| blob | fc05565fda40ddc83aa127111d9baff9b7f03e52 |
1 ; Amber forcefield converted to Gromacs
2 ;
3 ; from file /usr/slocal/amber6/dat/all_amino94.in
4 ;
5 ; reading database: All-atom
6 ;
7 ; ALANINE
8 ;
9 [ ALA ]
10 [ atoms ]
11 ;name type charge cg ; qtot
12 N N -0.416 0 ; -0.4157
13 H H 0.272 1 ; -0.1438
14 CA CT 0.034 2 ; -0.1101
15 HA H1 0.082 3 ; -0.0278
16 CB CT -0.182 4 ; -0.2103
17 HB1 HC 0.060 5 ; -0.15
18 HB2 HC 0.060 6 ; -0.0897
19 HB3 HC 0.060 7 ; -0.0294
20 C C 0.597 8 ; 0.5679
21 O O -0.568 9 ; 0
22 [ bonds ]
23 ; ai aj
24 -C N
25 N H
26 N CA
27 CA HA
28 CA CB
29 CB HB1
30 CB HB2
31 CB HB3
32 CA C
33 C O
34 [ dihedrals ]
35 ; ai aj ak al
36 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
37 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
38 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
39 [ impropers ]
40 ; ai aj ak al
41 -C CA N H ai_X__X__N__H_
42 CA +N C O ai_X__X__C__O_
43 ; end residue ALA: 10 atoms, 10 bonds, 10 pdihs, 2 idihs
45 ; GLYCINE
46 ;
47 [ GLY ]
48 [ atoms ]
49 ;name type charge cg ; qtot
50 N N -0.416 0 ; -0.4157
51 H H 0.272 1 ; -0.1438
52 CA CT -0.025 2 ; -0.169
53 HA1 H1 0.070 3 ; -0.0992
54 HA2 H1 0.070 4 ; -0.0294
55 C C 0.597 5 ; 0.5679
56 O O -0.568 6 ; 1.11022e-16
57 [ bonds ]
58 ; ai aj
59 -C N
60 N H
61 N CA
62 CA HA1
63 CA HA2
64 CA C
65 C O
66 [ impropers ]
67 ; ai aj ak al
68 -C CA N H ai_X__X__N__H_
69 CA +N C O ai_X__X__C__O_
70 ; end residue GLY: 7 atoms, 7 bonds, 7 pdihs, 2 idihs
72 ; SERINE
73 ;
74 [ SER ]
75 [ atoms ]
76 ;name type charge cg ; qtot
77 N N -0.416 0 ; -0.4157
78 H H 0.272 1 ; -0.1438
79 CA CT -0.025 2 ; -0.1687
80 HA H1 0.084 3 ; -0.0844
81 CB CT 0.212 4 ; 0.1273
82 HB1 H1 0.035 5 ; 0.1625
83 HB2 H1 0.035 6 ; 0.1977
84 OG OH -0.655 7 ; -0.4569
85 HG HO 0.427 8 ; -0.0294
86 C C 0.597 9 ; 0.5679
87 O O -0.568 10 ; 1.11022e-16
88 [ bonds ]
89 ; ai aj
90 -C N
91 N H
92 N CA
93 CA HA
94 CA CB
95 CB HB1
96 CB HB2
97 CB OG
98 OG HG
99 CA C
100 C O
101 [ dihedrals ]
102 ; ai aj ak al
103 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
104 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
105 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
106 [ impropers ]
107 ; ai aj ak al
108 -C CA N H ai_X__X__N__H_
109 CA +N C O ai_X__X__C__O_
110 ; end residue SER: 11 atoms, 11 bonds, 11 pdihs, 2 idihs
112 ; THREONINE
113 ;
114 [ THR ]
115 [ atoms ]
116 ;name type charge cg ; qtot
117 N N -0.416 0 ; -0.4157
118 H H 0.272 1 ; -0.1438
119 CA CT -0.039 2 ; -0.1827
120 HA H1 0.101 3 ; -0.082
121 CB CT 0.365 4 ; 0.2834
122 HB H1 0.004 5 ; 0.2877
123 CG2 CT -0.244 6 ; 0.0439
124 HG21 HC 0.064 7 ; 0.1081
125 HG22 HC 0.064 8 ; 0.1723
126 HG23 HC 0.064 9 ; 0.2365
127 OG1 OH -0.676 10 ; -0.4396
128 HG1 HO 0.410 11 ; -0.0294
129 C C 0.597 12 ; 0.5679
130 O O -0.568 13 ; 1.11022e-16
131 [ bonds ]
132 ; ai aj
133 -C N
134 N H
135 N CA
136 CA HA
137 CA CB
138 CB HB
139 CB CG2
140 CG2 HG21
141 CG2 HG22
142 CG2 HG23
143 CB OG1
144 OG1 HG1
145 CA C
146 C O
147 [ dihedrals ]
148 ; ai aj ak al
149 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
150 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
151 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
152 [ impropers ]
153 ; ai aj ak al
154 -C CA N H ai_X__X__N__H_
155 CA +N C O ai_X__X__C__O_
156 ; end residue THR: 14 atoms, 14 bonds, 14 pdihs, 2 idihs
158 ; LEUCINE
159 ;
160 [ LEU ]
161 [ atoms ]
162 ;name type charge cg ; qtot
163 N N -0.416 0 ; -0.4157
164 H H 0.272 1 ; -0.1438
165 CA CT -0.052 2 ; -0.1956
166 HA H1 0.092 3 ; -0.1034
167 CB CT -0.110 4 ; -0.2136
168 HB1 HC 0.046 5 ; -0.1679
169 HB2 HC 0.046 6 ; -0.1222
170 CG CT 0.353 7 ; 0.2309
171 HG HC -0.036 8 ; 0.1948
172 CD1 CT -0.412 9 ; -0.2173
173 HD11 HC 0.100 10 ; -0.1173
174 HD12 HC 0.100 11 ; -0.0173
175 HD13 HC 0.100 12 ; 0.0827
176 CD2 CT -0.412 13 ; -0.3294
177 HD21 HC 0.100 14 ; -0.2294
178 HD22 HC 0.100 15 ; -0.1294
179 HD23 HC 0.100 16 ; -0.0294
180 C C 0.597 17 ; 0.5679
181 O O -0.568 18 ; 0
182 [ bonds ]
183 ; ai aj
184 -C N
185 N H
186 N CA
187 CA HA
188 CA CB
189 CB HB1
190 CB HB2
191 CB CG
192 CG HG
193 CG CD1
194 CD1 HD11
195 CD1 HD12
196 CD1 HD13
197 CG CD2
198 CD2 HD21
199 CD2 HD22
200 CD2 HD23
201 CA C
202 C O
203 [ dihedrals ]
204 ; ai aj ak al
205 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
206 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
207 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
208 [ impropers ]
209 ; ai aj ak al
210 -C CA N H ai_X__X__N__H_
211 CA +N C O ai_X__X__C__O_
212 ; end residue LEU: 19 atoms, 19 bonds, 19 pdihs, 2 idihs
214 ; ISOLEUCINE
215 ;
216 [ ILE ]
217 [ atoms ]
218 ;name type charge cg ; qtot
219 N N -0.416 0 ; -0.4157
220 H H 0.272 1 ; -0.1438
221 CA CT -0.060 2 ; -0.2035
222 HA H1 0.087 3 ; -0.1166
223 CB CT 0.130 4 ; 0.0137
224 HB HC 0.019 5 ; 0.0324
225 CG2 CT -0.320 6 ; -0.288
226 HG21 HC 0.088 7 ; -0.1998
227 HG22 HC 0.088 8 ; -0.1116
228 HG23 HC 0.088 9 ; -0.0234
229 CG1 CT -0.043 10 ; -0.0664
230 HG11 HC 0.024 11 ; -0.0428
231 HG12 HC 0.024 12 ; -0.0192
232 CD1 CT -0.066 13 ; -0.0852
233 HD11 HC 0.019 14 ; -0.0666
234 HD12 HC 0.019 15 ; -0.048
235 HD13 HC 0.019 16 ; -0.0294
236 C C 0.597 17 ; 0.5679
237 O O -0.568 18 ; 0
238 [ bonds ]
239 ; ai aj
240 -C N
241 N H
242 N CA
243 CA HA
244 CA CB
245 CB HB
246 CB CG2
247 CG2 HG21
248 CG2 HG22
249 CG2 HG23
250 CB CG1
251 CG1 HG11
252 CG1 HG12
253 CG1 CD1
254 CD1 HD11
255 CD1 HD12
256 CD1 HD13
257 CA C
258 C O
259 [ dihedrals ]
260 ; ai aj ak al
261 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
262 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
263 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
264 [ impropers ]
265 ; ai aj ak al
266 -C CA N H ai_X__X__N__H_
267 CA +N C O ai_X__X__C__O_
268 ; end residue ILE: 19 atoms, 19 bonds, 19 pdihs, 2 idihs
270 ; VALINE
271 ;
272 [ VAL ]
273 [ atoms ]
274 ;name type charge cg ; qtot
275 N N -0.416 0 ; -0.4157
276 H H 0.272 1 ; -0.1438
277 CA CT -0.087 2 ; -0.2313
278 HA H1 0.097 3 ; -0.1344
279 CB CT 0.298 4 ; 0.1641
280 HB HC -0.030 5 ; 0.1344
281 CG1 CT -0.319 6 ; -0.1848
282 HG11 HC 0.079 7 ; -0.1057
283 HG12 HC 0.079 8 ; -0.0266
284 HG13 HC 0.079 9 ; 0.0525
285 CG2 CT -0.319 10 ; -0.2667
286 HG21 HC 0.079 11 ; -0.1876
287 HG22 HC 0.079 12 ; -0.1085
288 HG23 HC 0.079 13 ; -0.0294
289 C C 0.597 14 ; 0.5679
290 O O -0.568 15 ; 1.11022e-16
291 [ bonds ]
292 ; ai aj
293 -C N
294 N H
295 N CA
296 CA HA
297 CA CB
298 CB HB
299 CB CG1
300 CG1 HG11
301 CG1 HG12
302 CG1 HG13
303 CB CG2
304 CG2 HG21
305 CG2 HG22
306 CG2 HG23
307 CA C
308 C O
309 [ dihedrals ]
310 ; ai aj ak al
311 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
312 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
313 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
314 [ impropers ]
315 ; ai aj ak al
316 -C CA N H ai_X__X__N__H_
317 CA +N C O ai_X__X__C__O_
318 ; end residue VAL: 16 atoms, 16 bonds, 16 pdihs, 2 idihs
320 ; ASPARAGINE
321 ;
322 [ ASN ]
323 [ atoms ]
324 ;name type charge cg ; qtot
325 N N -0.416 0 ; -0.4157
326 H H 0.272 1 ; -0.1438
327 CA CT 0.014 2 ; -0.1295
328 HA H1 0.105 3 ; -0.0247
329 CB CT -0.204 4 ; -0.2288
330 HB1 HC 0.080 5 ; -0.1491
331 HB2 HC 0.080 6 ; -0.0694
332 CG C 0.713 7 ; 0.6436
333 OD1 O -0.593 8 ; 0.0505
334 ND2 N -0.919 9 ; -0.8686
335 HD21 H 0.420 10 ; -0.449
336 HD22 H 0.420 11 ; -0.0294
337 C C 0.597 12 ; 0.5679
338 O O -0.568 13 ; 0
339 [ bonds ]
340 ; ai aj
341 -C N
342 N H
343 N CA
344 CA HA
345 CA CB
346 CB HB1
347 CB HB2
348 CB CG
349 CG OD1
350 CG ND2
351 ND2 HD21
352 ND2 HD22
353 CA C
354 C O
355 [ dihedrals ]
356 ; ai aj ak al
357 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
358 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
359 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
360 [ impropers ]
361 ; ai aj ak al
362 -C CA N H ai_X__X__N__H_
363 CA +N C O ai_X__X__C__O_
364 CB ND2 CG OD1 ai_X__X__C__O_
365 CG HD21 ND2 HD22 ai_X__X__N__H_
366 ; end residue ASN: 14 atoms, 14 bonds, 14 pdihs, 4 idihs
368 ; GLUTAMINE
369 ;
370 [ GLN ]
371 [ atoms ]
372 ;name type charge cg ; qtot
373 N N -0.416 0 ; -0.4157
374 H H 0.272 1 ; -0.1438
375 CA CT -0.003 2 ; -0.1469
376 HA H1 0.085 3 ; -0.0619
377 CB CT -0.004 4 ; -0.0655
378 HB1 HC 0.017 5 ; -0.0484
379 HB2 HC 0.017 6 ; -0.0313
380 CG CT -0.065 7 ; -0.0958
381 HG1 HC 0.035 8 ; -0.0606
382 HG2 HC 0.035 9 ; -0.0254
383 CD C 0.695 10 ; 0.6697
384 OE1 O -0.609 11 ; 0.0611
385 NE2 N -0.941 12 ; -0.8796
386 HE21 H 0.425 13 ; -0.4545
387 HE22 H 0.425 14 ; -0.0294
388 C C 0.597 15 ; 0.5679
389 O O -0.568 16 ; 1.11022e-16
390 [ bonds ]
391 ; ai aj
392 -C N
393 N H
394 N CA
395 CA HA
396 CA CB
397 CB HB1
398 CB HB2
399 CB CG
400 CG HG1
401 CG HG2
402 CG CD
403 CD OE1
404 CD NE2
405 NE2 HE21
406 NE2 HE22
407 CA C
408 C O
409 [ dihedrals ]
410 ; ai aj ak al
411 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
412 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
413 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
414 [ impropers ]
415 ; ai aj ak al
416 -C CA N H ai_X__X__N__H_
417 CA +N C O ai_X__X__C__O_
418 CG NE2 CD OE1 ai_X__X__C__O_
419 CD HE21 NE2 HE22 ai_X__X__N__H_
420 ; end residue GLN: 17 atoms, 17 bonds, 17 pdihs, 4 idihs
422 ; ARGININE
423 ;
424 [ ARG ]
425 [ atoms ]
426 ;name type charge cg ; qtot
427 N N -0.348 0 ; -0.3479
428 H H 0.275 1 ; -0.0732
429 CA CT -0.264 2 ; -0.3369
430 HA H1 0.156 3 ; -0.1809
431 CB CT -0.001 4 ; -0.1816
432 HB1 HC 0.033 5 ; -0.1489
433 HB2 HC 0.033 6 ; -0.1162
434 CG CT 0.039 7 ; -0.0772
435 HG1 HC 0.029 8 ; -0.0487
436 HG2 HC 0.029 9 ; -0.0202
437 CD CT 0.049 10 ; 0.0284
438 HD1 H1 0.069 11 ; 0.0971
439 HD2 H1 0.069 12 ; 0.1658
440 NE N2 -0.529 13 ; -0.3637
441 HE H 0.346 14 ; -0.0181
442 CZ CA 0.808 15 ; 0.7895
443 NH1 N2 -0.863 16 ; -0.0732
444 HH11 H 0.448 17 ; 0.3746
445 HH12 H 0.448 18 ; 0.8224
446 NH2 N2 -0.863 19 ; -0.0403
447 HH21 H 0.448 20 ; 0.4075
448 HH22 H 0.448 21 ; 0.8553
449 C C 0.734 22 ; 1.5894
450 O O -0.589 23 ; 1
451 [ bonds ]
452 ; ai aj
453 -C N
454 N H
455 N CA
456 CA HA
457 CA CB
458 CB HB1
459 CB HB2
460 CB CG
461 CG HG1
462 CG HG2
463 CG CD
464 CD HD1
465 CD HD2
466 CD NE
467 NE HE
468 NE CZ
469 CZ NH1
470 NH1 HH11
471 NH1 HH12
472 CZ NH2
473 NH2 HH21
474 NH2 HH22
475 CA C
476 C O
477 [ dihedrals ]
478 ; ai aj ak al
479 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
480 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
481 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
482 [ impropers ]
483 ; ai aj ak al
484 -C CA N H ai_X__X__N__H_
485 CA +N C O ai_X__X__C__O_
486 NE NH1 CZ NH2 ai_X__N2_CA_N2
487 CD CZ NE HE ai_X__X__N2_H_
488 CZ HH11 NH1 HH12 ai_X__X__N2_H_
489 CZ HH21 NH2 HH22 ai_X__X__N2_H_
490 ; end residue ARG: 24 atoms, 24 bonds, 24 pdihs, 6 idihs
492 ; HISTIDINE DELTAH
493 ;
494 [ HID ]
495 [ atoms ]
496 ;name type charge cg ; qtot
497 N N -0.416 0 ; -0.4157
498 H H 0.272 1 ; -0.1438
499 CA CT 0.019 2 ; -0.125
500 HA H1 0.088 3 ; -0.0369
