Separate table construction
[gromacs/AngularHB.git] / COPYING
blob27a2ccff3d1cd41545a15320ec35c5f990633404
1 GROMACS is free software, distributed under the GNU Lesser General
2 Public License (LGPL) Version 2.1 or (at your option) any later
3 version. See section 1 for details. GROMACS includes optional code
4 covered by several different licences as described below.  The
5 GROMACS package in its entirety may be copied, modified or
6 distributed according to the conditions described in section 1.
7 However, in the interests of clarity and completeness, some
8 individual parts of GROMACS that can be used under their respective
9 licenses are also noted here.
11 This file contains the licenses for the following bodies of code:
12 1. GROMACS
13 2. Trajectory file reading using VMD plugins
14 3. Internal FFT (fftpack)
15 4. thread_mpi
16 5. Blas
17 6. Lapack
18 7. Parts of Boost C++ library
19 8. Google Test and Google Mock
20 9. Sun XDR implementation (External Data Representation)
21 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
22 11. Random123
23 12. md5
24 13. lmfit
26 Our chosen method for packaging distributions (CPack) only permits a
27 package to have a single license file, so we are unfortunately forced
28 to combine all of this information into a single license file. Sorry
29 about that.
31 ============================================
33 1. GROMACS
34 ==========
36 As our use of the LGPL conveys upon a licensee the option to
37 redistribute the library under the terms of the plain GPL, we must
38 include a copy of that GPL for their reference. The applicable GPL
39 license comes after the applicable LGPL license in this file.
41 ============================================
43                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
44                        Version 2.1, February 1999
46  Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc.
47  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
48  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
49  of this license document, but changing it is not allowed.
51 [This is the first released version of the Lesser GPL.  It also counts
52  as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
53  the version number 2.1.]
55                             Preamble
57   The licenses for most software are designed to take away your
58 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
59 Licenses are intended to guarantee your freedom to share and change
60 free software--to make sure the software is free for all its users.
62   This license, the Lesser General Public License, applies to some
63 specially designated software packages--typically libraries--of the
64 Free Software Foundation and other authors who decide to use it.  You
65 can use it too, but we suggest you first think carefully about whether
66 this license or the ordinary General Public License is the better
67 strategy to use in any particular case, based on the explanations below.
69   When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
70 not price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that
71 you have the freedom to distribute copies of free software (and charge
72 for this service if you wish); that you receive source code or can get
73 it if you want it; that you can change the software and use pieces of
74 it in new free programs; and that you are informed that you can do
75 these things.
77   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
78 distributors to deny you these rights or to ask you to surrender these
79 rights.  These restrictions translate to certain responsibilities for
80 you if you distribute copies of the library or if you modify it.
82   For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
83 or for a fee, you must give the recipients all the rights that we gave
84 you.  You must make sure that they, too, receive or can get the source
85 code.  If you link other code with the library, you must provide
86 complete object files to the recipients, so that they can relink them
87 with the library after making changes to the library and recompiling
88 it.  And you must show them these terms so they know their rights.
90   We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright the
91 library, and (2) we offer you this license, which gives you legal
92 permission to copy, distribute and/or modify the library.
94   To protect each distributor, we want to make it very clear that
95 there is no warranty for the free library.  Also, if the library is
96 modified by someone else and passed on, the recipients should know
97 that what they have is not the original version, so that the original
98 author's reputation will not be affected by problems that might be
99 introduced by others.
101   Finally, software patents pose a constant threat to the existence of
102 any free program.  We wish to make sure that a company cannot
103 effectively restrict the users of a free program by obtaining a
104 restrictive license from a patent holder.  Therefore, we insist that
105 any patent license obtained for a version of the library must be
106 consistent with the full freedom of use specified in this license.
108   Most GNU software, including some libraries, is covered by the
109 ordinary GNU General Public License.  This license, the GNU Lesser
110 General Public License, applies to certain designated libraries, and
111 is quite different from the ordinary General Public License.  We use
112 this license for certain libraries in order to permit linking those
113 libraries into non-free programs.
115   When a program is linked with a library, whether statically or using
116 a shared library, the combination of the two is legally speaking a
117 combined work, a derivative of the original library.  The ordinary
118 General Public License therefore permits such linking only if the
119 entire combination fits its criteria of freedom.  The Lesser General
120 Public License permits more lax criteria for linking other code with
121 the library.
123   We call this license the "Lesser" General Public License because it
124 does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
125 Public License.  It also provides other free software developers Less
126 of an advantage over competing non-free programs.  These disadvantages
127 are the reason we use the ordinary General Public License for many
128 libraries.  However, the Lesser license provides advantages in certain
129 special circumstances.
