cmake/gmxManageMPI.cmake

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2016, by the GROMACS development team, led by
   5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34
  35 # Manage the MPI setup, assuming that CMAKE_C_COMPILER is an MPI
  36 # (wrapper) compiler.
  37 if(GMX_MPI)
  38   if(GMX_THREAD_MPI)
  39     message(STATUS "MPI is not compatible with thread-MPI. Disabling thread-MPI.")
  40     set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL
  41         "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" FORCE)
  42   endif()
  43
  44   # Test the CMAKE_C_COMPILER for being an MPI (wrapper) compiler
  45   TRY_COMPILE(MPI_FOUND ${CMAKE_BINARY_DIR}
  46     "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestMPI.c"
  47     COMPILE_DEFINITIONS )
  48
  49   # If CMAKE_C_COMPILER is not a MPI wrapper. Try to find MPI using cmake module as fall-back.
  50   if(NOT MPI_FOUND)
  51       find_package(MPI)
  52       if(MPI_C_FOUND)
  53         set(MPI_COMPILE_FLAGS ${MPI_C_COMPILE_FLAGS})
  54         set(MPI_LINKER_FLAGS ${MPI_C_LINK_FLAGS})
  55         include_directories(SYSTEM ${MPI_C_INCLUDE_PATH})
  56         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_C_LIBRARIES})
  57       endif()
  58       set(MPI_FOUND ${MPI_C_FOUND})
  59   else()
  60       # The following defaults are based on FindMPI.cmake in cmake
  61       # 3.1.2. (That package does not actually do any detection of the
  62       # flags, but if it ever does then we should re-visit how we use
  63       # the package.) If we are compiling with an MPI wrapper
  64       # compiler, then MPI_FOUND will be set above, and will mean that
  65       # none of these cache variables are populated by the package. We
  66       # need to do it manually so that test drivers can work using the
  67       # standard machinery for CMake + FindMPI.cmake.  Users will need
  68       # to set these to suit their MPI setup in order for tests to
  69       # work.
  70
  71       find_program(MPIEXEC
  72           NAMES mpiexec mpirun lamexec srun aprun poe
  73           HINTS ${MPI_HOME} $ENV{MPI_HOME}
  74           PATH_SUFFIXES bin
  75           DOC "Executable for running MPI programs.")
  76
  77       set(MPIEXEC_NUMPROC_FLAG "-np" CACHE STRING "Flag used by MPI to specify the number of processes for MPIEXEC; the next option will be the number of processes.")
  78       set(MPIEXEC_PREFLAGS     ""    CACHE STRING "These flags will be directly before the executable that is being run by MPIEXEC.")
  79       set(MPIEXEC_POSTFLAGS    ""    CACHE STRING "These flags will come after all flags given to MPIEXEC.")
  80       set(MPIEXEC_MAX_NUMPROCS "2"   CACHE STRING "Maximum number of processors available to run MPI applications.")
  81       mark_as_advanced(MPIEXEC MPIEXEC_NUMPROC_FLAG MPIEXEC_PREFLAGS MPIEXEC_POSTFLAGS MPIEXEC_MAX_NUMPROCS)
  82   endif()
  83
  84   if(MPI_FOUND)
  85     include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
  86     if (GMX_MPI_IN_PLACE)
  87       gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
  88     endif()
  89
  90     # Find path of the mpi compilers
  91     if (${MPI_C_FOUND})
  92         get_filename_component(_mpi_c_compiler_path "${MPI_C_COMPILER}" PATH)
  93         get_filename_component(_mpiexec_path "${MPIEXEC}" PATH)
  94     else()
  95         get_filename_component(_cmake_c_compiler_path "${CMAKE_C_COMPILER}" PATH)
  96         get_filename_component(_cmake_cxx_compiler_path "${CMAKE_CXX_COMPILER}" PATH)
  97     endif()
  98
  99     # Test for and warn about unsuitable MPI versions
 100     #
 101     # Execute the ompi_info binary with the full path of the compiler wrapper
 102     # found, otherwise we run the risk of false positives.