501 CB CT -0.046 4 ; -0.0831
502 HB1 HC 0.040 5 ; -0.0429
503 HB2 HC 0.040 6 ; -0.0027
504 CG CC -0.027 7 ; -0.0293
505 ND1 NA -0.381 8 ; -0.4104
506 HD1 H 0.365 9 ; -0.0455
507 CE1 CR 0.206 10 ; 0.1602
508 HE1 H5 0.139 11 ; 0.2994
509 NE2 NB -0.573 12 ; -0.2733
510 CD2 CV 0.129 13 ; -0.1441
511 HD2 H4 0.115 14 ; -0.0294
512 C C 0.597 15 ; 0.5679
513 O O -0.568 16 ; 1.11022e-16
514 [ bonds ]
515 ; ai aj
516 -C N
517 N H
518 N CA
519 CA HA
520 CA CB
521 CB HB1
522 CB HB2
523 CB CG
524 CG ND1
525 ND1 HD1
526 ND1 CE1
527 CE1 HE1
528 CE1 NE2
529 NE2 CD2
530 CD2 HD2
531 CA C
532 C O
533 CG CD2
534 [ dihedrals ]
535 ; ai aj ak al
536 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
537 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
538 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
539 [ impropers ]
540 ; ai aj ak al
541 -C CA N H ai_X__X__N__H_
542 CA +N C O ai_X__X__C__O_
543 CG CE1 ND1 HD1 ai_X__X__NA_H_
544 CG NE2 CD2 HD2 ai_X__X__CV_H4
545 ND1 NE2 CE1 HE1 ai_X__X__CR_H5
546 ND1 CD2 CG CB ai_NA_CV_CC_CT
547 ; end residue HID: 17 atoms, 18 bonds, 17 pdihs, 6 idihs
549 ; HISTIDINE EPSILONH
550 ;
551 [ HIE ]
552 [ atoms ]
553 ;name type charge cg ; qtot
554 N N -0.416 0 ; -0.4157
555 H H 0.272 1 ; -0.1438
556 CA CT -0.058 2 ; -0.2019
557 HA H1 0.136 3 ; -0.0659
558 CB CT -0.007 4 ; -0.0733
559 HB1 HC 0.037 5 ; -0.0366
560 HB2 HC 0.037 6 ; 0.0001
561 CG CC 0.187 7 ; 0.1869
562 ND1 NB -0.543 8 ; -0.3563
563 CE1 CR 0.164 9 ; -0.1928
564 HE1 H5 0.143 10 ; -0.0493
565 NE2 NA -0.280 11 ; -0.3288
566 HE2 H 0.334 12 ; 0.0051
567 CD2 CW -0.221 13 ; -0.2156
568 HD2 H4 0.186 14 ; -0.0294
569 C C 0.597 15 ; 0.5679
570 O O -0.568 16 ; 0
571 [ bonds ]
572 ; ai aj
573 -C N
574 N H
575 N CA
576 CA HA
577 CA CB
578 CB HB1
579 CB HB2
580 CB CG
581 CG ND1
582 ND1 CE1
583 CE1 HE1
584 CE1 NE2
585 NE2 HE2
586 NE2 CD2
587 CD2 HD2
588 CA C
589 C O
590 CG CD2
591 [ dihedrals ]
592 ; ai aj ak al
593 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
594 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
595 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
596 [ impropers ]
597 ; ai aj ak al
598 -C CA N H ai_X__X__N__H_
599 CA +N C O ai_X__X__C__O_
600 CE1 CD2 NE2 HE2 ai_X__X__NA_H_
601 CG NE2 CD2 HD2 ai_X__X__CW_H4
602 ND1 NE2 CE1 HE1 ai_X__X__CR_H5
603 ND1 CD2 CG CB ai_NB_CW_CC_CT
604 ; end residue HIE: 17 atoms, 18 bonds, 17 pdihs, 6 idihs
606 ; HISTIDINE PLUS
607 ;
608 [ HIP ]
609 [ atoms ]
610 ;name type charge cg ; qtot
611 N N -0.348 0 ; -0.3479
612 H H 0.275 1 ; -0.0732
613 CA CT -0.135 2 ; -0.2086
614 HA H1 0.121 3 ; -0.0874
615 CB CT -0.041 4 ; -0.1288
616 HB1 HC 0.081 5 ; -0.0478
617 HB2 HC 0.081 6 ; 0.0332
618 CG CC -0.001 7 ; 0.032
619 ND1 NA -0.151 8 ; -0.1193
620 HD1 H 0.387 9 ; 0.2673
621 CE1 CR -0.017 10 ; 0.2503
622 HE1 H5 0.268 11 ; 0.5184
623 NE2 NA -0.172 12 ; 0.3466
624 HE2 H 0.391 13 ; 0.7377
625 CD2 CW -0.114 14 ; 0.6236
626 HD2 H4 0.232 15 ; 0.8553
627 C C 0.734 16 ; 1.5894
628 O O -0.589 17 ; 1
629 [ bonds ]
630 ; ai aj
631 -C N
632 N H
633 N CA
634 CA HA
635 CA CB
636 CB HB1
637 CB HB2
638 CB CG
639 CG ND1
640 ND1 HD1
641 ND1 CE1
642 CE1 HE1
643 CE1 NE2
644 NE2 HE2
645 NE2 CD2
646 CD2 HD2
647 CA C
648 C O
649 CG CD2
650 [ dihedrals ]
651 ; ai aj ak al
652 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
653 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
654 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
655 [ impropers ]
656 ; ai aj ak al
657 -C CA N H ai_X__X__N__H_
658 CA +N C O ai_X__X__C__O_
659 CG CE1 ND1 HD1 ai_X__X__NA_H_
660 CE1 CD2 NE2 HE2 ai_X__X__NA_H_
661 CG NE2 CD2 HD2 ai_X__X__CW_H4
662 ND1 NE2 CE1 HE1 ai_X__X__CR_H5
663 ND1 CD2 CG CB ai_NA_CW_CC_CT
664 ; end residue HIP: 18 atoms, 19 bonds, 18 pdihs, 7 idihs
666 ; TRYPTOPHAN
667 ;
668 [ TRP ]
669 [ atoms ]
670 ;name type charge cg ; qtot
671 N N -0.416 0 ; -0.4157
672 H H 0.272 1 ; -0.1438
673 CA CT -0.028 2 ; -0.1713
674 HA H1 0.112 3 ; -0.059
675 CB CT -0.005 4 ; -0.064
676 HB1 HC 0.034 5 ; -0.0301
677 HB2 HC 0.034 6 ; 0.0038
678 CG C* -0.141 7 ; -0.1377
679 CD1 CW -0.164 8 ; -0.3015
680 HD1 H4 0.206 9 ; -0.0953
681 NE1 NA -0.342 10 ; -0.4371
682 HE1 H 0.341 11 ; -0.0959
683 CE2 CN 0.138 12 ; 0.0421
684 CZ2 CA -0.260 13 ; -0.218
685 HZ2 HA 0.157 14 ; -0.0608
686 CH2 CA -0.113 15 ; -0.1742
687 HH2 HA 0.142 16 ; -0.0325
688 CZ3 CA -0.197 17 ; -0.2297
689 HZ3 HA 0.145 18 ; -0.085
690 CE3 CA -0.239 19 ; -0.3237
691 HE3 HA 0.170 20 ; -0.1537
692 CD2 CB 0.124 21 ; -0.0294
693 C C 0.597 22 ; 0.5679
694 O O -0.568 23 ; 1.11022e-16
695 [ bonds ]
696 ; ai aj
697 -C N
698 N H
699 N CA
700 CA HA
701 CA CB
702 CB HB1
703 CB HB2
704 CB CG
705 CG CD1
706 CD1 HD1
707 CD1 NE1
708 NE1 HE1
709 NE1 CE2
710 CE2 CZ2
711 CZ2 HZ2
712 CZ2 CH2
713 CH2 HH2
714 CH2 CZ3
715 CZ3 HZ3
716 CZ3 CE3
717 CE3 HE3
718 CE3 CD2
719 CA C
720 C O
721 CG CD2
722 CE2 CD2
723 [ dihedrals ]
724 ; ai aj ak al
725 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
726 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
727 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
728 [ impropers ]
729 ; ai aj ak al
730 -C CA N H ai_X__X__N__H_
731 CA +N C O ai_X__X__C__O_
732 CD1 CE2 NE1 HE1 ai_X__X__NA_H_
733 CE2 CH2 CZ2 HZ2 ai_X__X__CA_HA
734 CZ2 CZ3 CH2 HH2 ai_X__X__CA_HA
735 CH2 CE3 CZ3 HZ3 ai_X__X__CA_HA
736 CZ3 CD2 CE3 HE3 ai_X__X__CA_HA
737 CG NE1 CD1 HD1 ai_X__X__CW_H4
738 CD1 CD2 CG CB ai_CW_CB_C*_CT
739 ; end residue TRP: 24 atoms, 26 bonds, 24 pdihs, 9 idihs
741 ; PHENYLALANINE
742 ;
743 [ PHE ]
744 [ atoms ]
745 ;name type charge cg ; qtot
746 N N -0.416 0 ; -0.4157
747 H H 0.272 1 ; -0.1438
748 CA CT -0.002 2 ; -0.1462
749 HA H1 0.098 3 ; -0.0484
750 CB CT -0.034 4 ; -0.0827
751 HB1 HC 0.029 5 ; -0.0532
752 HB2 HC 0.029 6 ; -0.0237
753 CG CA 0.012 7 ; -0.0119
754 CD1 CA -0.126 8 ; -0.1375
755 HD1 HA 0.133 9 ; -0.0045
756 CE1 CA -0.170 10 ; -0.1749
757 HE1 HA 0.143 11 ; -0.0319
758 CZ CA -0.107 12 ; -0.1391
759 HZ HA 0.130 13 ; -0.0094
760 CE2 CA -0.170 14 ; -0.1798
761 HE2 HA 0.143 15 ; -0.0368
762 CD2 CA -0.126 16 ; -0.1624
763 HD2 HA 0.133 17 ; -0.0294
764 C C 0.597 18 ; 0.5679
765 O O -0.568 19 ; 1.11022e-16
766 [ bonds ]
767 ; ai aj
768 -C N
769 N H
770 N CA
771 CA HA
772 CA CB
773 CB HB1
774 CB HB2
775 CB CG
776 CG CD1
777 CD1 HD1
778 CD1 CE1
779 CE1 HE1
780 CE1 CZ
781 CZ HZ
782 CZ CE2
783 CE2 HE2
784 CE2 CD2
785 CD2 HD2
786 CA C
787 C O
788 CG CD2
789 [ dihedrals ]
790 ; ai aj ak al
791 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
792 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
793 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
794 [ impropers ]
795 ; ai aj ak al
796 -C CA N H ai_X__X__N__H_
797 CA +N C O ai_X__X__C__O_
798 CG CE2 CD2 HD2 ai_X__X__CA_HA
799 CD2 CZ CE2 HE2 ai_X__X__CA_HA
800 CE1 CE2 CZ HZ ai_X__X__CA_HA
801 CD1 CZ CE1 HE1 ai_X__X__CA_HA
802 CG CE1 CD1 HD1 ai_X__X__CA_HA
803 CD1 CD2 CG CB ai_CA_CA_CA_CT
804 ; end residue PHE: 20 atoms, 21 bonds, 20 pdihs, 8 idihs
806 ; TYROSINE
807 ;
808 [ TYR ]
809 [ atoms ]
810 ;name type charge cg ; qtot
811 N N -0.416 0 ; -0.4157
812 H H 0.272 1 ; -0.1438
813 CA CT -0.001 2 ; -0.1452
814 HA H1 0.088 3 ; -0.0576
815 CB CT -0.015 4 ; -0.0728
816 HB1 HC 0.029 5 ; -0.0433
817 HB2 HC 0.029 6 ; -0.0138
818 CG CA -0.001 7 ; -0.0149
819 CD1 CA -0.191 8 ; -0.2055
820 HD1 HA 0.170 9 ; -0.0356
821 CE1 CA -0.234 10 ; -0.2697
822 HE1 HA 0.166 11 ; -0.1041
823 CZ C 0.323 12 ; 0.2185
824 OH OH -0.558 13 ; -0.3394
825 HH HO 0.399 14 ; 0.0598
826 CE2 CA -0.234 15 ; -0.1743
827 HE2 HA 0.166 16 ; -0.0087
828 CD2 CA -0.191 17 ; -0.1993
829 HD2 HA 0.170 18 ; -0.0294
830 C C 0.597 19 ; 0.5679
831 O O -0.568 20 ; 1.11022e-16
832 [ bonds ]
833 ; ai aj
834 -C N
835 N H
836 N CA
837 CA HA
838 CA CB
839 CB HB1
840 CB HB2
841 CB CG
842 CG CD1
843 CD1 HD1
844 CD1 CE1
845 CE1 HE1
846 CE1 CZ
847 CZ OH
848 OH HH
849 CZ CE2
850 CE2 HE2
851 CE2 CD2
852 CD2 HD2
853 CA C
854 C O
855 CG CD2
856 [ dihedrals ]
857 ; ai aj ak al
858 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
859 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
860 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
861 [ impropers ]
862 ; ai aj ak al
863 -C CA N H ai_X__X__N__H_
864 CA +N C O ai_X__X__C__O_
865 CG CE2 CD2 HD2 ai_X__X__CA_HA
866 CD2 CZ CE2 HE2 ai_X__X__CA_HA
867 CD1 CZ CE1 HE1 ai_X__X__CA_HA
868 CG CE1 CD1 HD1 ai_X__X__CA_HA
869 CD1 CD2 CG CB ai_CA_CA_CA_CT
870 CE1 CE2 CZ OH ai_CA_CA_C__OH
871 ; end residue TYR: 21 atoms, 22 bonds, 21 pdihs, 8 idihs
873 ; GLUTAMIC ACID
874 ;
875 [ GLU ]
876 [ atoms ]
877 ;name type charge cg ; qtot
878 N N -0.516 0 ; -0.5163
879 H H 0.294 1 ; -0.2227
880 CA CT 0.040 2 ; -0.183
881 HA H1 0.111 3 ; -0.0725
882 CB CT 0.056 4 ; -0.0165
883 HB1 HC -0.017 5 ; -0.0338
884 HB2 HC -0.017 6 ; -0.0511
885 CG CT 0.014 7 ; -0.0375
886 HG1 HC -0.043 8 ; -0.08
887 HG2 HC -0.043 9 ; -0.1225
888 CD C 0.805 10 ; 0.6829
889 OE1 O2 -0.819 11 ; -0.1359
890 OE2 O2 -0.819 12 ; -0.9547
891 C C 0.537 13 ; -0.4181
892 O O -0.582 14 ; -1
893 [ bonds ]
894 ; ai aj
895 -C N
896 N H
897 N CA
898 CA HA
899 CA CB
900 CB HB1
901 CB HB2
902 CB CG
903 CG HG1
904 CG HG2
905 CG CD
906 CD OE1
907 CD OE2
908 CA C
909 C O
910 [ dihedrals ]
911 ; ai aj ak al
912 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
913 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
914 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
915 [ impropers ]
916 ; ai aj ak al
917 -C CA N H ai_X__X__N__H_
918 CA +N C O ai_X__X__C__O_
919 CG OE1 CD OE2 ai_X__O2_C__O2
920 ; end residue GLU: 15 atoms, 15 bonds, 15 pdihs, 3 idihs
922 ; ASPARTIC ACID
923 ;
924 [ ASP ]
925 [ atoms ]
926 ;name type charge cg ; qtot
927 N N -0.516 0 ; -0.5163
928 H H 0.294 1 ; -0.2227
929 CA CT 0.038 2 ; -0.1846
930 HA H1 0.088 3 ; -0.0966
931 CB CT -0.030 4 ; -0.1269
932 HB1 HC -0.012 5 ; -0.1391
933 HB2 HC -0.012 6 ; -0.1513
934 CG C 0.799 7 ; 0.6481
935 OD1 O2 -0.801 8 ; -0.1533
936 OD2 O2 -0.801 9 ; -0.9547
937 C C 0.537 10 ; -0.4181
938 O O -0.582 11 ; -1
939 [ bonds ]
940 ; ai aj
941 -C N
942 N H
943 N CA
944 CA HA
945 CA CB
946 CB HB1
947 CB HB2
948 CB CG
949 CG OD1
950 CG OD2
951 CA C
952 C O
953 [ dihedrals ]
954 ; ai aj ak al
955 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
956 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
957 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
958 [ impropers ]
959 ; ai aj ak al
960 -C CA N H ai_X__X__N__H_
961 CA +N C O ai_X__X__C__O_
962 CB OD1 CG OD2 ai_X__O2_C__O2
963 ; end residue ASP: 12 atoms, 12 bonds, 12 pdihs, 3 idihs
965 ; LYSINE
966 ;
967 [ LYS ]
968 [ atoms ]
969 ;name type charge cg ; qtot
970 N N -0.348 0 ; -0.3479
971 H H 0.275 1 ; -0.0732
972 CA CT -0.240 2 ; -0.3132
973 HA H1 0.143 3 ; -0.1706
974 CB CT -0.009 4 ; -0.18
975 HB1 HC 0.036 5 ; -0.1438
976 HB2 HC 0.036 6 ; -0.1076
977 CG CT 0.019 7 ; -0.0889
978 HG1 HC 0.010 8 ; -0.0786
979 HG2 HC 0.010 9 ; -0.0683
980 CD CT -0.048 10 ; -0.1162
981 HD1 HC 0.062 11 ; -0.0541
982 HD2 HC 0.062 12 ; 0.008
