Add C++ version of t_ilist
[gromacs.git] / COPYING
blobba2710edc82bf2792bb33fbbb905f7958b891d4f
1 GROMACS is free software, distributed under the GNU Lesser General
2 Public License (LGPL) Version 2.1 or (at your option) any later
3 version. See section 1 for details. GROMACS includes optional code
4 covered by several different licences as described below.  The
5 GROMACS package in its entirety may be copied, modified or
6 distributed according to the conditions described in section 1.
7 However, in the interests of clarity and completeness, some
8 individual parts of GROMACS that can be used under their respective
9 licenses are also noted here.
11 This file contains the licenses for the following bodies of code:
12 1. GROMACS
13 2. Trajectory file reading using VMD plugins
14 3. Internal FFT (fftpack)
15 4. thread_mpi
16 5. Blas
17 6. Lapack
18 7. Parts of Boost C++ library
19 8. Google Test and Google Mock
20 9. Sun XDR implementation (External Data Representation)
21 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
22 11. ThreeFry Random Engine
23 12. Gamma distribution from libc++
24 13. md5
25 14. lmfit
26 15. clFFT
28 Our chosen method for packaging distributions (CPack) only permits a
29 package to have a single license file, so we are unfortunately forced
30 to combine all of this information into a single license file. Sorry
31 about that.
33 ============================================
35 1. GROMACS
36 ==========
38 As our use of the LGPL conveys upon a licensee the option to
39 redistribute the library under the terms of the plain GPL, we must
40 include a copy of that GPL for their reference. The applicable GPL
41 license comes after the applicable LGPL license in this file.
43 ============================================
45                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
46                        Version 2.1, February 1999
48  Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc.
49  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
50  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
51  of this license document, but changing it is not allowed.
53 [This is the first released version of the Lesser GPL.  It also counts
54  as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
55  the version number 2.1.]
57                             Preamble
59   The licenses for most software are designed to take away your
60 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
61 Licenses are intended to guarantee your freedom to share and change
62 free software--to make sure the software is free for all its users.
64   This license, the Lesser General Public License, applies to some
65 specially designated software packages--typically libraries--of the
66 Free Software Foundation and other authors who decide to use it.  You
67 can use it too, but we suggest you first think carefully about whether
68 this license or the ordinary General Public License is the better
69 strategy to use in any particular case, based on the explanations below.
71   When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
72 not price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that
73 you have the freedom to distribute copies of free software (and charge
74 for this service if you wish); that you receive source code or can get
75 it if you want it; that you can change the software and use pieces of
76 it in new free programs; and that you are informed that you can do
77 these things.
79   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
80 distributors to deny you these rights or to ask you to surrender these
81 rights.  These restrictions translate to certain responsibilities for
82 you if you distribute copies of the library or if you modify it.
84   For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
85 or for a fee, you must give the recipients all the rights that we gave
86 you.  You must make sure that they, too, receive or can get the source
87 code.  If you link other code with the library, you must provide
88 complete object files to the recipients, so that they can relink them
89 with the library after making changes to the library and recompiling
90 it.  And you must show them these terms so they know their rights.
92   We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright the
93 library, and (2) we offer you this license, which gives you legal
94 permission to copy, distribute and/or modify the library.
96   To protect each distributor, we want to make it very clear that
97 there is no warranty for the free library.  Also, if the library is
98 modified by someone else and passed on, the recipients should know
99 that what they have is not the original version, so that the original
100 author's reputation will not be affected by problems that might be
101 introduced by others.
103   Finally, software patents pose a constant threat to the existence of
104 any free program.  We wish to make sure that a company cannot
105 effectively restrict the users of a free program by obtaining a
106 restrictive license from a patent holder.  Therefore, we insist that
107 any patent license obtained for a version of the library must be
108 consistent with the full freedom of use specified in this license.
110   Most GNU software, including some libraries, is covered by the
111 ordinary GNU General Public License.  This license, the GNU Lesser
112 General Public License, applies to certain designated libraries, and
113 is quite different from the ordinary General Public License.  We use
114 this license for certain libraries in order to permit linking those
115 libraries into non-free programs.
117   When a program is linked with a library, whether statically or using
118 a shared library, the combination of the two is legally speaking a
119 combined work, a derivative of the original library.  The ordinary
120 General Public License therefore permits such linking only if the
121 entire combination fits its criteria of freedom.  The Lesser General
122 Public License permits more lax criteria for linking other code with
123 the library.
125   We call this license the "Lesser" General Public License because it
126 does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
127 Public License.  It also provides other free software developers Less
128 of an advantage over competing non-free programs.  These disadvantages
129 are the reason we use the ordinary General Public License for many
130 libraries.  However, the Lesser license provides advantages in certain
131 special circumstances.
