share/tutor/nmr2/grompp.mdp

   1 ;
   2 ;       File 'mdout.mdp' was generated
   3 ;       By user: erik (214)
   4 ;       On host: gaugain.theophys.kth.se
   5 ;       At date: Tue May 15 20:00:22 2001
   6 ;
   7
   8 ; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS =
   9 title                    = Yo
  10 cpp                      = /usr/bin/cpp
  11 include                  = -I../top
  12 define                   =
  13
  14 ; RUN CONTROL PARAMETERS =
  15 integrator               = md
  16 ; start time and timestep in ps =
  17 tinit                    = 0.0
  18 dt                       = 0.002
  19 nsteps                   = 5000
  20 ; number of steps for center of mass motion removal =
  21 nstcomm                  = 1
  22 comm-grps                =
  23
  24 ; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS =
  25 ; Temperature, friction coefficient (amu/ps) and random seed =
  26 bd-temp                  = 300
  27 bd-fric                  = 0
  28 ld-seed                  = 1993
  29
  30 ; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS =
  31 ; Force tolerance and initial step-size =
  32 emtol                    = 0.001
  33 emstep                   = 0.1
  34 ; Max number of iterations in relax_shells =
  35 niter                    = 0
  36 ; Frequency of steepest descents steps when doing CG =
  37 nstcgsteep               = 1000
  38
  39 ; OUTPUT CONTROL OPTIONS =
  40 ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f) =
  41 nstxout                  = 10
  42 nstvout                  = 0
  43 nstfout                  = 0
  44 ; Output frequency for energies to log file and energy file =
  45 nstlog                   = 100
  46 nstenergy                = 100
  47 ; Output frequency and precision for xtc file =
  48 nstxtcout                = 10
  49 xtc_precision            = 1000
  50 ; This selects the subset of atoms for the xtc file. You can =
  51 ; select multiple groups. By default all atoms will be written. =
  52 xtc-grps                 =
  53 ; Selection of energy groups =
  54 energygrps               = System
  55
  56 ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS =
  57 ; nblist update frequency =
  58 nstlist                  = 100
  59 ; ns algorithm (simple or grid) =
  60 ns_type                  = simple
  61 ; Periodic boundary conditions: xyz or none =
  62 pbc                      = xyz
  63 ; nblist cut-off         =
  64 rlist                    = 1
  65 domain-decomposition     = no
  66
  67 ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW =
  68 ; Method for doing electrostatics =
  69 coulombtype              = Cut-off
  70 rcoulomb-switch          = 0
  71 rcoulomb                 = 1
  72 ; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction field =
  73 epsilon_r                = 1.0
  74 ; Method for doing Van der Waals =
  75 vdw-type                 = Cut-off
  76 ; cut-off lengths        =
  77 rvdw-switch              = 0
  78 rvdw                     = 1
  79 ; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure =
  80 DispCorr                 = no
  81 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid =
  82 fourierspacing           = 0.12
  83 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used =
  84 fourier_nx               = 0
  85 fourier_ny               = 0
  86 fourier_nz               = 0
  87 ; EWALD/PME/PPPM parameters =
  88 pme_order                = 4
  89 ewald_rtol               = 1e-05
  90 epsilon_surface          = 0
  91 optimize_fft             = no
  92
  93 ; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS =
  94 ; Temperature coupling   =
  95 tcoupl                   = berendsen
  96 ; Groups to couple separately =
  97 tc-grps                  = System
  98 ; Time constant (ps) and reference temperature (K) =
  99 tau_t                    = 0.1
 100 ref_t                    = 300
 101 ; Pressure coupling      =
 102 Pcoupl                   = no
 103 Pcoupltype               = Isotropic
 104 ; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar) =
 105 tau_p                    = 1
 106 compressibility          =
 107 ref_p                    = 1.0  1.0     1.0
 108
 109 ; SIMULATED ANNEALING CONTROL =
 110 annealing                = no
 111 ; Time at which temperature should be zero (ps) =
 112 zero-temp_time           = 0
 113
 114 ; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN =
 115 gen_vel                  = yes
 116 gen_temp                 = 300.0
 117 gen_seed                 = 173529
 118
 119 ; OPTIONS FOR BONDS     =
 120 constraints              = none
 121 ; Type of constraint algorithm =
 122 constraint-algorithm     = Lincs
 123 ; Do not constrain the start configuration =
 124 unconstrained-start      = no
 125 ; Relative tolerance of shake =
 126 shake-tol                = 1e-04
 127 ; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix =
 128 lincs-order              = 4
 129 ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond =
 130 ; rotates over more degrees than =
 131 lincs-warnangle          = 30
 132 ; Convert harmonic bonds to morse potentials =
 133 morse                    = no
 134
 135 ; NMR refinement stuff  =
 136 ; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble =
 137 disre                    = Simple
 138 ; Force weighting of pairs in one distance restraint: Equal or Conservative =
 139 disre-weighting          = Equal
 140 ; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation =
 141 disre-mixed              = no
 142 disre_fc                 = 1000
 143 disre_tau                = 0.0
 144 ; Output frequency for pair distances to energy file =
 145 nstdisreout              = 100
 146
 147 ; Free energy control stuff =
 148 free-energy              = no
 149 init-lambda              = 0
 150 delta-lambda             = 0
 151 sc-alpha                 = 0
 152 sc-sigma                 = 0.3
 153
 154 ; Non-equilibrium MD stuff =
 155 acc-grps                 =
 156 accelerate               =
 157 freezegrps               =
 158 freezedim                =
 159 cos-acceleration         = 0
 160 energygrp_excl           =
 161
 162 ; Electric fields       =
 163 ; Format is number of terms (int) and for all terms an amplitude (real) =
 164 ; and a phase angle (real) =
 165 E-x                      =
 166 E-xt                     =
 167 E-y                      =
 168 E-yt                     =
 169 E-z                      =
 170 E-zt                     =
 171
 172 ; User defined thingies =
 173 user1-grps               =
 174 user2-grps               =
 175 userint1                 = 0
 176 userint2                 = 0
 177 userint3                 = 0
 178 userint4                 = 0
 179 userreal1                = 0
 180 userreal2                = 0
 181 userreal3                = 0
 182 userreal4                = 0