131   For example, on rare occasions, there may be a special need to
132 encourage the widest possible use of a certain library, so that it becomes
133 a de-facto standard.  To achieve this, non-free programs must be
134 allowed to use the library.  A more frequent case is that a free
135 library does the same job as widely used non-free libraries.  In this
136 case, there is little to gain by limiting the free library to free
137 software only, so we use the Lesser General Public License.
139   In other cases, permission to use a particular library in non-free
140 programs enables a greater number of people to use a large body of
141 free software.  For example, permission to use the GNU C Library in
142 non-free programs enables many more people to use the whole GNU
143 operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
144 system.
146   Although the Lesser General Public License is Less protective of the
147 users' freedom, it does ensure that the user of a program that is
148 linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
149 that program using a modified version of the Library.
151   The precise terms and conditions for copying, distribution and
152 modification follow.  Pay close attention to the difference between a
153 "work based on the library" and a "work that uses the library".  The
154 former contains code derived from the library, whereas the latter must
155 be combined with the library in order to run.
157                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
158    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
160   0. This License Agreement applies to any software library or other
161 program which contains a notice placed by the copyright holder or
162 other authorized party saying it may be distributed under the terms of
163 this Lesser General Public License (also called "this License").
164 Each licensee is addressed as "you".
166   A "library" means a collection of software functions and/or data
167 prepared so as to be conveniently linked with application programs
168 (which use some of those functions and data) to form executables.
170   The "Library", below, refers to any such software library or work
171 which has been distributed under these terms.  A "work based on the
172 Library" means either the Library or any derivative work under
173 copyright law: that is to say, a work containing the Library or a
174 portion of it, either verbatim or with modifications and/or translated
175 straightforwardly into another language.  (Hereinafter, translation is
176 included without limitation in the term "modification".)
178   "Source code" for a work means the preferred form of the work for
179 making modifications to it.  For a library, complete source code means
180 all the source code for all modules it contains, plus any associated
181 interface definition files, plus the scripts used to control compilation
182 and installation of the library.
184   Activities other than copying, distribution and modification are not
185 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
186 running a program using the Library is not restricted, and output from
187 such a program is covered only if its contents constitute a work based
188 on the Library (independent of the use of the Library in a tool for
189 writing it).  Whether that is true depends on what the Library does
190 and what the program that uses the Library does.
192   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
193 complete source code as you receive it, in any medium, provided that
194 you conspicuously and appropriately publish on each copy an
195 appropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
196 all the notices that refer to this License and to the absence of any
197 warranty; and distribute a copy of this License along with the
198 Library.
200   You may charge a fee for the physical act of transferring a copy,
201 and you may at your option offer warranty protection in exchange for a
202 fee.
204   2. You may modify your copy or copies of the Library or any portion
205 of it, thus forming a work based on the Library, and copy and
206 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
207 above, provided that you also meet all of these conditions:
209     a) The modified work must itself be a software library.
211     b) You must cause the files modified to carry prominent notices
212     stating that you changed the files and the date of any change.
214     c) You must cause the whole of the work to be licensed at no
215     charge to all third parties under the terms of this License.
217     d) If a facility in the modified Library refers to a function or a
218     table of data to be supplied by an application program that uses
219     the facility, other than as an argument passed when the facility
220     is invoked, then you must make a good faith effort to ensure that,
221     in the event an application does not supply such function or
222     table, the facility still operates, and performs whatever part of
223     its purpose remains meaningful.
225     (For example, a function in a library to compute square roots has
226     a purpose that is entirely well-defined independent of the
227     application.  Therefore, Subsection 2d requires that any
228     application-supplied function or table used by this function must
229     be optional: if the application does not supply it, the square
230     root function must still compute square roots.)
232 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
233 identifiable sections of that work are not derived from the Library,
234 and can be reasonably considered independent and separate works in
235 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
236 sections when you distribute them as separate works.  But when you
237 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
238 on the Library, the distribution of the whole must be on the terms of
239 this License, whose permissions for other licensees extend to the
240 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
243 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
244 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
245 exercise the right to control the distribution of derivative or
246 collective works based on the Library.
248 In addition, mere aggregation of another work not based on the Library
249 with the Library (or with a work based on the Library) on a volume of
250 a storage or distribution medium does not bring the other work under
251 the scope of this License.
253   3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
254 License instead of this License to a given copy of the Library.  To do
255 this, you must alter all the notices that refer to this License, so
256 that they refer to the ordinary GNU General Public License, version 2,
257 instead of to this License.  (If a newer version than version 2 of the
258 ordinary GNU General Public License has appeared, then you can specify
259 that version instead if you wish.)  Do not make any other change in
260 these notices.
