| blob | a1202349401a361269262abf9b2beaa3acba765c |
1 ; Table 2.5.2.1
2 ; GROMOS bond-stretching parameters
3 ;
4 ;
5 ; Bond type code
6 ; Force constant
7 ; Ideal bond length
8 ; Examples of usage in terms of non-bonded atom types
9 ;
10 ;
11 ; ICB(H)[N] CB[N] B0[N]
12 ;
13 #define gb_1 0.1000 1.5700e+07
14 ; H - OA 750
15 ;
16 #define gb_2 0.1000 1.8700e+07
17 ; H - N (all) 895
18 ;
19 #define gb_3 0.1090 1.2300e+07
20 ; HC - C 700
21 ;
22 #define gb_4 0.112 3.7000e+07
23 ; C - O (CO in heme) 2220
24 ;
25 #define gb_5 0.1230 1.6600e+07
26 ; C - O 1200
27 ;
28 #define gb_6 0.1250 1.3400e+07
29 ; C - OM 1000
30 ;
31 #define gb_7 0.1320 1.2000e+07
32 ; CR1 - NR (6-ring) 1000
33 ;
34 #define gb_8 0.1330 8.8700e+06
35 ; H - S 750
36 ;
37 #define gb_9 0.1330 1.0600e+07
38 ; C - NT, NL 900
39 ;
40 #define gb_10 0.1330 1.1800e+07
41 ; C, CR1 - N, NR, CR1, C (peptide, 5-ring) 1000
42 ;
43 #define gb_11 0.1340 1.0500e+07
44 ; C - N, NZ, NE 900
45 ;
46 #define gb_12 0.1340 1.1700e+07
47 ; C - NR (no H) (6-ring) 1000
48 ;
49 #define gb_13 0.1360 1.0200e+07
50 ; C - OA 900
51 ;
52 #define gb_14 0.1380 1.1000e+07
53 ; C - NR (heme) 1000
54 ;
55 #define gb_15 0.1390 8.6600e+06
56 ; CH2 - C, CR1 (6-ring) 800
57 ;
58 #define gb_16 0.1390 1.0800e+07
59 ; C, CR1 - CH2, C, CR1 (6-ring) 1000
60 ;
61 #define gb_17 0.1400 8.5400e+06
62 ; C, CR1, CH2 - NR (6-ring) 800
63 ;
64 #define gb_18 0.1430 8.1800e+06
65 ; CHn - OA 800
66 ;
67 #define gb_19 0.1430 9.2100e+06
68 ; CHn - OM 900
69 ;
70 #define gb_20 0.1435 6.1000e+06
71 ; CHn - OA (sugar) 600
72 ;
73 #define gb_21 0.1470 8.7100e+06
74 ; CHn - N, NT, NL, NZ, NE 900
75 ;
76 #define gb_22 0.1480 5.7300e+06
77 ; CHn - NR (5-ring) 600
78 ;
79 #define gb_23 0.1480 7.6400e+06
80 ; CHn - NR (6-ring) 800
81 ;
82 #define gb_24 0.1480 8.6000e+06
83 ; O, OM - P 900
84 ;
85 #define gb_25 0.1500 8.3700e+06
86 ; O - S 900
87 ;
88 #define gb_26 0.1520 5.4300e+06
89 ; CHn - CHn (sugar) 600
90 ;
91 #define gb_27 0.1530 7.1500e+06
92 ; C, CHn - C, CHn 800
93 ;
94 #define gb_28 0.1610 4.8400e+06
95 ; OA - P 600
96 ;
97 #define gb_29 0.1630 4.7200e+06
98 ; OA - SI 600
99 ;
100 #define gb_30 0.1780 2.7200e+06
101 ; FE - C (Heme)
102 ;
103 #define gb_31 0.1780 5.9400e+06
104 ; CH3 - S 900
105 ;
106 #define gb_32 0.1830 5.6200e+06
107 ; CH2 - S 900
108 ;
109 #define gb_33 0.1870 3.5900e+06
110 ; CH1 - SI 600
111 ;
112 #define gb_34 0.198 0.6400e+06
113 ; NR - FE 120
114 ;
115 #define gb_35 0.200 0.6280e+06
116 ; NR (heme) - FE 120
117 ;
118 #define gb_36 0.2040 5.0300e+06
119 ; S - S 1000
120 ;
121 #define gb_37 0.221 0.5400e+06
122 ; NR - FE 126
123 ;
124 #define gb_38 0.1000 2.3200e+07
125 ; HWat - OWat 1110
126 ;
127 #define gb_39 0.1100 1.2100e+07
128 ; HChl - CChl 700
129 ;
130 #define gb_40 0.1758 8.1200e+06
131 ; CChl - CLChl 1200
132 ;
133 #define gb_41 0.1530 8.0400e+06
134 ; ODmso - SDmso 900
135 ;
136 #define gb_42 0.193799 4.9500e+06
137 ; SDmso - CDmso 890
138 ;
139 #define gb_43 0.1760 8.1000e+06
140 ; CCl4 - CLCl4 1200
141 ;
142 #define gb_44 0.1265 1.3100e+07
143 ; CUrea - OUrea 1000
144 ;
145 #define gb_45 0.135 1.0300e+07
146 ; CUrea - NUrea 900
147 ;
148 #define gb_46 0.163299 8.7100e+06
149 ; HWat - HWat 1110
150 ;
151 #define gb_47 0.233839 2.6800e+06
152 ; HChl - CLChl 700
153 ;
154 #define gb_48 0.290283 2.9800e+06
155 ; CLChl - CLChl 1200
156 ;
157 #define gb_49 0.279388 2.3900e+06
158 ; ODmso - CDmso 890
159 ;
160 #define gb_50 0.291189 2.1900e+06
161 ; CDmso - CDmso 890
162 ;
163 #define gb_51 0.2077 3.9700e+06
164 ; HMet - CMet 820
165 ;
166 #define gb_52 0.287407 3.0400e+06
167 ; CLCl4 - CLCl4 1200
168 ;
169 ;---
170 ; Table 2.5.3.1.
