Add gmx_getpid()
[gromacs/AngularHB.git] / COPYING
blobdddffe127ded8cb5974072599aaeb7641c571e4a
1 GROMACS is free software, distributed under the GNU Lesser General
2 Public License (LGPL) Version 2.1. See section 1 for details. GROMACS
3 includes optional code covered by several different licences as
4 described below.  The GROMACS package in its entirety may be copied,
5 modified or distributed according to the conditions described in
6 section 1.  However, in the interests of clarity and completeness,
7 some individual parts of GROMACS that can be used under their
8 respective licenses are also noted here.
10 This file contains the licenses for the following bodies of code:
11 1. GROMACS
12 2. Trajectory file reading using VMD plugins
13 3. Internal FFT (fftpack)
14 4. thread_mpi
15 5. Blas
16 6. Lapack
17 7. Subset of Boost C++ library
18 8. Google Test and Google Mock
19 9. Sun XDR implementation (External Data Representation)
20 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
21 11. Random123
22 12. md5
24 Our chosen method for packaging distributions (CPack) only permits a
25 package to have a single license file, so we are unfortunately forced
26 to combine all of this information into a single license file. Sorry
27 about that.
29 ============================================
31 1. GROMACS
32 ==========
34 As our use of the LGPL conveys upon a licensee the option to
35 redistribute the library under the terms of the plain GPL, we must
36 include a copy of that GPL for their reference. The applicable GPL
37 license comes after the applicable LGPL license in this file.
39 ============================================
41                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
42                        Version 2.1, February 1999
44  Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc.
45  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
46  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
47  of this license document, but changing it is not allowed.
49 [This is the first released version of the Lesser GPL.  It also counts
50  as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
51  the version number 2.1.]
53                             Preamble
55   The licenses for most software are designed to take away your
56 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
57 Licenses are intended to guarantee your freedom to share and change
58 free software--to make sure the software is free for all its users.
60   This license, the Lesser General Public License, applies to some
61 specially designated software packages--typically libraries--of the
62 Free Software Foundation and other authors who decide to use it.  You
63 can use it too, but we suggest you first think carefully about whether
64 this license or the ordinary General Public License is the better
65 strategy to use in any particular case, based on the explanations below.
67   When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
68 not price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that
69 you have the freedom to distribute copies of free software (and charge
70 for this service if you wish); that you receive source code or can get
71 it if you want it; that you can change the software and use pieces of
72 it in new free programs; and that you are informed that you can do
73 these things.
75   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
76 distributors to deny you these rights or to ask you to surrender these
77 rights.  These restrictions translate to certain responsibilities for
78 you if you distribute copies of the library or if you modify it.
80   For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
81 or for a fee, you must give the recipients all the rights that we gave
82 you.  You must make sure that they, too, receive or can get the source
83 code.  If you link other code with the library, you must provide
84 complete object files to the recipients, so that they can relink them
85 with the library after making changes to the library and recompiling
86 it.  And you must show them these terms so they know their rights.
88   We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright the
89 library, and (2) we offer you this license, which gives you legal
90 permission to copy, distribute and/or modify the library.
92   To protect each distributor, we want to make it very clear that
93 there is no warranty for the free library.  Also, if the library is
94 modified by someone else and passed on, the recipients should know
95 that what they have is not the original version, so that the original
96 author's reputation will not be affected by problems that might be
97 introduced by others.
99   Finally, software patents pose a constant threat to the existence of
100 any free program.  We wish to make sure that a company cannot
101 effectively restrict the users of a free program by obtaining a
102 restrictive license from a patent holder.  Therefore, we insist that
103 any patent license obtained for a version of the library must be
104 consistent with the full freedom of use specified in this license.
106   Most GNU software, including some libraries, is covered by the
107 ordinary GNU General Public License.  This license, the GNU Lesser
108 General Public License, applies to certain designated libraries, and
109 is quite different from the ordinary General Public License.  We use
110 this license for certain libraries in order to permit linking those
111 libraries into non-free programs.
113   When a program is linked with a library, whether statically or using
114 a shared library, the combination of the two is legally speaking a
115 combined work, a derivative of the original library.  The ordinary
116 General Public License therefore permits such linking only if the
117 entire combination fits its criteria of freedom.  The Lesser General
118 Public License permits more lax criteria for linking other code with
119 the library.
121   We call this license the "Lesser" General Public License because it
122 does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
123 Public License.  It also provides other free software developers Less
124 of an advantage over competing non-free programs.  These disadvantages
125 are the reason we use the ordinary General Public License for many
126 libraries.  However, the Lesser license provides advantages in certain
127 special circumstances.