133   For example, on rare occasions, there may be a special need to
134 encourage the widest possible use of a certain library, so that it becomes
135 a de-facto standard.  To achieve this, non-free programs must be
136 allowed to use the library.  A more frequent case is that a free
137 library does the same job as widely used non-free libraries.  In this
138 case, there is little to gain by limiting the free library to free
139 software only, so we use the Lesser General Public License.
141   In other cases, permission to use a particular library in non-free
142 programs enables a greater number of people to use a large body of
143 free software.  For example, permission to use the GNU C Library in
144 non-free programs enables many more people to use the whole GNU
145 operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
146 system.
148   Although the Lesser General Public License is Less protective of the
149 users' freedom, it does ensure that the user of a program that is
150 linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
151 that program using a modified version of the Library.
153   The precise terms and conditions for copying, distribution and
154 modification follow.  Pay close attention to the difference between a
155 "work based on the library" and a "work that uses the library".  The
156 former contains code derived from the library, whereas the latter must
157 be combined with the library in order to run.
159                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
160    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
162   0. This License Agreement applies to any software library or other
163 program which contains a notice placed by the copyright holder or
164 other authorized party saying it may be distributed under the terms of
165 this Lesser General Public License (also called "this License").
166 Each licensee is addressed as "you".
168   A "library" means a collection of software functions and/or data
169 prepared so as to be conveniently linked with application programs
170 (which use some of those functions and data) to form executables.
172   The "Library", below, refers to any such software library or work
173 which has been distributed under these terms.  A "work based on the
174 Library" means either the Library or any derivative work under
175 copyright law: that is to say, a work containing the Library or a
176 portion of it, either verbatim or with modifications and/or translated
177 straightforwardly into another language.  (Hereinafter, translation is
178 included without limitation in the term "modification".)
180   "Source code" for a work means the preferred form of the work for
181 making modifications to it.  For a library, complete source code means
182 all the source code for all modules it contains, plus any associated
183 interface definition files, plus the scripts used to control compilation
184 and installation of the library.
186   Activities other than copying, distribution and modification are not
187 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
188 running a program using the Library is not restricted, and output from
189 such a program is covered only if its contents constitute a work based
190 on the Library (independent of the use of the Library in a tool for
191 writing it).  Whether that is true depends on what the Library does
192 and what the program that uses the Library does.
194   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
195 complete source code as you receive it, in any medium, provided that
196 you conspicuously and appropriately publish on each copy an
197 appropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
198 all the notices that refer to this License and to the absence of any
199 warranty; and distribute a copy of this License along with the
200 Library.
202   You may charge a fee for the physical act of transferring a copy,
203 and you may at your option offer warranty protection in exchange for a
204 fee.
206   2. You may modify your copy or copies of the Library or any portion
207 of it, thus forming a work based on the Library, and copy and
208 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
209 above, provided that you also meet all of these conditions:
211     a) The modified work must itself be a software library.
213     b) You must cause the files modified to carry prominent notices
214     stating that you changed the files and the date of any change.
216     c) You must cause the whole of the work to be licensed at no
217     charge to all third parties under the terms of this License.
219     d) If a facility in the modified Library refers to a function or a
220     table of data to be supplied by an application program that uses
221     the facility, other than as an argument passed when the facility
222     is invoked, then you must make a good faith effort to ensure that,
223     in the event an application does not supply such function or
224     table, the facility still operates, and performs whatever part of
225     its purpose remains meaningful.
227     (For example, a function in a library to compute square roots has
228     a purpose that is entirely well-defined independent of the
229     application.  Therefore, Subsection 2d requires that any
230     application-supplied function or table used by this function must
231     be optional: if the application does not supply it, the square
232     root function must still compute square roots.)
234 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
235 identifiable sections of that work are not derived from the Library,
236 and can be reasonably considered independent and separate works in
237 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
238 sections when you distribute them as separate works.  But when you
239 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
240 on the Library, the distribution of the whole must be on the terms of
241 this License, whose permissions for other licensees extend to the
242 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
245 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
246 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
247 exercise the right to control the distribution of derivative or
248 collective works based on the Library.
250 In addition, mere aggregation of another work not based on the Library
251 with the Library (or with a work based on the Library) on a volume of
252 a storage or distribution medium does not bring the other work under
253 the scope of this License.
255   3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
256 License instead of this License to a given copy of the Library.  To do
257 this, you must alter all the notices that refer to this License, so
258 that they refer to the ordinary GNU General Public License, version 2,
259 instead of to this License.  (If a newer version than version 2 of the
260 ordinary GNU General Public License has appeared, then you can specify
261 that version instead if you wish.)  Do not make any other change in
262 these notices.
264   Once this change is made in a given copy, it is irreversible for
265 that copy, so the ordinary GNU General Public License applies to all
266 subsequent copies and derivative works made from that copy.