983 CE CT -0.014 13 ; -0.0063
984 HE1 HP 0.114 14 ; 0.1072
985 HE2 HP 0.114 15 ; 0.2207
986 NZ N3 -0.385 16 ; -0.1647
987 HZ1 H 0.340 17 ; 0.1753
988 HZ2 H 0.340 18 ; 0.5153
989 HZ3 H 0.340 19 ; 0.8553
990 C C 0.734 20 ; 1.5894
991 O O -0.589 21 ; 1
992 [ bonds ]
993 ; ai aj
994 -C N
995 N H
996 N CA
997 CA HA
998 CA CB
999 CB HB1
1000 CB HB2
1001 CB CG
1002 CG HG1
1003 CG HG2
1004 CG CD
1005 CD HD1
1006 CD HD2
1007 CD CE
1008 CE HE1
1009 CE HE2
1010 CE NZ
1011 NZ HZ1
1012 NZ HZ2
1013 NZ HZ3
1014 CA C
1015 C O
1016 [ dihedrals ]
1017 ; ai aj ak al
1018 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1019 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1020 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1021 [ impropers ]
1022 ; ai aj ak al
1023 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1024 CA +N C O ai_X__X__C__O_
1025 ; end residue LYS: 22 atoms, 22 bonds, 22 pdihs, 2 idihs
1027 ; LYSINE neutral
1028 ;
1029 [ LYN ]
1030 [ atoms ]
1031 ;name type charge cg ; qtot
1032 N N -0.416 0 ; -0.4157
1033 H H 0.272 1 ; -0.1438
1034 CA CT -0.072 2 ; -0.21586
1035 HA H1 0.099 3 ; -0.11646
1036 CB CT -0.048 4 ; -0.16491
1037 HB1 HC 0.034 5 ; -0.13091
1038 HB2 HC 0.034 6 ; -0.09691
1039 CG CT 0.066 7 ; -0.03079
1040 HG1 HC 0.010 8 ; -0.02038
1041 HG2 HC 0.010 9 ; -0.00997
1042 CD CT -0.038 10 ; -0.04765
1043 HD1 HC 0.012 11 ; -0.0361
1044 HD2 HC 0.012 12 ; -0.02455
1045 CE CT 0.326 13 ; 0.30149
1046 HE1 HP -0.034 14 ; 0.26791
1047 HE2 HP -0.034 15 ; 0.23433
1048 NZ N3 -1.036 16 ; -0.80148
1049 HZ1 H 0.386 17 ; -0.41544
1050 HZ2 H 0.386 18 ; -0.0294
1051 C C 0.597 19 ; 0.5679
1052 O O -0.568 20 ; 1.11022e-16
1053 [ bonds ]
1054 ; ai aj
1055 -C N
1056 N H
1057 N CA
1058 CA HA
1059 CA CB
1060 CB HB1
1061 CB HB2
1062 CB CG
1063 CG HG1
1064 CG HG2
1065 CG CD
1066 CD HD1
1067 CD HD2
1068 CD CE
1069 CE HE1
1070 CE HE2
1071 CE NZ
1072 NZ HZ1
1073 NZ HZ2
1074 CA C
1075 O O
1076 [ dihedrals ]
1077 ; ai aj ak al
1078 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1079 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1080 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1081 [ impropers ]
1082 ; ai aj ak al
1083 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1084 CA +N C O ai_X__X__C__O_
1085 ; end residue LYN: 21 atoms, 21 bonds, 21 pdihs, 2 idihs
1087 ; PROLINE
1088 ;
1089 [ PRO ]
1090 [ atoms ]
1091 ;name type charge cg ; qtot
1092 N N -0.255 0 ; -0.2548
1093 CD CT 0.019 1 ; -0.2356
1094 HD1 H1 0.039 2 ; -0.1965
1095 HD2 H1 0.039 3 ; -0.1574
1096 CG CT 0.019 4 ; -0.1385
1097 HG1 HC 0.021 5 ; -0.1172
1098 HG2 HC 0.021 6 ; -0.0959
1099 CB CT -0.007 7 ; -0.1029
1100 HB1 HC 0.025 8 ; -0.0776
1101 HB2 HC 0.025 9 ; -0.0523
1102 CA CT -0.027 10 ; -0.0789
1103 HA H1 0.064 11 ; -0.0148
1104 C C 0.590 12 ; 0.5748
1105 O O -0.575 13 ; 0
1106 [ bonds ]
1107 ; ai aj
1108 -C N
1109 N CD
1110 CD HD1
1111 CD HD2
1112 CD CG
1113 CG HG1
1114 CG HG2
1115 CG CB
1116 CB HB1
1117 CB HB2
1118 N CA
1119 CA HA
1120 CA C
1121 C O
1122 CB CA
1123 [ dihedrals ]
1124 ; ai aj ak al
1125 CG CD N -C ad_CT_CT_N__C__1
1126 CG CD N -C ad_CT_CT_N__C__2
1127 CG CD N -C ad_CT_CT_N__C__3
1128 [ impropers ]
1129 ; ai aj ak al
1130 CA +N C O ai_X__X__C__O_
1131 -C CD N CA ai_X__CT_N__CT
1132 ; end residue PRO: 14 atoms, 15 bonds, 14 pdihs, 2 idihs
1134 ; CYSTEINE
1135 ;
1136 [ CYS ]
1137 [ atoms ]
1138 ;name type charge cg ; qtot
1139 N N -0.416 0 ; -0.4157
1140 H H 0.272 1 ; -0.1438
1141 CA CT 0.021 2 ; -0.1225
1142 HA H1 0.112 3 ; -0.0101
1143 CB CT -0.123 4 ; -0.1332
1144 HB1 H1 0.111 5 ; -0.022
1145 HB2 H1 0.111 6 ; 0.0892
1146 SG SH -0.312 7 ; -0.2227
1147 HG HS 0.193 8 ; -0.0294
1148 C C 0.597 9 ; 0.5679
1149 O O -0.568 10 ; 0
1150 [ bonds ]
1151 ; ai aj
1152 -C N
1153 N H
1154 N CA
1155 CA HA
1156 CA CB
1157 CB HB1
1158 CB HB2
1159 CB SG
1160 SG HG
1161 CA C
1162 C O
1163 [ dihedrals ]
1164 ; ai aj ak al
1165 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1166 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1167 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1168 [ impropers ]
1169 ; ai aj ak al
1170 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1171 CA +N C O ai_X__X__C__O_
1172 ; end residue CYS: 11 atoms, 11 bonds, 11 pdihs, 2 idihs
1174 ; CYSTEINE with negative charge
1175 ;
1176 [ CYM ]
1177 [ atoms ]
1178 ;name type charge cg ; qtot
1179 N N -0.416 0 ; -0.4157
1180 H1 H 0.272 1 ; -0.1438
1181 CA CT -0.035 2 ; -0.1789
1182 HA H1 0.051 3 ; -0.1281
1183 CB CT -0.241 4 ; -0.3694
1184 HB1 H1 0.112 5 ; -0.2572
1185 HB2 H1 0.112 6 ; -0.145
1186 SG SH -0.884 7 ; -1.0294
1187 C C 0.597 8 ; -0.4321
1188 O O -0.568 9 ; -1
1189 [ bonds ]
1190 ; ai aj
1191 -C N
1192 N H1
1193 N CA
1194 CA HA
1195 CA CB
1196 CB HB1
1197 CB HB2
1198 CB SG
1199 CA C
1200 C O
1201 [ dihedrals ]
1202 ; ai aj ak al
1203 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1204 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1205 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1206 [ impropers ]
1207 ; ai aj ak al
1208 -C CA N H1 ai_X__X__N__H_
1209 CA +N C O ai_X__X__C__O_
1210 ; end residue CYM: 10 atoms, 10 bonds, 10 pdihs, 2 idihs
1212 ; CYSTINE(S-S BRIDGE)
1213 ;
1214 [ CYX ]
1215 [ atoms ]
1216 ;name type charge cg ; qtot
1217 N N -0.416 0 ; -0.4157
1218 H H 0.272 1 ; -0.1438
1219 CA CT 0.043 2 ; -0.1009
1220 HA H1 0.077 3 ; -0.0243
1221 CB CT -0.079 4 ; -0.1033
1222 HB1 H1 0.091 5 ; -0.0123
1223 HB2 H1 0.091 6 ; 0.0787
1224 SG S -0.108 7 ; -0.0294
1225 C C 0.597 8 ; 0.5679
1226 O O -0.568 9 ; 0
1227 [ bonds ]
1228 ; ai aj
1229 -C N
1230 N H
1231 N CA
1232 CA HA
1233 CA CB
1234 CB HB1
1235 CB HB2
1236 CB SG
1237 CA C
1238 C O
1239 [ dihedrals ]
1240 ; ai aj ak al
1241 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1242 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1243 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1244 [ impropers ]
1245 ; ai aj ak al
1246 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1247 CA +N C O ai_X__X__C__O_
1248 ; end residue CYX: 10 atoms, 10 bonds, 10 pdihs, 2 idihs
1250 ; METHIONINE
1251 ;
1252 [ MET ]
1253 [ atoms ]
1254 ;name type charge cg ; qtot
1255 N N -0.416 0 ; -0.4157
1256 H H 0.272 1 ; -0.1438
1257 CA CT -0.024 2 ; -0.1675
1258 HA H1 0.088 3 ; -0.0795
1259 CB CT 0.034 4 ; -0.0453
1260 HB1 HC 0.024 5 ; -0.0212
1261 HB2 HC 0.024 6 ; 0.0029
1262 CG CT 0.002 7 ; 0.0047
1263 HG1 H1 0.044 8 ; 0.0487
1264 HG2 H1 0.044 9 ; 0.0927
1265 SD S -0.274 10 ; -0.181
1266 CE CT -0.054 11 ; -0.2346
1267 HE1 H1 0.068 12 ; -0.1662
1268 HE2 H1 0.068 13 ; -0.0978
1269 HE3 H1 0.068 14 ; -0.0294
1270 C C 0.597 15 ; 0.5679
1271 O O -0.568 16 ; 0
1272 [ bonds ]
1273 ; ai aj
1274 -C N
1275 N H
1276 N CA
1277 CA HA
1278 CA CB
1279 CB HB1
1280 CB HB2
1281 CB CG
1282 CG HG1
1283 CG HG2
1284 CG SD
1285 SD CE
1286 CE HE1
1287 CE HE2
1288 CE HE3
1289 CA C
1290 C O
1291 [ dihedrals ]
1292 ; ai aj ak al
1293 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1294 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1295 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1296 [ impropers ]
1297 ; ai aj ak al
1298 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1299 CA +N C O ai_X__X__C__O_
1300 ; end residue MET: 17 atoms, 17 bonds, 17 pdihs, 2 idihs
1302 ; ACE BEGINNING GROUP
1303 ;
1304 [ ACE ]
1305 [ atoms ]
1306 ;name type charge cg ; qtot
1307 CH3 CT -0.366 0 ; -0.3662
1308 H1 HC 0.112 1 ; -0.2539
1309 HH31 HC 0.112 2 ; -0.1416
1310 HH32 HC 0.112 3 ; -0.0293
1311 C C 0.597 4 ; 0.5679
1312 O O -0.568 5 ; 0
1313 [ bonds ]
1314 ; ai aj
1315 H1 CH3
1316 CH3 HH31
1317 CH3 HH32
1318 CH3 C
1319 C O
1320 [ impropers ]
1321 ; ai aj ak al
1322 CH3 +CA C O ai_X__X__C__O_
1323 ; end residue ACE: 6 atoms, 5 bonds, 6 pdihs, 1 idihs
1325 ; N-methyl all atom
1326 ;
1327 [ NME ]
1328 [ atoms ]
1329 ;name type charge cg ; qtot
1330 N N -0.416 0 ; -0.4157
1331 H H 0.272 1 ; -0.1438
1332 CH3 CT -0.149 2 ; -0.2928
1333 HH31 H1 0.098 3 ; -0.1952
1334 HH32 H1 0.098 4 ; -0.0976
1335 HH33 H1 0.098 5 ; -2.77556e-17
1336 [ bonds ]
1337 ; ai aj
1338 -C N
1339 N H
1340 N CH3
1341 CH3 HH31
1342 CH3 HH32
1343 CH3 HH33
1344 [ impropers ]
1345 ; ai aj ak al
1346 -C CH3 N H ai_X__X__N__H_
1347 ; end residue NME: 6 atoms, 6 bonds, 6 pdihs, 1 idihs
1349 ; NH2 ENDING GROUP
1350 ;
1351 [ NHE ]
1352 [ atoms ]
1353 ;name type charge cg ; qtot
1354 N N -0.463 0 ; -0.463
1355 H1 H 0.232 1 ; -0.2315
1356 H2 H 0.232 2 ; 0
1357 [ bonds ]
1358 ; ai aj
1359 -C N
1360 N H1
1361 N H2
1362 [ impropers ]
1363 ; ai aj ak al
1364 -C H1 N H2 ai_X__X__N__H_
1365 ; end residue NHE: 3 atoms, 3 bonds, 3 pdihs, 1 idihs
1367 ; WATER, TIP3P MODEL
1368 ;
1369 [ HOH ]
1370 [ atoms ]
1371 ;name type charge cg ; qtot
1372 O OW -0.834 0 ; -0.834
1373 H3 HW 0.417 1 ; -0.417
1374 H1 HW 0.417 2 ; 0
1375 [ bonds ]
1376 ; ai aj
1377 H3 O
1378 O H1
1379 H3 H1
1380 ; end residue HOH: 3 atoms, 3 bonds, 3 pdihs, 0 idihs
1382 ; ASP neutral
1383 ;
1384 [ ASH ]
1385 [ atoms ]
1386 ;name type charge cg ; qtot
1387 N N -0.416 0 ; -0.4157
1388 H H 0.272 1 ; -0.1438
1389 CA CT 0.034 2 ; -0.1097
1390 HA H1 0.086 3 ; -0.0233
1391 CB CT -0.032 4 ; -0.0549
1392 HB1 HC 0.049 5 ; -0.0061
1393 HB2 HC 0.049 6 ; 0.0427
1394 CG C 0.646 7 ; 0.6889
1395 OD1 O -0.555 8 ; 0.1335
1396 OD2 OH -0.638 9 ; -0.5041
1397 HD2 HO 0.475 10 ; -0.0294
1398 C C 0.597 11 ; 0.5679
1399 O O -0.568 12 ; 1.11022e-16
1400 [ bonds ]
1401 ; ai aj
1402 -C N
1403 N H
1404 N CA
1405 CA HA
1406 CA CB
1407 CB HB1
1408 CB HB2
1409 CB CG
1410 CG OD1
1411 CG OD2
1412 OD2 HD2
1413 CA C
1414 C O
1415 [ dihedrals ]
1416 ; ai aj ak al
1417 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1418 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1419 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1420 [ impropers ]
1421 ; ai aj ak al
1422 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1423 CA +N C O ai_X__X__C__O_
1424 CB OD1 CG OD2 ai_CT_O__C__OH
1425 ; end residue ASH: 13 atoms, 13 bonds, 13 pdihs, 3 idihs
1427 ; GLU neutral
1428 ;
1429 [ GLH ]
1430 [ atoms ]
1431 ;name type charge cg ; qtot
1432 N N -0.416 0 ; -0.4157
1433 H H 0.272 1 ; -0.1438
1434 CA CT 0.015 2 ; -0.1293
1435 HA H1 0.078 3 ; -0.0514
1436 CB CT -0.007 4 ; -0.0585
1437 HB1 HC 0.026 5 ; -0.0329
1438 HB2 HC 0.026 6 ; -0.0073
1439 CG CT -0.017 7 ; -0.0247
1440 HG1 HC 0.043 8 ; 0.0183
1441 HG2 HC 0.043 9 ; 0.0613
1442 CD C 0.680 10 ; 0.7414
1443 OE1 O -0.584 11 ; 0.1576
1444 OE2 OH -0.651 12 ; -0.4935
1445 HE2 HO 0.464 13 ; -0.0294
1446 C C 0.597 14 ; 0.5679
1447 O O -0.568 15 ; 1.11022e-16
1448 [ bonds ]
1449 ; ai aj
1450 -C N
1451 N H
1452 N CA
1453 CA HA
1454 CA CB
1455 CB HB1
1456 CB HB2
1457 CB CG
1458 CG HG1
1459 CG HG2
1460 CG CD
1461 CD OE1
1462 CD OE2
1463 OE2 HE2
1464 CA C
1465 C O
1466 [ dihedrals ]
1467 ; ai aj ak al
1468 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1469 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1470 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1471 [ impropers ]
