CMakeLists.txt

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   5 # David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6 # others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7 # directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34 #
  35 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
  36 # Keep CMake suitably quiet on Cygwin
  37 set(CMAKE_LEGACY_CYGWIN_WIN32 0) # Remove when CMake >= 2.8.4 is required
  38
  39 # Allows CPack to act differently for normal tools and mdrun (e.g. because of MPI)
  40 set(CPACK_COMPONENT_GROUP_TOOLS_DESCRIPTION "All GROMACS executable tools")
  41 set(CPACK_COMPONENT_GROUP_MDRUN_DESCRIPTION "GROMACS executable for running simulations")
  42
  43 # override bugs on OS X where Cmake picks gcc (GNU) for C instead of system default cc (Clang).
  44 if(APPLE)
  45     set(CMAKE_C_COMPILER_INIT "cc")
  46 endif(APPLE)
  47
  48 project(Gromacs C)
  49 include(Dart)
  50 mark_as_advanced(DART_ROOT)
  51
  52 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
  53 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
  54 #
  55 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish
  56 # between a build from official release and a build from git release branch on a
  57 # machine with no git.
  58 #
  59 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
  60 set(PROJECT_VERSION "4.6-beta2-dev")
  61 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
  62     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
  63 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
  64 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
  65     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
  66 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
  67 set(SOVERSION 6)
  68 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
  69 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "4")
  70 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "6")
  71 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
  72
  73 # The numerical gromacs version. It is 40600 for 4.6.0.
  74 # The #define GMX_VERSION in gmx_header_config_h is set to this value.
  75 math(EXPR NUM_VERSION
  76     "${CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR}*10000 + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR}*100")
  77 if(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH)
  78     math(EXPR NUM_VERSION
  79          "${NUM_VERSION} + ${CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH}")
  80 endif()
  81
  82 # The API version tracks the numerical Gromacs version (for now).
  83 # It is potentially different from the Gromacs version in the future, if
  84 # the programs/libraries diverge from the presumably more stable API.
  85 # The #define GMX_API_VERSION in version.h is set to this value to
  86 # provide backward compatibility of software written against the Gromacs API.
  87 set(API_VERSION ${NUM_VERSION})
  88
  89 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  90 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  91
  92 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
  93 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
  94 endif()
  95
  96 include(gmxBuildTypeReference)
  97
  98 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
  99     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference." FORCE)
 100 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
 101
 102 enable_language(C)
 103
 104 set(GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH OFF CACHE STRING "Use relative paths not absolute paths for cmake install. Has only an effect on cpack.")
 105 mark_as_advanced(GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
 106
 107 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
 108 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
 109 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
 110 if (NOT GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
 111     set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
 112 endif()
 113 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
 114 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
 115 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/COPYING")
 116 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
 117 set(CPACK_SOURCE_IGNORE_FILES "\\\\.isreposource$;\\\\.git/;\\\\.gitignore$")
 118 set(CPACK_PROJECT_CONFIG_FILE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CPackInit.cmake")
 119 SET(CPACK_SOURCE_INSTALLED_DIRECTORIES "${CMAKE_SOURCE_DIR};/;${CMAKE_BINARY_DIR}/man;man")
 120 set(CPACK_PACKAGE_CONTACT "gmx-users@gromacs.org")
 121
 122 #must come after all cpack settings!
 123 include(CPack)
 124
 125 ########################################################################
 126 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
 127 ########################################################################
 128 if(CMAKE_HOST_UNIX)
 129     execute_process(COMMAND hostname
 130                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
 131                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 132     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
 133         message(WARNING "
 134             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
 135             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
 136             recommended to regenerate the cache!")
 137     endif()
 138     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
 139             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
 140 endif()
 141
 142 ########################################################################
 143 # User input options - enable C++ - before any CXX flags are changed   #
 144 ########################################################################
 145
 146 # decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA detection
 147 include(gmxManageGPU)
 148
 149 # TODO: move OpenMM to contrib
 150 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (not fully supported)" OFF)
 151 mark_as_advanced(GMX_OPENMM)
 152
 153 option(GMX_FORCE_CXX "Enable C++ compilation even if not necessary" OFF)
 154 mark_as_advanced(GMX_FORCE_CXX)
 155
 156 option(GMX_NO_QUOTES "Disable Gromacs cool quotes" OFF)
 157
 158 if(GMX_GPU OR GMX_OPENMM OR GMX_FORCE_CXX)
 159     enable_language(CXX)
 160 endif()
 161 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
 162
 163 ########################################################################
 164 # Fix stupid flags on Windows
 165 ########################################################################
 166 SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON)
 167 IF( WIN32 AND NOT CYGWIN)
 168   if (NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 169     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static system libraries (MT instead of MD)!" ON)
 170     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 171     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 172   else()
 173     add_definitions(-DUSE_VISIBILITY -DTMPI_USE_VISIBILITY)
 174   endif()
 175
 176   IF (GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 177     #Only setting Debug and Release flags. Others configurations current not used.