268   This option is useful when you wish to copy part of the code of
269 the Library into a program that is not a library.
271   4. You may copy and distribute the Library (or a portion or
272 derivative of it, under Section 2) in object code or executable form
273 under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
274 it with the complete corresponding machine-readable source code, which
275 must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a
276 medium customarily used for software interchange.
278   If distribution of object code is made by offering access to copy
279 from a designated place, then offering equivalent access to copy the
280 source code from the same place satisfies the requirement to
281 distribute the source code, even though third parties are not
282 compelled to copy the source along with the object code.
284   5. A program that contains no derivative of any portion of the
285 Library, but is designed to work with the Library by being compiled or
286 linked with it, is called a "work that uses the Library".  Such a
287 work, in isolation, is not a derivative work of the Library, and
288 therefore falls outside the scope of this License.
290   However, linking a "work that uses the Library" with the Library
291 creates an executable that is a derivative of the Library (because it
292 contains portions of the Library), rather than a "work that uses the
293 library".  The executable is therefore covered by this License.
294 Section 6 states terms for distribution of such executables.
296   When a "work that uses the Library" uses material from a header file
297 that is part of the Library, the object code for the work may be a
298 derivative work of the Library even though the source code is not.
299 Whether this is true is especially significant if the work can be
300 linked without the Library, or if the work is itself a library.  The
301 threshold for this to be true is not precisely defined by law.
303   If such an object file uses only numerical parameters, data
304 structure layouts and accessors, and small macros and small inline
305 functions (ten lines or less in length), then the use of the object
306 file is unrestricted, regardless of whether it is legally a derivative
307 work.  (Executables containing this object code plus portions of the
308 Library will still fall under Section 6.)
310   Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
311 distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
312 Any executables containing that work also fall under Section 6,
313 whether or not they are linked directly with the Library itself.
315   6. As an exception to the Sections above, you may also combine or
316 link a "work that uses the Library" with the Library to produce a
317 work containing portions of the Library, and distribute that work
318 under terms of your choice, provided that the terms permit
319 modification of the work for the customer's own use and reverse
320 engineering for debugging such modifications.
322   You must give prominent notice with each copy of the work that the
323 Library is used in it and that the Library and its use are covered by
324 this License.  You must supply a copy of this License.  If the work
325 during execution displays copyright notices, you must include the
326 copyright notice for the Library among them, as well as a reference
327 directing the user to the copy of this License.  Also, you must do one
328 of these things:
330     a) Accompany the work with the complete corresponding
331     machine-readable source code for the Library including whatever
332     changes were used in the work (which must be distributed under
333     Sections 1 and 2 above); and, if the work is an executable linked
334     with the Library, with the complete machine-readable "work that
335     uses the Library", as object code and/or source code, so that the
336     user can modify the Library and then relink to produce a modified
337     executable containing the modified Library.  (It is understood
338     that the user who changes the contents of definitions files in the
339     Library will not necessarily be able to recompile the application
340     to use the modified definitions.)
342     b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
343     Library.  A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a
344     copy of the library already present on the user's computer system,
345     rather than copying library functions into the executable, and (2)
346     will operate properly with a modified version of the library, if
347     the user installs one, as long as the modified version is
348     interface-compatible with the version that the work was made with.
350     c) Accompany the work with a written offer, valid for at
351     least three years, to give the same user the materials
352     specified in Subsection 6a, above, for a charge no more
353     than the cost of performing this distribution.
355     d) If distribution of the work is made by offering access to copy
356     from a designated place, offer equivalent access to copy the above
357     specified materials from the same place.
359     e) Verify that the user has already received a copy of these
360     materials or that you have already sent this user a copy.
362   For an executable, the required form of the "work that uses the
363 Library" must include any data and utility programs needed for
364 reproducing the executable from it.  However, as a special exception,
365 the materials to be distributed need not include anything that is
366 normally distributed (in either source or binary form) with the major
367 components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
368 which the executable runs, unless that component itself accompanies
369 the executable.
371   It may happen that this requirement contradicts the license
372 restrictions of other proprietary libraries that do not normally
373 accompany the operating system.  Such a contradiction means you cannot
374 use both them and the Library together in an executable that you
375 distribute.
377   7. You may place library facilities that are a work based on the
378 Library side-by-side in a single library together with other library
379 facilities not covered by this License, and distribute such a combined
380 library, provided that the separate distribution of the work based on
381 the Library and of the other library facilities is otherwise
382 permitted, and provided that you do these two things:
384     a) Accompany the combined library with a copy of the same work
385     based on the Library, uncombined with any other library
386     facilities.  This must be distributed under the terms of the
387     Sections above.
389     b) Give prominent notice with the combined library of the fact
390     that part of it is a work based on the Library, and explaining
391     where to find the accompanying uncombined form of the same work.
