Correct nrdf for 1D/2D systems
[gromacs/AngularHB.git] / share / top / oplsaa.ff / aminoacids.hdb
bloba7d8b1d72c02ba6f51159e7b138838599cef5aa3
1 ACE     1       
2 3       4       HH3     CH3     C       O
3 AIB     3       
4 1       1       H       N       -C      CA
5 3       4       HB1     CB1     CA      N
6 3       4       HB2     CB2     CA      N
7 ALA     3       
8 1       1       H       N       -C      CA
9 1       5       HA      CA      N       C       CB
10 3       4       HB      CB      CA      N
11 ARG     8       
12 1       1       H       N       -C      CA
13 1       5       HA      CA      N       C       CB
14 2       6       HB      CB      CG      CA
15 2       6       HG      CG      CD      CB
16 2       6       HD      CD      NE      CG
17 1       1       HE      NE      CD      CZ
18 2       3       HH1     NH1     CZ      NE
19 2       3       HH2     NH2     CZ      NE
20 ARGN    8       
21 1       1       H       N       -C      CA
22 1       5       HA      CA      N       C       CB
23 2       6       HB      CB      CG      CA
24 2       6       HG      CG      CD      CB
25 2       6       HD      CD      NE      CG
26 1       1       HE      NE      CD      CZ
27 1       2       HH1     NH1     CZ      NE
28 2       3       HH2     NH2     CZ      NE
29 ASN     4       
30 1       1       H       N       -C      CA
31 1       5       HA      CA      N       C       CB
32 2       6       HB      CB      CG      CA
33 2       3       HD2     ND2     CG      CB
34 ASP     3       
35 1       1       H       N       -C      CA
36 1       5       HA      CA      N       C       CB
37 2       6       HB      CB      CG      CA
38 ASPH    4       
39 1       1       H       N       -C      CA
40 1       5       HA      CA      N       C       CB
41 2       6       HB      CB      CG      CA
42 1       2       HD2     OD2     CG      CB
43 CYS2    3       
44 1       1       H       N       -C      CA
45 1       5       HA      CA      N       C       CB
46 2       6       HB      CB      SG      CA
47 CYSH    4       
48 1       1       H       N       -C      CA
49 1       5       HA      CA      N       C       CB
50 2       6       HB      CB      SG      CA
51 1       2       HG      SG      CB      CA
52 GLN     5       
53 1       1       H       N       -C      CA
54 1       5       HA      CA      N       C       CB
55 2       6       HB      CB      CG      CA
56 2       6       HG      CG      CD      CB
57 2       3       HE2     NE2     CD      CG
58 QLN     6
59 1       1       H       N       -C      CA
60 1       5       HA      CA      N       C       CB
61 2       6       HB      CB      CG      CA
62 2       6       HG      CG      CD      CB
63 2       3       HE2     NE2     CD      CG
64 1       3       HE1     OE1     CD      CG
65 GLU     4       
66 1       1       H       N       -C      CA
67 1       5       HA      CA      N       C       CB
68 2       6       HB      CB      CG      CA
69 2       6       HG      CG      CD      CB
70 PGLU    4       
71 1       1       H       N       CD      CA
72 1       5       HA      CA      N       C       CB
73 2       6       HB      CB      CG      CA
74 2       6       HG      CG      CD      CB
75 GLUH    5       
76 1       1       H       N       -C      CA
77 1       5       HA      CA      N       C       CB
78 2       6       HB      CB      CG      CA
79 2       6       HG      CG      CD      CB
80 1       2       HE2     OE2     CD      CG
81 GLY     2       
82 1       1       H       N       -C      CA
83 2       6       HA      CA      C       N
84 HIS1    6       
85 1       1       H       N       -C      CA
86 1       5       HA      CA      N       C       CB
87 2       6       HB      CB      CG      CA
88 1       1       HD2     CD2     CG      NE2
89 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2
90 1       1       HD1     ND1     CG      CE1
91 HISD    6       
92 1       1       H       N       -C      CA
93 1       5       HA      CA      N       C       CB
94 2       6       HB      CB      CG      CA
95 1       1       HD2     CD2     CG      NE2
96 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2
97 1       1       HD1     ND1     CG      CE1
98 HISE    6       
99 1       1       H       N       -C      CA
100 2       6       HB      CB      CG      CA
101 1       5       HA      CA      N       C       CB
102 1       1       HE2     NE2     CE1     CD2
103 1       1       HD2     CD2     CG      NE2
104 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2
105 HISH    7       
106 1       1       H       N       -C      CA