129   For example, on rare occasions, there may be a special need to
130 encourage the widest possible use of a certain library, so that it becomes
131 a de-facto standard.  To achieve this, non-free programs must be
132 allowed to use the library.  A more frequent case is that a free
133 library does the same job as widely used non-free libraries.  In this
134 case, there is little to gain by limiting the free library to free
135 software only, so we use the Lesser General Public License.
137   In other cases, permission to use a particular library in non-free
138 programs enables a greater number of people to use a large body of
139 free software.  For example, permission to use the GNU C Library in
140 non-free programs enables many more people to use the whole GNU
141 operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
142 system.
144   Although the Lesser General Public License is Less protective of the
145 users' freedom, it does ensure that the user of a program that is
146 linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
147 that program using a modified version of the Library.
149   The precise terms and conditions for copying, distribution and
150 modification follow.  Pay close attention to the difference between a
151 "work based on the library" and a "work that uses the library".  The
152 former contains code derived from the library, whereas the latter must
153 be combined with the library in order to run.
155                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
156    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
158   0. This License Agreement applies to any software library or other
159 program which contains a notice placed by the copyright holder or
160 other authorized party saying it may be distributed under the terms of
161 this Lesser General Public License (also called "this License").
162 Each licensee is addressed as "you".
164   A "library" means a collection of software functions and/or data
165 prepared so as to be conveniently linked with application programs
166 (which use some of those functions and data) to form executables.
168   The "Library", below, refers to any such software library or work
169 which has been distributed under these terms.  A "work based on the
170 Library" means either the Library or any derivative work under
171 copyright law: that is to say, a work containing the Library or a
172 portion of it, either verbatim or with modifications and/or translated
173 straightforwardly into another language.  (Hereinafter, translation is
174 included without limitation in the term "modification".)
176   "Source code" for a work means the preferred form of the work for
177 making modifications to it.  For a library, complete source code means
178 all the source code for all modules it contains, plus any associated
179 interface definition files, plus the scripts used to control compilation
180 and installation of the library.
182   Activities other than copying, distribution and modification are not
183 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
184 running a program using the Library is not restricted, and output from
185 such a program is covered only if its contents constitute a work based
186 on the Library (independent of the use of the Library in a tool for
187 writing it).  Whether that is true depends on what the Library does
188 and what the program that uses the Library does.
190   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
191 complete source code as you receive it, in any medium, provided that
192 you conspicuously and appropriately publish on each copy an
193 appropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
194 all the notices that refer to this License and to the absence of any
195 warranty; and distribute a copy of this License along with the
196 Library.
198   You may charge a fee for the physical act of transferring a copy,
199 and you may at your option offer warranty protection in exchange for a
200 fee.
202   2. You may modify your copy or copies of the Library or any portion
203 of it, thus forming a work based on the Library, and copy and
204 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
205 above, provided that you also meet all of these conditions:
207     a) The modified work must itself be a software library.
209     b) You must cause the files modified to carry prominent notices
210     stating that you changed the files and the date of any change.
212     c) You must cause the whole of the work to be licensed at no
213     charge to all third parties under the terms of this License.
215     d) If a facility in the modified Library refers to a function or a
216     table of data to be supplied by an application program that uses
217     the facility, other than as an argument passed when the facility
218     is invoked, then you must make a good faith effort to ensure that,
219     in the event an application does not supply such function or
220     table, the facility still operates, and performs whatever part of
221     its purpose remains meaningful.
223     (For example, a function in a library to compute square roots has
224     a purpose that is entirely well-defined independent of the
225     application.  Therefore, Subsection 2d requires that any
226     application-supplied function or table used by this function must
227     be optional: if the application does not supply it, the square
228     root function must still compute square roots.)
230 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
231 identifiable sections of that work are not derived from the Library,
232 and can be reasonably considered independent and separate works in
233 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
234 sections when you distribute them as separate works.  But when you
235 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
236 on the Library, the distribution of the whole must be on the terms of
237 this License, whose permissions for other licensees extend to the
238 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
241 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
242 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
243 exercise the right to control the distribution of derivative or
244 collective works based on the Library.
246 In addition, mere aggregation of another work not based on the Library
247 with the Library (or with a work based on the Library) on a volume of
248 a storage or distribution medium does not bring the other work under
249 the scope of this License.