393   8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute
394 the Library except as expressly provided under this License.  Any
395 attempt otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or
396 distribute the Library is void, and will automatically terminate your
397 rights under this License.  However, parties who have received copies,
398 or rights, from you under this License will not have their licenses
399 terminated so long as such parties remain in full compliance.
401   9. You are not required to accept this License, since you have not
402 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
403 distribute the Library or its derivative works.  These actions are
404 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
405 modifying or distributing the Library (or any work based on the
406 Library), you indicate your acceptance of this License to do so, and
407 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
408 the Library or works based on it.
410   10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
411 Library), the recipient automatically receives a license from the
412 original licensor to copy, distribute, link with or modify the Library
413 subject to these terms and conditions.  You may not impose any further
414 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
415 You are not responsible for enforcing compliance by third parties with
416 this License.
418   11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
419 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
420 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
421 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
422 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
423 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
424 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
425 may not distribute the Library at all.  For example, if a patent
426 license would not permit royalty-free redistribution of the Library by
427 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
428 the only way you could satisfy both it and this License would be to
429 refrain entirely from distribution of the Library.
431 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under any
432 particular circumstance, the balance of the section is intended to apply,
433 and the section as a whole is intended to apply in other circumstances.
435 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
436 patents or other property right claims or to contest validity of any
437 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
438 integrity of the free software distribution system which is
439 implemented by public license practices.  Many people have made
440 generous contributions to the wide range of software distributed
441 through that system in reliance on consistent application of that
442 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
443 to distribute software through any other system and a licensee cannot
444 impose that choice.
446 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
447 be a consequence of the rest of this License.
449   12. If the distribution and/or use of the Library is restricted in
450 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
451 original copyright holder who places the Library under this License may add
452 an explicit geographical distribution limitation excluding those countries,
453 so that distribution is permitted only in or among countries not thus
454 excluded.  In such case, this License incorporates the limitation as if
455 written in the body of this License.
457   13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
458 versions of the Lesser General Public License from time to time.
459 Such new versions will be similar in spirit to the present version,
460 but may differ in detail to address new problems or concerns.
462 Each version is given a distinguishing version number.  If the Library
463 specifies a version number of this License which applies to it and
464 "any later version", you have the option of following the terms and
465 conditions either of that version or of any later version published by
466 the Free Software Foundation.  If the Library does not specify a
467 license version number, you may choose any version ever published by
468 the Free Software Foundation.
470   14. If you wish to incorporate parts of the Library into other free
471 programs whose distribution conditions are incompatible with these,
472 write to the author to ask for permission.  For software which is
473 copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
474 Software Foundation; we sometimes make exceptions for this.  Our
475 decision will be guided by the two goals of preserving the free status
476 of all derivatives of our free software and of promoting the sharing
477 and reuse of software generally.
479                             NO WARRANTY
481   15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
482 WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
483 EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
484 OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
485 KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
486 IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
487 PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
488 LIBRARY IS WITH YOU.  SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
489 THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
491   16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN
492 WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
493 AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU
494 FOR DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR
495 CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
496 LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
497 RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
498 FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER SOFTWARE), EVEN IF
499 SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
500 DAMAGES.
502                      END OF TERMS AND CONDITIONS
504            How to Apply These Terms to Your New Libraries
506   If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
507 possible use to the public, we recommend making it free software that
508 everyone can redistribute and change.  You can do so by permitting
509 redistribution under these terms (or, alternatively, under the terms of the
510 ordinary General Public License).
512   To apply these terms, attach the following notices to the library.  It is
513 safest to attach them to the start of each source file to most effectively
514 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least the
515 "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
517     <one line to give the library's name and a brief idea of what it does.>
518     Copyright (C) <year>  <name of author>
520     This library is free software; you can redistribute it and/or
521     modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
522     License as published by the Free Software Foundation; either
523     version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
525     This library is distributed in the hope that it will be useful,
526     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
527     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
528     Lesser General Public License for more details.
530     You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
531     License along with this library; if not, write to the Free Software
532     Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
534 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
536 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
537 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the library, if
538 necessary.  Here is a sample; alter the names:
540   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the
541   library `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random Hacker.
543   <signature of Ty Coon>, 1 April 1990
544   Ty Coon, President of Vice
546 That's all there is to it!
548 ============================================
550                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
551                        Version 2, June 1991
553  Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.,
554  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
555  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
556  of this license document, but changing it is not allowed.
558                             Preamble
560   The licenses for most software are designed to take away your
561 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
562 License is intended to guarantee your freedom to share and change free
563 software--to make sure the software is free for all its users.  This
564 General Public License applies to most of the Free Software
565 Foundation's software and to any other program whose authors commit to
566 using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
567 the GNU Lesser General Public License instead.)  You can apply it to
568 your programs, too.
