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   1 GROMACS 2018.4 release notes
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   3
   4 This version was released on TODO, 2018. These release notes document
   5 the changes that have taken place in GROMACS since version 2018.3, to fix known
   6 issues. It also incorporates all fixes made in version TODO and
   7 earlier, which you can find described in the :ref:`release-notes`.
   8
   9 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  10 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  11
  12 Correct PME forces with free energy without perturbed charges/LJ
  13 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  14
  15 With free-energies calculations with lambda not set to zero and no
  16 actual perturbed charges or atom types for Lennard-Jones, the Coulomb
  17 or LJ PME mesh forces would be scaled with lambda. Note that this bug
  18 did not affect the, usual, setup where charges or atom types are actually
  19 perturbed.
  20
  21 :issue: `2640`
  22
  23 Add constraint contribution to foreign Hamiltonian differences
  24 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  25
  26 The contribution of perturbed constraints was missing from the foreign
  27 Hamiltonian values. This is important for free energy calculations,
  28 such as BAR.
  29
  30 :issue: `2703`
  31
  32 Add mass contribution to foreign Hamiltonian differences
  33 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  34
  35 For free energy calculations with perturbed masses, the kinetic energy
  36 contribution was missing from the foreign Hamiltonian values.
  37
  38 :issue: `2703`
  39
  40 Fixes for ``gmx`` tools
  41 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  42
  43 Fix mindist output file checks
  44 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  45
  46 mindist would not check if the output file needed to print residue names and
  47 residue contacts over time was actually defined, leading to errors with
  48 empty file name strings.
  49
  50 :issue:`2653`
  51
  52 Fix helix segmentation fault
  53 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  54
  55 The .tpr file is now read correctly.
  56
  57 :issue:`2701`
  58
  59
  60 Fixes to improve portability
  61 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  62
  63 Miscellaneous
  64 ^^^^^^^^^^^^^
  65
  66 Fixed an issue where the log file could sometimes report an incorrect
  67 initial dynamic load balancing state
  68
  69 :issue:`2631`