share/top/urea.itp

   1 [ moleculetype ]
   2 ; name  nrexcl
   3 Urea         3
   4
   5 [ atoms ]
   6 ;   nr    type   resnr  residu    atom    cgnr  charge
   7 #ifdef Boek
   8      1       C       1    UREA      C1       1   0.38
   9      2       O       1    UREA      O2       1  -0.38
  10      3      NT       1    UREA      N3       2  -0.83
  11      4       H       1    UREA      H4       2   0.415
  12      5       H       1    UREA      H5       2   0.415
  13      6      NT       1    UREA      N6       3  -0.83
  14      7       H       1    UREA      H7       3   0.415
  15      8       H       1    UREA      H8       3   0.415
  16 #else
  17      1       C       1    UREA      C1       1   0.683
  18      2       O       1    UREA      O2       1  -0.683
  19      3      NT       1    UREA      N3       2  -0.622
  20      4       H       1    UREA      H4       2   0.346
  21      5       H       1    UREA      H5       2   0.276
  22      6      NT       1    UREA      N6       3  -0.622
  23      7       H       1    UREA      H7       3   0.346
  24      8       H       1    UREA      H8       3   0.276
  25 #endif
  26
  27 [ bonds ]
  28 ;  ai    aj funct           c0           c1
  29     3     4     1 1.000000e-01 3.744680e+05
  30     3     5     1 1.000000e-01 3.744680e+05
  31     6     7     1 1.000000e-01 3.744680e+05
  32     6     8     1 1.000000e-01 3.744680e+05
  33     1     2     1 1.230000e-01 5.020800e+05
  34     1     3     1 1.330000e-01 3.765600e+05
  35     1     6     1 1.330000e-01 3.765600e+05
  36
  37 [ pairs ]
  38 ;  ai    aj funct           c0           c1
  39     2     4     1 0.000000e+00 0.000000e+00
  40     2     5     1 0.000000e+00 0.000000e+00
  41     2     7     1 0.000000e+00 0.000000e+00
  42     2     8     1 0.000000e+00 0.000000e+00
  43     3     7     1 0.000000e+00 0.000000e+00
  44     3     8     1 0.000000e+00 0.000000e+00
  45     4     6     1 0.000000e+00 0.000000e+00
  46     5     6     1 0.000000e+00 0.000000e+00
  47
  48 [ angles ]
  49 ;  ai    aj    ak funct           c0           c1
  50     1     3     4     1 1.200000e+02 2.928800e+02
  51     1     3     5     1 1.200000e+02 2.928800e+02
  52     4     3     5     1 1.200000e+02 3.347200e+02
  53     1     6     7     1 1.200000e+02 2.928800e+02
  54     1     6     8     1 1.200000e+02 2.928800e+02
  55     7     6     8     1 1.200000e+02 3.347200e+02
  56     2     1     3     1 1.215000e+02 5.020800e+02
  57     2     1     6     1 1.215000e+02 5.020800e+02
  58     3     1     6     1 1.170000e+02 5.020800e+02
  59
  60 [ dihedrals ]
  61 ;  ai    aj    ak    al funct           c0           c1           c2
  62     2     1     3     4     1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
  63     6     1     3     4     1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
  64     2     1     3     5     1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
  65     6     1     3     5     1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
  66     2     1     6     7     1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
  67     3     1     6     7     1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
  68     2     1     6     8     1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
  69     3     1     6     8     1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
  70
  71 [ dihedrals ]
  72 ;  ai    aj    ak    al funct           c0           c1
  73     3     4     5     1     2 0.000000e+00 1.673600e+02
  74     6     7     8     1     2 0.000000e+00 1.673600e+02
  75     1     3     6     2     2 0.000000e+00 1.673600e+02
  76