share/top/ffG43b1-n.tdb

   1 [ None ]
   2
   3 [ NH3+ ]
   4 ; charges inferred from LYSH charges in ffG43b1.rtp
   5 [ replace ]
   6 N       N       NL      14.0067 -0.744
   7 CA      CA      CH1     13.0190 0.000   0
   8 [ add ]
   9 3       4       N       CA      C
  10         H       H       1.008   0.248
  11 [ delete ]
  12 H
  13 [ bonds ]
  14 N       H1      gb_2
  15 N       H2      gb_2
  16 N       H3      gb_2
  17 [ angles ]
  18 H1      N       H2      ga_9
  19 H2      N       H3      ga_9
  20 H3      N       H1      ga_9
  21 CA      N       H1      ga_10
  22 CA      N       H2      ga_10
  23 CA      N       H3      ga_10
  24 [ dihedrals ]
  25 H1      N       CA      C       gd_14
  26
  27 [ NH2 ]
  28 ; charges identical to G43a1, because chargegroups are neutral
  29 [ replace ]
  30 N       N       NL      14.0067 -0.830
  31 [ add ]
  32 2       4       N       CA      C
  33         H       H       1.008   0.415
  34 [ delete ]
  35 H
  36 [ bonds ]
  37 N       H1      gb_2
  38 N       H2      gb_2
  39 [ angles ]
  40 H1      N       H2      ga_9
  41 CA      N       H1      ga_10
  42 CA      N       H2      ga_10
  43 [ dihedrals ]
  44 H1      N       CA      C       gd_14
  45
  46 [ PRO-NH2+ ]
  47 ; charges guessed, in similarity with other differences with G43a1
  48 [ replace ]
  49 N       N       NT      14.0067 -0.200
  50 [ add ]
  51 2       4       N       CA      C
  52         H       H       1.008   0.100
  53 [ bonds ]
  54 N       H1      gb_2
  55 N       H2      gb_2
  56 [ angles ]
  57 ; we're not sure about these parameters,
  58 ; they were inferred from the comments in the ffG43a1bon.itp
  59 H1      N       H2      ga_9
  60 CA      N       H1      ga_10
  61 CA      N       H2      ga_10
  62 CD      N       H1      ga_10
  63 CD      N       H2      ga_10
  64 [ dihedrals ]
  65 H1      N       CA      C       gd_14
  66
  67 [ PRO-NH ]
  68 ; charges identical to G43a1, because chargegroups are neutral
  69 [ replace ]
  70 N       N       N       14.0067 -0.28
  71 [ add ]
  72 1       4       N       CA      C
  73         H       H       1.008   0.28
  74 [ bonds ]
  75 N       H       gb_2
  76 [ angles ]
  77 CA      N       H       ga_10
  78 CD      N       H       ga_10
  79
  80 [ GLY-NH3+ ]
  81 ; charges inferred from LYSH charges in ffG43b1.rtp
  82 [ replace ]
  83 N       N       NL      14.0067 -0.744
  84 [ add ]
  85 3       4       N       CA      C
  86         H       H       1.008   0.248
  87 [ bonds ]
  88 N       H1      gb_2
  89 N       H2      gb_2
  90 N       H3      gb_2
  91 [ angles ]
  92 H1      N       H2      ga_9
  93 H2      N       H3      ga_9
  94 H3      N       H1      ga_9
  95 CA      N       H1      ga_10
  96 CA      N       H2      ga_10
  97 CA      N       H3      ga_10
  98 [ dihedrals ]
  99 H1      N       CA      C       gd_14