 178     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
 179     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 180     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 181     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 182     if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 183         STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 184         SET(CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 185         STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 186         SET(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 187     endif()
 188   ENDIF()
 189
 190   #Workaround for cmake bug 13174. Replace deprecated options.
 191   IF( CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" )
 192     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
 193     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 194   ENDIF()
 195   IF( CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "Intel" AND CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 196     STRING(REPLACE /GZ /RTC1 CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 197     STRING(REPLACE /GX /EHsc CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG})
 198     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
 199
 200     STRING(REPLACE /GX /EHsc CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE})
 201     SET(CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
 202   ENDIF()
 203 ENDIF()
 204
 205
 206 ########################################################################
 207 # User input options                                                   #
 208 ########################################################################
 209 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
 210 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
 211 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
 212 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
 213 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 214 option(GMX_POWERPC_INVSQRT "Use PowerPC hardware 1/sqrt" OFF)
 215 mark_as_advanced(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 216 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
 217 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
 218
 219 include(gmxDetectAcceleration)
 220 if(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 221     if(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 222         set(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION "None")
 223     else(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 224         gmx_detect_acceleration(GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION)
 225     endif(CMAKE_CROSSCOMPILING)
 226 endif(NOT DEFINED GMX_CPU_ACCELERATION)
 227
 228 set(GMX_CPU_ACCELERATION "@GMX_SUGGESTED_CPU_ACCELERATION@"
 229     CACHE STRING "Accelerated CPU kernels. Pick one of: None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, BlueGene")
 230
 231 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
 232     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,mkl,fftpack[built-in]")
 233 option(GMX_BUILD_OWN_FFTW "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack." OFF)
 234 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 235 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
 236        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
 237 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
 238 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
 239     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
 240 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
 241 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
 242 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
 243 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
 244 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
 245 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
 246
 247 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
 248
 249 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
 250 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
 251
 252 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
 253
 254 if(UNIX)
 255     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer static archives (not available on non-*nix platforms and it will only work if static versions of external dependencies are available and found)!" OFF)
 256     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 257 endif()
 258
 259 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
 260 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
 261
 262 ######################################################################
 263 # Compiler tests
 264 # These need to be done early (before further tests).
 265 #####################################################################
 266
 267 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
 268 # are used with permission from CMake v2.8.9 so that GROMACS can detect
 269 # invalid options with the Intel Compilers.
 270 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
 271 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
 272 include(CheckCCompilerFlag)
 273 if(CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 274     include(CheckCXXCompilerFlag)
 275 endif()
 276
 277 # OpenMP check must come before other CFLAGS!
 278 if(GMX_OPENMP)
 279     find_package(OpenMP)
 280     if(OPENMP_FOUND)
 281         # CMake on Windows doesn't support linker flags passed to target_link_libraries
 282         # (i.e. it treats /openmp as \openmp library file). Also, no OpenMP linker flags are needed.
 283         if(NOT (WIN32 AND NOT CYGWIN))
 284             if(CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC AND GMX_PREFER_STATIC_OPENMP)
 285                 set(OpenMP_LINKER_FLAGS "-Wl,-static -lgomp -lrt -Wl,-Bdynamic -lpthread")
 286                 set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "")
 287             else()
 288                 # Only set a linker flag if the user didn't set them manually
 289                 if(NOT DEFINED OpenMP_LINKER_FLAGS)
 290                     set(OpenMP_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 291                 endif()
 292                 if(NOT DEFINED OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
 293                     set(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS "${OpenMP_C_FLAGS}")
 294                 endif()
 295             endif()
 296         endif()
 297     else(OPENMP_FOUND)
 298         message(WARNING
 299                 "The compiler you are using does not support OpenMP parallelism. This might hurt your performance a lot, in particular with GPUs. Try using a more recent version, or a different compiler. For now, we are proceeding by turning off OpenMP.")
 300         set(GMX_OPENMP OFF CACHE STRING "Whether GROMACS will use OpenMP parallelism." FORCE)
 301     endif(OPENMP_FOUND)
 302 endif()
 303
 304
 305 include(gmxCFlags)
 306 gmx_c_flags()
 307
 308 include(gmxGetCompilerInfo)
 309 get_compiler_version()
 310
 311 # gcc 4.4.x is buggy and crashes when compiling some files with O3 and OpenMP on.
 312 # Detect here whether applying a workaround is needed and will apply it later
 313 # on the affected files.
 314 include(gmxGCC44O3BugWorkaround)
 315 gmx_check_gcc44_bug_workaround_needed(GMX_USE_GCC44_BUG_WORKAROUND)
 316
 317 # clang 3.0 is buggy for some unknown reason detected during adding
 318 # the SSE2 group kernels for GROMACS 4.6. If we ever work out what
 319 # that is, we should replace these tests with a compiler feature test,
 320 # update GROMACS Redmine task #1039 and perhaps report a clang bug.