570   When we speak of free software, we are referring to freedom, not
571 price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
572 have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
573 this service if you wish), that you receive source code or can get it
574 if you want it, that you can change the software or use pieces of it
575 in new free programs; and that you know you can do these things.
577   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
578 anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
579 These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
580 distribute copies of the software, or if you modify it.
582   For example, if you distribute copies of such a program, whether
583 gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
584 you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
585 source code.  And you must show them these terms so they know their
586 rights.
588   We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
589 (2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
590 distribute and/or modify the software.
592   Also, for each author's protection and ours, we want to make certain
593 that everyone understands that there is no warranty for this free
594 software.  If the software is modified by someone else and passed on, we
595 want its recipients to know that what they have is not the original, so
596 that any problems introduced by others will not reflect on the original
597 authors' reputations.
599   Finally, any free program is threatened constantly by software
600 patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free
601 program will individually obtain patent licenses, in effect making the
602 program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
603 patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.
605   The precise terms and conditions for copying, distribution and
606 modification follow.
608                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
609    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
611   0. This License applies to any program or other work which contains
612 a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
613 under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
614 refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
615 means either the Program or any derivative work under copyright law:
616 that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
617 either verbatim or with modifications and/or translated into another
618 language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
619 the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
621 Activities other than copying, distribution and modification are not
622 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
623 running the Program is not restricted, and the output from the Program
624 is covered only if its contents constitute a work based on the
625 Program (independent of having been made by running the Program).
626 Whether that is true depends on what the Program does.
628   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
629 source code as you receive it, in any medium, provided that you
630 conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
631 copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
632 notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
633 and give any other recipients of the Program a copy of this License
634 along with the Program.
636 You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
637 you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
639   2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion
640 of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
641 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
642 above, provided that you also meet all of these conditions:
644     a) You must cause the modified files to carry prominent notices
645     stating that you changed the files and the date of any change.
647     b) You must cause any work that you distribute or publish, that in
648     whole or in part contains or is derived from the Program or any
649     part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third
650     parties under the terms of this License.
652     c) If the modified program normally reads commands interactively
653     when run, you must cause it, when started running for such
654     interactive use in the most ordinary way, to print or display an
655     announcement including an appropriate copyright notice and a
656     notice that there is no warranty (or else, saying that you provide
657     a warranty) and that users may redistribute the program under
658     these conditions, and telling the user how to view a copy of this
659     License.  (Exception: if the Program itself is interactive but
660     does not normally print such an announcement, your work based on
661     the Program is not required to print an announcement.)
663 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
664 identifiable sections of that work are not derived from the Program,
665 and can be reasonably considered independent and separate works in
666 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
667 sections when you distribute them as separate works.  But when you
668 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
669 on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of
670 this License, whose permissions for other licensees extend to the
671 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
673 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
674 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
675 exercise the right to control the distribution of derivative or
676 collective works based on the Program.
678 In addition, mere aggregation of another work not based on the Program
679 with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
680 a storage or distribution medium does not bring the other work under
681 the scope of this License.
683   3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
684 under Section 2) in object code or executable form under the terms of
685 Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:
687     a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
688     source code, which must be distributed under the terms of Sections
689     1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
691     b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
692     years, to give any third party, for a charge no more than your
693     cost of physically performing source distribution, a complete
694     machine-readable copy of the corresponding source code, to be
695     distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
696     customarily used for software interchange; or,
698     c) Accompany it with the information you received as to the offer
699     to distribute corresponding source code.  (This alternative is
700     allowed only for noncommercial distribution and only if you
701     received the program in object code or executable form with such
702     an offer, in accord with Subsection b above.)
704 The source code for a work means the preferred form of the work for
705 making modifications to it.  For an executable work, complete source
706 code means all the source code for all modules it contains, plus any
707 associated interface definition files, plus the scripts used to
708 control compilation and installation of the executable.  However, as a
709 special exception, the source code distributed need not include
710 anything that is normally distributed (in either source or binary
711 form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
712 operating system on which the executable runs, unless that component
713 itself accompanies the executable.
715 If distribution of executable or object code is made by offering
716 access to copy from a designated place, then offering equivalent
717 access to copy the source code from the same place counts as
718 distribution of the source code, even though third parties are not
719 compelled to copy the source along with the object code.
721   4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
722 except as expressly provided under this License.  Any attempt
723 otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
724 void, and will automatically terminate your rights under this License.
725 However, parties who have received copies, or rights, from you under
726 this License will not have their licenses terminated so long as such
727 parties remain in full compliance.
729   5. You are not required to accept this License, since you have not
730 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
731 distribute the Program or its derivative works.  These actions are
732 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
733 modifying or distributing the Program (or any work based on the
734 Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
735 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
736 the Program or works based on it.
