Use moltype directly for obtaining residueAtomRanges
[gromacs.git] / src / gromacs / selection / scanner.l
blobcd0f9512577db30f0b29cda8f61f01123d8ecfa1
1 /*
2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
3  *
4  * Copyright (c) 2009,2010,2011,2012,2013 by the GROMACS development team.
5  * Copyright (c) 2014,2015,2016,2020, by the GROMACS development team, led by
6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
9  *
10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
13  * of the License, or (at your option) any later version.
14  *
15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
18  * Lesser General Public License for more details.
19  *
20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
21  * License along with GROMACS; if not, see
22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
24  *
25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
26  * consider that scientific software is very special. Version
27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
31  * official version at http://www.gromacs.org.
32  *
33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
35  */
36 /*! \cond \internal \file scanner.l
37  * \brief
38  * Tokenizer for the selection language.
39  *
40  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
41  * \ingroup module_selection
42  * \endcond
43  */
44 /*! \internal \file scanner.cpp
45  * \brief
46  * Generated (from scanner.l by Flex) tokenizer for the selection language.
47  *
48  * \ingroup module_selection
49  */
50 %top{
51 #if !defined _gmx_sel_yyIN_HEADER
52 #include "gmxpre.h"
53 #endif
55 // Required before flex definitions, since it includes <stdint.h>.
56 // Otherwise, compilers not strictly C99 get macro redefinition errors,
57 // since flex defines INT32_MAX etc. in such cases.
58 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
61 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
62 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
64 #include "parser.h"
65 #include "scanner.h"
66 #include "scanner_internal.h"
68 // This macro makes the actions a bit shorter, since nearly every action needs
69 // this call.
70 #define ADD_TOKEN _gmx_sel_lexer_add_token(yylloc, yytext, yyleng, state)
72 // Set YY_BREAK to an empty value to avoid warnings (for the PGI compiler)
73 // when we have return statements followed by break. Instead, we add breaks
74 // manually.
75 #define YY_BREAK
77 #ifdef __INTEL_COMPILER
78 // Ignore unused variables in generated code.
79 #pragma warning(disable:593)
80 #endif
83 INTEGER    [[:digit:]]+
84 DSEQ       ([[:digit:]]+)
85 FRAC       (([[:digit:]]*"."{DSEQ})|{DSEQ}".")
86 EXP        ([eE][+-]?{DSEQ})
87 REAL       (({FRAC}{EXP}?)|({DSEQ}{EXP}))
88 STRING     (\"([^\"\\\n]|(\\\"))*\")
89 IDENTIFIER ([[:alpha:]][_[:alnum:]]*)
90 CMPOP      (([<>]=?)|([!=]=))
91 COMMENT    (#.*)
93 %option nodefault
94 %option noyywrap
95 %option reentrant
96 %option prefix="_gmx_sel_yy"
97 %option header-file="scanner_flex.h"
98 %option nounistd
99 %option never-interactive
101 %s matchof
102 %s matchbool
103 %s cmdstart
108     gmx_sel_lexer_t *state = yyget_extra(yyscanner);
109     int              retval;
110     /* Return a token if one is pending */
111     retval = _gmx_sel_lexer_process_pending(yylval, yylloc, state);
112     if (retval != 0)
113     {
114         return retval;
115     }
116     /* Handle the start conditions for 'of' matching */
117     if (state->bMatchOf)
118     {
119         BEGIN(matchof);
120         state->bMatchOf = false;
121     }
122     else if (state->bMatchBool)
123     {
124         BEGIN(matchbool);
125         state->bMatchBool = false;
126     }
127     else if (state->bCmdStart)
128     {
129         BEGIN(cmdstart);
130         state->bCmdStart = false;
131     }
132     else
133     {
134         BEGIN(0);
135     }
138 {COMMENT}       break;
139 {INTEGER}       { yylval->i   = strtol(yytext, NULL, 10);    ADD_TOKEN; return TOK_INT; }
140 {REAL}          { yylval->r   = strtod(yytext, NULL);        ADD_TOKEN; return TOK_REAL; }
141 {STRING}        { yylval->str = gmx_strndup(yytext+1, yyleng-2); ADD_TOKEN; return STR;  }
143 \\\n            { _gmx_sel_lexer_add_token(yylloc, " ", 1, state); break; }
144 ";"|\n          {
145                     if (yytext[0] == ';' || state->statusWriter != NULL)
146                     {
147                         state->pselstr = gmx::stripString(state->pselstr);
148                         state->bCmdStart = true;
149                         return CMD_SEP;
150                     }
151                     else
152                     {
153                         _gmx_sel_lexer_add_token(yylloc, " ", 1, state);
154                     }
155                     break;
156                 }
158 <cmdstart><<EOF>> { state->bCmdStart = true; yyterminate(); }
159 <<EOF>>         { state->bCmdStart = true; return CMD_SEP; }
161 <matchbool>{
162 yes|on          { ADD_TOKEN; yylval->i = 1; return TOK_INT; }
163 no|off          { ADD_TOKEN; yylval->i = 0; return TOK_INT; }
165 group           { ADD_TOKEN; return GROUP; }
166 to              { ADD_TOKEN; return TO; }
167 <matchof>of     { ADD_TOKEN; BEGIN(0); return OF; }
168 and|"&&"        { ADD_TOKEN; return AND; }
169 or|"||"         { ADD_TOKEN; return OR; }
170 xor             { ADD_TOKEN; return XOR; }
171 not|"!"         { ADD_TOKEN; return NOT; }
172 {CMPOP}         { yylval->str = gmx_strndup(yytext, yyleng); ADD_TOKEN; return CMP_OP; }
174 {IDENTIFIER}    { return _gmx_sel_lexer_process_identifier(yylval, yylloc, yytext, yyleng, state); }
176 [[:space:]]+    { _gmx_sel_lexer_add_token(yylloc, " ", 1, state); break; }
177 [_[:alnum:]]+   { yylval->str = gmx_strndup(yytext, yyleng); ADD_TOKEN; return STR; }
178 .               { ADD_TOKEN; return yytext[0]; }