src/contrib/scripts/ffamber.atp

   1   BR       79.9 ; bromine
   2   C       12.01 ; sp2 C carbonyl group
   3   CA      12.01 ; sp2 C pure aromatic (benzene)
   4   CB      12.01 ; sp2 aromatic C, 5&6 membered ring junction
   5   CC      12.01 ; sp2 aromatic C, 5 memb. ring HIS
   6   CK      12.01 ; sp2 C 5 memb.ring in purines
   7   CM      12.01 ; sp2 C  pyrimidines in pos. 5 & 6
   8   CN      12.01 ; sp2 C aromatic 5&6 memb.ring junct.(TRP)
   9   CQ      12.01 ; sp2 C in 5 mem.ring of purines between 2 N
  10   CR      12.01 ; sp2 arom as CQ but in HIS
  11   CT      12.01 ; sp3 aliphatic C
  12   CV      12.01 ; sp2 arom. 5 memb.ring w/1 N and 1 H (HIS)
  13   CW      12.01 ; sp2 arom. 5 memb.ring w/1 N-H and 1 H (HIS)
  14   C*      12.01 ; sp2 arom. 5 memb.ring w/1 subst. (TRP)
  15   C0      40.08 ; calcium
  16   F          19 ; fluorine
  17   H       1.008 ; H bonded to nitrogen atoms
  18   HC      1.008 ; H aliph. bond. to C without electrwd.group
  19   H1      1.008 ; H aliph. bond. to C with 1 electrwd. group
  20   H2      1.008 ; H aliph. bond. to C with 2 electrwd.groups
  21   H3      1.008 ; H aliph. bond. to C with 3 eletrwd.groups
  22   HA      1.008 ; H arom. bond. to C without elctrwd. groups
  23   H4      1.008 ; H arom. bond. to C with 1 electrwd. group
  24   H5      1.008 ; H arom. bond. to C with 2 electrwd. groups
  25   HO      1.008 ; hydroxyl group
  26   HS      1.008 ; hydrogen bonded to sulphur
  27   HW      1.008 ; H in TIP3P water
  28   HP      1.008 ; H bonded to C next to positively charged gr
  29   I       126.9 ; iodine
  30   IM      35.45 ; assumed to be Cl-
  31   IP      22.99 ; assumed to be Na+
  32   IB        131 ; 'big ion w/ waters' for vacuum (Na+, 6H2O)
  33   MG     24.305 ; magnesium
  34   N       14.01 ; sp2 nitrogen in amide groups
  35   NA      14.01 ; sp2 N in 5 memb.ring w/H atom (HIS)
  36   NB      14.01 ; sp2 N in 5 memb.ring w/LP (HIS,ADE,GUA)
  37   NC      14.01 ; sp2 N in 6 memb.ring w/LP (ADE,GUA)
  38   N2      14.01 ; sp2 N in amino groups
  39   N3      14.01 ; sp3 N for charged amino groups (Lys, etc)
  40   N*      14.01 ; sp2 N
  41   O          16 ; carbonyl group oxygen
  42   OW         16 ; oxygen in TIP3P water
  43   OH         16 ; oxygen in hydroxyl group
  44   OS         16 ; ether and ester oxygen
  45   O2         16 ; carboxyl and phosphate group oxygen
  46   P       30.97 ; phosphate
  47   S       32.06 ; sulphur in disulfide linkage
  48   SH      32.06 ; sulphur in cystine
  49   CU      63.55 ; copper
  50   FE         55 ; iron
  51   Li       6.94 ; lithium
  52   K        39.1 ; potassium
  53   Rb      85.47 ; rubidium
  54   Cs     132.91 ; cesium