251   3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
252 License instead of this License to a given copy of the Library.  To do
253 this, you must alter all the notices that refer to this License, so
254 that they refer to the ordinary GNU General Public License, version 2,
255 instead of to this License.  (If a newer version than version 2 of the
256 ordinary GNU General Public License has appeared, then you can specify
257 that version instead if you wish.)  Do not make any other change in
258 these notices.
260   Once this change is made in a given copy, it is irreversible for
261 that copy, so the ordinary GNU General Public License applies to all
262 subsequent copies and derivative works made from that copy.
264   This option is useful when you wish to copy part of the code of
265 the Library into a program that is not a library.
267   4. You may copy and distribute the Library (or a portion or
268 derivative of it, under Section 2) in object code or executable form
269 under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
270 it with the complete corresponding machine-readable source code, which
271 must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a
272 medium customarily used for software interchange.
274   If distribution of object code is made by offering access to copy
275 from a designated place, then offering equivalent access to copy the
276 source code from the same place satisfies the requirement to
277 distribute the source code, even though third parties are not
278 compelled to copy the source along with the object code.
280   5. A program that contains no derivative of any portion of the
281 Library, but is designed to work with the Library by being compiled or
282 linked with it, is called a "work that uses the Library".  Such a
283 work, in isolation, is not a derivative work of the Library, and
284 therefore falls outside the scope of this License.
286   However, linking a "work that uses the Library" with the Library
287 creates an executable that is a derivative of the Library (because it
288 contains portions of the Library), rather than a "work that uses the
289 library".  The executable is therefore covered by this License.
290 Section 6 states terms for distribution of such executables.
292   When a "work that uses the Library" uses material from a header file
293 that is part of the Library, the object code for the work may be a
294 derivative work of the Library even though the source code is not.
295 Whether this is true is especially significant if the work can be
296 linked without the Library, or if the work is itself a library.  The
297 threshold for this to be true is not precisely defined by law.
299   If such an object file uses only numerical parameters, data
300 structure layouts and accessors, and small macros and small inline
301 functions (ten lines or less in length), then the use of the object
302 file is unrestricted, regardless of whether it is legally a derivative
303 work.  (Executables containing this object code plus portions of the
304 Library will still fall under Section 6.)
306   Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
307 distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
308 Any executables containing that work also fall under Section 6,
309 whether or not they are linked directly with the Library itself.
311   6. As an exception to the Sections above, you may also combine or
312 link a "work that uses the Library" with the Library to produce a
313 work containing portions of the Library, and distribute that work
314 under terms of your choice, provided that the terms permit
315 modification of the work for the customer's own use and reverse
316 engineering for debugging such modifications.
318   You must give prominent notice with each copy of the work that the
319 Library is used in it and that the Library and its use are covered by
320 this License.  You must supply a copy of this License.  If the work
321 during execution displays copyright notices, you must include the
322 copyright notice for the Library among them, as well as a reference
323 directing the user to the copy of this License.  Also, you must do one
324 of these things:
326     a) Accompany the work with the complete corresponding
327     machine-readable source code for the Library including whatever
328     changes were used in the work (which must be distributed under
329     Sections 1 and 2 above); and, if the work is an executable linked
330     with the Library, with the complete machine-readable "work that
331     uses the Library", as object code and/or source code, so that the
332     user can modify the Library and then relink to produce a modified
333     executable containing the modified Library.  (It is understood
334     that the user who changes the contents of definitions files in the
335     Library will not necessarily be able to recompile the application
336     to use the modified definitions.)
338     b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
339     Library.  A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a
340     copy of the library already present on the user's computer system,
341     rather than copying library functions into the executable, and (2)
342     will operate properly with a modified version of the library, if
343     the user installs one, as long as the modified version is
344     interface-compatible with the version that the work was made with.
346     c) Accompany the work with a written offer, valid for at
347     least three years, to give the same user the materials
348     specified in Subsection 6a, above, for a charge no more
349     than the cost of performing this distribution.
351     d) If distribution of the work is made by offering access to copy
352     from a designated place, offer equivalent access to copy the above
353     specified materials from the same place.
355     e) Verify that the user has already received a copy of these
356     materials or that you have already sent this user a copy.
358   For an executable, the required form of the "work that uses the
359 Library" must include any data and utility programs needed for
360 reproducing the executable from it.  However, as a special exception,
361 the materials to be distributed need not include anything that is
362 normally distributed (in either source or binary form) with the major
363 components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
364 which the executable runs, unless that component itself accompanies
365 the executable.
367   It may happen that this requirement contradicts the license
368 restrictions of other proprietary libraries that do not normally
369 accompany the operating system.  Such a contradiction means you cannot
370 use both them and the Library together in an executable that you
371 distribute.