 321 #
 322 # In the meantime, until we require CMake 2.8.10 we cannot rely on it to detect
 323 # the compiler version for us. So we need a manual check for clang 3.0.
 324 include(gmxDetectClang30)
 325 gmx_detect_clang_3_0(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 326 if(COMPILER_IS_CLANG_3_0)
 327     message(FATAL_ERROR "Your compiler is clang version 3.0, which is known to be buggy for GROMACS. Use a different compiler.")
 328 endif()
 329
 330 if (CMAKE_C_COMPILER_ID STREQUAL "PGI")
 331     message(WARNING "All tested PGI compiler versions (up to 12.9.0) generate binaries which produce incorrect results, or even fail to compile Gromacs. Highly recommended to use a different compiler. If you choose to use PGI, make sure to run the regressiontests.")
 332 endif()
 333
 334 ########################################################################
 335 # Set up binary and library suffixing
 336 ########################################################################
 337 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 338 set(GMX_LIBS_SUFFIX ""
 339   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
 340 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 341   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
 342   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
 343   if (GMX_MPI)
 344     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
 345     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
 346   endif(GMX_MPI)
 347   if (GMX_DOUBLE)
 348     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
 349     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
 350   endif(GMX_DOUBLE)
 351   if (GMX_OPENMM)
 352     set (GMX_BINARY_SUFFIX "-openmm")
 353     set (GMX_LIBS_SUFFIX "_openmm")
 354   endif(GMX_OPENMM)
 355   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 356   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 357     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 358     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 359   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 360 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 361   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
 362   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 363     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
 364     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
 365   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
 366 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
 367 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 368
 369 set(PKG_CFLAGS "")
 370 if(GMX_DOUBLE)
 371     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
 372 endif(GMX_DOUBLE)
 373 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 374   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
 375 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 376 if(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 377   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_POWERPC_INVSQRT")
 378 endif(GMX_POWERPC_INVSQRT)
 379
 380 ########################################################################
 381 #Process MPI settings
 382 ########################################################################
 383 include(gmxManageMPI)
 384
 385 #######################################################################
 386 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
 387 #######################################################################
 388 if(GMX_OPENMM)
 389     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
 390     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
 391     if(NOT ${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 392         message(STATUS "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to fftpack!")
 393         set(GMX_FFT_LIBRARY "fftpack" CACHE STRING
 394                 "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to  fftpack!" FORCE)
 395     endif()
 396     if(GMX_MPI)
 397         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
 398     endif(GMX_MPI)
 399     if(GMX_THREAD_MPI)
 400         message(STATUS "Thread-MPI not compatible with OpenMM, disabled!")
 401         set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL
 402                 "Thread-MPI not compatible with OpenMM build, disabled!" FORCE)
 403     endif(GMX_THREAD_MPI)
 404     if(GMX_OPENMP)
 405         message(STATUS "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled")
 406         set(GMX_OPENMP OFF CACHE BOOL
 407             "OpenMP multithreading not compatible with OpenMM, disabled!" FORCE)
 408     endif()
 409     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 410         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE STRING
 411                 "The OpenMM build does not need GROMACS software 1/sqrt!" FORCE)
 412     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
 413     string(TOUPPER ${GMX_CPU_ACCELERATION} GMX_CPU_ACCELERATION)
 414     if(NOT GMX_CPU_ACCELERATION STREQUAL "NONE")
 415         message(STATUS "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!")
 416         set(GMX_CPU_ACCELERATION "None" CACHE STRING
 417             "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!" FORCE)
 418     endif()
 419     if(GMX_FAHCORE)
 420         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
 421     endif(GMX_FAHCORE)
 422     if(GMX_DOUBLE)
 423         message(FATAL_ERROR  "The OpenMM-build does not support double precision calculations!")
