docs/release-notes/2020/major/removed-functionality.rst

   1 Removed functionality
   2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 .. Note to developers!
   5    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
   6    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
   7    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on redmine, without the
   8    a space between the colon and number!
   9
  10 Group cut-off scheme
  11 """"""""""""""""""""
  12
  13 The group cut-off scheme has been removed. Several kinds of simulation
  14 that depend on it no longer work.
  15
  16    * Simulations under vacuum conditions are not supported.
  17    * User supplied tables for short-range nonbonded interactions are not supported.
  18    * Switched short-range nonbonded interactions with PME are not supported.
  19    * Membrane embedding is deactivated.
  20    * QMMM is not supported.
  21
  22 :issue:`1852`
  23
  24 Generalized reaction-field
  25 """"""""""""""""""""""""""
  26
  27 This only worked correctly with the group scheme. Note that generalized
  28 reaction-field simulations can still be performed using standard
  29 reaction field and computing the dielectric constant manually.
  30
  31 gmx anadock
  32 """""""""""
  33 The gmx anadock tool was removed since it does not belong in gromacs
  34 (it analyzes AutoDock outputs).
  35
  36 gmx dyndom
  37 """"""""""
  38 The gmx dyndom tool was removed since it does not belong in gromacs
  39 (it analyzes DynDom outputs).
  40
  41 gmx morph
  42 """""""""
  43 The gmx morph tool was removed since it yields non-physical structures
  44 that can easily be done by a script.
  45
  46 gmx mdrun -gcom
  47 """""""""""""""
  48
  49 This feature sometimes overrode the effects of various .mdp settings
  50 in a way that was difficult to understand and report. A user who wants
  51 to do communication between PP ranks less often should choose their
  52 ``nst*`` mdp options accordingly.