373   7. You may place library facilities that are a work based on the
374 Library side-by-side in a single library together with other library
375 facilities not covered by this License, and distribute such a combined
376 library, provided that the separate distribution of the work based on
377 the Library and of the other library facilities is otherwise
378 permitted, and provided that you do these two things:
380     a) Accompany the combined library with a copy of the same work
381     based on the Library, uncombined with any other library
382     facilities.  This must be distributed under the terms of the
383     Sections above.
385     b) Give prominent notice with the combined library of the fact
386     that part of it is a work based on the Library, and explaining
387     where to find the accompanying uncombined form of the same work.
389   8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute
390 the Library except as expressly provided under this License.  Any
391 attempt otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or
392 distribute the Library is void, and will automatically terminate your
393 rights under this License.  However, parties who have received copies,
394 or rights, from you under this License will not have their licenses
395 terminated so long as such parties remain in full compliance.
397   9. You are not required to accept this License, since you have not
398 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
399 distribute the Library or its derivative works.  These actions are
400 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
401 modifying or distributing the Library (or any work based on the
402 Library), you indicate your acceptance of this License to do so, and
403 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
404 the Library or works based on it.
406   10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
407 Library), the recipient automatically receives a license from the
408 original licensor to copy, distribute, link with or modify the Library
409 subject to these terms and conditions.  You may not impose any further
410 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
411 You are not responsible for enforcing compliance by third parties with
412 this License.
414   11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
415 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
416 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
417 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
418 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
419 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
420 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
421 may not distribute the Library at all.  For example, if a patent
422 license would not permit royalty-free redistribution of the Library by
423 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
424 the only way you could satisfy both it and this License would be to
425 refrain entirely from distribution of the Library.
427 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under any
428 particular circumstance, the balance of the section is intended to apply,
429 and the section as a whole is intended to apply in other circumstances.
431 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
432 patents or other property right claims or to contest validity of any
433 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
434 integrity of the free software distribution system which is
435 implemented by public license practices.  Many people have made
436 generous contributions to the wide range of software distributed
437 through that system in reliance on consistent application of that
438 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
439 to distribute software through any other system and a licensee cannot
440 impose that choice.
442 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
443 be a consequence of the rest of this License.
445   12. If the distribution and/or use of the Library is restricted in
446 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
447 original copyright holder who places the Library under this License may add
448 an explicit geographical distribution limitation excluding those countries,
449 so that distribution is permitted only in or among countries not thus
450 excluded.  In such case, this License incorporates the limitation as if
451 written in the body of this License.
453   13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
454 versions of the Lesser General Public License from time to time.
455 Such new versions will be similar in spirit to the present version,
456 but may differ in detail to address new problems or concerns.
458 Each version is given a distinguishing version number.  If the Library
459 specifies a version number of this License which applies to it and
460 "any later version", you have the option of following the terms and
461 conditions either of that version or of any later version published by
462 the Free Software Foundation.  If the Library does not specify a
463 license version number, you may choose any version ever published by
464 the Free Software Foundation.
466   14. If you wish to incorporate parts of the Library into other free
467 programs whose distribution conditions are incompatible with these,
468 write to the author to ask for permission.  For software which is
469 copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
470 Software Foundation; we sometimes make exceptions for this.  Our
471 decision will be guided by the two goals of preserving the free status
472 of all derivatives of our free software and of promoting the sharing
473 and reuse of software generally.
475                             NO WARRANTY
477   15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
478 WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
479 EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
480 OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
481 KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
482 IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
483 PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
484 LIBRARY IS WITH YOU.  SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
485 THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
487   16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN
488 WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
489 AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU
490 FOR DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR
491 CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
492 LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
493 RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
494 FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER SOFTWARE), EVEN IF
495 SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
496 DAMAGES.
498                      END OF TERMS AND CONDITIONS
500            How to Apply These Terms to Your New Libraries
502   If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
503 possible use to the public, we recommend making it free software that
504 everyone can redistribute and change.  You can do so by permitting
505 redistribution under these terms (or, alternatively, under the terms of the
506 ordinary General Public License).
508   To apply these terms, attach the following notices to the library.  It is
509 safest to attach them to the start of each source file to most effectively
510 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least the
511 "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
513     <one line to give the library's name and a brief idea of what it does.>
514     Copyright (C) <year>  <name of author>
516     This library is free software; you can redistribute it and/or
517     modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
518     License as published by the Free Software Foundation; either
519     version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
521     This library is distributed in the hope that it will be useful,
522     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
523     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
524     Lesser General Public License for more details.
526     You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
527     License along with this library; if not, write to the Free Software
528     Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
530 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
532 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
533 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the library, if
534 necessary.  Here is a sample; alter the names:
536   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the
537   library `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random Hacker.