1472 ; ai aj ak al
1473 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1474 CA +N C O ai_X__X__C__O_
1475 CG OE1 CD OE2 ai_CT_O__C__OH
1476 ; end residue GLH: 16 atoms, 16 bonds, 16 pdihs, 3 idihs
1478 ; Sodium Ion
1479 ;
1480 [ CIP ]
1481 [ atoms ]
1482 ;name type charge cg ; qtot
1483 NA+ IP 1.000 0 ; 1
1484 ; end residue CIP: 1 atoms, 1 bonds, 1 pdihs, 0 idihs
1486 ; Chloride Ion
1487 ;
1488 [ CIM ]
1489 [ atoms ]
1490 ;name type charge cg ; qtot
1491 CL- IM -1.000 0 ; -1
1492 ; end residue CIM: 1 atoms, 1 bonds, 1 pdihs, 0 idihs
1494 ; end of file /usr/slocal/amber6/dat/all_amino94.in
1495 ; from file /usr/slocal/amber6/dat/all_aminoct94.in
1496 ;
1497 ; reading database: All-atom, COO- terminal
1498 ;
1499 ; ALANINE COO- ANION
1500 ;
1501 [ ALA-C ]
1502 [ atoms ]
1503 ;name type charge cg ; qtot
1504 N N -0.382 0 ; -0.3821
1505 H H 0.268 1 ; -0.114
1506 CA CT -0.175 2 ; -0.2887
1507 HA H1 0.107 3 ; -0.182
1508 CB CT -0.209 4 ; -0.3913
1509 HB1 HC 0.076 5 ; -0.3149
1510 HB2 HC 0.076 6 ; -0.2385
1511 HB3 HC 0.076 7 ; -0.1621
1512 C C 0.773 8 ; 0.611
1513 O O2 -0.805 9 ; -0.1945
1514 OXT O2 -0.805 10 ; -1
1515 [ bonds ]
1516 ; ai aj
1517 -C N
1518 N H
1519 N CA
1520 CA HA
1521 CA CB
1522 CB HB1
1523 CB HB2
1524 CB HB3
1525 CA C
1526 C O
1527 C OXT
1528 [ dihedrals ]
1529 ; ai aj ak al
1530 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1531 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1532 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1533 [ impropers ]
1534 ; ai aj ak al
1535 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1536 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
1537 ; end residue ALA-C: 11 atoms, 11 bonds, 11 pdihs, 2 idihs
1539 ; GLYCINE COO- ANION
1540 ;
1541 [ GLY-C ]
1542 [ atoms ]
1543 ;name type charge cg ; qtot
1544 N N -0.382 0 ; -0.3821
1545 H H 0.268 1 ; -0.114
1546 CA CT -0.249 2 ; -0.3633
1547 HA1 H1 0.106 3 ; -0.2577
1548 HA2 H1 0.106 4 ; -0.1521
1549 C C 0.723 5 ; 0.571
1550 O O2 -0.785 6 ; -0.2145
1551 OXT O2 -0.785 7 ; -1
1552 [ bonds ]
1553 ; ai aj
1554 -C N
1555 N H
1556 N CA
1557 CA HA1
1558 CA HA2
1559 CA C
1560 C O
1561 C OXT
1562 [ impropers ]
1563 ; ai aj ak al
1564 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1565 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
1566 ; end residue GLY-C: 8 atoms, 8 bonds, 8 pdihs, 2 idihs
1568 ; SERINE COO- ANION
1569 ;
1570 [ SER-C ]
1571 [ atoms ]
1572 ;name type charge cg ; qtot
1573 N N -0.382 0 ; -0.3821
1574 H H 0.268 1 ; -0.114
1575 CA CT -0.272 2 ; -0.3862
1576 HA H1 0.130 3 ; -0.2558
1577 CB CT 0.112 4 ; -0.1435
1578 HB1 H1 0.081 5 ; -0.0622
1579 HB2 H1 0.081 6 ; 0.0191
1580 OG OH -0.651 7 ; -0.6323
1581 HG HO 0.447 8 ; -0.1849
1582 C C 0.811 9 ; 0.6264
1583 O O2 -0.813 10 ; -0.1868
1584 OXT O2 -0.813 11 ; -1
1585 [ bonds ]
1586 ; ai aj
1587 -C N
1588 N H
1589 N CA
1590 CA HA
1591 CA CB
1592 CB HB1
1593 CB HB2
1594 CB OG
1595 OG HG
1596 CA C
1597 C O
1598 C OXT
1599 [ dihedrals ]
1600 ; ai aj ak al
1601 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1602 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1603 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1604 [ impropers ]
1605 ; ai aj ak al
1606 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1607 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
1608 ; end residue SER-C: 12 atoms, 12 bonds, 12 pdihs, 2 idihs
1610 ; THREONINE COO- ANION
1611 ;
1612 [ THR-C ]
1613 [ atoms ]
1614 ;name type charge cg ; qtot
1615 N N -0.382 0 ; -0.3821
1616 H H 0.268 1 ; -0.114
1617 CA CT -0.242 2 ; -0.356
1618 HA H1 0.121 3 ; -0.2353
1619 CB CT 0.302 4 ; 0.0672
1620 HB H1 0.008 5 ; 0.075
1621 CG2 CT -0.185 6 ; -0.1103
1622 HG21 HC 0.059 7 ; -0.0517
1623 HG22 HC 0.059 8 ; 0.0069
1624 HG23 HC 0.059 9 ; 0.0655
1625 OG1 OH -0.650 10 ; -0.5841
1626 HG1 HO 0.412 11 ; -0.1722
1627 C C 0.781 12 ; 0.6088
1628 O O2 -0.804 13 ; -0.1956
1629 OXT O2 -0.804 14 ; -1
1630 [ bonds ]
1631 ; ai aj
1632 -C N
1633 N H
1634 N CA
1635 CA HA
1636 CA CB
1637 CB HB
1638 CB CG2
1639 CG2 HG21
1640 CG2 HG22
1641 CG2 HG23
1642 CB OG1
1643 OG1 HG1
1644 CA C
1645 C O
1646 C OXT
1647 [ dihedrals ]
1648 ; ai aj ak al
1649 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1650 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1651 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1652 [ impropers ]
1653 ; ai aj ak al
1654 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1655 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
1656 ; end residue THR-C: 15 atoms, 15 bonds, 15 pdihs, 2 idihs
1658 ; LEUCINE COO- ANION
1659 ;
1660 [ LEU-C ]
1661 [ atoms ]
1662 ;name type charge cg ; qtot
1663 N N -0.382 0 ; -0.3821
1664 H H 0.268 1 ; -0.114
1665 CA CT -0.285 2 ; -0.3987
1666 HA H1 0.135 3 ; -0.2641
1667 CB CT -0.247 4 ; -0.511
1668 HB1 HC 0.097 5 ; -0.4136
1669 HB2 HC 0.097 6 ; -0.3162
1670 CG CT 0.371 7 ; 0.0544
1671 HG HC -0.037 8 ; 0.017
1672 CD1 CT -0.416 9 ; -0.3993
1673 HD11 HC 0.104 10 ; -0.2955
1674 HD12 HC 0.104 11 ; -0.1917
1675 HD13 HC 0.104 12 ; -0.0879
1676 CD2 CT -0.416 13 ; -0.5042
1677 HD21 HC 0.104 14 ; -0.4004
1678 HD22 HC 0.104 15 ; -0.2966
1679 HD23 HC 0.104 16 ; -0.1928
1680 C C 0.833 17 ; 0.6398
1681 O O2 -0.820 18 ; -0.1801
1682 OXT O2 -0.820 19 ; -1
1683 [ bonds ]
1684 ; ai aj
1685 -C N
1686 N H
1687 N CA
1688 CA HA
1689 CA CB
1690 CB HB1
1691 CB HB2
1692 CB CG
1693 CG HG
1694 CG CD1
1695 CD1 HD11
1696 CD1 HD12
1697 CD1 HD13
1698 CG CD2
1699 CD2 HD21
1700 CD2 HD22
1701 CD2 HD23
1702 CA C
1703 C O
1704 C OXT
1705 [ dihedrals ]
1706 ; ai aj ak al
1707 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1708 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1709 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1710 [ impropers ]
1711 ; ai aj ak al
1712 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1713 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
1714 ; end residue LEU-C: 20 atoms, 20 bonds, 20 pdihs, 2 idihs
1716 ; ISOLEUCINE COO- ANION
1717 ;
1718 [ ILE-C ]
1719 [ atoms ]
1720 ;name type charge cg ; qtot
1721 N N -0.382 0 ; -0.3821
1722 H H 0.268 1 ; -0.114
1723 CA CT -0.310 2 ; -0.424
1724 HA H1 0.138 3 ; -0.2865
1725 CB CT 0.036 4 ; -0.2502
1726 HB HC 0.077 5 ; -0.1736
1727 CG2 CT -0.350 6 ; -0.5234
1728 HG21 HC 0.102 7 ; -0.4213
1729 HG22 HC 0.102 8 ; -0.3192
1730 HG23 HC 0.102 9 ; -0.2171
1731 CG1 CT -0.032 10 ; -0.2494
1732 HG11 HC 0.032 11 ; -0.2173
1733 HG12 HC 0.032 12 ; -0.1852
1734 CD1 CT -0.070 13 ; -0.2551
1735 HD11 HC 0.020 14 ; -0.2355
1736 HD12 HC 0.020 15 ; -0.2159
1737 HD13 HC 0.020 16 ; -0.1963
1738 C C 0.834 17 ; 0.638
1739 O O2 -0.819 18 ; -0.181
1740 OXT O2 -0.819 19 ; -1
1741 [ bonds ]
1742 ; ai aj
1743 -C N
1744 N H
1745 N CA
1746 CA HA
1747 CA CB
1748 CB HB
1749 CB CG2
1750 CG2 HG21
1751 CG2 HG22
1752 CG2 HG23
1753 CB CG1
1754 CG1 HG11
1755 CG1 HG12
1756 CG1 CD1
1757 CD1 HD11
1758 CD1 HD12
1759 CD1 HD13
1760 CA C
1761 C O
1762 C OXT
1763 [ dihedrals ]
1764 ; ai aj ak al
1765 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1766 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1767 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1768 [ impropers ]
1769 ; ai aj ak al
1770 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1771 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
1772 ; end residue ILE-C: 20 atoms, 20 bonds, 20 pdihs, 2 idihs
1774 ; VALINE COO- ANION
1775 ;
1776 [ VAL-C ]
1777 [ atoms ]
1778 ;name type charge cg ; qtot
1779 N N -0.382 0 ; -0.3821
1780 H H 0.268 1 ; -0.114
1781 CA CT -0.344 2 ; -0.4578
1782 HA H1 0.144 3 ; -0.314
1783 CB CT 0.194 4 ; -0.12
1784 HB HC 0.031 5 ; -0.0892
1785 CG1 CT -0.306 6 ; -0.3956
1786 HG11 HC 0.084 7 ; -0.312
1787 HG12 HC 0.084 8 ; -0.2284
1788 HG13 HC 0.084 9 ; -0.1448
1789 CG2 CT -0.306 10 ; -0.4512
1790 HG21 HC 0.084 11 ; -0.3676
1791 HG22 HC 0.084 12 ; -0.284
1792 HG23 HC 0.084 13 ; -0.2004
1793 C C 0.835 14 ; 0.6346
1794 O O2 -0.817 15 ; -0.1827
1795 OXT O2 -0.817 16 ; -1
1796 [ bonds ]
1797 ; ai aj
1798 -C N
1799 N H
1800 N CA
1801 CA HA
1802 CA CB
1803 CB HB
1804 CB CG1
1805 CG1 HG11
1806 CG1 HG12
1807 CG1 HG13
1808 CB CG2
1809 CG2 HG21
1810 CG2 HG22
1811 CG2 HG23
1812 CA C
1813 C O
1814 C OXT
1815 [ dihedrals ]
1816 ; ai aj ak al
1817 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1818 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1819 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1820 [ impropers ]
1821 ; ai aj ak al
1822 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1823 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
1824 ; end residue VAL-C: 17 atoms, 17 bonds, 17 pdihs, 2 idihs
1826 ; ASPARAGINE COO- ANION
1827 ;
1828 [ ASN-C ]
1829 [ atoms ]
1830 ;name type charge cg ; qtot
1831 N N -0.382 0 ; -0.3821
1832 H H 0.268 1 ; -0.114
1833 CA CT -0.208 2 ; -0.322
1834 HA H1 0.136 3 ; -0.1862
1835 CB CT -0.230 4 ; -0.4161
1836 HB1 HC 0.102 5 ; -0.3138
1837 HB2 HC 0.102 6 ; -0.2115
1838 CG C 0.715 7 ; 0.5038
1839 OD1 O -0.601 8 ; -0.0972
1840 ND2 N -0.908 9 ; -1.0056
1841 HD21 H 0.415 10 ; -0.5906
1842 HD22 H 0.415 11 ; -0.1756
1843 C C 0.805 12 ; 0.6294
1844 O O2 -0.815 13 ; -0.1853
1845 OXT O2 -0.815 14 ; -1
1846 [ bonds ]
1847 ; ai aj
1848 -C N
1849 N H
1850 N CA
1851 CA HA
1852 CA CB
1853 CB HB1
1854 CB HB2
1855 CB CG
1856 CG OD1
1857 CG ND2
1858 ND2 HD21
1859 ND2 HD22
1860 CA C
1861 C O
1862 C OXT
1863 [ dihedrals ]
1864 ; ai aj ak al
1865 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1866 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1867 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1868 [ impropers ]
1869 ; ai aj ak al
1870 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1871 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
1872 CB ND2 CG OD1 ai_X__X__C__O_
1873 CG HD21 ND2 HD22 ai_X__X__N__H_
1874 ; end residue ASN-C: 15 atoms, 15 bonds, 15 pdihs, 4 idihs
1876 ; GLUTAMINE COO- ANION
1877 ;
1878 [ GLN-C ]
1879 [ atoms ]
1880 ;name type charge cg ; qtot
1881 N N -0.382 0 ; -0.3821
1882 H H 0.268 1 ; -0.114
1883 CA CT -0.225 2 ; -0.3388
1884 HA H1 0.123 3 ; -0.2156
1885 CB CT -0.066 4 ; -0.282
1886 HB1 HC 0.045 5 ; -0.2368
1887 HB2 HC 0.045 6 ; -0.1916
1888 CG CT -0.021 7 ; -0.2126
1889 HG1 HC 0.020 8 ; -0.1923
1890 HG2 HC 0.020 9 ; -0.172
1891 CD C 0.709 10 ; 0.5373
1892 OE1 O -0.610 11 ; -0.0725
1893 NE2 N -0.957 12 ; -1.0299
1894 HE21 H 0.430 13 ; -0.5995
1895 HE22 H 0.430 14 ; -0.1691
1896 C C 0.777 15 ; 0.6084
1897 O O2 -0.804 16 ; -0.1958
1898 OXT O2 -0.804 17 ; -1
1899 [ bonds ]
1900 ; ai aj
1901 -C N
1902 N H
1903 N CA
1904 CA HA
1905 CA CB
1906 CB HB1
1907 CB HB2
1908 CB CG
1909 CG HG1
1910 CG HG2
1911 CG CD
1912 CD OE1
1913 CD NE2
1914 NE2 HE21
1915 NE2 HE22
1916 CA C
1917 C O
1918 C OXT
1919 [ dihedrals ]
1920 ; ai aj ak al
1921 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1922 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1923 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1924 [ impropers ]
