CH2"/>
1544     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CH2 CZ3 CZ2"/>
1545     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CZ2 CE2 CH2"/>
1546   </residue>
1548   <residue restype="TYR">
1549     <ratom name="N">
1550     <ratom name="H">
1551     <ratom name="CA">
1552     <ratom name="HA">
1553     <ratom name="CB">
1554     <ratom name="HB1">
1555     <ratom name="HB2">
1556     <ratom name="CG">
1557     <ratom name="CD1">
1558     <ratom name="HD1">
1559     <ratom name="CD2">
1560     <ratom name="HD2">
1561     <ratom name="CE1">
1562     <ratom name="HE1">
1563     <ratom name="CE2">
1564     <ratom name="HE2">
1565     <ratom name="CZ">
1566     <ratom name="OH">
1567     <ratom name="HH">
1568     <ratom name="C">
1569     <ratom name="O">
1570     <rbond a1="N" a2="H"/>
1571     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1572     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1573     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1574     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1575     <rbond a1="CB" a2="HB1"/>
1576     <rbond a1="CB" a2="HB2"/>
1577     <rbond a1="CB" a2="CG"/>
1578     <rbond a1="CG" a2="CD1"/>
1579     <rbond a1="CG" a2="CD2"/>
1580     <rbond a1="CD1" a2="HD1"/>
1581     <rbond a1="CD1" a2="CE1"/>
1582     <rbond a1="CD2" a2="HD2"/>
1583     <rbond a1="CD2" a2="CE2"/>
1584     <rbond a1="CE1" a2="HE1"/>
1585     <rbond a1="CE1" a2="CZ"/>
1586     <rbond a1="CE2" a2="HE2"/>
1587     <rbond a1="CE2" a2="CZ"/>
1588     <rbond a1="CZ" a2="OH"/>
1589     <rbond a1="OH" a2="HH"/>
1590     <rbond a1="C" a2="O"/>
1591     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1592     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1593     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1594     <rimproper a1="CG" a2="CD1" a3="CD2" a4="CB"/>
1595     <rimproper a1="CD2" a2="CG" a3="CD1" a4="CE1"/>
1596     <rimproper a1="CD1" a2="CG" a3="CD2" a4="CE2"/>
1597     <rimproper a1="CG" a2="CD1" a3="CE1" a4="CZ"/>
1598     <rimproper a1="CG" a2="CD2" a3="CE2" a4="CZ"/>
1599     <rimproper a1="CD1" a2="CE1" a3="CZ" a4="CE2"/>
1600     <rimproper a1="CD2" a2="CE2" a3="CZ" a4="CE1"/>
1601     <rimproper a1="CD1" a2="CE1" a3="CG" a4="HD1"/>
1602     <rimproper a1="CE1" a2="CD1" a3="CZ" a4="HE1"/>
1603     <rimproper a1="CZ" a2="CE1" a3="CE2" a4="OH"/>
1604     <rimproper a1="CE2" a2="CZ" a3="CD2" a4="HE2"/>
1605     <rimproper a1="CD2" a2="CE2" a3="CG" a4="HD2"/>
1606     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1607     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1608     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1609     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="6" addnum="2" addto="CB CG CA"/>
1610     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD1 CG CE1"/>
1611     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CD2 CG CE2"/>
1612     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE1 CD1 CZ"/>
1613     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="1" addnum="1" addto="CE2 CD2 CZ"/>
1614     <raddh hclass="polar"     addgeom="2" addnum="1" addto="OH CZ CE1"/>
1615   </residue>
1617   <residue restype="VAL">
1618     <ratom name="N">
1619     <ratom name="H">
1620     <ratom name="CA">
1621     <ratom name="HA">
1622     <ratom name="CB">
1623     <ratom name="HB">
1624     <ratom name="CG1">
1625     <ratom name="HG11">
1626     <ratom name="HG12">
1627     <ratom name="HG13">