 424     endif()
 425     # mark as advanced the unused variables
 426     mark_as_advanced(FORCE GMX_CPU_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 427         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 428 else(GMX_OPENMM)
 429      mark_as_advanced(CLEAR GMX_CPU_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY
 430         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREAD_MPI GMX_DOUBLE)
 431 endif(GMX_OPENMM)
 432
 433
 434 ########################################################################
 435 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 436 ########################################################################
 437 include(CheckIncludeFiles)
 438 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 439 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
 440 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 441 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 442 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 443 check_include_files(direct.h     HAVE_DIRECT_H)
 444 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 445 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 446 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 447 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 448 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 449 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 450 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 451 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 452 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 453 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 454 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 455 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 456 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
 457 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
 458
 459 include(CheckFunctionExists)
 460 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 461 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 462 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 463 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 464 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
 465 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
 466 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
 467 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 468 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 469 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 470 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 471 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
 472 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 473 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
 474 check_function_exists(sigaction         HAVE_SIGACTION)
 475 check_function_exists(sysconf           HAVE_SYSCONF)
 476 check_function_exists(sched_setaffinity HAVE_SCHED_SETAFFINITY)
 477 check_function_exists(sched_getaffinity HAVE_SCHED_GETAFFINITY)
 478 check_function_exists(rsqrt             HAVE_RSQRT)
 479 check_function_exists(rsqrtf            HAVE_RSQRTF)
 480 check_function_exists(sqrtf             HAVE_SQRTF)
 481
 482 include(CheckLibraryExists)
 483 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 484 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
 485
 486
 487 include(CheckTypeSize)
 488
 489 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 490 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 491 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 492 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 493 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 494 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 495
 496 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 497     set(GMX_64_BIT TRUE)
 498 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 499     set(GMX_64_BIT FALSE)
 500 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
 501
 502 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 503 check_type_size(uid_t uid_t)
 504 if(NOT uid_t)
 505   set(uid_t int)
 506 else(NOT uid_t)
 507   set(uid_t 0)
 508 endif(NOT uid_t)
 509
 510 check_type_size(gid_t gid_t)
 511 if(NOT gid_t)
 512   set(gid_t 1)
 513 else(NOT gid_t)
 514   set(gid_t 0)
 515 endif(NOT gid_t)
 516
 517 check_type_size(size_t size_t)
 518 if(NOT size_t)
 519   set(size_t int)
 520 else(NOT size_t)
 521   set(size_t 0)
 522 endif(NOT size_t)
 523
 524 check_type_size(off_t off_t)
 525 if(NOT off_t)
 526   set(off_t int)
 527 else(NOT off_t)
 528   set(off_t 0)
 529 endif(NOT off_t)
 530
 531 include(TestBigEndian)
 532 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 533
 534
 535
 536
 537 ########################################################################
 538 # Find external packages                                               #
 539 ########################################################################
 540 if(UNIX)
 541     if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
 542         # On Linux .a is the static library suffix, on Mac OS X .lib can also
 543         # be used, so we'll add both to the preference list.
 544         SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES ".lib;.a" ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
 545         if(SHARED_LIBS_DEFAULT)
 546             if(BUILD_SHARED_LIBS) #Warn the user about the combination. But don't overwrite the request.
 547                 message(WARNING "Static libraries requested, and shared Gromacs libraries requested.")
 548             elseif(NOT DEFINED BUILD_SHARED_LIBS) #Change default to OFF. Don't warn if it's already off.
 549                 message(WARNING "Static libraries requested, the GROMACS libraries will also be build static (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
 550                 set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)
 551             endif()
 552         endif()
 553     endif()
 554 endif()
 555 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
 556
 557 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
 558 if (GMX_GSL)
 559   find_package(gsl)
 560   set(PKG_GSL "")
 561   if(GSL_FOUND)
 562     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
 563     set(PKG_GSL gsl)
 564     set(HAVE_LIBGSL 1)
 565   endif(GSL_FOUND)
 566 endif (GMX_GSL)
 567
 568 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
 569 if (GMX_X11)
 570         find_package(X11)
 571         # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 572         if(X11_FOUND)
 573         set(HAVE_X11 1)
 574         endif(X11_FOUND)
 575 endif(GMX_X11)
 576
 577 include(ThreadMPI)
 578 set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 579 if(GMX_THREAD_MPI)
 580     tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC)
 581     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREAD_MPI")
 582     set(GMX_MPI 1)
 583 else(GMX_THREAD_MPI)
 584     tmpi_get_source_list(THREAD_MPI_SRC NOMPI)
 585 endif(GMX_THREAD_MPI)
 586
 587 if(GMX_OPENMM)
 588     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 589     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
 590     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 591     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 592         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 593     endif()
 594     find_package(OpenMM)
 595 endif(GMX_OPENMM)
 596
 597 if(GMX_GPU)
 598     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
 599     gmx_gpu_setup()
 600 endif(GMX_GPU)
 601
 602 if(APPLE)
 603    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 604    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 605 endif(APPLE)
 606
 607 if(CYGWIN)
 608     set(GMX_CYGWIN 1)
 609 endif(CYGWIN)
 610
 611 if(WIN32 AND NOT CYGWIN)
 612     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
 613 endif()
 614
 615 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 616 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 617     if(USE_VERSION_H)
 618         # We need at least git v1.5.3 be able to parse git's date output. If not
 619         # found or the version is too small, we can't generate version information.