262   Once this change is made in a given copy, it is irreversible for
263 that copy, so the ordinary GNU General Public License applies to all
264 subsequent copies and derivative works made from that copy.
266   This option is useful when you wish to copy part of the code of
267 the Library into a program that is not a library.
269   4. You may copy and distribute the Library (or a portion or
270 derivative of it, under Section 2) in object code or executable form
271 under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
272 it with the complete corresponding machine-readable source code, which
273 must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a
274 medium customarily used for software interchange.
276   If distribution of object code is made by offering access to copy
277 from a designated place, then offering equivalent access to copy the
278 source code from the same place satisfies the requirement to
279 distribute the source code, even though third parties are not
280 compelled to copy the source along with the object code.
282   5. A program that contains no derivative of any portion of the
283 Library, but is designed to work with the Library by being compiled or
284 linked with it, is called a "work that uses the Library".  Such a
285 work, in isolation, is not a derivative work of the Library, and
286 therefore falls outside the scope of this License.
288   However, linking a "work that uses the Library" with the Library
289 creates an executable that is a derivative of the Library (because it
290 contains portions of the Library), rather than a "work that uses the
291 library".  The executable is therefore covered by this License.
292 Section 6 states terms for distribution of such executables.
294   When a "work that uses the Library" uses material from a header file
295 that is part of the Library, the object code for the work may be a
296 derivative work of the Library even though the source code is not.
297 Whether this is true is especially significant if the work can be
298 linked without the Library, or if the work is itself a library.  The
299 threshold for this to be true is not precisely defined by law.
301   If such an object file uses only numerical parameters, data
302 structure layouts and accessors, and small macros and small inline
303 functions (ten lines or less in length), then the use of the object
304 file is unrestricted, regardless of whether it is legally a derivative
305 work.  (Executables containing this object code plus portions of the
306 Library will still fall under Section 6.)
308   Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
309 distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
310 Any executables containing that work also fall under Section 6,
311 whether or not they are linked directly with the Library itself.
313   6. As an exception to the Sections above, you may also combine or
314 link a "work that uses the Library" with the Library to produce a
315 work containing portions of the Library, and distribute that work
316 under terms of your choice, provided that the terms permit
317 modification of the work for the customer's own use and reverse
318 engineering for debugging such modifications.
320   You must give prominent notice with each copy of the work that the
321 Library is used in it and that the Library and its use are covered by
322 this License.  You must supply a copy of this License.  If the work
323 during execution displays copyright notices, you must include the
324 copyright notice for the Library among them, as well as a reference
325 directing the user to the copy of this License.  Also, you must do one
326 of these things:
328     a) Accompany the work with the complete corresponding
329     machine-readable source code for the Library including whatever
330     changes were used in the work (which must be distributed under
331     Sections 1 and 2 above); and, if the work is an executable linked
332     with the Library, with the complete machine-readable "work that
333     uses the Library", as object code and/or source code, so that the
334     user can modify the Library and then relink to produce a modified
335     executable containing the modified Library.  (It is understood
336     that the user who changes the contents of definitions files in the
337     Library will not necessarily be able to recompile the application
338     to use the modified definitions.)
340     b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
341     Library.  A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a
342     copy of the library already present on the user's computer system,
343     rather than copying library functions into the executable, and (2)
344     will operate properly with a modified version of the library, if
345     the user installs one, as long as the modified version is
346     interface-compatible with the version that the work was made with.
348     c) Accompany the work with a written offer, valid for at
349     least three years, to give the same user the materials
350     specified in Subsection 6a, above, for a charge no more
351     than the cost of performing this distribution.
353     d) If distribution of the work is made by offering access to copy
354     from a designated place, offer equivalent access to copy the above
355     specified materials from the same place.
357     e) Verify that the user has already received a copy of these
358     materials or that you have already sent this user a copy.
360   For an executable, the required form of the "work that uses the
361 Library" must include any data and utility programs needed for
362 reproducing the executable from it.  However, as a special exception,
363 the materials to be distributed need not include anything that is
364 normally distributed (in either source or binary form) with the major
365 components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
366 which the executable runs, unless that component itself accompanies
367 the executable.
369   It may happen that this requirement contradicts the license
370 restrictions of other proprietary libraries that do not normally
371 accompany the operating system.  Such a contradiction means you cannot
372 use both them and the Library together in an executable that you
373 distribute.
375   7. You may place library facilities that are a work based on the
376 Library side-by-side in a single library together with other library
377 facilities not covered by this License, and distribute such a combined
378 library, provided that the separate distribution of the work based on
379 the Library and of the other library facilities is otherwise
380 permitted, and provided that you do these two things:
382     a) Accompany the combined library with a copy of the same work
383     based on the Library, uncombined with any other library
384     facilities.  This must be distributed under the terms of the
385     Sections above.
387     b) Give prominent notice with the combined library of the fact
388     that part of it is a work based on the Library, and explaining
389     where to find the accompanying uncombined form of the same work.