539   <signature of Ty Coon>, 1 April 1990
540   Ty Coon, President of Vice
542 That's all there is to it!
544 ============================================
546                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
547                        Version 2, June 1991
549  Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.,
550  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
551  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
552  of this license document, but changing it is not allowed.
554                             Preamble
556   The licenses for most software are designed to take away your
557 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
558 License is intended to guarantee your freedom to share and change free
559 software--to make sure the software is free for all its users.  This
560 General Public License applies to most of the Free Software
561 Foundation's software and to any other program whose authors commit to
562 using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
563 the GNU Lesser General Public License instead.)  You can apply it to
564 your programs, too.
566   When we speak of free software, we are referring to freedom, not
567 price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
568 have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
569 this service if you wish), that you receive source code or can get it
570 if you want it, that you can change the software or use pieces of it
571 in new free programs; and that you know you can do these things.
573   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
574 anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
575 These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
576 distribute copies of the software, or if you modify it.
578   For example, if you distribute copies of such a program, whether
579 gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
580 you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
581 source code.  And you must show them these terms so they know their
582 rights.
584   We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
585 (2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
586 distribute and/or modify the software.
588   Also, for each author's protection and ours, we want to make certain
589 that everyone understands that there is no warranty for this free
590 software.  If the software is modified by someone else and passed on, we
591 want its recipients to know that what they have is not the original, so
592 that any problems introduced by others will not reflect on the original
593 authors' reputations.
595   Finally, any free program is threatened constantly by software
596 patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free
597 program will individually obtain patent licenses, in effect making the
598 program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
599 patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.
601   The precise terms and conditions for copying, distribution and
602 modification follow.
604                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
605    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
607   0. This License applies to any program or other work which contains
608 a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
609 under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
610 refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
611 means either the Program or any derivative work under copyright law:
612 that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
613 either verbatim or with modifications and/or translated into another
614 language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
615 the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
617 Activities other than copying, distribution and modification are not
618 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
619 running the Program is not restricted, and the output from the Program
620 is covered only if its contents constitute a work based on the
621 Program (independent of having been made by running the Program).
622 Whether that is true depends on what the Program does.
624   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
625 source code as you receive it, in any medium, provided that you
626 conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
627 copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
628 notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
629 and give any other recipients of the Program a copy of this License
630 along with the Program.
632 You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
633 you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
635   2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion
636 of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
637 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
638 above, provided that you also meet all of these conditions:
640     a) You must cause the modified files to carry prominent notices
641     stating that you changed the files and the date of any change.
643     b) You must cause any work that you distribute or publish, that in
644     whole or in part contains or is derived from the Program or any
645     part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third
646     parties under the terms of this License.
648     c) If the modified program normally reads commands interactively
649     when run, you must cause it, when started running for such
650     interactive use in the most ordinary way, to print or display an
651     announcement including an appropriate copyright notice and a
652     notice that there is no warranty (or else, saying that you provide
653     a warranty) and that users may redistribute the program under
654     these conditions, and telling the user how to view a copy of this
655     License.  (Exception: if the Program itself is interactive but
656     does not normally print such an announcement, your work based on
657     the Program is not required to print an announcement.)
659 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
660 identifiable sections of that work are not derived from the Program,
661 and can be reasonably considered independent and separate works in
662 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
663 sections when you distribute them as separate works.  But when you
664 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
665 on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of
666 this License, whose permissions for other licensees extend to the
667 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
669 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
670 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
671 exercise the right to control the distribution of derivative or
672 collective works based on the Program.
674 In addition, mere aggregation of another work not based on the Program
675 with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
676 a storage or distribution medium does not bring the other work under
677 the scope of this License.
679   3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
680 under Section 2) in object code or executable form under the terms of
681 Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:
683     a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
684     source code, which must be distributed under the terms of Sections
685     1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
687     b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
688     years, to give any third party, for a charge no more than your
689     cost of physically performing source distribution, a complete
690     machine-readable copy of the corresponding source code, to be
691     distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
692     customarily used for software interchange; or,
694     c) Accompany it with the information you received as to the offer
695     to distribute corresponding source code.  (This alternative is
696     allowed only for noncommercial distribution and only if you
697     received the program in object code or executable form with such
698     an offer, in accord with Subsection b above.)
