docs/release-notes/2018/major/tools.rst

   1 Improvements to |Gromacs| tools
   2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 Split off the NMR related analyses from :ref:`gmx energy`.
   5 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
   6 A new tool :ref:`gmx nmr` is created by straight copying code from
   7 :ref:`gmx energy` to a new tool. The reason is to reduce complexity.
   8
   9 A few cleanups are introduced to pass the valgrind memory test.
  10
  11 Added references the :ref:`gmx nmr` in the manual.
  12
  13 Added selection-enabled :ref:`gmx trajectory`
  14 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  15 For now, this tool only plots coordinates, velocities, and forces for
  16 selections, so it should provide a full replacement for -ox, -ov, -of,
  17 -com, and -mol from :ref:`gmx traj`.
  18
  19 Decreased memory usage in :ref:`gmx traj` and :ref:`gmx trjconv`
  20 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 Made TNG writing work with multiple identical steps
  23 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  24 Introduce a wrapper structure around TNG so we detect and correct for
  25 cases when writing multiple frames with the same step, or non-zero
  26 initial steps to TNG files.  This will avoid frames overwriting each
  27 other, and make sure the time per frame is correct.
  28
  29 :issue:`2189`
  30
  31 Improved frame time/step handling in :ref:`gmx trjconv`
  32 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  33 Store the exact step in PDB/GRO file headers, and be more careful
  34 about not claiming to have time or step information when it was not
  35 available.  This change will avoid some of the problems described in
  36 :issue:`2189`, but it does not yet properly fix the issue in the TNG
  37 library.
  38
  39 :issue:`2189`
  40
  41 Fixed :ref:`gmx trjconv` to always dump at correct time
  42 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  43 Set frame timestep before starting the loop by reading first two
  44 frames and rewinding, and make sure we always write something to the
  45 dump output based on best-guess (if there is at least one input frame
  46 present).
  47
  48 :issue:`1832`
  49
  50 Clarified :ref:`gmx editconf` help text
  51 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  52 It is possible that users can confuse -c with -center so this
  53 patch makes it clear that -center doesn't do anything unless the
  54 user really wants to shift the center of the system away from the
  55 middle of the box.
  56
  57 Fixes :issue:`2171`
  58
  59 Added option -water tips3p to pdb2gmx.
  60 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  61 Fixes :issue:`2272`
  62
  63 Removed incorrect comment for CHARMM tips3p
  64 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  65 Removed CHARMM tips3p performance warning in :ref:`gmx pdb2gmx` input file,
  66 since the performance loss is negligible with the
  67 :mdp-value:`cutoff-scheme=Verlet`.
  68
  69 Avoided :ref:`gmx grompp` charge warning from merely rounding error
  70 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  71 Even though the :ref:`gmx grompp` total charge check uses double for summation,
  72 there are rounding errors for each charge when charges are stored
  73 in single precision. Now the charge check rounds the net charge of
  74 molecules to integer when the difference is less than the maximum
  75 possible sum of charge rounding errors.
  76
  77 Fixes :issue:`2192`
  78
  79 Improved pdb2gmx for nonstandard residue types
  80 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  81 If explicit non-blank chain identifiers are set, it will now be a hard
  82 error if the residue types in each chain do not match. For blank chain
  83 ID we still need to allow detection of non-chain parts, but this case
  84 too now provides more explicit output information.
  85
  86 :issue:`2370`
  87
  88 Allowed empty lines in hdb files
  89 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  90 Skip lines that consist only of whitespace. Not a universal solution
  91 for fixing hdb files, but better than the user getting very strange
  92 error messages that don't say anything about whitespace.
  93
  94 :issue:`2028`
  95
  96 Changed to no longer require matching names between rtp and tdb files
  97 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  98 This was only documented in the source. It's a remnant from the days
  99 when all force fields were in the same directory, and no longer
 100 necessary. With this change we will properly match all termini to all
 101 amino acids.
 102
 103 :issue:`2026`
 104 :issue:`2027`
 105
 106 Made duplicate atoms in bondeds an error in :ref:`gmx grompp`
 107 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 108 Having duplicate atom indices in bonded interactions used to be only
 109 a warning. But since in nearly all cases this will lead to issues,
 110 this is now a error, except for angle restraints where it can be
 111 useful so there it is now a note.
 112
 113 :issue:`2141`
 114
 115 Made :ref:`gmx grompp` -r obligatory with position restraints
 116 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 117 With position restraints it would often occur that users accidentally
 118 used equilibrated coordinates instead of the original coordinates for
 119 position restraint coordinates due to -r defaulting
 120 to -c. Now -r always need to be supplied with position restraints,
 121 but using the same file name as with -c will reproduce the old
 122 behavior.
 123
 124 Fixed :ref:`gmx msd` when using COM removal and molecules
 125 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 126 Changed order of code to actually assign correct coordinates before
 127 copying the data, and modified data structure size when using COM
 128 removal and individual molecules.
 129
 130 :issue:`2043`
 131
 132 Fixed index error in :ref:`gmx chi`
 133 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 134 An error in the index construction could lead to segfaults. However,
 135 the actual indices were correct, so it should not have produced any
 136 incorrect results.
 137
 138 :issue:`1814`
 139
 140 Fixed :ref:`gmx grompp` complexity for large exclusion orders
 141 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 142 To avoid exploding computational complexity for highly connected
 143 molecules with large values for excluded neighbors, avoid adding a
 144 neighbor to the temporary nnb structure if it is already present as a
 145 lower-order neighbor.
 146
 147 :issue:`2260`
 148
 149 Fixed :ref:`gmx density` for non-mass calculations
 150 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 151 We now always use mass and never charge/electron density to center
 152 systems.
 153
 154 :issue:`2230`
 155
 156 Fixed :ref:`gmx check` for tprs with different numbers of atoms
 157 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 158 Fixes :issue:`2279`