391   8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute
392 the Library except as expressly provided under this License.  Any
393 attempt otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or
394 distribute the Library is void, and will automatically terminate your
395 rights under this License.  However, parties who have received copies,
396 or rights, from you under this License will not have their licenses
397 terminated so long as such parties remain in full compliance.
399   9. You are not required to accept this License, since you have not
400 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
401 distribute the Library or its derivative works.  These actions are
402 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
403 modifying or distributing the Library (or any work based on the
404 Library), you indicate your acceptance of this License to do so, and
405 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
406 the Library or works based on it.
408   10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
409 Library), the recipient automatically receives a license from the
410 original licensor to copy, distribute, link with or modify the Library
411 subject to these terms and conditions.  You may not impose any further
412 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
413 You are not responsible for enforcing compliance by third parties with
414 this License.
416   11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
417 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
418 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
419 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
420 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
421 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
422 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
423 may not distribute the Library at all.  For example, if a patent
424 license would not permit royalty-free redistribution of the Library by
425 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
426 the only way you could satisfy both it and this License would be to
427 refrain entirely from distribution of the Library.
429 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under any
430 particular circumstance, the balance of the section is intended to apply,
431 and the section as a whole is intended to apply in other circumstances.
433 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
434 patents or other property right claims or to contest validity of any
435 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
436 integrity of the free software distribution system which is
437 implemented by public license practices.  Many people have made
438 generous contributions to the wide range of software distributed
439 through that system in reliance on consistent application of that
440 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
441 to distribute software through any other system and a licensee cannot
442 impose that choice.
444 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
445 be a consequence of the rest of this License.
447   12. If the distribution and/or use of the Library is restricted in
448 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
449 original copyright holder who places the Library under this License may add
450 an explicit geographical distribution limitation excluding those countries,
451 so that distribution is permitted only in or among countries not thus
452 excluded.  In such case, this License incorporates the limitation as if
453 written in the body of this License.
455   13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
456 versions of the Lesser General Public License from time to time.
457 Such new versions will be similar in spirit to the present version,
458 but may differ in detail to address new problems or concerns.
460 Each version is given a distinguishing version number.  If the Library
461 specifies a version number of this License which applies to it and
462 "any later version", you have the option of following the terms and
463 conditions either of that version or of any later version published by
464 the Free Software Foundation.  If the Library does not specify a
465 license version number, you may choose any version ever published by
466 the Free Software Foundation.
468   14. If you wish to incorporate parts of the Library into other free
469 programs whose distribution conditions are incompatible with these,
470 write to the author to ask for permission.  For software which is
471 copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
472 Software Foundation; we sometimes make exceptions for this.  Our
473 decision will be guided by the two goals of preserving the free status
474 of all derivatives of our free software and of promoting the sharing
475 and reuse of software generally.
477                             NO WARRANTY
479   15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
480 WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
481 EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
482 OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
483 KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
484 IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
485 PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
486 LIBRARY IS WITH YOU.  SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
487 THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
489   16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN
490 WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
491 AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU
492 FOR DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR
493 CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
494 LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
495 RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
496 FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER SOFTWARE), EVEN IF
497 SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
498 DAMAGES.
500                      END OF TERMS AND CONDITIONS
502            How to Apply These Terms to Your New Libraries
504   If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
505 possible use to the public, we recommend making it free software that
506 everyone can redistribute and change.  You can do so by permitting
507 redistribution under these terms (or, alternatively, under the terms of the
508 ordinary General Public License).
510   To apply these terms, attach the following notices to the library.  It is
511 safest to attach them to the start of each source file to most effectively
512 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least the
513 "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
515     <one line to give the library's name and a brief idea of what it does.>
516     Copyright (C) <year>  <name of author>
518     This library is free software; you can redistribute it and/or
519     modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
520     License as published by the Free Software Foundation; either
521     version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
523     This library is distributed in the hope that it will be useful,
524     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
525     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
526     Lesser General Public License for more details.
528     You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
529     License along with this library; if not, write to the Free Software
530     Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
532 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
534 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
535 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the library, if
536 necessary.  Here is a sample; alter the names:
538   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the
539   library `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random Hacker.
541   <signature of Ty Coon>, 1 April 1990
542   Ty Coon, President of Vice
544 That's all there is to it!
546 ============================================
548                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
549                        Version 2, June 1991
551  Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.,
552  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
553  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
554  of this license document, but changing it is not allowed.