700 The source code for a work means the preferred form of the work for
701 making modifications to it.  For an executable work, complete source
702 code means all the source code for all modules it contains, plus any
703 associated interface definition files, plus the scripts used to
704 control compilation and installation of the executable.  However, as a
705 special exception, the source code distributed need not include
706 anything that is normally distributed (in either source or binary
707 form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
708 operating system on which the executable runs, unless that component
709 itself accompanies the executable.
711 If distribution of executable or object code is made by offering
712 access to copy from a designated place, then offering equivalent
713 access to copy the source code from the same place counts as
714 distribution of the source code, even though third parties are not
715 compelled to copy the source along with the object code.
717   4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
718 except as expressly provided under this License.  Any attempt
719 otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
720 void, and will automatically terminate your rights under this License.
721 However, parties who have received copies, or rights, from you under
722 this License will not have their licenses terminated so long as such
723 parties remain in full compliance.
725   5. You are not required to accept this License, since you have not
726 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
727 distribute the Program or its derivative works.  These actions are
728 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
729 modifying or distributing the Program (or any work based on the
730 Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
731 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
732 the Program or works based on it.
734   6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
735 Program), the recipient automatically receives a license from the
736 original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
737 these terms and conditions.  You may not impose any further
738 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
739 You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
740 this License.
742   7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
743 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
744 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
745 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
746 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
747 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
748 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
749 may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
750 license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
751 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
752 the only way you could satisfy both it and this License would be to
753 refrain entirely from distribution of the Program.
755 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
756 any particular circumstance, the balance of the section is intended to
757 apply and the section as a whole is intended to apply in other
758 circumstances.
760 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
761 patents or other property right claims or to contest validity of any
762 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
763 integrity of the free software distribution system, which is
764 implemented by public license practices.  Many people have made
765 generous contributions to the wide range of software distributed
766 through that system in reliance on consistent application of that
767 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
768 to distribute software through any other system and a licensee cannot
769 impose that choice.
771 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
772 be a consequence of the rest of this License.
774   8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
775 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
776 original copyright holder who places the Program under this License
777 may add an explicit geographical distribution limitation excluding
778 those countries, so that distribution is permitted only in or among
779 countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
780 the limitation as if written in the body of this License.
782   9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
783 of the General Public License from time to time.  Such new versions will
784 be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
785 address new problems or concerns.
787 Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
788 specifies a version number of this License which applies to it and "any
789 later version", you have the option of following the terms and conditions
790 either of that version or of any later version published by the Free
791 Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
792 this License, you may choose any version ever published by the Free Software
793 Foundation.
795   10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
796 programs whose distribution conditions are different, write to the author
797 to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
798 Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
799 make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
800 of preserving the free status of all derivatives of our free software and
801 of promoting the sharing and reuse of software generally.
803                             NO WARRANTY
805   11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
806 FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
807 OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
808 PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
809 OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
810 MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
811 TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
812 PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
813 REPAIR OR CORRECTION.
815   12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
816 WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
817 REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
818 INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
819 OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
820 TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
821 YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
822 PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
823 POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
825                      END OF TERMS AND CONDITIONS
827             How to Apply These Terms to Your New Programs
829   If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
830 possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
831 free software which everyone can redistribute and change under these terms.
833   To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
834 to attach them to the start of each source file to most effectively
835 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least
836 the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
838     <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>
839     Copyright (C) <year>  <name of author>
841     This program is free software; you can redistribute it and/or modify
842     it under the terms of the GNU General Public License as published by
843     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
844     (at your option) any later version.
846     This program is distributed in the hope that it will be useful,
847     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
848     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
849     GNU General Public License for more details.
851     You should have received a copy of the GNU General Public License along
852     with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
853     51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
855 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
857 If the program is interactive, make it output a short notice like this
858 when it starts in an interactive mode:
860     Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author
861     Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
862     This is free software, and you are welcome to redistribute it
863     under certain conditions; type `show c' for details.