1925 ; ai aj ak al
1926 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1927 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
1928 CG NE2 CD OE1 ai_X__X__C__O_
1929 CD HE21 NE2 HE22 ai_X__X__N__H_
1930 ; end residue GLN-C: 18 atoms, 18 bonds, 18 pdihs, 4 idihs
1932 ; ARGININE COO- ANION
1933 ;
1934 [ ARG-C ]
1935 [ atoms ]
1936 ;name type charge cg ; qtot
1937 N N -0.348 0 ; -0.3481
1938 H H 0.276 1 ; -0.0717
1939 CA CT -0.307 2 ; -0.3785
1940 HA H1 0.145 3 ; -0.2338
1941 CB CT -0.037 4 ; -0.2712
1942 HB1 HC 0.037 5 ; -0.2341
1943 HB2 HC 0.037 6 ; -0.197
1944 CG CT 0.074 7 ; -0.1226
1945 HG1 HC 0.018 8 ; -0.1041
1946 HG2 HC 0.018 9 ; -0.0856
1947 CD CT 0.111 10 ; 0.0258
1948 HD1 H1 0.047 11 ; 0.0726
1949 HD2 H1 0.047 12 ; 0.1194
1950 NE N2 -0.556 13 ; -0.437
1951 HE H 0.348 14 ; -0.0891
1952 CZ CA 0.837 15 ; 0.7477
1953 NH1 N2 -0.874 16 ; -0.126
1954 HH11 H 0.449 17 ; 0.3233
1955 HH12 H 0.449 18 ; 0.7726
1956 NH2 N2 -0.874 19 ; -0.1011
1957 HH21 H 0.449 20 ; 0.3482
1958 HH22 H 0.449 21 ; 0.7975
1959 C C 0.856 22 ; 1.6532
1960 O O2 -0.827 23 ; 0.8266
1961 OXT O2 -0.827 24 ; -2.22045e-16
1962 [ bonds ]
1963 ; ai aj
1964 -C N
1965 N H
1966 N CA
1967 CA HA
1968 CA CB
1969 CB HB1
1970 CB HB2
1971 CB CG
1972 CG HG1
1973 CG HG2
1974 CG CD
1975 CD HD1
1976 CD HD2
1977 CD NE
1978 NE HE
1979 NE CZ
1980 CZ NH1
1981 NH1 HH11
1982 NH1 HH12
1983 CZ NH2
1984 NH2 HH21
1985 NH2 HH22
1986 CA C
1987 C O
1988 C OXT
1989 [ dihedrals ]
1990 ; ai aj ak al
1991 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
1992 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
1993 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
1994 [ impropers ]
1995 ; ai aj ak al
1996 -C CA N H ai_X__X__N__H_
1997 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
1998 NE NH1 CZ NH2 ai_X__N2_CA_N2
1999 CD CZ NE HE ai_X__X__N2_H_
2000 CZ HH11 NH1 HH12 ai_X__X__N2_H_
2001 CZ HH21 NH2 HH22 ai_X__X__N2_H_
2002 ; end residue ARG-C: 25 atoms, 25 bonds, 25 pdihs, 6 idihs
2004 ; HISTIDINE DELTAH COO- ANION
2005 ;
2006 [ HID-C ]
2007 [ atoms ]
2008 ;name type charge cg ; qtot
2009 N N -0.382 0 ; -0.3821
2010 H H 0.268 1 ; -0.114
2011 CA CT -0.174 2 ; -0.2879
2012 HA H1 0.110 3 ; -0.1779
2013 CB CT -0.105 4 ; -0.2825
2014 HB1 HC 0.057 5 ; -0.226
2015 HB2 HC 0.057 6 ; -0.1695
2016 CG CC 0.029 7 ; -0.1402
2017 ND1 NA -0.389 8 ; -0.5294
2018 HD1 H 0.376 9 ; -0.1539
2019 CE1 CR 0.193 10 ; 0.0386
2020 HE1 H5 0.142 11 ; 0.1804
2021 NE2 NB -0.563 12 ; -0.3825
2022 CD2 CV 0.100 13 ; -0.2824
2023 HD2 H4 0.124 14 ; -0.1583
2024 C C 0.761 15 ; 0.6032
2025 O O2 -0.802 16 ; -0.1984
2026 OXT O2 -0.802 17 ; -1
2027 [ bonds ]
2028 ; ai aj
2029 -C N
2030 N H
2031 N CA
2032 CA HA
2033 CA CB
2034 CB HB1
2035 CB HB2
2036 CB CG
2037 CG ND1
2038 ND1 HD1
2039 ND1 CE1
2040 CE1 HE1
2041 CE1 NE2
2042 NE2 CD2
2043 CD2 HD2
2044 CA C
2045 C O
2046 C OXT
2047 CG CD2
2048 [ dihedrals ]
2049 ; ai aj ak al
2050 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
2051 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
2052 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
2053 [ impropers ]
2054 ; ai aj ak al
2055 -C CA N H ai_X__X__N__H_
2056 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
2057 CG CE1 ND1 HD1 ai_X__X__NA_H_
2058 CG NE2 CD2 HD2 ai_X__X__CV_H4
2059 ND1 NE2 CE1 HE1 ai_X__X__CR_H5
2060 ND1 CD2 CG CB ai_NA_CV_CC_CT
2061 ; end residue HID-C: 18 atoms, 19 bonds, 18 pdihs, 6 idihs
2063 ; HISTIDINE EPSILON-H COO- ANION
2064 ;
2065 [ HIE-C ]
2066 [ atoms ]
2067 ;name type charge cg ; qtot
2068 N N -0.382 0 ; -0.3821
2069 H H 0.268 1 ; -0.114
2070 CA CT -0.270 2 ; -0.3839
2071 HA H1 0.165 3 ; -0.2189
2072 CB CT -0.107 4 ; -0.3257
2073 HB1 HC 0.062 5 ; -0.2637
2074 HB2 HC 0.062 6 ; -0.2017
2075 CG CC 0.272 7 ; 0.0707
2076 ND1 NB -0.552 8 ; -0.481
2077 CE1 CR 0.156 9 ; -0.3252
2078 HE1 H5 0.145 10 ; -0.1804
2079 NE2 NA -0.267 11 ; -0.4474
2080 HE2 H 0.332 12 ; -0.1155
2081 CD2 CW -0.259 13 ; -0.3743
2082 HD2 H4 0.196 14 ; -0.1786
2083 C C 0.792 15 ; 0.613
2084 O O2 -0.806 16 ; -0.1935
2085 OXT O2 -0.806 17 ; -1
2086 [ bonds ]
2087 ; ai aj
2088 -C N
2089 N H
2090 N CA
2091 CA HA
2092 CA CB
2093 CB HB1
2094 CB HB2
2095 CB CG
2096 CG ND1
2097 ND1 CE1
2098 CE1 HE1
2099 CE1 NE2
2100 NE2 HE2
2101 NE2 CD2
2102 CD2 HD2
2103 CA C
2104 C O
2105 C OXT
2106 CG CD2
2107 [ dihedrals ]
2108 ; ai aj ak al
2109 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
2110 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
2111 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
2112 [ impropers ]
2113 ; ai aj ak al
2114 -C CA N H ai_X__X__N__H_
2115 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
2116 CE1 CD2 NE2 HE2 ai_X__X__NA_H_
2117 CG NE2 CD2 HD2 ai_X__X__CW_H4
2118 ND1 NE2 CE1 HE1 ai_X__X__CR_H5
2119 ND1 CD2 CG CB ai_NB_CW_CC_CT
2120 ; end residue HIE-C: 18 atoms, 19 bonds, 18 pdihs, 6 idihs
2122 ; HISTIDINE PLUS COO-
2123 ;
2124 [ HIP-C ]
2125 [ atoms ]
2126 ;name type charge cg ; qtot
2127 N N -0.348 0 ; -0.3481
2128 H H 0.276 1 ; -0.0717
2129 CA CT -0.144 2 ; -0.2162
2130 HA H1 0.112 3 ; -0.1047
2131 CB CT -0.080 4 ; -0.1847
2132 HB1 HC 0.087 5 ; -0.0979
2133 HB2 HC 0.087 6 ; -0.0111
2134 CG CC 0.030 7 ; 0.0187
2135 ND1 NA -0.150 8 ; -0.1314
2136 HD1 H 0.388 9 ; 0.2569
2137 CE1 CR -0.025 10 ; 0.2318
2138 HE1 H5 0.269 11 ; 0.5012
2139 NE2 NA -0.168 12 ; 0.3329
2140 HE2 H 0.391 13 ; 0.7242
2141 CD2 CW -0.126 14 ; 0.5986
2142 HD2 H4 0.234 15 ; 0.8322
2143 C C 0.803 16 ; 1.6354
2144 O O2 -0.818 17 ; 0.8177
2145 OXT O2 -0.818 18 ; -2.22045e-16
2146 [ bonds ]
2147 ; ai aj
2148 -C N
2149 N H
2150 N CA
2151 CA HA
2152 CA CB
2153 CB HB1
2154 CB HB2
2155 CB CG
2156 CG ND1
2157 ND1 HD1
2158 ND1 CE1
2159 CE1 HE1
2160 CE1 NE2
2161 NE2 HE2
2162 NE2 CD2
2163 CD2 HD2
2164 CA C
2165 C O
2166 C OXT
2167 CG CD2
2168 [ dihedrals ]
2169 ; ai aj ak al
2170 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
2171 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
2172 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
2173 [ impropers ]
2174 ; ai aj ak al
2175 -C CA N H ai_X__X__N__H_
2176 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
2177 CG CE1 ND1 HD1 ai_X__X__NA_H_
2178 CE1 CD2 NE2 HE2 ai_X__X__NA_H_
2179 CG NE2 CD2 HD2 ai_X__X__CW_H4
2180 ND1 NE2 CE1 HE1 ai_X__X__CR_H5
2181 ND1 CD2 CG CB ai_NA_CW_CC_CT
2182 ; end residue HIP-C: 19 atoms, 20 bonds, 19 pdihs, 7 idihs
2184 ; TRYPTOPHAN COO- ANION
2185 ;
2186 [ TRP-C ]
2187 [ atoms ]
2188 ;name type charge cg ; qtot
2189 N N -0.382 0 ; -0.3821
2190 H H 0.268 1 ; -0.114
2191 CA CT -0.208 2 ; -0.3224
2192 HA H1 0.127 3 ; -0.1952
2193 CB CT -0.074 4 ; -0.2694
2194 HB1 HC 0.050 5 ; -0.2197
2195 HB2 HC 0.050 6 ; -0.17
2196 CG C* -0.080 7 ; -0.2496
2197 CD1 CW -0.181 8 ; -0.4304
2198 HD1 H4 0.204 9 ; -0.2261
2199 NE1 NA -0.332 10 ; -0.5577
2200 HE1 H 0.341 11 ; -0.2164
2201 CE2 CN 0.122 12 ; -0.0942
2202 CZ2 CA -0.259 13 ; -0.3536
2203 HZ2 HA 0.157 14 ; -0.1969
2204 CH2 CA -0.102 15 ; -0.2989
2205 HH2 HA 0.140 16 ; -0.1588
2206 CZ3 CA -0.229 17 ; -0.3875
2207 HZ3 HA 0.151 18 ; -0.2368
2208 CE3 CA -0.184 19 ; -0.4205
2209 HE3 HA 0.149 20 ; -0.2714
2210 CD2 CB 0.108 21 ; -0.1636
2211 C C 0.766 22 ; 0.6022
2212 O O2 -0.801 23 ; -0.1989
2213 OXT O2 -0.801 24 ; -1
2214 [ bonds ]
2215 ; ai aj
2216 -C N
2217 N H
2218 N CA
2219 CA HA
2220 CA CB
2221 CB HB1
2222 CB HB2
2223 CB CG
2224 CG CD1
2225 CD1 HD1
2226 CD1 NE1
2227 NE1 HE1
2228 NE1 CE2
2229 CE2 CZ2
2230 CZ2 HZ2
2231 CZ2 CH2
2232 CH2 HH2
2233 CH2 CZ3
2234 CZ3 HZ3
2235 CZ3 CE3
2236 CE3 HE3
2237 CE3 CD2
2238 CA C
2239 C O
2240 C OXT
2241 CG CD2
2242 CE2 CD2
2243 [ dihedrals ]
2244 ; ai aj ak al
2245 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
2246 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
2247 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
2248 [ impropers ]
2249 ; ai aj ak al
2250 -C CA N H ai_X__X__N__H_
2251 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
2252 CD1 CE2 NE1 HE1 ai_X__X__NA_H_
2253 CE2 CH2 CZ2 HZ2 ai_X__X__CA_HA
2254 CZ2 CZ3 CH2 HH2 ai_X__X__CA_HA
2255 CH2 CE3 CZ3 HZ3 ai_X__X__CA_HA
2256 CZ3 CD2 CE3 HE3 ai_X__X__CA_HA
2257 CG NE1 CD1 HD1 ai_X__X__CW_H4
2258 CD1 CD2 CG CB ai_CW_CB_C*_CT
2259 ; end residue TRP-C: 25 atoms, 27 bonds, 25 pdihs, 9 idihs
2261 ; PHENYLALANINE COO- ANION
2262 ;
2263 [ PHE-C ]
2264 [ atoms ]
2265 ;name type charge cg ; qtot
2266 N N -0.382 0 ; -0.3821
2267 H H 0.268 1 ; -0.114
2268 CA CT -0.182 2 ; -0.2965
2269 HA H1 0.110 3 ; -0.1867
2270 CB CT -0.096 4 ; -0.2826
2271 HB1 HC 0.044 5 ; -0.2383
2272 HB2 HC 0.044 6 ; -0.194
2273 CG CA 0.055 7 ; -0.1388
2274 CD1 CA -0.130 8 ; -0.2688
2275 HD1 HA 0.141 9 ; -0.128
2276 CE1 CA -0.185 10 ; -0.3127
2277 HE1 HA 0.146 11 ; -0.1666
2278 CZ CA -0.094 12 ; -0.261
2279 HZ HA 0.128 13 ; -0.133
2280 CE2 CA -0.185 14 ; -0.3177
2281 HE2 HA 0.146 15 ; -0.1716
2282 CD2 CA -0.130 16 ; -0.3016
2283 HD2 HA 0.141 17 ; -0.1608
2284 C C 0.766 18 ; 0.6052
2285 O O2 -0.803 19 ; -0.1974
2286 OXT O2 -0.803 20 ; -1
2287 [ bonds ]
2288 ; ai aj
2289 -C N
2290 N H
2291 N CA
2292 CA HA
2293 CA CB
2294 CB HB1
2295 CB HB2
2296 CB CG
2297 CG CD1
2298 CD1 HD1
2299 CD1 CE1
2300 CE1 HE1
2301 CE1 CZ
2302 CZ HZ
2303 CZ CE2
2304 CE2 HE2
2305 CE2 CD2
2306 CD2 HD2
2307 CA C
2308 C O
2309 C OXT
2310 CG CD2
2311 [ dihedrals ]
2312 ; ai aj ak al
2313 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
2314 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
2315 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
2316 [ impropers ]
2317 ; ai aj ak al
2318 -C CA N H ai_X__X__N__H_
2319 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
2320 CG CE2 CD2 HD2 ai_X__X__CA_HA
2321 CD2 CZ CE2 HE2 ai_X__X__CA_HA
2322 CE1 CE2 CZ HZ ai_X__X__CA_HA
2323 CD1 CZ CE1 HE1 ai_X__X__CA_HA
2324 CG CE1 CD1 HD1 ai_X__X__CA_HA
2325 CD1 CD2 CG CB ai_CA_CA_CA_CT
2326 ; end residue PHE-C: 21 atoms, 22 bonds, 21 pdihs, 8 idihs
2328 ; TYROSINE COO- ANION
2329 ;
2330 [ TYR-C ]
2331 [ atoms ]
2332 ;name type charge cg ; qtot
2333 N N -0.382 0 ; -0.3821
2334 H H 0.268 1 ; -0.114
2335 CA CT -0.202 2 ; -0.3155
2336 HA H1 0.109 3 ; -0.2063
2337 CB CT -0.075 4 ; -0.2815
2338 HB1 HC 0.049 5 ; -0.2325
2339 HB2 HC 0.049 6 ; -0.1835
2340 CG CA 0.024 7 ; -0.1592
2341 CD1 CA -0.192 8 ; -0.3514
2342 HD1 HA 0.178 9 ; -0.1734
2343 CE1 CA -0.246 10 ; -0.4192
2344 HE1 HA 0.167 11 ; -0.2519
2345 CZ C 0.340 12 ; 0.0876
2346 OH OH -0.564 13 ; -0.4767
2347 HH HO 0.402 14 ; -0.075
2348 CE2 CA -0.246 15 ; -0.3208
2349 HE2 HA 0.167 16 ; -0.1535
2350 CD2 CA -0.192 17 ; -0.3457
2351 HD2 HA 0.178 18 ; -0.1677
2352 C C 0.782 19 ; 0.614
2353 O O2 -0.807 20 ; -0.193
2354 OXT O2 -0.807 21 ; -1
2355 [ bonds ]
2356 ; ai aj
2357 -C N
2358 N H
2359 N CA
2360 CA HA
2361 CA CB
2362 CB HB1
2363 CB HB2
2364 CB CG
2365 CG CD1
2366 CD1 HD1
2367 CD1 CE1
2368 CE1 HE1
2369 CE1 CZ
2370 CZ OH
2371 OH HH
2372 CZ CE2
2373 CE2 HE2
2374 CE2 CD2
2375 CD2 HD2
2376 CA C
2377 C O
2378 C OXT
2379 CG CD2
2380 [ dihedrals ]
2381 ; ai aj ak al