556                             Preamble
558   The licenses for most software are designed to take away your
559 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
560 License is intended to guarantee your freedom to share and change free
561 software--to make sure the software is free for all its users.  This
562 General Public License applies to most of the Free Software
563 Foundation's software and to any other program whose authors commit to
564 using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
565 the GNU Lesser General Public License instead.)  You can apply it to
566 your programs, too.
568   When we speak of free software, we are referring to freedom, not
569 price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
570 have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
571 this service if you wish), that you receive source code or can get it
572 if you want it, that you can change the software or use pieces of it
573 in new free programs; and that you know you can do these things.
575   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
576 anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
577 These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
578 distribute copies of the software, or if you modify it.
580   For example, if you distribute copies of such a program, whether
581 gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
582 you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
583 source code.  And you must show them these terms so they know their
584 rights.
586   We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
587 (2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
588 distribute and/or modify the software.
590   Also, for each author's protection and ours, we want to make certain
591 that everyone understands that there is no warranty for this free
592 software.  If the software is modified by someone else and passed on, we
593 want its recipients to know that what they have is not the original, so
594 that any problems introduced by others will not reflect on the original
595 authors' reputations.
597   Finally, any free program is threatened constantly by software
598 patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free
599 program will individually obtain patent licenses, in effect making the
600 program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
601 patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.
603   The precise terms and conditions for copying, distribution and
604 modification follow.
606                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
607    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
609   0. This License applies to any program or other work which contains
610 a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
611 under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
612 refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
613 means either the Program or any derivative work under copyright law:
614 that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
615 either verbatim or with modifications and/or translated into another
616 language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
617 the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
619 Activities other than copying, distribution and modification are not
620 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
621 running the Program is not restricted, and the output from the Program
622 is covered only if its contents constitute a work based on the
623 Program (independent of having been made by running the Program).
624 Whether that is true depends on what the Program does.
626   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
627 source code as you receive it, in any medium, provided that you
628 conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
629 copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
630 notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
631 and give any other recipients of the Program a copy of this License
632 along with the Program.
634 You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
635 you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
637   2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion
638 of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
639 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
640 above, provided that you also meet all of these conditions:
642     a) You must cause the modified files to carry prominent notices
643     stating that you changed the files and the date of any change.
645     b) You must cause any work that you distribute or publish, that in
646     whole or in part contains or is derived from the Program or any
647     part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third
648     parties under the terms of this License.
650     c) If the modified program normally reads commands interactively
651     when run, you must cause it, when started running for such
652     interactive use in the most ordinary way, to print or display an
653     announcement including an appropriate copyright notice and a
654     notice that there is no warranty (or else, saying that you provide
655     a warranty) and that users may redistribute the program under
656     these conditions, and telling the user how to view a copy of this
657     License.  (Exception: if the Program itself is interactive but
658     does not normally print such an announcement, your work based on
659     the Program is not required to print an announcement.)
661 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
662 identifiable sections of that work are not derived from the Program,
663 and can be reasonably considered independent and separate works in
664 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
665 sections when you distribute them as separate works.  But when you
666 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
667 on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of
668 this License, whose permissions for other licensees extend to the
669 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
671 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
672 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
673 exercise the right to control the distribution of derivative or
674 collective works based on the Program.
676 In addition, mere aggregation of another work not based on the Program
677 with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
678 a storage or distribution medium does not bring the other work under
679 the scope of this License.
681   3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
682 under Section 2) in object code or executable form under the terms of
683 Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:
685     a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
686     source code, which must be distributed under the terms of Sections
687     1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
689     b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
690     years, to give any third party, for a charge no more than your
691     cost of physically performing source distribution, a complete
692     machine-readable copy of the corresponding source code, to be
693     distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
694     customarily used for software interchange; or,
696     c) Accompany it with the information you received as to the offer
697     to distribute corresponding source code.  (This alternative is
698     allowed only for noncommercial distribution and only if you
699     received the program in object code or executable form with such
700     an offer, in accord with Subsection b above.)
702 The source code for a work means the preferred form of the work for
703 making modifications to it.  For an executable work, complete source
704 code means all the source code for all modules it contains, plus any
705 associated interface definition files, plus the scripts used to
706 control compilation and installation of the executable.  However, as a
707 special exception, the source code distributed need not include
708 anything that is normally distributed (in either source or binary
709 form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
710 operating system on which the executable runs, unless that component
711 itself accompanies the executable.
713 If distribution of executable or object code is made by offering
714 access to copy from a designated place, then offering equivalent
715 access to copy the source code from the same place counts as
716 distribution of the source code, even though third parties are not
717 compelled to copy the source along with the object code.
