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   1 GROMACS 2018.4 release notes
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   3
   4 This version was released on November 12, 2018. These release notes document
   5 the changes that have taken place in GROMACS since version 2018.3, to fix known
   6 issues. It also incorporates all fixes made in version 2016.5 and
   7 earlier, which you can find described in the :ref:`release-notes`.
   8
   9 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  10 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  11
  12 Correct PME forces with free energy without perturbed charges/LJ
  13 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  14
  15 With free-energies calculations with lambda not set to zero and no
  16 actual perturbed charges or atom types for Lennard-Jones, the Coulomb
  17 or LJ PME mesh forces would be scaled with lambda. Note that this bug
  18 did not affect the, usual, setup where charges or atom types are actually
  19 perturbed.
  20
  21 :issue:`2640`
  22
  23 Add constraint contribution to foreign Hamiltonian differences
  24 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  25
  26 The contribution of perturbed constraints was missing from the foreign
  27 Hamiltonian values. This is important for free energy calculations,
  28 such as BAR.
  29
  30 :issue:`2703`
  31
  32 Add mass contribution to foreign Hamiltonian differences
  33 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  34
  35 For free energy calculations with perturbed masses, the kinetic energy
  36 contribution was missing from the foreign Hamiltonian values.
  37
  38 :issue:`2703`
  39
  40 Work around bugs with expanded ensemble runs
  41 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  42
  43 With expanded ensemble runs, the energies would be outdated or zero
  44 with the velocity Verlet integrator with nstcalcenergy>1 or with
  45 other integrators when nstexpanded was not a multiple of nstcalcenergy.
  46 In these cases mdrun now sets nstcalcenergy to 1.
  47
  48 :issue:`2714`
  49 :issue:`2718`
  50
  51 Checkpoint continuations require suitable .tpr files
  52 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  53 The step of a checkpoint file used for an mdrun restart must now be
  54 less than the number of steps in the .tpr. Formerly, the step in the
  55 checkpoint could be any number, and mdrun -nsteps could be used to get
  56 a particular result, but the use of that option is already deprecated.
  57 Use gmx grompp or gmx convert-tpr to make a .tpr file that expresses
  58 the intent.
  59
  60 :issue:`2717`
  61
  62 Fixes for ``gmx`` tools
  63 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  64
  65 Fix mindist output file checks
  66 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  67
  68 mindist would not check if the output file needed to print residue names and
  69 residue contacts over time was actually defined, leading to errors with
  70 empty file name strings.
  71
  72 :issue:`2653`
  73
  74 Fix gmx helix segmentation faults
  75 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  76
  77 The .tpr file is now read correctly, and the helix analysis correctly
  78 handles selections that include proline residues.
  79
  80 :issue:`2701`
  81
  82 Fix bug in entropy calculation in gmx anaeig
  83 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  84
  85 When gmx anaeig received an inconsistent number of atoms and
  86 eigenvectors (fewer eigenvectors than three times the number of
  87 atoms) the entropy calculations would use uninitialized values.
  88
  89 :issue:`2668`
  90
  91 Fixes to improve portability
  92 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  93
  94 Miscellaneous
  95 ^^^^^^^^^^^^^
  96
  97 Fixed an issue where the log file could sometimes report an incorrect
  98 initial dynamic load balancing state
  99
 100 :issue:`2631`
 101
 102 Fix Bromine parameters in amber forcefield files
 103 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 104
 105 The forcefield entries for Bromine and Iron were missing the actual values to define
 106 sigma and epsilon. The proper values have been included from parm99.dat for Bromine.
 107 As Iron has no corresponding parameters, the entry has been removed.
 108
 109 :issue:`2711`
 110
 111 Made normal-mode analysis work for more than one molecule
 112 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 113
 114 Fixed an issue where normal mode analysis would only consider
 115 the first copy of each molecule in a system. Also fixed issues
 116 with vsites or shells in normal modes.
 117
 118 :issue:`2720`
 119
 120 Disallow rerun using same filename as output file
 121 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 122
 123 When using identical filenames for ``-rerun`` a cryptic error was thrown because
 124 the same file would be used for reading and writing. Now :ref:`mdrun <gmx mdrun>`
 125 will give a helpful error message to get around this.
 126
 127 :issue:`2634`
 128
 129 Fix issue when building |Gromacs| without TNG
 130 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 131
 132 Some compiler errors have been resolved that could show when building
 133 |Gromacs| without TNG support enabled.
 134