2382 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
2383 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
2384 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
2385 [ impropers ]
2386 ; ai aj ak al
2387 -C CA N H ai_X__X__N__H_
2388 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
2389 CG CE2 CD2 HD2 ai_X__X__CA_HA
2390 CD2 CZ CE2 HE2 ai_X__X__CA_HA
2391 CD1 CZ CE1 HE1 ai_X__X__CA_HA
2392 CG CE1 CD1 HD1 ai_X__X__CA_HA
2393 CD1 CD2 CG CB ai_CA_CA_CA_CT
2394 CE1 CE2 CZ OH ai_CA_CA_C__OH
2395 ; end residue TYR-C: 22 atoms, 23 bonds, 22 pdihs, 8 idihs
2397 ; GLUTAMIC ACID COO- ANION
2398 ;
2399 [ GLU-C ]
2400 [ atoms ]
2401 ;name type charge cg ; qtot
2402 N N -0.519 0 ; -0.5192
2403 H H 0.305 1 ; -0.2137
2404 CA CT -0.206 2 ; -0.4196
2405 HA H1 0.140 3 ; -0.2797
2406 CB CT 0.007 4 ; -0.2726
2407 HB1 HC -0.008 5 ; -0.2804
2408 HB2 HC -0.008 6 ; -0.2882
2409 CG CT 0.068 7 ; -0.2207
2410 HG1 HC -0.055 8 ; -0.2755
2411 HG2 HC -0.055 9 ; -0.3303
2412 CD C 0.818 10 ; 0.488
2413 OE1 O2 -0.822 11 ; -0.334
2414 OE2 O2 -0.822 12 ; -1.156
2415 C C 0.742 13 ; -0.414
2416 O O2 -0.793 14 ; -1.207
2417 OXT O2 -0.793 15 ; -2
2418 [ bonds ]
2419 ; ai aj
2420 -C N
2421 N H
2422 N CA
2423 CA HA
2424 CA CB
2425 CB HB1
2426 CB HB2
2427 CB CG
2428 CG HG1
2429 CG HG2
2430 CG CD
2431 CD OE1
2432 CD OE2
2433 CA C
2434 C O
2435 C OXT
2436 [ dihedrals ]
2437 ; ai aj ak al
2438 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
2439 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
2440 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
2441 [ impropers ]
2442 ; ai aj ak al
2443 -C CA N H ai_X__X__N__H_
2444 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
2445 CG OE1 CD OE2 ai_X__O2_C__O2
2446 ; end residue GLU-C: 16 atoms, 16 bonds, 16 pdihs, 3 idihs
2448 ; ASPARTIC ACID COO- ANION
2449 ;
2450 [ ASP-C ]
2451 [ atoms ]
2452 ;name type charge cg ; qtot
2453 N N -0.519 0 ; -0.5192
2454 H H 0.305 1 ; -0.2137
2455 CA CT -0.182 2 ; -0.3954
2456 HA H1 0.105 3 ; -0.2908
2457 CB CT -0.068 4 ; -0.3585
2458 HB1 HC -0.021 5 ; -0.3797
2459 HB2 HC -0.021 6 ; -0.4009
2460 CG C 0.885 7 ; 0.4842
2461 OD1 O2 -0.816 8 ; -0.332
2462 OD2 O2 -0.816 9 ; -1.1482
2463 C C 0.726 10 ; -0.4226
2464 O O2 -0.789 11 ; -1.2113
2465 OXT O2 -0.789 12 ; -2
2466 [ bonds ]
2467 ; ai aj
2468 -C N
2469 N H
2470 N CA
2471 CA HA
2472 CA CB
2473 CB HB1
2474 CB HB2
2475 CB CG
2476 CG OD1
2477 CG OD2
2478 CA C
2479 C O
2480 C OXT
2481 [ dihedrals ]
2482 ; ai aj ak al
2483 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
2484 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
2485 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
2486 [ impropers ]
2487 ; ai aj ak al
2488 -C CA N H ai_X__X__N__H_
2489 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
2490 CB OD1 CG OD2 ai_X__O2_C__O2
2491 ; end residue ASP-C: 13 atoms, 13 bonds, 13 pdihs, 3 idihs
2493 ; LYSINE COO- ANION
2494 ;
2495 [ LYS-C ]
2496 [ atoms ]
2497 ;name type charge cg ; qtot
2498 N N -0.348 0 ; -0.3481
2499 H H 0.276 1 ; -0.0717
2500 CA CT -0.290 2 ; -0.362
2501 HA H1 0.144 3 ; -0.2182
2502 CB CT -0.054 4 ; -0.272
2503 HB1 HC 0.048 5 ; -0.2238
2504 HB2 HC 0.048 6 ; -0.1756
2505 CG CT 0.023 7 ; -0.1529
2506 HG1 HC 0.013 8 ; -0.1395
2507 HG2 HC 0.013 9 ; -0.1261
2508 CD CT -0.039 10 ; -0.1653
2509 HD1 HC 0.061 11 ; -0.1042
2510 HD2 HC 0.061 12 ; -0.0431
2511 CE CT -0.018 13 ; -0.0607
2512 HE1 HP 0.112 14 ; 0.0514
2513 HE2 HP 0.112 15 ; 0.1635
2514 NZ N3 -0.374 16 ; -0.2106
2515 HZ1 H 0.337 17 ; 0.1268
2516 HZ2 H 0.337 18 ; 0.4642
2517 HZ3 H 0.337 19 ; 0.8016
2518 C C 0.849 20 ; 1.6504
2519 O O2 -0.825 21 ; 0.8252
2520 OXT O2 -0.825 22 ; -2.22045e-16
2521 [ bonds ]
2522 ; ai aj
2523 -C N
2524 N H
2525 N CA
2526 CA HA
2527 CA CB
2528 CB HB1
2529 CB HB2
2530 CB CG
2531 CG HG1
2532 CG HG2
2533 CG CD
2534 CD HD1
2535 CD HD2
2536 CD CE
2537 CE HE1
2538 CE HE2
2539 CE NZ
2540 NZ HZ1
2541 NZ HZ2
2542 NZ HZ3
2543 CA C
2544 C O
2545 C OXT
2546 [ dihedrals ]
2547 ; ai aj ak al
2548 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
2549 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
2550 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
2551 [ impropers ]
2552 ; ai aj ak al
2553 -C CA N H ai_X__X__N__H_
2554 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
2555 ; end residue LYS-C: 23 atoms, 23 bonds, 23 pdihs, 2 idihs
2557 ; PROLINE COO- ANION
2558 ;
2559 [ PRO-C ]
2560 [ atoms ]
2561 ;name type charge cg ; qtot
2562 N N -0.280 0 ; -0.2802
2563 CD CT 0.043 1 ; -0.2368
2564 HD1 H1 0.033 2 ; -0.2037
2565 HD2 H1 0.033 3 ; -0.1706
2566 CG CT 0.047 4 ; -0.124
2567 HG1 HC 0.017 5 ; -0.1068
2568 HG2 HC 0.017 6 ; -0.0896
2569 CB CT -0.054 7 ; -0.1439
2570 HB1 HC 0.038 8 ; -0.1058
2571 HB2 HC 0.038 9 ; -0.0677
2572 CA CT -0.134 10 ; -0.2013
2573 HA H1 0.078 11 ; -0.1237
2574 C C 0.663 12 ; 0.5394
2575 O O2 -0.770 13 ; -0.2303
2576 OXT O2 -0.770 14 ; -1
2577 [ bonds ]
2578 ; ai aj
2579 -C N
2580 N CD
2581 CD HD1
2582 CD HD2
2583 CD CG
2584 CG HG1
2585 CG HG2
2586 CG CB
2587 CB HB1
2588 CB HB2
2589 N CA
2590 CA HA
2591 CA C
2592 C O
2593 C OXT
2594 CA CB
2595 [ dihedrals ]
2596 ; ai aj ak al
2597 CG CD N -C ad_CT_CT_N__C__1
2598 CG CD N -C ad_CT_CT_N__C__2
2599 CG CD N -C ad_CT_CT_N__C__3
2600 [ impropers ]
2601 ; ai aj ak al
2602 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
2603 -C CD N CA ai_X__CT_N__CT
2604 ; end residue PRO-C: 15 atoms, 16 bonds, 15 pdihs, 2 idihs
2606 ; CYSTEINE COO- ANION
2607 ;
2608 [ CYS-C ]
2609 [ atoms ]
2610 ;name type charge cg ; qtot
2611 N N -0.382 0 ; -0.3821
2612 H H 0.268 1 ; -0.114
2613 CA CT -0.164 2 ; -0.2775
2614 HA H1 0.140 3 ; -0.1379
2615 CB CT -0.200 4 ; -0.3375
2616 HB1 H1 0.144 5 ; -0.1938
2617 HB2 H1 0.144 6 ; -0.0501
2618 SG SH -0.310 7 ; -0.3603
2619 HS1 HS 0.207 8 ; -0.1535
2620 C C 0.750 9 ; 0.5962
2621 O O2 -0.798 10 ; -0.2019
2622 OXT O2 -0.798 11 ; -1
2623 [ bonds ]
2624 ; ai aj
2625 -C N
2626 N H
2627 N CA
2628 CA HA
2629 CA CB
2630 CB HB1
2631 CB HB2
2632 CB SG
2633 SG HS1
2634 CA C
2635 C O
2636 C OXT
2637 [ dihedrals ]
2638 ; ai aj ak al
2639 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
2640 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
2641 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
2642 [ impropers ]
2643 ; ai aj ak al
2644 -C CA N H ai_X__X__N__H_
2645 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
2646 ; end residue CYS-C: 12 atoms, 12 bonds, 12 pdihs, 2 idihs
2648 ; CYSTINE(S-S BRIDGE) COO- ANION
2649 ;
2650 [ CYX-C ]
2651 [ atoms ]
2652 ;name type charge cg ; qtot
2653 N N -0.382 0 ; -0.3821
2654 H H 0.268 1 ; -0.114
2655 CA CT -0.132 2 ; -0.2458
2656 HA H1 0.094 3 ; -0.152
2657 CB CT -0.194 4 ; -0.3463
2658 HB1 H1 0.123 5 ; -0.2235
2659 HB2 H1 0.123 6 ; -0.1007
2660 SG S -0.053 7 ; -0.1536
2661 C C 0.762 8 ; 0.6082
2662 O O2 -0.804 9 ; -0.1959
2663 OXT O2 -0.804 10 ; -1
2664 [ bonds ]
2665 ; ai aj
2666 -C N
2667 N H
2668 N CA
2669 CA HA
2670 CA CB
2671 CB HB1
2672 CB HB2
2673 CB SG
2674 CA C
2675 C O
2676 C OXT
2677 [ dihedrals ]
2678 ; ai aj ak al
2679 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
2680 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
2681 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
2682 [ impropers ]
2683 ; ai aj ak al
2684 -C CA N H ai_X__X__N__H_
2685 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
2686 ; end residue CYX-C: 11 atoms, 11 bonds, 11 pdihs, 2 idihs
2688 ; METHIONINE COO- ANION
2689 ;
2690 [ MET-C ]
2691 [ atoms ]
2692 ;name type charge cg ; qtot
2693 N N -0.382 0 ; -0.3821
2694 H H 0.268 1 ; -0.114
2695 CA CT -0.260 2 ; -0.3737
2696 HA H1 0.128 3 ; -0.246
2697 CB CT -0.024 4 ; -0.2696
2698 HB1 HC 0.048 5 ; -0.2216
2699 HB2 HC 0.048 6 ; -0.1736
2700 CG CT 0.049 7 ; -0.1244
2701 HG1 H1 0.032 8 ; -0.0927
2702 HG2 H1 0.032 9 ; -0.061
2703 SD S -0.269 10 ; -0.3302
2704 CE CT -0.038 11 ; -0.3678
2705 HE1 H1 0.062 12 ; -0.3053
2706 HE2 H1 0.062 13 ; -0.2428
2707 HE3 H1 0.062 14 ; -0.1803
2708 C C 0.801 15 ; 0.621
2709 O O2 -0.810 16 ; -0.1895
2710 OXT O2 -0.810 17 ; -1
2711 [ bonds ]
2712 ; ai aj
2713 -C N
2714 N H
2715 N CA
2716 CA HA
2717 CA CB
2718 CB HB1
2719 CB HB2
2720 CB CG
2721 CG HG1
2722 CG HG2
2723 CG SD
2724 SD CE
2725 CE HE1
2726 CE HE2
2727 CE HE3
2728 CA C
2729 C O
2730 C OXT
2731 [ dihedrals ]
2732 ; ai aj ak al
2733 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__1
2734 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__2
2735 CB CA N -C ad_CT_CT_N__C__3
2736 [ impropers ]
2737 ; ai aj ak al
2738 -C CA N H ai_X__X__N__H_
2739 CA OXT C O ai_X__O2_C__O2
2740 ; end residue MET-C: 18 atoms, 18 bonds, 18 pdihs, 2 idihs
2742 ; end of file /usr/slocal/amber6/dat/all_aminoct94.in
2743 ; from file /usr/slocal/amber6/dat/all_aminont94.in
2744 ;
2745 ; reading database: All-atom, NH3+ terminal
2746 ;
2747 ; ALANINE
2748 ;
2749 [ ALA-N ]
2750 [ atoms ]
2751 ;name type charge cg ; qtot
2752 N N3 0.141 0 ; 0.1414
2753 H1 H 0.200 1 ; 0.3411
2754 H2 H 0.200 2 ; 0.5408
2755 H3 H 0.200 3 ; 0.7405
2756 CA CT 0.096 4 ; 0.8367
2757 HA HP 0.089 5 ; 0.9256
2758 CB CT -0.060 6 ; 0.8659
2759 HB1 HC 0.030 7 ; 0.8959
2760 HB2 HC 0.030 8 ; 0.9259
2761 HB3 HC 0.030 9 ; 0.9559
2762 C C 0.616 10 ; 1.5722
2763 O O -0.572 11 ; 1
2764 [ bonds ]
2765 ; ai aj
2766 N H1
2767 N H2
2768 N H3
2769 N CA
2770 CA HA
2771 CA CB
2772 CB HB1
2773 CB HB2
2774 CB HB3
2775 CA C
2776 C O
2777 [ impropers ]
2778 ; ai aj ak al
2779 CA +N C O ai_X__X__C__O_
2780 ; end residue ALA-N: 12 atoms, 11 bonds, 12 pdihs, 1 idihs
2782 ; GLYCINE
2783 ;
2784 [ GLY-N ]
2785 [ atoms ]
2786 ;name type charge cg ; qtot
2787 N N3 0.294 0 ; 0.2943
2788 H1 H 0.164 1 ; 0.4585
2789 H2 H 0.164 2 ; 0.6227
2790 H3 H 0.164 3 ; 0.7869
2791 CA CT -0.010 4 ; 0.7769
2792 HA1 HP 0.089 5 ; 0.8664
2793 HA2 HP 0.089 6 ; 0.9559
2794 C C 0.616 7 ; 1.5722
2795 O O -0.572 8 ; 1
2796 [ bonds ]
2797 ; ai aj
2798 N H1
2799 N H2
2800 N H3
2801 N CA
2802 CA HA1
2803 CA HA2
2804 CA C
2805 C O
2806 [ impropers ]
2807 ; ai aj ak al
2808 CA +N C O ai_X__X__C__O_
2809 ; end residue GLY-N: 9 atoms, 8 bonds, 9 pdihs, 1 idihs
2811 ; SERINE
2812 ;
2813 [ SER-N ]
2814 [ atoms ]
2815 ;name type charge cg ; qtot
2816 N N3 0.185 0 ; 0.1849
2817 H1 H 0.190 1 ; 0.3747
2818 H2 H 0.190 2 ; 0.5645
2819 H3 H 0.190 3 ; 0.7543
2820 CA CT 0.057 4 ; 0.811
2821 HA HP 0.078 5 ; 0.8892
2822 CB CT 0.260 6 ; 1.1488
2823 HB1 H1 0.027 7 ; 1.1761
2824 HB2 H1 0.027 8 ; 1.2034
2825 OG OH -0.671 9 ; 0.532
2826 HG HO 0.424 10 ; 0.9559
2827 C C 0.616 11 ; 1.5722
2828 O O -0.572 12 ; 1
2829 [ bonds ]
2830 ; ai aj
2831 N H1
2832 N H2
2833 N H3
2834 N CA
2835 CA HA
2836 CA CB
2837 CB HB1
2838 CB HB2
2839 CB OG
2840 OG HG
2841 CA C
2842 C O
2843 [ impropers ]
2844 ; ai aj ak al
2845 CA +N C O ai_X__X__C__O_
2846 ; end residue SER-N: 13 atoms, 12 bonds, 13 pdihs, 1 idihs
2848 ; THREONINE
2849 ;
2850 [ THR-N ]
2851 [ atoms ]
2852 ;name type charge cg ; qtot
2853 N N3 0.181 0 ; 0.1812
2854 H1 H 0.193 1 ; 0.3746
2855 H2 H 0.193 2 ; 0.568