171 ; GROMOS bond-angle bending parameters
172 ;
173 ;
174 ; Bond-angle type code
175 ; Force constant
176 ; Ideal bond angle
177 ; Example of usage in terms of non-bonded atom types
178 ;
179 ;
180 ; ICT(H)[N] CT[N] (T0[N])
181 ;
182 #define ga_1 90.00 380.00
183 ; NR(heme) - FE - C 90
184 ;
185 #define ga_2 90.00 420.00
186 ; NR(heme) - FE - NR(heme) 100
187 ;
188 #define ga_3 96.00 405.00
189 ; H - S - CH2 95
190 ;
191 #define ga_4 100.00 475.00
192 ; CH2 - S - CH3 110
193 ;
194 #define ga_5 103.00 420.00
195 ; OA - P - OA 95
196 ;
197 #define ga_6 104.00 490.00
198 ; CH2 - S - S 110
199 ;
200 #define ga_7 108.00 465.00
201 ; NR, C, CR1(5-ring) 100
202 ;
203 #define ga_8 109.50 285.00
204 ; CHn - CHn - CHn, NR(6-ring) (sugar) 60
205 ;
206 #define ga_9 109.50 320.00
207 ; CHn, OA - CHn - OA, NR(ring) (sugar) 68
208 ;
209 #define ga_10 109.50 380.00
210 ; H - NL, NT - H, CHn - OA - CHn(sugar) 80
211 ;
212 #define ga_11 109.50 425.00
213 ; H - NL - C, CHn H - NT - CHn 90
214 ;
215 #define ga_12 109.50 450.00
216 ; X - OA, SI - X 95
217 ;
218 #define ga_13 109.50 520.00
219 ; CHn,C - CHn - C, CHn, OA, OM, N, NE 110
220 ;
221 #define ga_14 109.60 450.00
222 ; OM - P - OA 95
223 ;
224 #define ga_15 111.00 530.00
225 ; CHn - CHn - C, CHn, OA, NR, NT, NL 110
226 ;
227 #define ga_16 113.00 545.00
228 ; CHn - CH2 - S 110
229 ;
230 #define ga_17 115.00 50.00
231 ; NR(heme) - FE - NR 10
232 ;
233 #define ga_18 115.00 460.00
234 ; H - N - CHn 90
235 ;
236 #define ga_19 115.00 610.00
237 ; CHn, C - C - OA, N, NT, NL 120
238 ;
239 #define ga_20 116.00 465.00
240 ; H - NE - CH2 90
241 ;
242 #define ga_21 116.00 620.00
243 ; CH2 - N - CH1 120
244 ;
245 #define ga_22 117.00 635.00
246 ; CH3 - N - C, CHn - C - OM 120
247 ;
248 #define ga_23 120.00 390.00
249 ; H - NT, NZ, NE - C 70
250 ;
251 #define ga_24 120.00 445.00
252 ; H - NT, NZ - H 80
253 ;
254 #define ga_25 120.00 505.00
255 ; H - N - CH3, H, HC - 6-ring, H - NT - CHn 90
256 ;
257 #define ga_26 120.00 530.00
258 ; P, SI - OA - CHn, P 95
259 ;
260 #define ga_27 120.00 560.00
261 ; N, C, CR1 (6-ring, no H) 100
262 ;
263 #define ga_28 120.00 670.00
264 ; NZ - C - NZ, NE 120
265 ;
266 #define ga_29 120.00 780.00
267 ; OM - P - OM 140
268 ;
269 #define ga_30 121.00 685.00
270 ; O - C - CHn, C CH3 - N - CHn 120
271 ;
272 #define ga_31 122.00 700.00
273 ; CH1, CH2 - N - C 120
274 ;
275 #define ga_32 123.00 415.00
276 ; H - N - C 70
277 ;
278 #define ga_33 124.00 730.00
279 ; O - C - OA, N, NT, NL C - NE - CH2 120
280 ;
281 #define ga_34 125.00 375.00
282 ; FE - NR - CR1 (5-ring) 60
283 ;
284 #define ga_35 125.00 750.00
285 ; - 120
286 ;
287 #define ga_36 126.00 575.00
288 ; H, HC - 5-ring 90
