docs/release-notes/2018/major/miscellaneous.rst

   1 Miscellaneous
   2 ^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 Updated note in manual on stochastic dynamics integrator
   5 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
   6 The comment in the SD section about Berendsen was outdated.
   7 Added a few sentences on equilibration/damping of modes.
   8
   9 Added grompp note for Parrinello-Rahman + position restraints
  10 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  11 This combination can be unstable and is often not desirable, so
  12 grompp now issues a note to suggest alternatives to the user.
  13
  14 Refs :issue:`2330`
  15
  16 Clarified the description of Fmax during energy minimization
  17 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  18
  19 Improved vsite parallel checking
  20 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21 The vsite struct now stores internally whether it has been configured
  22 with domain decomposition. This allows for internal checks on valid
  23 commrec, which have now been added, and would have prevented :issue:`2257`.
  24
  25 Added partial support for writing masses and partial charges with TNG files
  26 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  27
  28 :issue:`2188`
  29
  30 Updated TNG to version 1.8.1
  31 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  32 Added data block for atom masses.
  33
  34 Fixes :issue:`2187` and :issue:`2250` and other bugs and warnings.
  35
  36 Added load balance fraction to DLB print
  37 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  38 DLB can often be based on a small fraction of the total step time,
  39 especially with GPUs. Now this is printed to md.log and stderr.
  40
  41 Added reference for dihedral function in OPLS.
  42 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  43 The OPLS four-term dihedral function was not described in the
  44 reference listed earlier, so this was updated. Also updated
  45 the reference to the three term dihedral to an older paper.
  46
  47 Updated many aspects of the documentation
  48 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  49 Imported and updated more material from the wiki. Incorporated
  50 suggestions arising from many Redmine issues. Updated user guide,
  51 developer guide, install guide, and reference manual.
  52
  53 Updated mdrun signal help text
  54 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  55 Updated mdrun help text on signal handling for old and recent changes
  56 to the behavior.
  57
  58 Fixes :issue:`2324`
  59
  60 Changed to handle erroneous command line args better
  61 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  62 Some gmx modules need to be able to accept non-option arguments, and
  63 some should not. Introduced enough functionality to support such
  64 behaviour, while giving useful error messages in cases where the
  65 command line is merely missing hyphens (which can happen e.g. when
  66 people copy-paste from inconveniently built PDF files for tutorials).
  67 Increased test coverage of relevant cases.
  68
  69 Removed some useless command-line argument strings from test cases
  70 that never needed them.
  71
  72 Also tested some behaviours of handling string options, and renamed
  73 some test input strings to reflect the intent.
  74
  75 :issue:`2153`
  76
  77 Changed to no longer allow multiple energy groups for GPU runs
  78 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  79 Exit with a fatal error instead of only warning, since the latter
  80 leads to writing data for energy groups that is incorrect to the
  81 energy file.
  82
  83 :issue:`1822`
  84
  85 Removed duplications in GMXLIB search paths
  86 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  87 Remove entries that are duplicated, or identical to the default search
  88 path, to avoid e.g.  listing identical force fields multiple times.
  89
  90 :issue:`1928`
  91
  92 Changed to no longer write reference pull group 0 to log
  93 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  94 This is an internal group used for absolute references, which cannot
  95 be set by users, so printing it just leads to confusion.
  96
  97 :issue:`2143`