2856 H3 H 0.193 3 ; 0.7614
2857 CA CT 0.003 4 ; 0.7648
2858 HA HP 0.109 5 ; 0.8735
2859 CB CT 0.451 6 ; 1.3249
2860 HB H1 -0.032 7 ; 1.2926
2861 CG2 CT -0.255 8 ; 1.0372
2862 HG21 HC 0.063 9 ; 1.0999
2863 HG22 HC 0.063 10 ; 1.1626
2864 HG23 HC 0.063 11 ; 1.2253
2865 OG1 OH -0.676 12 ; 0.5489
2866 HG1 HO 0.407 13 ; 0.9559
2867 C C 0.616 14 ; 1.5722
2868 O O -0.572 15 ; 1
2869 [ bonds ]
2870 ; ai aj
2871 N H1
2872 N H2
2873 N H3
2874 N CA
2875 CA HA
2876 CA CB
2877 CB HB
2878 CB CG2
2879 CG2 HG21
2880 CG2 HG22
2881 CG2 HG23
2882 CB OG1
2883 OG1 HG1
2884 CA C
2885 C O
2886 [ impropers ]
2887 ; ai aj ak al
2888 CA +N C O ai_X__X__C__O_
2889 ; end residue THR-N: 16 atoms, 15 bonds, 16 pdihs, 1 idihs
2891 ; LEUCINE
2892 ;
2893 [ LEU-N ]
2894 [ atoms ]
2895 ;name type charge cg ; qtot
2896 N N3 0.101 0 ; 0.101
2897 H1 H 0.215 1 ; 0.3158
2898 H2 H 0.215 2 ; 0.5306
2899 H3 H 0.215 3 ; 0.7454
2900 CA CT 0.010 4 ; 0.7558
2901 HA HP 0.105 5 ; 0.8611
2902 CB CT -0.024 6 ; 0.8367
2903 HB1 HC 0.026 7 ; 0.8623
2904 HB2 HC 0.026 8 ; 0.8879
2905 CG CT 0.342 9 ; 1.23
2906 HG HC -0.038 10 ; 1.192
2907 CD1 CT -0.411 11 ; 0.7814
2908 HD11 HC 0.098 12 ; 0.8794
2909 HD12 HC 0.098 13 ; 0.9774
2910 HD13 HC 0.098 14 ; 1.0754
2911 CD2 CT -0.410 15 ; 0.665
2912 HD21 HC 0.098 16 ; 0.763
2913 HD22 HC 0.098 17 ; 0.861
2914 HD23 HC 0.098 18 ; 0.959
2915 C C 0.612 19 ; 1.5713
2916 O O -0.571 20 ; 1
2917 [ bonds ]
2918 ; ai aj
2919 N H1
2920 N H2
2921 N H3
2922 N CA
2923 CA HA
2924 CA CB
2925 CB HB1
2926 CB HB2
2927 CB CG
2928 CG HG
2929 CG CD1
2930 CD1 HD11
2931 CD1 HD12
2932 CD1 HD13
2933 CG CD2
2934 CD2 HD21
2935 CD2 HD22
2936 CD2 HD23
2937 CA C
2938 C O
2939 [ impropers ]
2940 ; ai aj ak al
2941 CA +N C O ai_X__X__C__O_
2942 ; end residue LEU-N: 21 atoms, 20 bonds, 21 pdihs, 1 idihs
2944 ; ISOLEUCINE
2945 ;
2946 [ ILE-N ]
2947 [ atoms ]
2948 ;name type charge cg ; qtot
2949 N N3 0.031 0 ; 0.0311
2950 H1 H 0.233 1 ; 0.264
2951 H2 H 0.233 2 ; 0.4969
2952 H3 H 0.233 3 ; 0.7298
2953 CA CT 0.026 4 ; 0.7555
2954 HA HP 0.103 5 ; 0.8586
2955 CB CT 0.189 6 ; 1.0471
2956 HB HC 0.021 7 ; 1.0684
2957 CG2 CT -0.372 8 ; 0.6964
2958 HG21 HC 0.095 9 ; 0.7911
2959 HG22 HC 0.095 10 ; 0.8858
2960 HG23 HC 0.095 11 ; 0.9805
2961 CG1 CT -0.039 12 ; 0.9418
2962 HG11 HC 0.020 13 ; 0.9619
2963 HG12 HC 0.020 14 ; 0.982
2964 CD1 CT -0.091 15 ; 0.8912
2965 HD11 HC 0.023 16 ; 0.9138
2966 HD12 HC 0.023 17 ; 0.9364
2967 HD13 HC 0.023 18 ; 0.959
2968 C C 0.612 19 ; 1.5713
2969 O O -0.571 20 ; 1
2970 [ bonds ]
2971 ; ai aj
2972 N H1
2973 N H2
2974 N H3
2975 N CA
2976 CA HA
2977 CA CB
2978 CB HB
2979 CB CG2
2980 CG2 HG21
2981 CG2 HG22
2982 CG2 HG23
2983 CB CG1
2984 CG1 HG11
2985 CG1 HG12
2986 CG1 CD1
2987 CD1 HD11
2988 CD1 HD12
2989 CD1 HD13
2990 CA C
2991 C O
2992 [ impropers ]
2993 ; ai aj ak al
2994 CA +N C O ai_X__X__C__O_
2995 ; end residue ILE-N: 21 atoms, 20 bonds, 21 pdihs, 1 idihs
2997 ; VALINE
2998 ;
2999 [ VAL-N ]
3000 [ atoms ]
3001 ;name type charge cg ; qtot
3002 N N3 0.058 0 ; 0.0577
3003 H1 H 0.227 1 ; 0.2849
3004 H2 H 0.227 2 ; 0.5121
3005 H3 H 0.227 3 ; 0.7393
3006 CA CT -0.005 4 ; 0.7339
3007 HA HP 0.109 5 ; 0.8432
3008 CB CT 0.320 6 ; 1.1628
3009 HB HC -0.022 7 ; 1.1407
3010 CG1 CT -0.313 8 ; 0.8278
3011 HG11 HC 0.073 9 ; 0.9013
3012 HG12 HC 0.073 10 ; 0.9748
3013 HG13 HC 0.073 11 ; 1.0483
3014 CG2 CT -0.313 12 ; 0.7354
3015 HG21 HC 0.073 13 ; 0.8089
3016 HG22 HC 0.073 14 ; 0.8824
3017 HG23 HC 0.073 15 ; 0.9559
3018 C C 0.616 16 ; 1.5722
3019 O O -0.572 17 ; 1
3020 [ bonds ]
3021 ; ai aj
3022 N H1
3023 N H2
3024 N H3
3025 N CA
3026 CA HA
3027 CA CB
3028 CB HB
3029 CB CG1
3030 CG1 HG11
3031 CG1 HG12
3032 CG1 HG13
3033 CB CG2
3034 CG2 HG21
3035 CG2 HG22
3036 CG2 HG23
3037 CA C
3038 C O
3039 [ impropers ]
3040 ; ai aj ak al
3041 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3042 ; end residue VAL-N: 18 atoms, 17 bonds, 18 pdihs, 1 idihs
3044 ; ASPARAGINE
3045 ;
3046 [ ASN-N ]
3047 [ atoms ]
3048 ;name type charge cg ; qtot
3049 N N3 0.180 0 ; 0.1801
3050 H1 H 0.192 1 ; 0.3722
3051 H2 H 0.192 2 ; 0.5643
3052 H3 H 0.192 3 ; 0.7564
3053 CA CT 0.037 4 ; 0.7932
3054 HA HP 0.123 5 ; 0.9163
3055 CB CT -0.028 6 ; 0.888
3056 HB1 HC 0.051 7 ; 0.9395
3057 HB2 HC 0.051 8 ; 0.991
3058 CG C 0.583 9 ; 1.5743
3059 OD1 O -0.574 10 ; 0.9999
3060 ND2 N -0.863 11 ; 0.1365
3061 HD21 H 0.410 12 ; 0.5462
3062 HD22 H 0.410 13 ; 0.9559
3063 C C 0.616 14 ; 1.5722
3064 O O -0.572 15 ; 1
3065 [ bonds ]
3066 ; ai aj
3067 N H1
3068 N H2
3069 N H3
3070 N CA
3071 CA HA
3072 CA CB
3073 CB HB1
3074 CB HB2
3075 CB CG
3076 CG OD1
3077 CG ND2
3078 ND2 HD21
3079 ND2 HD22
3080 CA C
3081 C O
3082 [ impropers ]
3083 ; ai aj ak al
3084 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3085 CB ND2 CG OD1 ai_X__X__C__O_
3086 CG HD21 ND2 HD22 ai_X__X__N__H_
3087 ; end residue ASN-N: 16 atoms, 15 bonds, 16 pdihs, 3 idihs
3089 ; GLUTAMINE
3090 ;
3091 [ GLN-N ]
3092 [ atoms ]
3093 ;name type charge cg ; qtot
3094 N N3 0.149 0 ; 0.1493
3095 H1 H 0.200 1 ; 0.3489
3096 H2 H 0.200 2 ; 0.5485
3097 H3 H 0.200 3 ; 0.7481
3098 CA CT 0.054 4 ; 0.8017
3099 HA HP 0.102 5 ; 0.9032
3100 CB CT 0.065 6 ; 0.9683
3101 HB1 HC 0.005 7 ; 0.9733
3102 HB2 HC 0.005 8 ; 0.9783
3103 CG CT -0.090 9 ; 0.888
3104 HG1 HC 0.033 10 ; 0.9211
3105 HG2 HC 0.033 11 ; 0.9542
3106 CD C 0.735 12 ; 1.6896
3107 OE1 O -0.613 13 ; 1.0763
3108 NE2 N -1.003 14 ; 0.0732
3109 HE21 H 0.443 15 ; 0.5161
3110 HE22 H 0.443 16 ; 0.959
3111 C C 0.612 17 ; 1.5713
3112 O O -0.571 18 ; 1
3113 [ bonds ]
3114 ; ai aj
3115 N H1
3116 N H2
3117 N H3
3118 N CA
3119 CA HA
3120 CA CB
3121 CB HB1
3122 CB HB2
3123 CB CG
3124 CG HG1
3125 CG HG2
3126 CG CD
3127 CD OE1
3128 CD NE2
3129 NE2 HE21
3130 NE2 HE22
3131 CA C
3132 C O
3133 [ impropers ]
3134 ; ai aj ak al
3135 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3136 CG NE2 CD OE1 ai_X__X__C__O_
3137 CD HE21 NE2 HE22 ai_X__X__N__H_
3138 ; end residue GLN-N: 19 atoms, 18 bonds, 19 pdihs, 3 idihs
3140 ; ARGININE
3141 ;
3142 [ ARG-N ]
3143 [ atoms ]
3144 ;name type charge cg ; qtot
3145 N N3 0.131 0 ; 0.1305
3146 H1 H 0.208 1 ; 0.3388
3147 H2 H 0.208 2 ; 0.5471
3148 H3 H 0.208 3 ; 0.7554
3149 CA CT -0.022 4 ; 0.7331
3150 HA HP 0.124 5 ; 0.8573
3151 CB CT 0.012 6 ; 0.8691
3152 HB1 HC 0.023 7 ; 0.8917
3153 HB2 HC 0.023 8 ; 0.9143
3154 CG CT 0.024 9 ; 0.9379
3155 HG1 HC 0.031 10 ; 0.9688
3156 HG2 HC 0.031 11 ; 0.9997
3157 CD CT 0.093 12 ; 1.0932
3158 HD1 H1 0.053 13 ; 1.1459
3159 HD2 H1 0.053 14 ; 1.1986
3160 NE N2 -0.565 15 ; 0.6336
3161 HE H 0.359 16 ; 0.9928
3162 CZ CA 0.828 17 ; 1.8209
3163 NH1 N2 -0.869 18 ; 0.9516
3164 HH11 H 0.449 19 ; 1.401
3165 HH12 H 0.449 20 ; 1.8504
3166 NH2 N2 -0.869 21 ; 0.9811
3167 HH21 H 0.449 22 ; 1.4305
3168 HH22 H 0.449 23 ; 1.8799
3169 C C 0.721 24 ; 2.6013
3170 O O -0.601 25 ; 2
3171 [ bonds ]
3172 ; ai aj
3173 N H1
3174 N H2
3175 N H3
3176 N CA
3177 CA HA
3178 CA CB
3179 CB HB1
3180 CB HB2
3181 CB CG
3182 CG HG1
3183 CG HG2
3184 CG CD
3185 CD HD1
3186 CD HD2
3187 CD NE
3188 NE HE
3189 NE CZ
3190 CZ NH1
3191 NH1 HH11
3192 NH1 HH12
3193 CZ NH2
3194 NH2 HH21
3195 NH2 HH22
3196 CA C
3197 C O
3198 [ impropers ]
3199 ; ai aj ak al
3200 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3201 NE NH1 CZ NH2 ai_X__N2_CA_N2
3202 CD CZ NE HE ai_X__X__N2_H_
3203 CZ HH11 NH1 HH12 ai_X__X__N2_H_
3204 CZ HH21 NH2 HH22 ai_X__X__N2_H_
3205 ; end residue ARG-N: 26 atoms, 25 bonds, 26 pdihs, 5 idihs
3207 ; HISTIDINE DELTAH
3208 ;
3209 [ HID-N ]
3210 [ atoms ]
3211 ;name type charge cg ; qtot
3212 N N3 0.154 0 ; 0.1542
3213 H1 H 0.196 1 ; 0.3505
3214 H2 H 0.196 2 ; 0.5468
3215 H3 H 0.196 3 ; 0.7431
3216 CA CT 0.096 4 ; 0.8395
3217 HA HP 0.096 5 ; 0.9353
3218 CB CT 0.026 6 ; 0.9612
3219 HB1 HC 0.021 7 ; 0.9821
3220 HB2 HC 0.021 8 ; 1.003
3221 CG CC -0.040 9 ; 0.9631
3222 ND1 NA -0.382 10 ; 0.5812
3223 HD1 H 0.363 11 ; 0.9444
3224 CE1 CR 0.213 12 ; 1.1571
3225 HE1 H5 0.139 13 ; 1.2956
3226 NE2 NB -0.571 14 ; 0.7245
3227 CD2 CV 0.105 15 ; 0.8291
3228 HD2 H4 0.130 16 ; 0.959
3229 C C 0.612 17 ; 1.5713
3230 O O -0.571 18 ; 1
3231 [ bonds ]
3232 ; ai aj
3233 N H1
3234 N H2
3235 N H3
3236 N CA
3237 CA HA
3238 CA CB
3239 CB HB1
3240 CB HB2
3241 CB CG
3242 CG ND1
3243 ND1 HD1
3244 ND1 CE1
3245 CE1 HE1
3246 CE1 NE2
3247 NE2 CD2
3248 CD2 HD2
3249 CA C
3250 C O
3251 CG CD2
3252 [ impropers ]
3253 ; ai aj ak al
3254 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3255 CG CE1 ND1 HD1 ai_X__X__NA_H_
3256 CG NE2 CD2 HD2 ai_X__X__CV_H4
3257 ND1 NE2 CE1 HE1 ai_X__X__CR_H5
3258 ND1 CD2 CG CB ai_NA_CV_CC_CT
3259 ; end residue HID-N: 19 atoms, 19 bonds, 19 pdihs, 5 idihs
3261 ; HISTIDINE EPSILONH
3262 ;
3263 [ HIE-N ]
3264 [ atoms ]
3265 ;name type charge cg ; qtot
3266 N N3 0.147 0 ; 0.1472
3267 H1 H 0.202 1 ; 0.3488
3268 H2 H 0.202 2 ; 0.5504
3269 H3 H 0.202 3 ; 0.752
3270 CA CT 0.024 4 ; 0.7756
3271 HA HP 0.138 5 ; 0.9136
3272 CB CT 0.049 6 ; 0.9625
3273 HB1 HC 0.022 7 ; 0.9848
3274 HB2 HC 0.022 8 ; 1.0071
3275 CG CC 0.174 9 ; 1.1811
3276 ND1 NB -0.558 10 ; 0.6232
3277 CE1 CR 0.180 11 ; 0.8036
3278 HE1 H5 0.140 12 ; 0.9433
3279 NE2 NA -0.278 13 ; 0.6652
3280 HE2 H 0.332 14 ; 0.9976
3281 CD2 CW -0.235 15 ; 0.7627
3282 HD2 H4 0.196 16 ; 0.959
3283 C C 0.612 17 ; 1.5713
3284 O O -0.571 18 ; 1
3285 [ bonds ]
3286 ; ai aj
3287 N H1
3288 N H2
3289 N H3
3290 N CA
3291 CA HA
3292 CA CB
3293 CB HB1
3294 CB HB2
3295 CB CG
3296 CG ND1
3297 ND1 CE1
3298 CE1 HE1
3299 CE1 NE2
3300 NE2 HE2
3301 NE2 CD2
3302 CD2 HD2
3303 CA C
3304 C O
3305 CG CD2
3306 [ impropers ]
3307 ; ai aj ak al
3308 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3309 CE1 CD2 NE2 HE2 ai_X__X__NA_H_
3310 CG NE2 CD2 HD2 ai_X__X__CW_H4
3311 ND1 NE2 CE1 HE1 ai_X__X__CR_H5
3312 ND1 CD2 CG CB ai_NB_CW_CC_CT
3313 ; end residue HIE-N: 19 atoms, 19 bonds, 19 pdihs, 5 idihs
3315 ; HISTIDINE PLUS
3316 ;
3317 [ HIP-N ]
3318 [ atoms ]
3319 ;name type charge cg ; qtot
3320 N N3 0.256 0 ; 0.256
3321 H1 H 0.170 1 ; 0.4264
3322 H2 H 0.170 2 ; 0.5968
3323 H3 H 0.170 3 ; 0.7672
3324 CA CT 0.058 4 ; 0.8253
3325 HA HP 0.105 5 ; 0.93
3326 CB CT 0.048 6 ; 0.9784
3327 HB1 HC 0.053 7 ; 1.0315
3328 HB2 HC 0.053 8 ; 1.0846
3329 CG CC -0.024 9 ; 1.061
3330 ND1 NA -0.151 10 ; 0.91
3331 HD1 H 0.382 11 ; 1.2921
3332 CE1 CR -0.001 12 ; 1.291
3333 HE1 H5 0.265 13 ; 1.5555
3334 NE2 NA -0.174 14 ; 1.3816
3335 HE2 H 0.392 15 ; 1.7737
3336 CD2 CW -0.143 16 ; 1.6304
3337 HD2 H4 0.249 17 ; 1.8799
3338 C C 0.721 18 ; 2.6013
3339 O O -0.601 19 ; 2
3340 [ bonds ]
3341 ; ai aj
3342 N H1
3343 N H2
3344 N H3
3345 N CA
3346 CA HA
3347 CA CB
3348 CB HB1
3349 CB HB2
3350 CB CG
3351 CG ND1
3352 ND1 HD1
3353 ND1 CE1
3354 CE1 HE1
3355 CE1 NE2
3356 NE2 HE2
3357 NE2 CD2
3358 CD2 HD2
3359 CA C
3360 C O
3361 CG CD2
3362 [ impropers ]
3363 ; ai aj ak al
3364 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3365 CG CE1 ND1 HD1 ai_X__X__NA_H_
3366 CE1 CD2 NE2 HE2 ai_X__X__NA_H_
3367 CG NE2 CD2 HD2 ai_X__X__CW_H4
3368 ND1 NE2 CE1 HE1 ai_X__X__CR_H5
3369 ND1 CD2 CG CB ai_NA_CW_CC_CT