289 ;
290 #define ga_37 126.00 640.00
291 ; X(noH) - 5-ring 100
292 ;
293 #define ga_38 126.00 770.00
294 ; OM - C - OM 120
295 ;
296 #define ga_39 132.00 760.00
297 ; 5, 6 ring connnection 100
298 ;
299 #define ga_40 155.00 2215.00
300 ; SI - OA - SI 95
301 ;
302 #define ga_41 180.00 91350.00
303 ; Fe - C - O (heme) 57
304 ;
305 #define ga_42 109.50 434.00
306 ; HWat - OWat - HWat 92
307 ;
308 #define ga_43 107.57 484.00
309 ; HChl - CChl - CLChl 105
310 ;
311 #define ga_44 111.30 632.00
312 ; CLChl - CChl - CLChl 131
313 ;
314 #define ga_45 97.40 469.00
315 ; CDmso - SDmso - CDmso 110
316 ;
317 #define ga_46 106.75 503.00
318 ; CDmso - SDmso - ODmso 110
319 ;
320 #define ga_47 108.53 443.00
321 ; HMet - OMet - CMet 95
322 ;
323 #define ga_48 109.50 618.00
324 ; CLCl4 - CCl4 - CLCl4 131
325 ;
326 #define ga_49 107.60 507.00
327 ; FTFE - CTFE - FTFE 100
328 ;
329 #define ga_50 109.50 448.00
330 ; HTFE - OTFE - CHTFE 85
331 ;
332 #define ga_51 110.3 524.00
333 ; OTFE - CHTFE - CTFE 97
334 ;
335 #define ga_52 111.4 532.00
336 ; CHTFE - CTFE - FTFE 95
337 ;
338 #define ga_53 117.2 636.00
339 ; NUrea - CUrea - NUrea 120
340 ;
341 #define ga_54 121.4 690.00
342 ; OUrea - CUrea - NUrea 120
343 ;
344 ; Table 2.5.4.1
345 ; GROMOS improper (harmonic) dihedral angle parameters
346 ;
347 ;
348 ; Improper dihedral-angle type code
349 ; Force constant
350 ; Ideal improper dihedral angle
351 ; Example of usage
352 ;
353 ;
354 ; ICQ(H)[N] CQ[N] (Q0[N])
355 ;
356 #define gi_1 0.0 167.42309
357 ; planar groups 40
358 ;
359 #define gi_2 35.26439 334.84617
360 ; tetrahedral centres 80
361 ;
362 #define gi_3 0.0 669.69235
363 ; heme iron 160
364 ;
365 ; Table 2.5.5.1 (Note: changes with respect to the 43A1 table)
366 ; GROMOS (trigonometric) dihedral torsional angle parameters
367 ;
368 ;
369 ; Dihedral-angle type code
370 ; Force constant
371 ; Phase shift
372 ; Multiplicity
373 ; Example of usage in terms of non-bonded atom types
374 ;
375 ;
376 ; ICP(H)[N] CP[N] PD[N] NP[N]
377 ;
378 #define gd_1 180.000 2.67 1
379 ; CHn-CHn-CHn-OA (sugar) 0.6
380 ;
381 #define gd_2 180.000 3.41 1
382 ; OA-CHn-OA-CHn,H (beta sugar) 0.8
383 ;
384 #define gd_3 180.000 4.97 1
385 ; OA-CHn-CHn-OA (sugar) 1.2
386 ;
387 #define gd_4 180.000 5.86 1
388 ; N-CHn-CHn-OA (lipid) 1.4
389 ;
390 #define gd_5 180.000 9.35 1
391 ; OA-CHn-CHn-OA (sugar) 2.2
392 ;
393 #define gd_6 180.000 9.45 1
394 ; OA-CHn-OA-CHn,H (alpha sugar) 2.3
395 ;
396 #define gd_7 0.000 2.79 1
397 ; P-O5*-C5*-C4* (dna) 0.7
398 ;
399 #define gd_8 0.000 5.35 1
400 ; O5*-C5*-C4*-O4* (dna) 1.3
401 ;
402 #define gd_9 180.000 1.53 2
403 ; C1-C2-CAB-CBB (heme) 0.4
404 ;
405 #define gd_10 180.000 5.86 2
