docs/user-guide/index.rst

   1 .. _user guide:
   2
   3 **********
   4 User guide
   5 **********
   6
   7 .. highlight:: bash
   8
   9 This guide provides
  10
  11 * material introducing |Gromacs|
  12 * practical advice for making effective use of |Gromacs|.
  13
  14 For getting, building and installing |Gromacs|, see the
  15 :doc:`/install-guide/index`.
  16 For background on algorithms and implementations, see the
  17 :ref:`reference manual part <gmx-reference-manual-rst>` of the documentation.
  18
  19 |GMX_MANUAL_DOI_STRING|
  20
  21 |GMX_SOURCE_DOI_STRING|
  22
  23 .. TODO This is going to require more organization now that
  24    we are getting more content available.
  25
  26 .. toctree::
  27    :maxdepth: 2
  28
  29    getting-started
  30    system-preparation
  31    managing-simulations
  32    faq
  33    force-fields
  34    cutoff-schemes
  35    cmdline
  36    mdp-options
  37    mdrun-features
  38    mdrun-performance
  39    run-time-errors
  40    cmdline
  41    terminology
  42    environment-variables
  43    floating-point
  44    security
  45    deprecation-policy