3370 ; end residue HIP-N: 20 atoms, 20 bonds, 20 pdihs, 6 idihs
3372 ; TRYPTOPHAN
3373 ;
3374 [ TRP-N ]
3375 [ atoms ]
3376 ;name type charge cg ; qtot
3377 N N3 0.191 0 ; 0.1913
3378 H1 H 0.189 1 ; 0.3801
3379 H2 H 0.189 2 ; 0.5689
3380 H3 H 0.189 3 ; 0.7577
3381 CA CT 0.042 4 ; 0.7998
3382 HA HP 0.116 5 ; 0.916
3383 CB CT 0.054 6 ; 0.9703
3384 HB1 HC 0.022 7 ; 0.9925
3385 HB2 HC 0.022 8 ; 1.0147
3386 CG C* -0.165 9 ; 0.8493
3387 CD1 CW -0.179 10 ; 0.6705
3388 HD1 H4 0.220 11 ; 0.89
3389 NE1 NA -0.344 12 ; 0.5456
3390 HE1 H 0.341 13 ; 0.8868
3391 CE2 CN 0.158 14 ; 1.0443
3392 CZ2 CA -0.271 15 ; 0.7733
3393 HZ2 HA 0.159 16 ; 0.9322
3394 CH2 CA -0.108 17 ; 0.8242
3395 HH2 HA 0.141 18 ; 0.9653
3396 CZ3 CA -0.203 19 ; 0.7619
3397 HZ3 HA 0.146 20 ; 0.9077
3398 CE3 CA -0.227 21 ; 0.6812
3399 HE3 HA 0.165 22 ; 0.8458
3400 CD2 CB 0.113 23 ; 0.959
3401 C C 0.612 24 ; 1.5713
3402 O O -0.571 25 ; 1
3403 [ bonds ]
3404 ; ai aj
3405 N H1
3406 N H2
3407 N H3
3408 N CA
3409 CA HA
3410 CA CB
3411 CB HB1
3412 CB HB2
3413 CB CG
3414 CG CD1
3415 CD1 HD1
3416 CD1 NE1
3417 NE1 HE1
3418 NE1 CE2
3419 CE2 CZ2
3420 CZ2 HZ2
3421 CZ2 CH2
3422 CH2 HH2
3423 CH2 CZ3
3424 CZ3 HZ3
3425 CZ3 CE3
3426 CE3 HE3
3427 CE3 CD2
3428 CA C
3429 C O
3430 CG CD2
3431 CE2 CD2
3432 [ impropers ]
3433 ; ai aj ak al
3434 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3435 CD1 CE2 NE1 HE1 ai_X__X__NA_H_
3436 CE2 CH2 CZ2 HZ2 ai_X__X__CA_HA
3437 CZ2 CZ3 CH2 HH2 ai_X__X__CA_HA
3438 CH2 CE3 CZ3 HZ3 ai_X__X__CA_HA
3439 CZ3 CD2 CE3 HE3 ai_X__X__CA_HA
3440 CG NE1 CD1 HD1 ai_X__X__CW_H4
3441 CD1 CD2 CG CB ai_CW_CB_C*_CT
3442 ; end residue TRP-N: 26 atoms, 27 bonds, 26 pdihs, 8 idihs
3444 ; PHENYLALANINE
3445 ;
3446 [ PHE-N ]
3447 [ atoms ]
3448 ;name type charge cg ; qtot
3449 N N3 0.174 0 ; 0.1737
3450 H1 H 0.192 1 ; 0.3658
3451 H2 H 0.192 2 ; 0.5579
3452 H3 H 0.192 3 ; 0.75
3453 CA CT 0.073 4 ; 0.8233
3454 HA HP 0.104 5 ; 0.9274
3455 CB CT 0.033 6 ; 0.9604
3456 HB1 HC 0.010 7 ; 0.9708
3457 HB2 HC 0.010 8 ; 0.9812
3458 CG CA 0.003 9 ; 0.9843
3459 CD1 CA -0.139 10 ; 0.8451
3460 HD1 HA 0.137 11 ; 0.9825
3461 CE1 CA -0.160 12 ; 0.8223
3462 HE1 HA 0.143 13 ; 0.9656
3463 CZ CA -0.121 14 ; 0.8448
3464 HZ HA 0.133 15 ; 0.9777
3465 CE2 CA -0.160 16 ; 0.8174
3466 HE2 HA 0.143 17 ; 0.9607
3467 CD2 CA -0.139 18 ; 0.8216
3468 HD2 HA 0.137 19 ; 0.959
3469 C C 0.612 20 ; 1.5713
3470 O O -0.571 21 ; 1
3471 [ bonds ]
3472 ; ai aj
3473 N H1
3474 N H2
3475 N H3
3476 N CA
3477 CA HA
3478 CA CB
3479 CB HB1
3480 CB HB2
3481 CB CG
3482 CG CD1
3483 CD1 HD1
3484 CD1 CE1
3485 CE1 HE1
3486 CE1 CZ
3487 CZ HZ
3488 CZ CE2
3489 CE2 HE2
3490 CE2 CD2
3491 CD2 HD2
3492 CA C
3493 C O
3494 CG CD2
3495 [ impropers ]
3496 ; ai aj ak al
3497 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3498 CG CE2 CD2 HD2 ai_X__X__CA_HA
3499 CD2 CZ CE2 HE2 ai_X__X__CA_HA
3500 CE1 CE2 CZ HZ ai_X__X__CA_HA
3501 CD1 CZ CE1 HE1 ai_X__X__CA_HA
3502 CG CE1 CD1 HD1 ai_X__X__CA_HA
3503 CD1 CD2 CG CB ai_CA_CA_CA_CT
3504 ; end residue PHE-N: 22 atoms, 22 bonds, 22 pdihs, 7 idihs
3506 ; TYROSINE
3507 ;
3508 [ TYR-N ]
3509 [ atoms ]
3510 ;name type charge cg ; qtot
3511 N N3 0.194 0 ; 0.194
3512 H1 H 0.187 1 ; 0.3813
3513 H2 H 0.187 2 ; 0.5686
3514 H3 H 0.187 3 ; 0.7559
3515 CA CT 0.057 4 ; 0.8129
3516 HA HP 0.098 5 ; 0.9112
3517 CB CT 0.066 6 ; 0.9771
3518 HB1 HC 0.010 7 ; 0.9873
3519 HB2 HC 0.010 8 ; 0.9975
3520 CG CA -0.021 9 ; 0.977
3521 CD1 CA -0.200 10 ; 0.7768
3522 HD1 HA 0.172 11 ; 0.9488
3523 CE1 CA -0.224 12 ; 0.7249
3524 HE1 HA 0.165 13 ; 0.8899
3525 CZ C 0.314 14 ; 1.2038
3526 OH OH -0.558 15 ; 0.646
3527 HH HO 0.400 16 ; 1.0461
3528 CE2 CA -0.224 17 ; 0.8222
3529 HE2 HA 0.165 18 ; 0.9872
3530 CD2 CA -0.200 19 ; 0.787
3531 HD2 HA 0.172 20 ; 0.959
3532 C C 0.612 21 ; 1.5713
3533 O O -0.571 22 ; 1
3534 [ bonds ]
3535 ; ai aj
3536 N H1
3537 N H2
3538 N H3
3539 N CA
3540 CA HA
3541 CA CB
3542 CB HB1
3543 CB HB2
3544 CB CG
3545 CG CD1
3546 CD1 HD1
3547 CD1 CE1
3548 CE1 HE1
3549 CE1 CZ
3550 CZ OH
3551 OH HH
3552 CZ CE2
3553 CE2 HE2
3554 CE2 CD2
3555 CD2 HD2
3556 CA C
3557 C O
3558 CG CD2
3559 [ impropers ]
3560 ; ai aj ak al
3561 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3562 CG CE2 CD2 HD2 ai_X__X__CA_HA
3563 CD2 CZ CE2 HE2 ai_X__X__CA_HA
3564 CD1 CZ CE1 HE1 ai_X__X__CA_HA
3565 CG CE1 CD1 HD1 ai_X__X__CA_HA
3566 CD1 CD2 CG CB ai_CA_CA_CA_CT
3567 CE1 CE2 CZ OH ai_CA_CA_C__OH
3568 ; end residue TYR-N: 23 atoms, 23 bonds, 23 pdihs, 7 idihs
3570 ; GLUTAMIC ACID
3571 ;
3572 [ GLU-N ]
3573 [ atoms ]
3574 ;name type charge cg ; qtot
3575 N N3 0.002 0 ; 0.0017
3576 H1 H 0.239 1 ; 0.2408
3577 H2 H 0.239 2 ; 0.4799
3578 H3 H 0.239 3 ; 0.719
3579 CA CT 0.059 4 ; 0.7778
3580 HA HP 0.120 5 ; 0.898
3581 CB CT 0.091 6 ; 0.9889
3582 HB1 HC -0.023 7 ; 0.9657
3583 HB2 HC -0.023 8 ; 0.9425
3584 CG CT -0.024 9 ; 0.9189
3585 HG1 HC -0.032 10 ; 0.8874
3586 HG2 HC -0.032 11 ; 0.8559
3587 CD C 0.809 12 ; 1.6646
3588 OE1 O2 -0.819 13 ; 0.8457
3589 OE2 O2 -0.819 14 ; 0.0268
3590 C C 0.562 15 ; 0.5889
3591 O O -0.589 16 ; 2.22045e-16
3592 [ bonds ]
3593 ; ai aj
3594 N H1
3595 N H2
3596 N H3
3597 N CA
3598 CA HA
3599 CA CB
3600 CB HB1
3601 CB HB2
3602 CB CG
3603 CG HG1
3604 CG HG2
3605 CG CD
3606 CD OE1
3607 CD OE2
3608 CA C
3609 C O
3610 [ impropers ]
3611 ; ai aj ak al
3612 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3613 CG OE1 CD OE2 ai_X__O2_C__O2
3614 ; end residue GLU-N: 17 atoms, 16 bonds, 17 pdihs, 2 idihs
3616 ; ASPARTIC ACID
3617 ;
3618 [ ASP-N ]
3619 [ atoms ]
3620 ;name type charge cg ; qtot
3621 N N3 0.078 0 ; 0.0782
3622 H1 H 0.220 1 ; 0.2982
3623 H2 H 0.220 2 ; 0.5182
3624 H3 H 0.220 3 ; 0.7382
3625 CA CT 0.029 4 ; 0.7674
3626 HA HP 0.114 5 ; 0.8815
3627 CB CT -0.024 6 ; 0.858
3628 HB1 HC -0.017 7 ; 0.8411
3629 HB2 HC -0.017 8 ; 0.8242
3630 CG C 0.819 9 ; 1.6436
3631 OD1 O2 -0.808 10 ; 0.8352
3632 OD2 O2 -0.808 11 ; 0.0268
3633 C C 0.562 12 ; 0.5889
3634 O O -0.589 13 ; 0
3635 [ bonds ]
3636 ; ai aj
3637 N H1
3638 N H2
3639 N H3
3640 N CA
3641 CA HA
3642 CA CB
3643 CB HB1
3644 CB HB2
3645 CB CG
3646 CG OD1
3647 CG OD2
3648 CA C
3649 C O
3650 [ impropers ]
3651 ; ai aj ak al
3652 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3653 CB OD1 CG OD2 ai_X__O2_C__O2
3654 ; end residue ASP-N: 14 atoms, 13 bonds, 14 pdihs, 2 idihs
3656 ; LYSINE
3657 ;
3658 [ LYS-N ]
3659 [ atoms ]
3660 ;name type charge cg ; qtot
3661 N N3 0.097 0 ; 0.0966
3662 H1 H 0.216 1 ; 0.3131
3663 H2 H 0.216 2 ; 0.5296
3664 H3 H 0.216 3 ; 0.7461
3665 CA CT -0.002 4 ; 0.7446
3666 HA HP 0.118 5 ; 0.8626
3667 CB CT 0.021 6 ; 0.8838
3668 HB1 HC 0.028 7 ; 0.9121
3669 HB2 HC 0.028 8 ; 0.9404
3670 CG CT -0.005 9 ; 0.9356
3671 HG1 HC 0.012 10 ; 0.9477
3672 HG2 HC 0.012 11 ; 0.9598
3673 CD CT -0.061 12 ; 0.899
3674 HD1 HC 0.063 13 ; 0.9623
3675 HD2 HC 0.063 14 ; 1.0256
3676 CE CT -0.018 15 ; 1.0075
3677 HE1 HP 0.117 16 ; 1.1246
3678 HE2 HP 0.117 17 ; 1.2417
3679 NZ N3 -0.376 18 ; 0.8653
3680 HZ1 H 0.338 19 ; 1.2035
3681 HZ2 H 0.338 20 ; 1.5417
3682 HZ3 H 0.338 21 ; 1.8799
3683 C C 0.721 22 ; 2.6013
3684 O O -0.601 23 ; 2
3685 [ bonds ]
3686 ; ai aj
3687 N H1
3688 N H2
3689 N H3
3690 N CA
3691 CA HA
3692 CA CB
3693 CB HB1
3694 CB HB2
3695 CB CG
3696 CG HG1
3697 CG HG2
3698 CG CD
3699 CD HD1
3700 CD HD2
3701 CD CE
3702 CE HE1
3703 CE HE2
3704 CE NZ
3705 NZ HZ1
3706 NZ HZ2
3707 NZ HZ3
3708 CA C
3709 C O
3710 [ impropers ]
3711 ; ai aj ak al
3712 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3713 ; end residue LYS-N: 24 atoms, 23 bonds, 24 pdihs, 1 idihs
3715 ; PROLINE
3716 ;
3717 [ PRO-N ]
3718 [ atoms ]
3719 ;name type charge cg ; qtot
3720 N N3 -0.202 0 ; -0.202
3721 H1 H 0.312 1 ; 0.11
3722 H2 H 0.312 2 ; 0.422
3723 CD CT -0.012 3 ; 0.41
3724 HD1 HP 0.100 4 ; 0.51
3725 HD2 HP 0.100 5 ; 0.61
3726 CG CT -0.121 6 ; 0.489
3727 HG1 HC 0.100 7 ; 0.589
3728 HG2 HC 0.100 8 ; 0.689
3729 CB CT -0.115 9 ; 0.574
3730 HB1 HC 0.100 10 ; 0.674
3731 HB2 HC 0.100 11 ; 0.774
3732 CA CT 0.100 12 ; 0.874
3733 HA HP 0.100 13 ; 0.974
3734 C C 0.526 14 ; 1.5
3735 O O -0.500 15 ; 1
3736 [ bonds ]
3737 ; ai aj
3738 N H1
3739 N H2
3740 N CD
3741 CD HD1
3742 CD HD2
3743 CD CG
3744 CG HG1
3745 CG HG2
3746 CG CB
3747 CB HB1
3748 CB HB2
3749 N CA
3750 CA HA
3751 CA C
3752 C O
3753 CB CA
3754 [ impropers ]
3755 ; ai aj ak al
3756 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3757 ; end residue PRO-N: 16 atoms, 16 bonds, 16 pdihs, 1 idihs
3759 ; CYSTEINE
3760 ;
3761 [ CYS-N ]
3762 [ atoms ]
3763 ;name type charge cg ; qtot
3764 N N3 0.133 0 ; 0.1325
3765 H1 H 0.202 1 ; 0.3348
3766 H2 H 0.202 2 ; 0.5371
3767 H3 H 0.202 3 ; 0.7394
3768 CA CT 0.093 4 ; 0.8321
3769 HA HP 0.141 5 ; 0.9732
3770 CB CT -0.119 6 ; 0.8537
3771 HB1 H1 0.119 7 ; 0.9725
3772 HB2 H1 0.119 8 ; 1.0913
3773 SG SH -0.330 9 ; 0.7615
3774 HS1 HS 0.198 10 ; 0.959
3775 C C 0.612 11 ; 1.5713
3776 O O -0.571 12 ; 1
3777 [ bonds ]
3778 ; ai aj
3779 N H1
3780 N H2
3781 N H3
3782 N CA
3783 CA HA
3784 CA CB
3785 CB HB1
3786 CB HB2
3787 CB SG
3788 SG HS1
3789 CA C
3790 C O
3791 [ impropers ]
3792 ; ai aj ak al
3793 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3794 ; end residue CYS-N: 13 atoms, 12 bonds, 13 pdihs, 1 idihs
3796 ; CYSTINE(S-S BRIDGE)
3797 ;
3798 [ CYX-N ]
3799 [ atoms ]
3800 ;name type charge cg ; qtot
3801 N N3 0.207 0 ; 0.2069
3802 H1 H 0.181 1 ; 0.3884
3803 H2 H 0.181 2 ; 0.5699
3804 H3 H 0.181 3 ; 0.7514
3805 CA CT 0.105 4 ; 0.8569
3806 HA HP 0.092 5 ; 0.9491
3807 CB CT -0.028 6 ; 0.9214
3808 HB1 H1 0.068 7 ; 0.9894
3809 HB2 H1 0.068 8 ; 1.0574
3810 SG S -0.098 9 ; 0.959
3811 C C 0.612 10 ; 1.5713
3812 O O -0.571 11 ; 1
3813 [ bonds ]
3814 ; ai aj
3815 N H1
3816 N H2
3817 N H3
3818 N CA
3819 CA HA
3820 CA CB
3821 CB HB1
3822 CB HB2
3823 CB SG
3824 CA C
3825 C O
3826 [ impropers ]
3827 ; ai aj ak al
3828 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3829 ; end residue CYX-N: 12 atoms, 11 bonds, 12 pdihs, 1 idihs
3831 ; METHIONINE
3832 ;
3833 [ MET-N ]
3834 [ atoms ]
3835 ;name type charge cg ; qtot
3836 N N3 0.159 0 ; 0.1592
3837 H1 H 0.198 1 ; 0.3576
3838 H2 H 0.198 2 ; 0.556
3839 H3 H 0.198 3 ; 0.7544
3840 CA CT 0.022 4 ; 0.7765
3841 HA HP 0.112 5 ; 0.8881
3842 CB CT 0.086 6 ; 0.9746
3843 HB1 HC 0.013 7 ; 0.9871
3844 HB2 HC 0.013 8 ; 0.9996
3845 CG CT 0.033 9 ; 1.033
3846 HG1 H1 0.029 10 ; 1.0622
3847 HG2 H1 0.029 11 ; 1.0914
3848 SD S -0.277 12 ; 0.814
3849 CE CT -0.034 13 ; 0.7799
3850 HE1 H1 0.060 14 ; 0.8396
3851 HE2 H1 0.060 15 ; 0.8993
3852 HE3 H1 0.060 16 ; 0.959
3853 C C 0.612 17 ; 1.5713
3854 O O -0.571 18 ; 1
3855 [ bonds ]
3856 ; ai aj
3857 N H1
3858 N H2
3859 N H3
3860 N CA
3861 CA HA
3862 CA CB
3863 CB HB1
3864 CB HB2
3865 CB CG
3866 CG HG1
3867 CG HG2
3868 CG SD
3869 SD CE
3870 CE HE1
3871 CE HE2
3872 CE HE3
3873 CA C
3874 C O
3875 [ impropers ]
3876 ; ai aj ak al
3877 CA +N C O ai_X__X__C__O_
3878 ; end residue MET-N: 19 atoms, 18 bonds, 19 pdihs, 1 idihs
3880 ; end of file /usr/slocal/amber6/dat/all_aminont94.in
3881 ; Found 79 residues