 620         find_package(Git)
 621
 622         # Find out the git version
 623         if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
 624           execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
 625             OUTPUT_VARIABLE _exec_out
 626             OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
 627           string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
 628           set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
 629           mark_as_advanced(GIT_VERSION)
 630         endif()
 631
 632         if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.3")
 633           message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 634           set(USE_VERSION_H OFF)
 635         endif()
 636     endif()
 637 else()
 638     set(USE_VERSION_H OFF)
 639 endif()
 640
 641 ########################################################################
 642 # Generate development version info for cache
 643 ########################################################################
 644 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 645 # include(gmxGenerateVersionString)
 646
 647 ########################################################################
 648 # Our own GROMACS tests
 649 ########################################################################
 650
 651 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 652 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 653 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/include)
 654 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 655
 656 include(gmxTestInlineASM)
 657 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 658
 659 include(gmxSetBuildInformation)
 660 gmx_set_build_information()
 661 if(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 662     # The timestep counter headers do not include config.h
 663     add_definitions(-DHAVE_RDTSCP)
 664 endif(BUILD_CPU_FEATURES MATCHES "rdtscp" AND NOT GMX_DISTRIBUTABLE_BUILD)
 665
 666 include(gmxTestFloatFormat)
 667 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 668                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 669                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 670
 671 include(gmxTestLargeFiles)
 672 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 673
 674 include(gmxTestSignal)
 675 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
 676
 677 include(gmxTestInline)
 678 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 679
 680 include(gmxTestRestrict)
 681 gmx_test_restrict(RESTRICT_KEYWORD)
 682
 683 include(gmxTestPipes)
 684 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 685
 686 include(gmxTestIsfinite)
 687 gmx_test_isfinite(HAVE_ISFINITE)
 688 gmx_test__isfinite(HAVE__ISFINITE)
 689 gmx_test__finite(HAVE__FINITE)
 690
 691 include(gmxTestXDR)
 692 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 693 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 694     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 695     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
 696 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 697
 698 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 699 string(TOUPPER ${GMX_CPU_ACCELERATION} ${GMX_CPU_ACCELERATION})
 700 if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 701     # nothing to do
 702 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE2")
 703
 704     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE2_CFLAG "-msse2" GROMACS_C_FLAGS)
 705     if(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 706         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_C_FLAGS)
 707     endif(NOT GNU_SSE2_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 708
 709     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 710         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE2_CXXFLAG "-msse2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 711         if(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 712             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 713         endif(NOT GNU_SSE2_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 714     endif()
 715
 716     # We dont warn for lacking SSE2 flag support, since that is probably standard today.
 717
 718     # Only test the include after we have tried to add the correct flag for SSE2 support
 719     check_include_file(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 720
 721     if(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 722         message(FATAL_ERROR "Cannot find emmintrin.h, which is required for SSE2 intrinsics support.")
 723     endif(NOT HAVE_EMMINTRIN_H)
 724
 725     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE2 1)
 726     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 727     set(GMX_X86_SSE2 1)
 728     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 729       message(STATUS "Enabling SSE2 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 730     endif()
 731
 732 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "SSE4.1")
 733
 734     GMX_TEST_CFLAG(GNU_SSE4_CFLAG "-msse4.1" GROMACS_C_FLAGS)
 735     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 736         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE4_CFLAG "/arch:SSE4.1" GROMACS_C_FLAGS)
 737     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 738     if (NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 739         message(WARNING "No C SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance.")
 740         # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 741         # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 742         if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 743             GMX_TEST_CFLAG(MSVC_SSE2_CFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_C_FLAGS)
 744         endif()
 745     endif(NOT GNU_SSE4_CFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CFLAG)
 746
 747     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 748         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_SSE4_CXXFLAG "-msse4.1" GROMACS_CXX_FLAG)
 749         if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 750             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE4_CXXFLAG "/arch:SSE4.1" GROMACS_CXX_FLAGS)
 751         endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 752         if (NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 753             message(WARNING "No C++ SSE4.1 flag found. Consider a newer compiler, or use SSE2 for slightly lower performance.")
 754             # Not surprising if we end up here! MSVC current does not support the SSE4.1 flag. However, it appears to accept SSE4.1
 755             # intrinsics when SSE2 support is enabled, so we try that instead.
 756             if (GMX_NATIVE_WINDOWS)
 757                 GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_SSE2_CXXFLAG "/arch:SSE2" GROMACS_CXX_FLAGS)
 758             endif()
 759         endif(NOT GNU_SSE4_CXXFLAG AND NOT MSVC_SSE4_CXXFLAG)
 760     endif()
 761
 762     # This must come after we have added the -msse4.1 flag on some platforms.
 763     check_include_file(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 764
 765     if(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 766         message(FATAL_ERROR "Cannot find smmintrin.h, which is required for SSE4.1 intrinsics support.")
 767     endif(NOT HAVE_SMMINTRIN_H)
 768
 769     set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_SSE4_1 1)
 770     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 771     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 772     set(GMX_X86_SSE2   1)
 773     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 774       message(STATUS "Enabling SSE4.1 Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 775     endif()
 776
 777 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" OR ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 778
 779     # Set the AVX compiler flag for both these choices!