1628     <ratom name="CG2">
1629     <ratom name="HG21">
1630     <ratom name="HG22">
1631     <ratom name="HG23">
1632     <ratom name="C">
1633     <ratom name="O">
1634     <rbond a1="N" a2="H"/>
1635     <rbond a1="N" a2="CA"/>
1636     <rbond a1="CA" a2="HA"/>
1637     <rbond a1="CA" a2="CB"/>
1638     <rbond a1="CA" a2="C"/>
1639     <rbond a1="CB" a2="HB"/>
1640     <rbond a1="CB" a2="CG1"/>
1641     <rbond a1="CB" a2="CG2"/>
1642     <rbond a1="CG1" a2="HG11"/>
1643     <rbond a1="CG1" a2="HG12"/>
1644     <rbond a1="CG1" a2="HG13"/>
1645     <rbond a1="CG2" a2="HG21"/>
1646     <rbond a1="CG2" a2="HG22"/>
1647     <rbond a1="CG2" a2="HG23"/>
1648     <rbond a1="C" a2="O"/>
1649     <rbond a1="-C" a2="N"/>
1650     <rimproper a1="N" a2="-C" a3="CA" a4="H"/>
1651     <rimproper a1="-C" a2="-CA" a3="N" a4="-O"/>
1652     <rimproper a1="CA" a2="N" a3="C" a4="CB"/>
1653     <rimproper a1="CB" a2="CG2" a3="CG1" a4="CA"/>
1654     <raddh hclass="polar"     addgeom="1" addnum="1" addto="N -C CA"/>
1655     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CA N C CB"/>
1656     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="5" addnum="1" addto="CB CA CG1 CG2"/>
1657     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CG1 CB CA"/>
1658     <raddh hclass="aliphatic" addgeom="4" addnum="3" addto="CG2 CB CA"/>
1659   </residue>
1661   <linkdef linktype="peptide" restype="* *" atomprev="C" atomnext="N" refdist="0.133"/>
1662   <linkdef linktype="unknown" restype="CYS CYS" atomprev="SG" atomnext="SG" refdist="0.2"/>
1663   <linkdef linktype="unknown" restype="CYS HEME" atomprev="SG" atomnext="FE" refdist="0.25"/>
1664   <linkdef linktype="unknown" restype="CYS HEME" atomprev="SG" atomnext="CAB" refdist="0.2"/>
1665   <linkdef linktype="unknown" restype="CYS HEME" atomprev="SG" atomnext="CAC" refdist="0.2"/>
1666   <linkdef linktype="unknown" restype="HIS HEME" atomprev="NE2" atomnext="FE" refdist="0.2"/>
1668   <moddef modtype="None"
1669   </moddef>
1671   <moddef modtype="NH3+"
1672     <modreplace oldname="N" newname="N"/>
1673     <modreplace oldname="CA" newname="CA"/>
1674     <modadd addname="H" addgeom="4" addto="N CA C"/>
1675     <moddelete delname="H"/>
1676   </moddef>
1678   <moddef modtype="NH2"
1679     <modreplace oldname="N" newname="N"/>
1680     <modadd addname="H" addgeom="4" addto="N CA C"/>
1681     <moddelete delname="H"/>
1682   </moddef>
1684   <moddef modtype="PRO-NH2+"
1685     <modreplace oldname="N" newname="N"/>
1686     <modadd addname="H" addgeom="4" addto="N CA C"/>
1687   </moddef>
1689   <moddef modtype="PRO-NH"
1690     <modreplace oldname="N" newname="N"/>
1691     <modadd addname="H" addgeom="4" addto="N CA C"/>
1692   </moddef>
1694   <moddef modtype="GLY-NH3+"
1695     <modreplace oldname="N" newname="N"/>
1696     <modreplace oldname="CA" newname="CA"/>
1697     <modadd addname="H" addgeom="4" addto="N CA C"/>
1698     <moddelete delname="H"/>
1699   </moddef>
1701   <moddef modtype="None"
1702   </moddef>
1704   <moddef modtype="COO-"
1705     <modreplace oldname="C" newname="C"/>
1706     <modadd addname="O" addgeom="3" addto="C CA N"/>
1707     <moddelete delname="O"/>
1708   </moddef>
1710   <moddef modtype="COOH"
1711     <modreplace oldname="C" newname="C"/>
1712     <modreplace oldname="O" newname="O"/>
1713     <modadd addname="OT" addgeom="2" addto="C CA N"/>
1714     <modadd addname="HO" addgeom="2" addto="O C CA"/>
1715   </moddef>
1717 </residues>