865 The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
866 parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may
867 be called something other than `show w' and `show c'; they could even be
868 mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
870 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
871 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if
872 necessary.  Here is a sample; alter the names:
874   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
875   `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
877   <signature of Ty Coon>, 1 April 1989
878   Ty Coon, President of Vice
880 This General Public License does not permit incorporating your program into
881 proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
882 consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
883 library.  If this is what you want to do, use the GNU Lesser General
884 Public License instead of this License.
886 2. Trajectory file reading using VMD plugins
887 ============================================
889    Files: src/external/vmd_molfile/
890           src/gromacs/fileio/vmdio.c
892                 (C) Copyright 1995-2009 The Board of Trustees of the
893                             University of Illinois
894                              All Rights Reserved
896 Developed by:           Theoretical and Computational Biophysics Group
897                         University of Illinois at Urbana-Champaign
898                         http://www.ks.uiuc.edu/
900 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of
901 this software and associated documentation files (the Software), to deal with
902 the Software without restriction, including without limitation the rights to
903 use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies
904 of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to
905 do so, subject to the following conditions:
907 Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
908 this list of conditions and the following disclaimers.
910 Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
911 this list of conditions and the following disclaimers in the documentation
912 and/or other materials provided with the distribution.
914 Neither the names of Theoretical and Computational Biophysics Group,
915 University of Illinois at Urbana-Champaign, nor the names of its contributors
916 may be used to endorse or promote products derived from this Software without
917 specific prior written permission.
919 THE SOFTWARE IS PROVIDED AS IS, WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
920 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
921 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.  IN NO EVENT SHALL
922 THE CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR
923 OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
924 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR
925 OTHER DEALINGS WITH THE SOFTWARE.
927 3. Internal FFT (ffpack)
928 ========================
930    Files: src/external/fftpack/fftpack.c
932 Copyright (c) 2005-2011, NumPy Developers.
933 All rights reserved.
935 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
936 modification, are permitted provided that the following conditions are
937 met:
939     * Redistributions of source code must retain the above copyright
940        notice, this list of conditions and the following disclaimer.
942     * Redistributions in binary form must reproduce the above
943        copyright notice, this list of conditions and the following
944        disclaimer in the documentation and/or other materials provided
945        with the distribution.
947     * Neither the name of the NumPy Developers nor the names of any
948        contributors may be used to endorse or promote products derived
949        from this software without specific prior written permission.
951 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
952 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
953 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
954 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
955 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
956 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
957 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
958 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
959 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
960 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
961 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
963 fftpack.c : A set of FFT routines in C.
964 Algorithmically based on Fortran-77 FFTPACK by Paul N. Swarztrauber (Version 4, 1985).
966 4. thread_mpi
967 =============
969    Files: src/external/thread_mpi/
971 Copyright (c) 2009-2012, Sander Pronk & Erik Lindahl.
972 All rights reserved.
974 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
975 modification, are permitted provided that the following conditions are met:
976 1) Redistributions of source code must retain the above copyright
977    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
978 2) Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
979    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
980    documentation and/or other materials provided with the distribution.
981 3) Neither the name of the <organization> nor the
982    names of its contributors may be used to endorse or promote products
983    derived from this software without specific prior written permission.
985 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY US ''AS IS'' AND ANY
986 EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
987 WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
988 DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL <copyright holder> BE LIABLE FOR ANY
989 DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
990 (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
991 LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND
992 ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
993 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
994 SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
996 If you want to redistribute modifications, please consider that
997 scientific software is very special. Version control is crucial -
998 bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
999 inclusion in the official distribution, but derived work should not
1000 be called official thread_mpi.
1002 5. Blas
1003 =======
1005 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib BLAS library.
1006 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1007 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the Gromacs developers, and
1008 not the reference BLAS implementation.
1010 The reference BLAS implementation is available from http://www.netlib.org/blas
1012 BLAS does not come with a formal named "license", but a general statement that
1014 "The reference BLAS is a freely-available software package. It is available from netlib
1015 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1016 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1018 While the rest of Gromacs is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1019 our modified BLAS files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1020 However, be warned that we have only tested that they to the right thing in the cases used
1021 in Gromacs (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1022 better idea to use the full reference implementation.
1024 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1026 6. Lapack
1027 =========
1029 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib LAPACK library.
1030 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1031 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the Gromacs developers, and
1032 not the reference LAPACK implementation.
1034 The reference LAPACK implementation is available from http://www.netlib.org/lapack
1036 LAPACK does not come with a formal named "license", but a general statement saying:
1038 "The reference LAPACK is a freely-available software package. It is available from netlib
1039 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1040 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1042 While the rest of Gromacs is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1043 our modified LAPACK files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1045 However, be warned that we have only tested that they to the right thing in the cases used
1046 in Gromacs (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1047 better idea to use the full reference implementation.
1049 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1051 7. Subset of Boost C++ library
1052 ==============================
1054    Files: src/external/boost/boost/*
1056 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1058 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1059 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1060 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1061 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1062 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1063 do so, all subject to the following:
1065 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1066 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1067 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1068 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1069 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1070 a source language processor.