719   4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
720 except as expressly provided under this License.  Any attempt
721 otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
722 void, and will automatically terminate your rights under this License.
723 However, parties who have received copies, or rights, from you under
724 this License will not have their licenses terminated so long as such
725 parties remain in full compliance.
727   5. You are not required to accept this License, since you have not
728 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
729 distribute the Program or its derivative works.  These actions are
730 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
731 modifying or distributing the Program (or any work based on the
732 Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
733 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
734 the Program or works based on it.
736   6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
737 Program), the recipient automatically receives a license from the
738 original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
739 these terms and conditions.  You may not impose any further
740 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
741 You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
742 this License.
744   7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
745 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
746 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
747 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
748 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
749 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
750 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
751 may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
752 license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
753 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
754 the only way you could satisfy both it and this License would be to
755 refrain entirely from distribution of the Program.
757 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
758 any particular circumstance, the balance of the section is intended to
759 apply and the section as a whole is intended to apply in other
760 circumstances.
762 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
763 patents or other property right claims or to contest validity of any
764 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
765 integrity of the free software distribution system, which is
766 implemented by public license practices.  Many people have made
767 generous contributions to the wide range of software distributed
768 through that system in reliance on consistent application of that
769 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
770 to distribute software through any other system and a licensee cannot
771 impose that choice.
773 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
774 be a consequence of the rest of this License.
776   8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
777 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
778 original copyright holder who places the Program under this License
779 may add an explicit geographical distribution limitation excluding
780 those countries, so that distribution is permitted only in or among
781 countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
782 the limitation as if written in the body of this License.
784   9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
785 of the General Public License from time to time.  Such new versions will
786 be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
787 address new problems or concerns.
789 Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
790 specifies a version number of this License which applies to it and "any
791 later version", you have the option of following the terms and conditions
792 either of that version or of any later version published by the Free
793 Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
794 this License, you may choose any version ever published by the Free Software
795 Foundation.
797   10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
798 programs whose distribution conditions are different, write to the author
799 to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
800 Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
801 make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
802 of preserving the free status of all derivatives of our free software and
803 of promoting the sharing and reuse of software generally.
805                             NO WARRANTY
807   11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
808 FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
809 OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
810 PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
811 OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
812 MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
813 TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
814 PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
815 REPAIR OR CORRECTION.
817   12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
818 WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
819 REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
820 INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
821 OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
822 TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
823 YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
824 PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
825 POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
827                      END OF TERMS AND CONDITIONS
829             How to Apply These Terms to Your New Programs
831   If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
832 possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
833 free software which everyone can redistribute and change under these terms.
835   To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
836 to attach them to the start of each source file to most effectively
837 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least
838 the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
840     <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>
841     Copyright (C) <year>  <name of author>
843     This program is free software; you can redistribute it and/or modify
844     it under the terms of the GNU General Public License as published by
845     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
846     (at your option) any later version.
848     This program is distributed in the hope that it will be useful,
849     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
850     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
851     GNU General Public License for more details.
853     You should have received a copy of the GNU General Public License along
854     with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
855     51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
857 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
859 If the program is interactive, make it output a short notice like this
860 when it starts in an interactive mode:
862     Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author
863     Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
864     This is free software, and you are welcome to redistribute it
865     under certain conditions; type `show c' for details.
867 The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
868 parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may
869 be called something other than `show w' and `show c'; they could even be
870 mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
872 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
873 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if
874 necessary.  Here is a sample; alter the names:
876   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
877   `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
879   <signature of Ty Coon>, 1 April 1989
880   Ty Coon, President of Vice
882 This General Public License does not permit incorporating your program into
883 proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
884 consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
885 library.  If this is what you want to do, use the GNU Lesser General
886 Public License instead of this License.
888 2. Trajectory file reading using VMD plugins
889 ============================================
891    Files: src/external/vmd_molfile/
892           src/gromacs/fileio/vmdio.c
894                 (C) Copyright 1995-2009 The Board of Trustees of the
895                             University of Illinois
896                              All Rights Reserved
898 Developed by:           Theoretical and Computational Biophysics Group
899                         University of Illinois at Urbana-Champaign
900                         http://www.ks.uiuc.edu/
902 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of
903 this software and associated documentation files (the Software), to deal with
904 the Software without restriction, including without limitation the rights to
905 use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies
906 of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to
907 do so, subject to the following conditions:
909 Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
910 this list of conditions and the following disclaimers.
912 Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
913 this list of conditions and the following disclaimers in the documentation
914 and/or other materials provided with the distribution.
916 Neither the names of Theoretical and Computational Biophysics Group,
917 University of Illinois at Urbana-Champaign, nor the names of its contributors
918 may be used to endorse or promote products derived from this Software without
919 specific prior written permission.