 780
 781     GMX_TEST_CFLAG(GNU_AVX_CFLAG "-mavx" GROMACS_C_FLAGS)
 782     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 783         GMX_TEST_CFLAG(MSVC_AVX_CFLAG "/arch:AVX" GROMACS_C_FLAGS)
 784     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 785     if (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 786         message(WARNING "No C AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 787     endif (NOT GNU_AVX_CFLAG AND NOT MSVC_AVX_CFLAG)
 788
 789     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 790         GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_AVX_CXXFLAG "-mavx" GROMACS_CXX_FLAGS)
 791         if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 792             GMX_TEST_CXXFLAG(MSVC_AVX_CXXFLAG "/arch:AVX" GROMACS_CXX_FLAGS)
 793         endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND GMX_NATIVE_WINDOWS)
 794         if (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 795             message(WARNING "No C++ AVX flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 796         endif (NOT GNU_AVX_CXXFLAG AND NOT MSVC_AVX_CXXFLAG)
 797     endif()
 798
 799     # Set the FMA4 flags (MSVC doesn't require any)
 800     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA" AND NOT MSVC)
 801         GMX_TEST_CFLAG(GNU_FMA_CFLAG "-mfma4" GROMACS_C_FLAGS)
 802         if (NOT GNU_FMA_CFLAG)
 803             message(WARNING "No C FMA4 flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 804         endif(NOT GNU_FMA_CFLAG)
 805         GMX_TEST_CFLAG(GNU_XOP_CFLAG "-mxop" GROMACS_C_FLAGS)
 806         # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 807         if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
 808             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_FMA_CXXFLAG "-mfma4" GROMACS_CXX_FLAGS)
 809             if (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 810                 message(WARNING "No C++ FMA flag found. Consider a newer compiler, or try SSE4.1 (lower performance).")
 811             endif (NOT GNU_FMA_CXXFLAG)
 812             GMX_TEST_CXXFLAG(GNU_XOP_CXXFLAG "-mxop" GROMACS_CXX_FLAGS)
 813             # No big deal if we do not have xop, so no point yelling warnings about it.
 814         endif()
 815     endif()
 816
 817     # Only test the header after we have tried to add the flag for AVX support
 818     check_include_file(immintrin.h  HAVE_IMMINTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 819
 820     if(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 821         message(FATAL_ERROR "Cannot find immintrin.h, which is required for AVX intrinsics support. Consider switching compiler.")
 822     endif(NOT HAVE_IMMINTRIN_H)
 823
 824     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_256")
 825         try_compile(TEST_AVX ${CMAKE_BINARY_DIR}
 826             "${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/TestAVX.c"
 827             COMPILE_DEFINITIONS "${GROMACS_C_FLAGS}")
 828         if(NOT TEST_AVX)
 829             message(FATAL_ERROR "Cannot compile AVX intrinsics. Consider switching compiler.")
 830         endif()
 831     endif()
 832
 833     # GCC requires x86intrin.h for FMA support. MSVC 2010 requires intrin.h for FMA support.
 834     check_include_file(x86intrin.h HAVE_X86INTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 835     check_include_file(intrin.h HAVE_INTRIN_H ${GROMACS_C_FLAGS})
 836
 837     # The user should not be able to set this orthogonally to the acceleration
 838     set(GMX_X86_SSE4_1 1)
 839     set(GMX_X86_SSE2   1)
 840
 841     # But just enable one of the choices internally...
 842     if(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "AVX_128_FMA")
 843         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_128_FMA 1)
 844         set(GMX_X86_AVX_128_FMA 1)
 845         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 846           message(STATUS "Enabling 128-bit AVX Gromacs acceleration (with fused-multiply add), and it will help compiler optimization.")
 847         endif()
 848     else()
 849         # If we are not doing AVX_128, it must be AVX_256...
 850         set(GMX_CPU_ACCELERATION_X86_AVX_256 1)
 851         set(GMX_X86_AVX_256 1)
 852         if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 853           message(STATUS "Enabling 256-bit AVX Gromacs acceleration, and it will help compiler optimization.")
 854         endif()
 855     endif()
 856
 857 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 858 # GMX_CPU_ACCELERATION=BlueGene should be set in the Toolchain-BlueGene?-???.cmake file
 859     if (NOT ACCELERATION_QUIETLY)
 860       message(STATUS "Configuring for BlueGene")
 861     endif()
 862     set(GMX_BLUEGENE 1)
 863     if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 864         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 865         set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
 866     endif (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
 867     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 868     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
 869     set(GMX_X11 OFF CACHE BOOL "X11 not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 870     set(GMX_THREAD_MPI OFF CACHE BOOL "Thread-MPI not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
 871     set(GMX_MPI ON CACHE BOOL "Use MPI on BlueGene" FORCE)
 872 # Access to /etc/passwd is not available on the back end of BlueGene,
 873 # despite being detected by CMake. This can cause linker warnings
 874 # about harmless things in src/gmxlib/string2.h.