107 1       5       HA      CA      N       C       CB
108 2       6       HB      CB      CG      CA
109 1       1       HD2     CD2     CG      NE2
110 1       1       HE1     CE1     ND1     NE2
111 1       1       HD1     ND1     CG      CE1
112 1       1       HE2     NE2     CE1     CD2
113 HO4     1       
114 3       10      HW      OW
115 HO5     1       
116 4       11      HW      OW
117 HOH     1       
118 2       7       HW      OW
119 ILE     6       
120 1       1       H       N       -C      CA
121 1       5       HA      CA      N       C       CB
122 1       5       HB      CB      CA      CG1     CG2
123 2       6       HG1     CG1     CD      CB
124 3       4       HG2     CG2     CB      CA
125 3       4       HD      CD      CG1     CB
126 LEU     6       
127 1       1       H       N       -C      CA
128 1       5       HA      CA      N       C       CB
129 2       6       HB      CB      CG      CA
130 1       5       HG      CG      CB      CD1     CD2
131 3       4       HD1     CD1     CG      CB
132 3       4       HD2     CD2     CG      CB
133 LYS     7       
134 1       1       H       N       -C      CA
135 1       5       HA      CA      N       C       CB
136 2       6       HB      CB      CG      CA
137 2       6       HG      CG      CD      CB
138 2       6       HD      CD      CE      CG
139 2       6       HE      CE      NZ      CD
140 2       4       HZ      NZ      CE      CD
141 LYSH    7       
142 1       1       H       N       -C      CA
143 1       5       HA      CA      N       C       CB
144 2       6       HB      CB      CG      CA
145 2       6       HG      CG      CD      CB
146 2       6       HD      CD      CE      CG
147 2       6       HE      CE      NZ      CD
148 3       4       HZ      NZ      CE      CD
149 MET     5       
150 1       1       H       N       -C      CA
151 1       5       HA      CA      N       C       CB
152 2       6       HB      CB      CG      CA
153 2       6       HG      CG      SD      CB
154 3       4       HE      CE      SD      CG
155 NAC     2       
156 1       1       H       N       -C      CH3
157 3       4       HH3     CH3     N       -C
158 NH2     1       
159 2       3       H       N       -C      -CA
160 NHE     1       
161 2       3       H       N       -C      -CA
162 PHE     8       
163 1       1       H       N       -C      CA
164 1       5       HA      CA      N       C       CB
165 2       6       HB      CB      CG      CA
166 1       1       HD1     CD1     CG      CE1
167 1       1       HD2     CD2     CG      CE2
168 1       1       HE1     CE1     CD1     CZ
169 1       1       HE2     CE2     CD2     CZ
170 1       1       HZ      CZ      CE1     CE2
171 PRO     4       
172 1       5       HA      CA      N       C       CB
173 2       6       HB      CB      CG      CA
174 2       6       HG      CG      CD      CB
175 2       6       HD      CD      N       CG
176 SER     4       
177 1       1       H       N       -C      CA
178 1       5       HA      CA      N       C       CB
179 2       6       HB      CB      OG      CA
180 1       2       HG      OG      CB      CA
181 THR     5       
182 1       1       H       N       -C      CA
183 1       5       HA      CA      N       C       CB
184 1       5       HB      CB      CA      OG1     CG2
185 1       2       HG1     OG1     CB      CA
186 3       4       HG2     CG2     CB      CA
187 TRP     9       
188 1       1       H       N       -C      CA
189 1       5       HA      CA      N       C       CB
190 2       6       HB      CB      CG      CA
191 1       1       HD1     CD1     NE1     CG
192 1       1       HE1     NE1     CD1     CE2
193 1       1       HE3     CE3     CD2     CZ3
194 1       1       HZ3     CZ3     CE3     CH2
195 1       1       HH2     CH2     CZ3     CZ2
196 1       1       HZ2     CZ2     CE2     CH2
197 TYR     8       
198 1       1       H       N       -C      CA
199 1       5       HA      CA      N       C       CB
200 2       6       HB      CB      CG      CA
201 1       1       HD1     CD1     CG      CE1
202 1       1       HD2     CD2     CG      CE2
203 1       1       HE1     CE1     CD1     CZ
204 1       1       HE2     CE2     CD2     CZ
205 1       2       HH      OH      CZ      CE1
206 VAL     5       
207 1       1       H       N       -C      CA
208 1       5       HA      CA      N       C       CB
209 1       5       HB      CB      CA      CG1     CG2
210 3       4       HG1     CG1     CB      CA
211 3       4       HG2     CG2     CB      CA
212 DMSO    2
213 3       4       HD1     CD1     SD      OD
214 3       4       HD2     CD2     SD      OD