738   6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
739 Program), the recipient automatically receives a license from the
740 original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
741 these terms and conditions.  You may not impose any further
742 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
743 You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
744 this License.
746   7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
747 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
748 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
749 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
750 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
751 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
752 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
753 may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
754 license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
755 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
756 the only way you could satisfy both it and this License would be to
757 refrain entirely from distribution of the Program.
759 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
760 any particular circumstance, the balance of the section is intended to
761 apply and the section as a whole is intended to apply in other
762 circumstances.
764 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
765 patents or other property right claims or to contest validity of any
766 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
767 integrity of the free software distribution system, which is
768 implemented by public license practices.  Many people have made
769 generous contributions to the wide range of software distributed
770 through that system in reliance on consistent application of that
771 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
772 to distribute software through any other system and a licensee cannot
773 impose that choice.
775 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
776 be a consequence of the rest of this License.
778   8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
779 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
780 original copyright holder who places the Program under this License
781 may add an explicit geographical distribution limitation excluding
782 those countries, so that distribution is permitted only in or among
783 countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
784 the limitation as if written in the body of this License.
786   9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
787 of the General Public License from time to time.  Such new versions will
788 be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
789 address new problems or concerns.
791 Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
792 specifies a version number of this License which applies to it and "any
793 later version", you have the option of following the terms and conditions
794 either of that version or of any later version published by the Free
795 Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
796 this License, you may choose any version ever published by the Free Software
797 Foundation.
799   10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
800 programs whose distribution conditions are different, write to the author
801 to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
802 Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
803 make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
804 of preserving the free status of all derivatives of our free software and
805 of promoting the sharing and reuse of software generally.
807                             NO WARRANTY
809   11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
810 FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
811 OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
812 PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
813 OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
814 MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
815 TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
816 PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
817 REPAIR OR CORRECTION.
819   12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
820 WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
821 REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
822 INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
823 OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
824 TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
825 YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
826 PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
827 POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
829                      END OF TERMS AND CONDITIONS
831             How to Apply These Terms to Your New Programs
833   If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
834 possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
835 free software which everyone can redistribute and change under these terms.
837   To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
838 to attach them to the start of each source file to most effectively
839 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least
840 the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
842     <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>
843     Copyright (C) <year>  <name of author>
845     This program is free software; you can redistribute it and/or modify
846     it under the terms of the GNU General Public License as published by
847     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
848     (at your option) any later version.
850     This program is distributed in the hope that it will be useful,
851     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
852     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
853     GNU General Public License for more details.
855     You should have received a copy of the GNU General Public License along
856     with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
857     51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
859 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
861 If the program is interactive, make it output a short notice like this
862 when it starts in an interactive mode:
864     Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author
865     Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
866     This is free software, and you are welcome to redistribute it
867     under certain conditions; type `show c' for details.
869 The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
870 parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may
871 be called something other than `show w' and `show c'; they could even be
872 mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
874 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
875 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if
876 necessary.  Here is a sample; alter the names:
878   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
879   `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
881   <signature of Ty Coon>, 1 April 1989
882   Ty Coon, President of Vice
884 This General Public License does not permit incorporating your program into
885 proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
886 consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
887 library.  If this is what you want to do, use the GNU Lesser General
888 Public License instead of this License.
890 2. Trajectory file reading using VMD plugins
891 ============================================
893    Files: src/external/vmd_molfile/
894           src/gromacs/fileio/vmdio.c
896                 (C) Copyright 1995-2009 The Board of Trustees of the
897                             University of Illinois
898                              All Rights Reserved
900 Developed by:           Theoretical and Computational Biophysics Group
901                         University of Illinois at Urbana-Champaign
902                         http://www.ks.uiuc.edu/
904 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of
905 this software and associated documentation files (the Software), to deal with
906 the Software without restriction, including without limitation the rights to
907 use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies
908 of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to
909 do so, subject to the following conditions:
911 Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
912 this list of conditions and the following disclaimers.
914 Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
915 this list of conditions and the following disclaimers in the documentation
916 and/or other materials provided with the distribution.
918 Neither the names of Theoretical and Computational Biophysics Group,
919 University of Illinois at Urbana-Champaign, nor the names of its contributors
920 may be used to endorse or promote products derived from this Software without
921 specific prior written permission.
923 THE SOFTWARE IS PROVIDED AS IS, WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
924 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
925 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.  IN NO EVENT SHALL
926 THE CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR
927 OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
928 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR
929 OTHER DEALINGS WITH THE SOFTWARE.
931 3. Internal FFT (ffpack)
932 ========================
934    Files: src/external/fftpack/fftpack.c
936 Copyright (c) 2005-2011, NumPy Developers.
937 All rights reserved.
939 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
940 modification, are permitted provided that the following conditions are
941 met:
943     * Redistributions of source code must retain the above copyright
944        notice, this list of conditions and the following disclaimer.