 103     find_file(MPI_INFO_BIN ompi_info
 104               HINTS ${_mpi_c_compiler_path} ${_mpiexec_path}
 105                     ${_cmake_c_compiler_path} ${_cmake_cxx_compiler_path}
 106               NO_DEFAULT_PATH
 107               NO_SYSTEM_ENVIRONMENT_PATH
 108               NO_CMAKE_SYSTEM_PATH)
 109     if (MPI_INFO_BIN)
 110       exec_program(${MPI_INFO_BIN}
 111         ARGS -v ompi full
 112         OUTPUT_VARIABLE OPENMPI_TYPE
 113         RETURN_VALUE OPENMPI_EXEC_RETURN)
 114       if(OPENMPI_EXEC_RETURN EQUAL 0)
 115         string(REGEX REPLACE ".*Open MPI: \([0-9]+\\.[0-9]*\\.?[0-9]*\).*" "\\1" OPENMPI_VERSION ${OPENMPI_TYPE})
 116         if(OPENMPI_VERSION VERSION_LESS "1.4.1")
 117           MESSAGE(WARNING
 118              "CMake found OpenMPI version ${OPENMPI_VERSION} on your system. "
 119              "There are known problems with GROMACS and OpenMPI version < 1.4.1. "
 120              "Please consider updating your OpenMPI if your MPI wrapper compilers "
 121              "are using the above OpenMPI version.")
 122         endif()
 123         if(OPENMPI_VERSION VERSION_EQUAL "1.8.6")
 124           MESSAGE(WARNING
 125              "CMake found OpenMPI version ${OPENMPI_VERSION} on your system. "
 126              "This OpenMPI version is known to leak memory with GROMACS,"
 127              "please update to a more recent version. ")
 128         endif()
 129         unset(OPENMPI_VERSION)
 130         unset(OPENMPI_TYPE)
 131         unset(OPENMPI_EXEC_RETURN)
 132       endif()
 133     endif()
 134     unset(MPI_INFO_BIN CACHE)
 135
 136     # Execute the mpiname binary with the full path of the compiler wrapper
 137     # found, otherwise we run the risk of false positives.
 138     find_file(MPINAME_BIN mpiname
 139               HINTS ${_mpi_c_compiler_path}
 140                     ${_cmake_c_compiler_path} ${_cmake_cxx_compiler_path}
 141               NO_DEFAULT_PATH
 142               NO_SYSTEM_ENVIRONMENT_PATH
 143               NO_CMAKE_SYSTEM_PATH)
 144     if (MPINAME_BIN)
 145       exec_program(${MPINAME_BIN}
 146         ARGS -n -v
 147         OUTPUT_VARIABLE MVAPICH2_TYPE
 148         RETURN_VALUE MVAPICH2_EXEC_RETURN)
 149       if(MVAPICH2_EXEC_RETURN EQUAL 0)
 150         string(REGEX MATCH "MVAPICH2" MVAPICH2_NAME ${MVAPICH2_TYPE})
 151         # Want to check for MVAPICH2 in case some other library supplies mpiname
 152         string(REGEX REPLACE "MVAPICH2 \([0-9]+\\.[0-9]*[a-z]?\\.?[0-9]*\)" "\\1" MVAPICH2_VERSION ${MVAPICH2_TYPE})
 153         if(${MVAPICH2_NAME} STREQUAL "MVAPICH2" AND MVAPICH2_VERSION VERSION_LESS "1.5")
 154           # This test works correctly even with 1.5a1
 155           MESSAGE(WARNING
 156              "CMake found MVAPICH2 version ${MVAPICH2_VERSION} on your system. "
 157              "There are known problems with GROMACS and MVAPICH2 version < 1.5. "
 158              "Please consider updating your MVAPICH2 if your MPI wrapper compilers "
 159              "are using the above MVAPICH2 version.")
 160        endif()
 161        unset(MVAPICH2_VERSION)
 162        unset(MVAPICH2_NAME)
 163        unset(MVAPICH2_TYPE)
 164        unset(MVAPICH2_EXEC_RETURN)
 165       endif()
 166     endif()
 167     unset(MPINAME_BIN CACHE)
 168
 169     # Using find_file() runs the CMake standard module
 170     # GetPrerequisites.cmake, which adds the file_cmd
 171     # variable to the top-level CMake namespace. This is
 172     # fixed in CMake 2.8.10. Meanwhile, clean up for it.
 173     if(CMAKE_VERSION VERSION_LESS "2.8.10")
 174         mark_as_advanced(file_cmd)
 175     endif()
 176
 177   else()
 178       message(FATAL_ERROR
 179         "MPI support requested, but no MPI compiler found. Either set the "
 180         "C-compiler (CMAKE_C_COMPILER) to the MPI compiler (often called mpicc), "
 181         "or set the variables reported missing for MPI_C above.")
 182   endif()
 183
 184   set(GMX_LIB_MPI 1)
 185 endif()