src/local/programs.txt

   1 HEAD|Generating topologies and coordinates
   2 pdb2gmx|converts pdb files to topology and coordinate files
   3 editconf|edits the box and writes subgroups
   4 genbox|solvates a system
   5 genion|generates mono atomic ions on energetically favorable positions
   6 genconf|multiplies a conformation in 'random' orientations
   7 genpr|generates position restraints for index groups
   8 protonate|protonates structures
   9 END
  10
  11 HEAD|Running a simulation
  12 grompp|makes a run input file
  13 tpbconv|makes a run input file for restarting a crashed run
  14 mdrun|performs a simulation
  15 END
  16
  17 HEAD|Viewing trajectories
  18 ngmx|displays a trajectory
  19 trjconv|converts trajectories to e.g. pdb which can be viewed with e.g. rasmol
  20 END
  21
  22 HEAD|Processing energies
  23 g_energy|writes energies to xvg files and displays averages
  24 g_enemat|extracts an energy matrix from an energy file
  25 mdrun|with -rerun (re)calculates energies for trajectory frames
  26 END
  27
  28 HEAD|Converting files
  29 editconf|converts and manipulates structure files
  30 trjconv|converts and manipulates trajectory files
  31 trjcat|concatenates trajectory files
  32 eneconv|converts energy files
  33 xmp2ps|converts XPM matrices to encapsulated postscript (or XPM)
  34 END
  35
  36 HEAD|Tools
  37 make_ndx|makes index files
  38 mk_angndx|generates index files for g_angle
  39 gmxcheck|checks and compares files
  40 gmxdump|makes binary files human readable
  41 g_analyze|analyzes data sets
  42 END
  43
  44 HEAD|Distances between structures
  45 g_rms|calculates rmsd's with a reference structure and rmsd matrices
  46 g_confrms|fits two structures and calculates the rmsd
  47 g_cluster|clusters structures
  48 g_rmsf|calculates atomic fluctuations
  49 END
  50
  51 HEAD|Distances in structures over time
  52 g_mindist|calculates the minimum distance between two groups
  53 g_dist|calculates the distances between the centers of mass of two groups
  54 g_mdmat|calculates residue contact maps
  55 g_rmsdist|calculates atom pair distances averaged with power 2, -3 or -6
  56 END
  57
  58 HEAD|Mass distribution properties over time
  59 g_com|calculates the center of mass
  60 g_gyrate|calculates the radius of gyration
  61 g_msd|calculates mean square displacements
  62 g_rotacf|calculates the rotational correlation function for molecules
  63 g_rdf|calculates RDF's
  64 g_rdens|calculates radial densities
  65 END
  66
  67 HEAD|Analyzing bonded interactions
  68 g_bond|calculates bond length distributions
  69 mk_angndx|generates index files for g_angle
  70 g_angle|calculates distributions and correlations for angles and dihedrals
  71 g_dih|analyzes dihedral transitions
  72 END
  73
  74 HEAD|Structural properties
  75 g_hbond|computes and analyzes hydrogen bonds
  76 g_saltbr|computes salt bridges
  77 g_sas|computes solvent accessible surface area
  78 g_order|computes the order parameter per atom for carbon tails
  79 g_sgangle|computes the angle and distance between two groups
  80 g_disre|analyzes distance restraints
  81 END
  82
  83 HEAD|Kinetic properties
  84 g_velacc|calculates velocity autocorrelation functions
  85 END
  86
  87 HEAD|Electrostatic properties
  88 genion|generates mono atomic ions on energetically favorable positions
  89 g_potential|calculates the electrostatic potential across the box
  90 g_dipoles|computes the total dipole plus fluctuations
  91 g_dielectric|calculates frequency dependent dielectric constants
  92 END
  93
  94 HEAD|Protein specific analysis
  95 do_dssp|assigns secondary structure and calculates solvent accessible surface area
  96 g_chi|calculates everything you want to know about chi and other dihedrals
  97 g_helix|calculates everything you want to know about helices
  98 g_rama|computes Ramachandran plots
  99 xrama|shows animated Ramachandran plots
 100 wheel|plots helical wheels
 101 END
 102
 103 HEAD|Interfaces
 104 g_potential|calculates the electrostatic potential across the box
 105 g_density|calculates the density of the system
 106 g_order|computes the order parameter per atom for carbon tails
 107 g_h2order|computes the orientation of water molecules
 108 END
 109
 110
 111 HEAD|Covariance analysis
 112 g_covar|calculates and diagonalizes the covariance matrix
 113 g_anaeig|analyzes the eigenvectors
 114 END
 115
 116 HEAD|Normal modes
 117 grompp|makes a run input file
 118 mdrun|finds a potential energy minimum
 119 nmrun|calculates the Hessian
 120 g_nmeig|diagonalizes the Hessian
 121 g_anaeig|analyzes the normal modes
 122 g_nmens|generates an ensemble of structures from the normal modes
 123 END