share/tutor/nmr1/grompp.mdp

   1
   2 ; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS =
   3 title                    = Yo
   4 cpp                      = /usr/bin/cpp
   5 include                  = -I../top
   6 define                   =
   7
   8 ; RUN CONTROL PARAMETERS =
   9 integrator               = md
  10 ; start time and timestep in ps =
  11 tinit                    = 0.0
  12 dt                       = 0.002
  13 nsteps                   = 5000
  14 ; number of steps for center of mass motion removal =
  15 nstcomm                  = 1
  16 comm-grps                =
  17
  18 ; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS =
  19 ; Temperature, friction coefficient (amu/ps) and random seed =
  20 bd-temp                  = 300
  21 bd-fric                  = 0
  22 ld-seed                  = 1993
  23
  24 ; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS =
  25 ; Force tolerance and initial step-size =
  26 emtol                    = 0.001
  27 emstep                   = 0.1
  28 ; Max number of iterations in relax_shells =
  29 niter                    = 0
  30 ; Frequency of steepest descents steps when doing CG =
  31 nstcgsteep               = 1000
  32
  33 ; OUTPUT CONTROL OPTIONS =
  34 ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f) =
  35 nstxout                  = 10
  36 nstvout                  = 0
  37 nstfout                  = 0
  38 ; Output frequency for energies to log file and energy file =
  39 nstlog                   = 100
  40 nstenergy                = 100
  41 ; Output frequency and precision for xtc file =
  42 nstxtcout                = 10
  43 xtc_precision            = 1000
  44 ; This selects the subset of atoms for the xtc file. You can =
  45 ; select multiple groups. By default all atoms will be written. =
  46 xtc-grps                 =
  47 ; Selection of energy groups =
  48 energygrps               = System
  49
  50 ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS =
  51 ; nblist update frequency =
  52 nstlist                  = 100
  53 ; ns algorithm (simple or grid) =
  54 ns_type                  = simple
  55 ; Periodic boundary conditions: xyz or none =
  56 pbc                      = xyz
  57 ; nblist cut-off         =
  58 rlist                    = 1
  59 domain-decomposition     = no
  60
  61 ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW =
  62 ; Method for doing electrostatics =
  63 coulombtype              = Cut-off
  64 rcoulomb-switch          = 0
  65 rcoulomb                 = 1
  66 ; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction field =
  67 epsilon_r                = 1.0
  68 ; Method for doing Van der Waals =
  69 vdw-type                 = Cut-off
  70 ; cut-off lengths        =
  71 rvdw-switch              = 0
  72 rvdw                     = 1
  73 ; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure =
  74 DispCorr                = no
  75 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid =
  76 fourierspacing           = 0.12
  77 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used =
  78 fourier_nx               = 0
  79 fourier_ny               = 0
  80 fourier_nz               = 0
  81 ; EWALD/PME/PPPM parameters =
  82 pme_order                = 4
  83 ewald_rtol               = 1e-05
  84 epsilon_surface          = 0
  85 optimize_fft             = no
  86
  87 ; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS =
  88 ; Temperature coupling   =
  89 tcoupl                   = berendsen
  90 ; Groups to couple separately =
  91 tc-grps                  = System
  92 ; Time constant (ps) and reference temperature (K) =
  93 tau_t                    = 0.1
  94 ref_t                    = 300
  95 ; Pressure coupling      =
  96 Pcoupl                   = no
  97 Pcoupltype               = Isotropic
  98 ; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar) =
  99 tau_p                    = 1
 100 compressibility          =
 101 ref_p                    = 1.0  1.0     1.0
 102
 103 ; SIMULATED ANNEALING CONTROL =
 104 annealing                = no
 105 ; Time at which temperature should be zero (ps) =
 106 zero-temp_time           = 0
 107
 108 ; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN =
 109 gen_vel                  = yes
 110 gen_temp                 = 300.0
 111 gen_seed                 = 173529
 112
 113 ; OPTIMIZATIONS FOR SOLVENT MODELS =
 114 ; Solvent molecule name (blank: no optimization) =
 115 solvent-optimization     =
 116
 117 ; OPTIONS FOR BONDS     =
 118 constraints              = none
 119 ; Type of constraint algorithm =
 120 constraint-algorithm     = Lincs
 121 ; Do not constrain the start configuration =
 122 unconstrained-start      = no
 123 ; Relative tolerance of shake =
 124 shake-tol                = 1e-04
 125 ; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix =
 126 lincs-order              = 4
 127 ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond =
 128 ; rotates over more degrees than =
 129 lincs-warnangle          = 30
 130 ; Convert harmonic bonds to morse potentials =
 131 morse                    = no
 132
 133 ; NMR refinement stuff  =
 134 ; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble =
 135 disre                    = Simple
 136 ; Force weighting of pairs in one distance restraint: Equal or Conservative =
 137 disre-weighting          = Equal
 138 ; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation =
 139 disre-mixed              = no
 140 disre_fc                 = 1000
 141 disre_tau                = 0.0
 142 ; Output frequency for pair distances to energy file =
 143 nstdisreout              = 100
 144
 145 ; Free energy control stuff =
 146 free-energy              = no
 147 init-lambda              = 0
 148 delta-lambda             = 0
 149 sc-alpha                 = 0
 150 sc-sigma                 = 0.3
 151
 152 ; Non-equilibrium MD stuff =
 153 acc-grps                 =
 154 accelerate               =
 155 freezegrps               =
 156 freezedim                =
 157 cos-acceleration         = 0
 158 energygrp_excl           =
 159
 160 ; Electric fields       =
 161 ; Format is number of terms (int) and for all terms an amplitude (real) =
 162 ; and a phase angle (real) =
 163 E-x                      =
 164 E-xt                     =
 165 E-y                      =
 166 E-yt                     =
 167 E-z                      =
 168 E-zt                     =
 169
 170 ; User defined thingies =
 171 user1-grps               =
 172 user2-grps               =
 173 userint1                 = 0
 174 userint2                 = 0
 175 userint3                 = 0
 176 userint4                 = 0
 177 userreal1                = 0
 178 userreal2                = 0
 179 userreal3                = 0
 180 userreal4                = 0