1072 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1073 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1074 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1075 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1076 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1077 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1078 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1080 8. Google Test and Google Mock
1081 ===============================
1083    Files: src/external/gmock-1.7.0/*
1085 Copyright 2008, Google Inc.
1086 All rights reserved.
1088 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1089 modification, are permitted provided that the following conditions are
1090 met:
1092     * Redistributions of source code must retain the above copyright
1093 notice, this list of conditions and the following disclaimer.
1094     * Redistributions in binary form must reproduce the above
1095 copyright notice, this list of conditions and the following disclaimer
1096 in the documentation and/or other materials provided with the
1097 distribution.
1098     * Neither the name of Google Inc. nor the names of its
1099 contributors may be used to endorse or promote products derived from
1100 this software without specific prior written permission.
1102 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
1103 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
1104 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
1105 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
1106 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
1107 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
1108 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
1109 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
1110 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
1111 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
1112 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1115 9. Sun Extensible Data Representation routines (XDR)
1116 =====================================================
1118     Files: src/gromacs/fileio/gmx_system_xdr.c
1120 Sun RPC is a product of Sun Microsystems, Inc. and is provided for
1121 unrestricted use provided that this legend is included on all tape
1122 media and as a part of the software program in whole or part.  Users
1123 may copy or modify Sun RPC without charge, but are not authorized
1124 to license or distribute it to anyone else except as part of a product or
1125 program developed by the user.
1127 SUN RPC IS PROVIDED AS IS WITH NO WARRANTIES OF ANY KIND INCLUDING THE
1128 WARRANTIES OF DESIGN, MERCHANTIBILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
1129 PURPOSE, OR ARISING FROM A COURSE OF DEALING, USAGE OR TRADE PRACTICE.
1131 Sun RPC is provided with no support and without any obligation on the
1132 part of Sun Microsystems, Inc. to assist in its use, correction,
1133 modification or enhancement.
1135 SUN MICROSYSTEMS, INC. SHALL HAVE NO LIABILITY WITH RESPECT TO THE
1136 INFRINGEMENT OF COPYRIGHTS, TRADE SECRETS OR ANY PATENTS BY SUN RPC
1137 OR ANY PART THEREOF.
1139 In no event will Sun Microsystems, Inc. be liable for any lost revenue
1140 or profits or other special, indirect and consequential damages, even if
1141 Sun has been advised of the possibility of such damages.
1143 Sun Microsystems, Inc.
1144 2550 Garcia Avenue
1145 Mountain View, California  94043
1148 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
1149 ===================================================
1151     Files: src/gromacs/math/utilities.c
1153 Copyright (C) 1993 by Sun Microsystems, Inc. All rights reserved.
1155 Developed at SunSoft, a Sun Microsystems, Inc. business.
1156 Permission to use, copy, modify, and distribute this
1157 software is freely granted, provided that this notice
1158 is preserved.
1161 11. Random123
1162 ============================================
1164 Copyright 2010-2012, D. E. Shaw Research.
1165 All rights reserved.
1167 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1168 modification, are permitted provided that the following conditions are
1169 met:
1171 * Redistributions of source code must retain the above copyright
1172   notice, this list of conditions, and the following disclaimer.
1174 * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
1175   notice, this list of conditions, and the following disclaimer in the
1176   documentation and/or other materials provided with the distribution.
1178 * Neither the name of D. E. Shaw Research nor the names of its
1179   contributors may be used to endorse or promote products derived from
1180   this software without specific prior written permission.
1182 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
1183 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
1184 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
1185 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
1186 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
1187 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
1188 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
1189 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
1190 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
1191 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
1192 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1195 12. md5
1196 ============================================
1198 Copyright (C) 1999, 2002 Aladdin Enterprises.  All rights reserved.
1200 This software is provided 'as-is', without any express or implied
1201 warranty.  In no event will the authors be held liable for any damages
1202 arising from the use of this software.
1204 Permission is granted to anyone to use this software for any purpose,
1205 including commercial applications, and to alter it and redistribute it
1206 freely, subject to the following restrictions:
1208 1. The origin of this software must not be misrepresented; you must not
1209   claim that you wrote the original software. If you use this software
1210   in a product, an acknowledgment in the product documentation would be
1211   appreciated but is not required.
1212 2. Altered source versions must be plainly marked as such, and must not be
1213   misrepresented as being the original software.
1214 3. This notice may not be removed or altered from any source distribution.
1216 L. Peter Deutsch
1217 ghost@aladdin.com