 875     set(HAVE_PWD_H OFF)
 876 # The automatic testing for endianness does not work for the BlueGene cross-compiler
 877     set(GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER 1 CACHE INTERNAL "BlueGene has big endian FP byte order (by default)" FORCE)
 878     set(GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER 1 CACHE INTERNAL "BlueGene has big endian FP word order (by default)" FORCE)
 879 elseif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 880     set(GMX_POWER6 1)
 881     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on Power6" FORCE)
 882     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on Power6" FORCE)
 883 else(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 884     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_CPU_ACCELERATION}. Pick one of None, SSE2, SSE4.1, AVX_128_FMA, AVX_256, BlueGene")
 885 endif(${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 886 set(ACCELERATION_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
 887
 888 # Process QM/MM Settings
 889 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 890 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 891     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 892 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 893     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 894 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 895     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 896 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
 897     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
 898 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 899     # nothing to do
 900 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 901     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
 902 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 903
 904 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 905 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 906 set(PKG_FFT "")
 907 set(PKG_FFT_LIBS "")
 908 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 909     if(GMX_DOUBLE)
 910         set(FFTW fftw)
 911     else()
 912         set(FFTW fftwf)
 913     endif()
 914
 915     if(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
 916       add_subdirectory(src/contrib/fftw)
 917     else()
 918       find_package(FFTW COMPONENTS ${FFTW})
 919     endif()
 920
 921     string(TOUPPER "${FFTW}" FFTW)
 922     set(PKG_FFT "${${FFTW}_PKG}")
 923     include_directories(${${FFTW}_INCLUDE_DIRS})
 924     set(FFT_LIBRARIES ${${FFTW}_LIBRARIES})
 925     if(NOT ${FFTW}_FOUND)
 926       MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for single-precision GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS). Either choose the right precision, choose another FFT(W) library, enable the advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you, or use the really slow GROMACS built-in fftpack library.")
 927     endif()
 928
 929     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 930
 931     if (NOT ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE" AND NOT ${FFTW}_HAVE_SIMD)
 932       message(WARNING "The fftw library found is compiled without SIMD support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin")
 933     endif()
 934
 935     if(NOT ${GMX_CPU_ACCELERATION} STREQUAL "NONE" AND ${FFTW}_HAVE_AVX)
 936         # If we're not doing CPU acceleration, we don't care about FFTW performance on x86 either
 937         message(WARNING "The FFTW library was compiled with --enable-avx to enable AVX SIMD instructions. That might sound like a good idea for your processor, but for FFTW versions up to 3.3.3, these are slower than the SSE/SSE2 SIMD instructions for the way GROMACS uses FFTs. Limitations in the way FFTW allows GROMACS to measure performance make it awkward for either GROMACS or FFTW to make the decision for you based on runtime performance. You should compile a different FFTW library with --enable-sse or --enable-sse2. If you have a more recent FFTW, you may like to compare the performance of GROMACS with FFTW libraries compiled with and without --enable-avx. However, the GROMACS developers do not really expect the FFTW AVX optimization to help, because the performance is limited by memory access, not computation.")
 938     endif()
 939
 940 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 941 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 942     find_package(MKL REQUIRED)
 943     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 944     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 945     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
 946
 947     set(GMX_FFT_MKL 1)
 948     set(HAVE_MKL 1)
 949
 950 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 951 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 952 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 953 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 954     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 955     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 956 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 957     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, mkl, fftpack")
 958 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 959
 960 # enable threaded fftw3 if we've found it
 961 if(FFTW3_THREADS OR FFTW3F_THREADS)
 962     add_definitions(-DFFT5D_FFTW_THREADS)
 963 endif()
 964
 965 set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 966 set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 967 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 968 if(NOT HAVE_MKL AND NOT ACCELERATE_FRAMEWORK)
 969   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 970     if (GMX_BLAS_USER)
 971         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
 972     else(GMX_BLAS_USER)
 973         set(BLAS_FIND_QUIETLY ON)
 974         find_package(BLAS)
 975         if (BLAS_FOUND)
 976           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
 977         else()
 978           MESSAGE(STATUS "Using internal BLAS library")
 979           set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in" FORCE)
 980         endif()
 981     endif(GMX_BLAS_USER)
 982   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
 983   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 984     if (GMX_LAPACK_USER)
 985         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
 986     else(GMX_LAPACK_USER)
 987         set(LAPACK_FIND_QUIETLY ON)
 988         find_package(LAPACK)
 989         if (LAPACK_FOUND)
 990           list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
 991         else()
 992           MESSAGE(STATUS "Using internal LAPACK library")
 993           set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in" FORCE)
 994         endif()
 995     endif(GMX_LAPACK_USER)
 996   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 997 endif()
 998 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
 999 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
1000
1001 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
1002
1003 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
1004   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
1005     # Native Windows does not have, nor need dlopen
1006     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
1007     include(gmxTestdlopen)
1008     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
1009   endif()
1010
1011   # so, should we use plug-ins?