946     * Redistributions in binary form must reproduce the above
947        copyright notice, this list of conditions and the following
948        disclaimer in the documentation and/or other materials provided
949        with the distribution.
951     * Neither the name of the NumPy Developers nor the names of any
952        contributors may be used to endorse or promote products derived
953        from this software without specific prior written permission.
955 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
956 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
957 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
958 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
959 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
960 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
961 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
962 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
963 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
964 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
965 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
967 fftpack.c : A set of FFT routines in C.
968 Algorithmically based on Fortran-77 FFTPACK by Paul N. Swarztrauber (Version 4, 1985).
970 4. thread_mpi
971 =============
973    Files: src/external/thread_mpi/
975 Copyright (c) 2009-2012, Sander Pronk & Erik Lindahl.
976 All rights reserved.
978 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
979 modification, are permitted provided that the following conditions are met:
980 1) Redistributions of source code must retain the above copyright
981    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
982 2) Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
983    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
984    documentation and/or other materials provided with the distribution.
985 3) Neither the name of the <organization> nor the
986    names of its contributors may be used to endorse or promote products
987    derived from this software without specific prior written permission.
989 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY US ''AS IS'' AND ANY
990 EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
991 WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
992 DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL <copyright holder> BE LIABLE FOR ANY
993 DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
994 (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
995 LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND
996 ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
997 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
998 SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1000 If you want to redistribute modifications, please consider that
1001 scientific software is very special. Version control is crucial -
1002 bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
1003 inclusion in the official distribution, but derived work should not
1004 be called official thread_mpi.
1006 5. Blas
1007 =======
1009 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib BLAS library.
1010 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1011 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the GROMACS developers, and
1012 not the reference BLAS implementation.
1014 The reference BLAS implementation is available from http://www.netlib.org/blas
1016 BLAS does not come with a formal named "license", but a general statement that
1018 "The reference BLAS is a freely-available software package. It is available from netlib
1019 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1020 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1022 While the rest of GROMACS is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1023 our modified BLAS files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1024 However, be warned that we have only tested that they do the right thing in the cases used
1025 in GROMACS (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1026 better idea to use the full reference implementation.
1028 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1030 6. Lapack
1031 =========
1033 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib LAPACK library.
1034 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1035 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the GROMACS developers, and
1036 not the reference LAPACK implementation.
1038 The reference LAPACK implementation is available from http://www.netlib.org/lapack
1040 LAPACK does not come with a formal named "license", but a general statement saying:
1042 "The reference LAPACK is a freely-available software package. It is available from netlib
1043 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1044 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1046 While the rest of GROMACS is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1047 our modified LAPACK files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1049 However, be warned that we have only tested that they do the right thing in the cases used
1050 in GROMACS (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1051 better idea to use the full reference implementation.
1053 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1055 7. Parts of Boost C++ library
1056 =============================
1058    Files: src/gromacs/utility/current_function.h
1059           src/gromacs/utility/path.cpp
1061 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1063 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1064 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1065 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1066 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1067 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1068 do so, all subject to the following:
1070 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1071 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1072 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1073 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1074 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1075 a source language processor.
1077 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1078 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1079 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1080 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1081 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1082 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1083 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1085 8. Google Test and Google Mock
1086 ===============================
1088    Files: src/external/gmock-1.7.0/*
1090 Copyright 2008, Google Inc.
1091 All rights reserved.
1093 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1094 modification, are permitted provided that the following conditions are
1095 met:
1097     * Redistributions of source code must retain the above copyright
1098 notice, this list of conditions and the following disclaimer.
1099     * Redistributions in binary form must reproduce the above
1100 copyright notice, this list of conditions and the following disclaimer
1101 in the documentation and/or other materials provided with the
1102 distribution.
1103     * Neither the name of Google Inc. nor the names of its
1104 contributors may be used to endorse or promote products derived from
1105 this software without specific prior written permission.
1107 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
1108 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
1109 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
1110 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
1111 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
1112 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
1113 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
1114 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
1115 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
1116 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
1117 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1120 9. Sun Extensible Data Representation routines (XDR)
1121 =====================================================
1123     Files: src/gromacs/fileio/gmx_system_xdr.c
1125 Sun RPC is a product of Sun Microsystems, Inc. and is provided for
1126 unrestricted use provided that this legend is included on all tape
1127 media and as a part of the software program in whole or part.  Users
1128 may copy or modify Sun RPC without charge, but are not authorized
1129 to license or distribute it to anyone else except as part of a product or
1130 program developed by the user.