406 ; -C-C- 1.4
407 ;
408 #define gd_11 180.000 7.11 2
409 ; -C-OA,OE- (at ring) 1.7
410 ;
411 #define gd_12 180.000 16.7 2
412 ; -C-OA,OE- (carboxyl) 4.0
413 ;
414 #define gd_13 180.000 24.0 2
415 ; CHn-OE-C-CHn (ester lipid) 5.7
416 ;
417 #define gd_14 180.000 33.5 2
418 ; -C-N,NT,NE,NZ,NR- 8.0
419 ;
420 #define gd_15 180.000 41.8 2
421 ; -C-CR1- (6-ring) 10.0
422 ;
423 #define gd_16 0.000 0.0 2
424 ; -CH1(sugar)-NR(base) 0.0
425 ;
426 #define gd_17 0.000 0.418 2
427 ; O-CH1-CHn-no O 0.1
428 ;
429 #define gd_18 0.000 2.09 2
430 ; O-CH1-CHn-O 0.5
431 ;
432 #define gd_19 0.000 3.14 2
433 ; -OA-P- 0.75
434 ;
435 #define gd_20 0.000 5.09 2
436 ; O-P-O- (dna, lipids) 1.2
437 ;
438 #define gd_21 0.000 16.7 2
439 ; -S-S- 4.0
440 ;
441 #define gd_22 0.000 1.05 3
442 ; -OA-P- 0.25
443 ;
444 #define gd_23 0.000 1.26 3
445 ; -CHn-OA(no sugar)- 0.3
446 ;
447 #define gd_24 0.000 1.30 3
448 ; HTFE-OTFE-CHTFE-CTFE 0.3
449 ;
450 #define gd_25 0.000 2.53 3
451 ; O5*-C5*-C4*-O4* (dna) 0.6
452 ;
453 #define gd_26 0.000 2.93 3
454 ; -CH2-S- 0.7
455 ;
456 #define gd_27 0.000 3.19 3
457 ; O-P-O- (dna, lipids) 0.8
458 ;
459 #define gd_28 0.000 3.65 3
460 ; OA-CHn-OA-CHn,H (alpha sugar) 0.9
461 ;
462 #define gd_29 0.000 3.77 3
463 ; -C,CHn,SI- 0.9
464 ;
465 #define gd_30 0.000 3.90 3
466 ; CHn-CHn-OA-H (sugar) 0.9
467 ;
468 #define gd_31 0.000 4.18 3
469 ; HC-C-S- 1.0
470 ;
471 #define gd_32 0.000 4.69 3
472 ; AO-CHn-OA-CHn,H (beta sugar)
473 ;
474 #define gd_33 0.000 5.44 3
475 ; HC-C-C- 1.3
476 ;
477 #define gd_34 0.000 5.92 3
478 ; -CHn,SI-CHn- 1.4
479 ;
480 #define gd_35 0.000 7.69 3
481 ; OA-CHn-CHn-OA (sugar) 1.8
482 ;
483 #define gd_36 0.000 8.62 3
484 ; N-CHn-CHn-OA (lipid) 2.1
485 ;
486 #define gd_37 0.000 9.50 3
487 ; OA-CHn-CHn-OA (sugar) 2.3
488 ;
489 #define gd_38 0.000 0.0 4
490 ; -NR-FE- 0.0
491 ;
492 #define gd_39 180.000 1.0 6
493 ; -CHn-N,NE- 0.24
494 ;
495 #define gd_40 0.000 1.0 6
496 ; -CHn-C,NR(ring), CR1- 0.24
497 ;
498 #define gd_41 0.000 3.77 6
499 ; -CHn-NT- 0.9
500 ;
501 ; get the constraint distances for dummy atom constructions
503 #include "ff_dum.itp"
505 [ constrainttypes ]
506 ; now the constraints for the rigid NH3 groups
507 MNH3 C 2 DC_MNC1
508 MNH3 CH1 2 DC_MNC2
509 MNH3 CH2 2 DC_MNC2
510 MNH3 MNH3 2 DC_MNMN
511 ; and the angle-constraints for OH and SH groups in proteins:
512 CH2 H 2 DC_CO
513 CH1 H 2 DC_CO
514 C H 2 DC_CO
515 P H 2 DC_PO
517 ; bond-, angle- and dihedraltypes for specbonds:
518 [ bondtypes ]
519 S S 2 gb_36
520 NR FE 2 gb_34
522 [ angletypes ]
523 CH1 CH2 S 2 ga_16
524 CH2 S S 2 ga_6
525 CR1 NR FE 2 ga_34
526 NR FE NR 2 ga_17
528 [ dihedraltypes ]
529 S S 1 gd_21
530 NR FE 1 gd_38
531 CH2 S 1 gd_26