1012   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
1013     if(NOT VMD_QUIETLY)
1014       MESSAGE(STATUS
1015           "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, "
1016           "so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file "
1017           "formats).")
1018     endif()
1019     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
1020       find_package(VMD)
1021     endif()
1022     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
1023     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
1024     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
1025   else()
1026     set(PKG_DL_LIBS)
1027   endif()
1028 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
1029 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
1030
1031 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/.isreposource")
1032     if(NOT CMAKE_CROSSCOMPILING)
1033         option(GMX_BUILD_MANPAGES "Build man pages" ON)
1034     else()
1035         message(STATUS "Building the man pages is not available when "
1036             "cross-compiling the developer version from git")
1037     endif()
1038 else()
1039     #make sure source package contains all man pages
1040     if(NOT EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/man/man1/ngmx.1")
1041         message(FATAL_ERROR "Man pages are missing from source package.")
1042     endif()
1043 endif()
1044 mark_as_advanced(GMX_BUILD_MANPAGES)
1045
1046 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
1047 if(HAVE_LIBM)
1048     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
1049 endif(HAVE_LIBM)
1050
1051 if(GMX_FAHCORE)
1052   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
1053       "Path to swindirect.h")
1054   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
1055 endif(GMX_FAHCORE)
1056
1057 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
1058 # these are set after everything else
1059 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
1060     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags"
1061         FORCE)
1062     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING
1063         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
1064     if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
1065         set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING
1066             "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
1067     endif()
1068     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS
1069         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}"
1070         CACHE STRING "Linker flags for creating executables" FORCE)
1071     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS
1072         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}"
1073         CACHE STRING "Linker flags for creating shared libraries" FORCE)
1074 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
1075
1076 if(NOT GMX_OPENMP)
1077     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
1078     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
1079     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
1080     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
1081     unset(OpenMP_LINKER_FLAGS CACHE)
1082     unset(OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS)
1083 endif()
1084
1085 ######################################
1086 # Output compiler and CFLAGS used
1087 ######################################
1088 get_compiler_info(C BUILD_C_COMPILER BUILD_CFLAGS)
1089 if (CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED)
1090     get_compiler_info(CXX BUILD_CXX_COMPILER BUILD_CXXFLAGS)
1091 endif ()
1092
1093 ########################################################################
1094 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
1095 ########################################################################
1096 if (GMX_USE_RELATIVE_INSTALL_PATH)
1097     set(GMX_INSTALL_PREFIX "" CACHE STRING "Prefix gets appended to CMAKE_INSTALL_PREFIX. For cpack it sets the root folder of the archive.")
1098     mark_as_advanced(GMX_INSTALL_PREFIX)
1099 else()
1100     set(GMX_INSTALL_PREFIX "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/")
1101 endif()
1102
1103 if ( NOT DEFINED GMXLIB )
1104     set(GMXLIB lib)
1105 endif()
1106 set(LIB_INSTALL_DIR "${GMX_INSTALL_PREFIX}${GMXLIB}")
1107 set(BIN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}bin)
1108 set(DATA_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/gromacs)
1109 set(MAN_INSTALL_DIR  ${GMX_INSTALL_PREFIX}share/man)
1110 set(INCL_INSTALL_DIR ${GMX_INSTALL_PREFIX}include)
1111
1112 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
1113
1114 ##################################################################
1115 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
1116 ##################################################################
1117 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
1118     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
1119     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
1120     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\\\$ORIGIN/../${GMXLIB}")
1121     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
1122 endif()
1123
1124 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
1125 #Simpler to always install.
1126 install(FILES COPYING DESTINATION ${DATA_INSTALL_DIR} COMPONENT data)
1127
1128 add_subdirectory(share)
1129 add_subdirectory(include)
1130 add_subdirectory(src)
1131 add_subdirectory(scripts)
1132
1133 # Issue a warning if NVIDIA GPUs were detected, but CUDA was not found.
1134 # Don't bother the user after the first configure pass.
1135 if ((CUDA_NOTFOUND_AUTO AND GMX_DETECT_GPU_AVAILABLE) AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
1136     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
1137     unset(CUDA_NOTFOUND_AUTO)
1138     unset(CUDA_NOTFOUND_MESSAGE)
1139 endif()
1140 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
1141
1142 #######################
1143 ## uninstall target
1144 #######################
1145     CONFIGURE_FILE(
1146                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
1147                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
1148                    IMMEDIATE @ONLY)
1149 ###########################
1150 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
1151                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
1152                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
1153 ###########################
1154
1155 ########################################################################
1156 # Tests                                                                #
1157 ########################################################################
1158
1159 include(CTest)
1160 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
1161 IF(BUILD_TESTING)
1162         enable_testing()
1163         add_subdirectory(tests)
1164 ENDIF()
1165