1132 SUN RPC IS PROVIDED AS IS WITH NO WARRANTIES OF ANY KIND INCLUDING THE
1133 WARRANTIES OF DESIGN, MERCHANTIBILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
1134 PURPOSE, OR ARISING FROM A COURSE OF DEALING, USAGE OR TRADE PRACTICE.
1136 Sun RPC is provided with no support and without any obligation on the
1137 part of Sun Microsystems, Inc. to assist in its use, correction,
1138 modification or enhancement.
1140 SUN MICROSYSTEMS, INC. SHALL HAVE NO LIABILITY WITH RESPECT TO THE
1141 INFRINGEMENT OF COPYRIGHTS, TRADE SECRETS OR ANY PATENTS BY SUN RPC
1142 OR ANY PART THEREOF.
1144 In no event will Sun Microsystems, Inc. be liable for any lost revenue
1145 or profits or other special, indirect and consequential damages, even if
1146 Sun has been advised of the possibility of such damages.
1148 Sun Microsystems, Inc.
1149 2550 Garcia Avenue
1150 Mountain View, California  94043
1153 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
1154 ===================================================
1156     Files: src/gromacs/math/utilities.c
1158 Copyright (C) 1993 by Sun Microsystems, Inc. All rights reserved.
1160 Developed at SunSoft, a Sun Microsystems, Inc. business.
1161 Permission to use, copy, modify, and distribute this
1162 software is freely granted, provided that this notice
1163 is preserved.
1166 11. ThreeFry Random Engine
1167 ============================================
1169 Based on proposed Boost implementations by
1170 a) John Salmon, Copyright 2010-2014 by D. E. Shaw Research
1171 b) Thijs van den Berg, Copyright (c) 2014 M.A. (Thijs) van den Berg
1173 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1175 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1176 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1177 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1178 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1179 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1180 do so, all subject to the following:
1182 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1183 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1184 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1185 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1186 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1187 a source language processor.
1189 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1190 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1191 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1192 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1193 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1194 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1195 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1197 12. Gamma distribution from libc++
1198 ============================================
1200 Copyright (c) The LLVM compiler infrastructure
1202 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
1203 of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
1204 in the Software without restriction, including without limitation the rights
1205 to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
1206 copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
1207 furnished to do so, subject to the following conditions:
1209 The above copyright notice and this permission notice shall be included in
1210 all copies or substantial portions of the Software.
1212 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1213 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1214 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
1215 AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
1216 LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
1217 OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
1218 THE SOFTWARE.
1221 13. md5
1222 ============================================
1224 Copyright (C) 1999, 2002 Aladdin Enterprises.  All rights reserved.
1226 This software is provided 'as-is', without any express or implied
1227 warranty.  In no event will the authors be held liable for any damages
1228 arising from the use of this software.
1230 Permission is granted to anyone to use this software for any purpose,
1231 including commercial applications, and to alter it and redistribute it
1232 freely, subject to the following restrictions:
1234 1. The origin of this software must not be misrepresented; you must not
1235   claim that you wrote the original software. If you use this software
1236   in a product, an acknowledgment in the product documentation would be
1237   appreciated but is not required.
1238 2. Altered source versions must be plainly marked as such, and must not be
1239   misrepresented as being the original software.
1240 3. This notice may not be removed or altered from any source distribution.
1242 L. Peter Deutsch
1243 ghost@aladdin.com
1245 14. lmfit
1246 ============================================
1247 The package lmfit is distributed under the FreeBSD License:
1250   Copyright (c) 1980-1999 University of Chicago,
1251                           as operator of Argonne National Laboratory
1252   Copyright (c) 2004-2015 Joachim Wuttke, Forschungszentrum Juelich GmbH
1254   All rights reserved.
1256   Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1257   modification, are permitted provided that the following conditions are met:
1259   - Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
1260     this list of conditions and the following disclaimer.
1261   - Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
1262     this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
1263     and/or other materials provided with the distribution.
1265   This software is provided by the copyright holders and contributors "as is"
1266   and any express or implied warranties, including, but not limited to, the
1267   implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose
1268   are disclaimed. In no event shall the copyright holder or contributors
1269   be liable for any direct, indirect, incidental, special, exemplary, or
1270   consequential damages (including, but not limited to, procurement of
1271   substitute goods or services; loss of use, data, or profits; or business
1272   interruption) however caused and on any theory of liability, whether in
1273   contract, strict liability, or tort (including negligence or otherwise)
1274   arising in any way out of the use of this software, even if advised of the
1275   possibility of such damage.
1278 15. clFFT
1279 ============================================
1281    Files: src/external/clFFT/*
1283 The source for clFFT is licensed under the Apache License, Version 2.0
1286 AMD clFFT
1287     Copyright 2013 Advanced Micro Devices, Inc.
1289     This product includes software developed at
1290     Advanced Micro Devices, Inc. (http://www.amd.com).