docs/release-notes/2016/major/miscellaneous.rst

   1 Miscellaneous
   2 ^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 Various improvements to documentation and tests
   5 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
   6
   7 In particular, the definition of pressure in the reference manual
   8 should be in bar, and a spurious r_ij in the force for the Morse
   9 potential was removed. Added documentation and literature references
  10 for membrane embedding. Improved template analysis program
  11 documentation. gmock was patched to work with gcc 6.
  12
  13 :issue:`1932`
  14
  15 Improved make_ndx help text
  16 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  17 Clarified the use of boolean operators. The old help text could
  18 incorrectly hint that AND, OR, and NOT would work as keywords.
  19 Added a reference to ``gmx select`` that in most cases can serve as a
  20 replacement.
  21
  22 :issue:`1976`
  23
  24 Addded checks on number of items read in mdp statements
  25 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  26 Added checks for the number of items read in all
  27 sscanf() statements processing data from the mdp
  28 file.
  29
  30 :issue:`1945`.
  31
  32 Work around glibc 2.23 with CUDA
  33 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  34 glibc 2.23 changed the behaviour of string.h in a way that broke all
  35 versions of CUDA with all gcc compiler versions. The GROMACS build
  36 system detects this glibc, and works around it by adding the
  37 _FORCE_INLINE preprocessor define to CUDA compilation.
  38
  39 :issue:`1982`
  40
  41 Split NBNXN CUDA kernels into four compilation units
  42 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  43 The CUDA nonbonded kernels are now built in four different compilation units
  44 when this is possible; ie. devices with compute capability >= 3.0. This
  45 can dramatically reduce compilation time.
  46
  47 Forcing the use of a single compilation unit can be done using the
  48 GMX_CUDA_NB_SINGLE_COMPILATION_UNIT cmake option.
  49
  50 :issue:`1444`
  51
  52 Added stream flushes when not writing newline character
  53 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  54 Some of our routines use the carriage return without a newline
  55 to keep writing the status e.g. on stderr.
  56 For some operating systems this seems to lead to the output
  57 being cached in the buffers, so this change adds an explicit
  58 fflush() for these print stamements.
  59
  60 Fixed :issue:`1772`
  61
  62 Supported cmap with QMMM
  63 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  64 Formerly, QMMM only supported bonded interactions using up to 4 atoms.
  65 Now any number is supported and some hard-coded assumptions have been
  66 removed.
  67
  68 Upgraded support for lmfit library
  69 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  70 Now based on lmfit 6.1. The CMake option GMX_EXTERNAL_LMFIT permits
  71 linking an external lmfit package, rather than the one bundled in
  72 GROMACS.
  73
  74 :issue:`1957`
  75
  76 libxml2 is no longer a dependency
  77 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  78 GROMACS used to use libxml2 for running its test code. This has been
  79 replaced by a bundled version of tinyxml2 (or optionally, a system
  80 version of that library).
  81
  82 Disable automated FFTW3 builds on Windows
  83 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  84 The FFTW distribution does not include configurations to
  85 build it automatically on windows, in particular not through
  86 the ``./configure; make; make install`` triad.
  87
  88 :issue:`1961`
  89
  90 Remove warnings on checkpoint mismatch
  91 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  92 mdrun now only warns for mismatch in minor version, build or
  93 number of ranks used when reproducibility is requested.
  94 Also added a separate message for not matching precision.
  95
  96 :issue:`1992`
  97
  98 Report the filename and the line number on failure
  99 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 100 Extend the call to gmx_fatal in fget_lines() to report the filename and
 101 the line number where the read failed.
 102
 103 Handled constraint errors with EM
 104 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 105 All energy minimizers could fail with random errors when constraining
 106 produced NaN coordinates.
 107 Steepest descents now rejects steps with a constraint error.
 108 All other minimizer produce a fatal error with the suggestion to use
 109 steepest descents first.
 110
 111 :issue:`1955`
 112
 113 Disable static libcudart on OS X
 114 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 115 Recent versions of CMake enable a static version of
 116 libcudart by default, but this breaks builds at least
 117 on the most recent version (10.11) of OS X, so we
 118 disable it on this platform.
 119
 120 Fixed rare issue linking with clock_gettime
 121 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 122 Misuse of preprocessing commands might have led to inappropriate
 123 use of clock_gettime().
 124
 125 :issue:`1980`
 126
 127 Disabled NVIDIA JIT cache with OpenCL
 128 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 129 The NVIDIA JIT caching is known to be broken with OpenCL compilation in
 130 the case when the kernel source changes but the path does not change
 131 (e.g. kernels get overwritten by a new installation). Therefore we disable
 132 the JIT caching when running on NVIDIA GPUs. AMD GPUs are unaffected.
 133
 134
 135 :issue:`1938`
 136