921 THE SOFTWARE IS PROVIDED AS IS, WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
922 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
923 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.  IN NO EVENT SHALL
924 THE CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR
925 OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
926 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR
927 OTHER DEALINGS WITH THE SOFTWARE.
929 3. Internal FFT (ffpack)
930 ========================
932    Files: src/external/fftpack/fftpack.c
934 Copyright (c) 2005-2011, NumPy Developers.
935 All rights reserved.
937 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
938 modification, are permitted provided that the following conditions are
939 met:
941     * Redistributions of source code must retain the above copyright
942        notice, this list of conditions and the following disclaimer.
944     * Redistributions in binary form must reproduce the above
945        copyright notice, this list of conditions and the following
946        disclaimer in the documentation and/or other materials provided
947        with the distribution.
949     * Neither the name of the NumPy Developers nor the names of any
950        contributors may be used to endorse or promote products derived
951        from this software without specific prior written permission.
953 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
954 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
955 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
956 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
957 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
958 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
959 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
960 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
961 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
962 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
963 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
965 fftpack.c : A set of FFT routines in C.
966 Algorithmically based on Fortran-77 FFTPACK by Paul N. Swarztrauber (Version 4, 1985).
968 4. thread_mpi
969 =============
971    Files: src/external/thread_mpi/
973 Copyright (c) 2009-2012, Sander Pronk & Erik Lindahl.
974 All rights reserved.
976 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
977 modification, are permitted provided that the following conditions are met:
978 1) Redistributions of source code must retain the above copyright
979    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
980 2) Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
981    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
982    documentation and/or other materials provided with the distribution.
983 3) Neither the name of the <organization> nor the
984    names of its contributors may be used to endorse or promote products
985    derived from this software without specific prior written permission.
987 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY US ''AS IS'' AND ANY
988 EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
989 WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
990 DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL <copyright holder> BE LIABLE FOR ANY
991 DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
992 (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
993 LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND
994 ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
995 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
996 SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
998 If you want to redistribute modifications, please consider that
999 scientific software is very special. Version control is crucial -
1000 bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
1001 inclusion in the official distribution, but derived work should not
1002 be called official thread_mpi.
1004 5. Blas
1005 =======
1007 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib BLAS library.
1008 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1009 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the GROMACS developers, and
1010 not the reference BLAS implementation.
1012 The reference BLAS implementation is available from http://www.netlib.org/blas
1014 BLAS does not come with a formal named "license", but a general statement that
1016 "The reference BLAS is a freely-available software package. It is available from netlib
1017 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1018 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1020 While the rest of GROMACS is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1021 our modified BLAS files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1022 However, be warned that we have only tested that they to the right thing in the cases used
1023 in GROMACS (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1024 better idea to use the full reference implementation.
1026 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1028 6. Lapack
1029 =========
1031 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib LAPACK library.
1032 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1033 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the GROMACS developers, and
1034 not the reference LAPACK implementation.
1036 The reference LAPACK implementation is available from http://www.netlib.org/lapack
1038 LAPACK does not come with a formal named "license", but a general statement saying:
1040 "The reference LAPACK is a freely-available software package. It is available from netlib
1041 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1042 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1044 While the rest of GROMACS is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1045 our modified LAPACK files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1047 However, be warned that we have only tested that they to the right thing in the cases used
1048 in GROMACS (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1049 better idea to use the full reference implementation.
1051 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1053 7. Parts of Boost C++ library
1054 =============================
1056    Files: src/gromacs/utility/current_functin.h
1058 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1060 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1061 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1062 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1063 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1064 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1065 do so, all subject to the following:
1067 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1068 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1069 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1070 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1071 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1072 a source language processor.
1074 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1075 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1076 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1077 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1078 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1079 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1080 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1082 8. Google Test and Google Mock
1083 ===============================
1085    Files: src/external/gmock-1.7.0/*
1087 Copyright 2008, Google Inc.
1088 All rights reserved.
1090 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1091 modification, are permitted provided that the following conditions are
1092 met:
1094     * Redistributions of source code must retain the above copyright
1095 notice, this list of conditions and the following disclaimer.
1096     * Redistributions in binary form must reproduce the above
1097 copyright notice, this list of conditions and the following disclaimer
1098 in the documentation and/or other materials provided with the
1099 distribution.
1100     * Neither the name of Google Inc. nor the names of its
1101 contributors may be used to endorse or promote products derived from
1102 this software without specific prior written permission.
