share/top/tip4pgmx.itp

   1 [ moleculetype ]
   2 ; molname       nrexcl
   3 SOL             1
   4
   5 [ atoms ]
   6 ; id    at type res nr  residu name     at name         cg nr   charge
   7 1       OP113   1       SOL              OW             1       0
   8 2       OP114   1       SOL             HW1             1       0.52
   9 3       OP114   1       SOL             HW2             1       0.52
  10 4       OP115   1       SOL              MW             1      -1.04
  11
  12 [ settles ]
  13 ; i     funct   doh     dhh
  14 1       1       0.09572 0.15139
  15
  16 ; The position of the dummy is computed as follows:
  17 ;
  18 ;               O
  19 ;
  20 ;               D
  21 ;
  22 ;       H               H
  23 ;
  24 ; const = distance (OD) / [ cos (angle(DOH))    * distance (OH) ]
  25 ;         0.015 nm      / [ cos (52.26 deg)     * 0.09572 nm    ]
  26
  27 ; Dummy pos x4 = x1 + a*(x2-x1) + b*(x3-x1)
  28
  29 [ dummies3 ]
  30 ; Dummy from                    funct   a               b
  31 4       1       2       3       1       0.128012065     0.128012065
  32
  33 [ exclusions ]
  34 1       2       3       4
  35 2       1       3       4
  36 3       1       2       4
  37 4       1       2       3