1104 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
1105 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
1106 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
1107 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
1108 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
1109 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
1110 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
1111 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
1112 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
1113 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
1114 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1117 9. Sun Extensible Data Representation routines (XDR)
1118 =====================================================
1120     Files: src/gromacs/fileio/gmx_system_xdr.c
1122 Sun RPC is a product of Sun Microsystems, Inc. and is provided for
1123 unrestricted use provided that this legend is included on all tape
1124 media and as a part of the software program in whole or part.  Users
1125 may copy or modify Sun RPC without charge, but are not authorized
1126 to license or distribute it to anyone else except as part of a product or
1127 program developed by the user.
1129 SUN RPC IS PROVIDED AS IS WITH NO WARRANTIES OF ANY KIND INCLUDING THE
1130 WARRANTIES OF DESIGN, MERCHANTIBILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
1131 PURPOSE, OR ARISING FROM A COURSE OF DEALING, USAGE OR TRADE PRACTICE.
1133 Sun RPC is provided with no support and without any obligation on the
1134 part of Sun Microsystems, Inc. to assist in its use, correction,
1135 modification or enhancement.
1137 SUN MICROSYSTEMS, INC. SHALL HAVE NO LIABILITY WITH RESPECT TO THE
1138 INFRINGEMENT OF COPYRIGHTS, TRADE SECRETS OR ANY PATENTS BY SUN RPC
1139 OR ANY PART THEREOF.
1141 In no event will Sun Microsystems, Inc. be liable for any lost revenue
1142 or profits or other special, indirect and consequential damages, even if
1143 Sun has been advised of the possibility of such damages.
1145 Sun Microsystems, Inc.
1146 2550 Garcia Avenue
1147 Mountain View, California  94043
1150 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
1151 ===================================================
1153     Files: src/gromacs/math/utilities.c
1155 Copyright (C) 1993 by Sun Microsystems, Inc. All rights reserved.
1157 Developed at SunSoft, a Sun Microsystems, Inc. business.
1158 Permission to use, copy, modify, and distribute this
1159 software is freely granted, provided that this notice
1160 is preserved.
1163 11. Random123
1164 ============================================
1166 Copyright 2010-2012, D. E. Shaw Research.
1167 All rights reserved.
1169 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1170 modification, are permitted provided that the following conditions are
1171 met:
1173 * Redistributions of source code must retain the above copyright
1174   notice, this list of conditions, and the following disclaimer.
1176 * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
1177   notice, this list of conditions, and the following disclaimer in the
1178   documentation and/or other materials provided with the distribution.
1180 * Neither the name of D. E. Shaw Research nor the names of its
1181   contributors may be used to endorse or promote products derived from
1182   this software without specific prior written permission.
1184 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
1185 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
1186 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
1187 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
1188 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
1189 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
1190 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
1191 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
1192 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
1193 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
1194 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1197 12. md5
1198 ============================================
1200 Copyright (C) 1999, 2002 Aladdin Enterprises.  All rights reserved.
1202 This software is provided 'as-is', without any express or implied
1203 warranty.  In no event will the authors be held liable for any damages
1204 arising from the use of this software.
1206 Permission is granted to anyone to use this software for any purpose,
1207 including commercial applications, and to alter it and redistribute it
1208 freely, subject to the following restrictions:
1210 1. The origin of this software must not be misrepresented; you must not
1211   claim that you wrote the original software. If you use this software
1212   in a product, an acknowledgment in the product documentation would be
1213   appreciated but is not required.
1214 2. Altered source versions must be plainly marked as such, and must not be
1215   misrepresented as being the original software.
1216 3. This notice may not be removed or altered from any source distribution.
1218 L. Peter Deutsch
1219 ghost@aladdin.com
1221 13. lmfit
1222 ============================================
1223 The package lmfit is distributed under the FreeBSD License:
1226   Copyright (c) 1980-1999 University of Chicago,
1227                           as operator of Argonne National Laboratory
1228   Copyright (c) 2004-2013 Joachim Wuttke, Forschungszentrum Juelich GmbH
1230   All rights reserved.
1232   Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1233   modification, are permitted provided that the following conditions are met:
1235   - Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
1236     this list of conditions and the following disclaimer.
1237   - Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
1238     this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
1239     and/or other materials provided with the distribution.
1241   This software is provided by the copyright holders and contributors "as is"
1242   and any express or implied warranties, including, but not limited to, the
1243   implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose
1244   are disclaimed. In no event shall the copyright holder or contributors
1245   be liable for any direct, indirect, incidental, special, exemplary, or
1246   consequential damages (including, but not limited to, procurement of
1247   substitute goods or services; loss of use, data, or profits; or business
1248   interruption) however caused and on any theory of liability, whether in
1249   contract, strict liability, or tort (including negligence or otherwise)
1250   arising in any way out of the use of this software, even if advised of the
1251   possibility of such damage.