| blob | aba47f844f14ca03b1766ac832b937162addc565 |
1 ; This is your topology file
2 ; "These Gromacs Guys Really Rock" (P.J. Meulenhoff)
3 ; Include forcefield constants
4 #include "ffgmx2.itp"
6 [ moleculetype ]
7 ; Name nrexcl
8 Protein 3
10 [ atoms ]
11 ; nr type resnr residu atom cgnr charge mass
12 1 NT 1 TYR N 1 -0.83 ; qtot: -0.83
13 2 H 1 TYR H1 1 0.415 ; qtot: -0.415
14 3 H 1 TYR H2 1 0.415 ; qtot: 0
15 4 C1 1 TYR CA 2 0 ; qtot: 0
16 5 HC 1 TYR HA 3 0 ; qtot: 0
17 6 C2 1 TYR CB 4 0 ; qtot: 0
18 7 HC 1 TYR HB1 5 0 ; qtot: 0
19 8 HC 1 TYR HB2 6 0 ; qtot: 0
20 9 CB 1 TYR CG 7 0 ; qtot: 0
21 10 CR6 1 TYR CD1 8 -0.14 ; qtot: -0.14
22 11 HCR 1 TYR HD1 8 0.14 ; qtot: 0
23 12 CR6 1 TYR CD2 9 -0.14 ; qtot: -0.14
24 13 HCR 1 TYR HD2 9 0.14 ; qtot: 0
25 14 CR6 1 TYR CE1 10 -0.14 ; qtot: -0.14
26 15 HCR 1 TYR HE1 10 0.14 ; qtot: 0
27 16 CR6 1 TYR CE2 11 -0.14 ; qtot: -0.14
28 17 HCR 1 TYR HE2 11 0.14 ; qtot: 0
29 18 CB 1 TYR CZ 12 0.15 ; qtot: 0.15
30 19 OA 1 TYR OH 12 -0.548 ; qtot: -0.398
31 20 HO 1 TYR HH 12 0.398 ; qtot: 2.98023e-08
32 21 C 1 TYR C 13 0.38 ; qtot: 0.38
33 22 O 1 TYR O 13 -0.38 ; qtot: 2.98023e-08
34 23 N 2 ALA N 14 -0.28 ; qtot: -0.28
35 24 H 2 ALA H 14 0.28 ; qtot: 2.98023e-08
36 25 C1 2 ALA CA 15 0 ; qtot: 2.98023e-08
37 26 HC 2 ALA HA 16 0 ; qtot: 2.98023e-08
38 27 C3 2 ALA CB 17 0 ; qtot: 2.98023e-08
39 28 HC 2 ALA HB1 18 0 ; qtot: 2.98023e-08
40 29 HC 2 ALA HB2 19 0 ; qtot: 2.98023e-08
41 30 HC 2 ALA HB3 20 0 ; qtot: 2.98023e-08
42 31 C 2 ALA C 21 0.38 ; qtot: 0.38
43 32 O 2 ALA O 21 -0.38 ; qtot: 2.98023e-08
44 33 N 3 SER N 22 -0.28 ; qtot: -0.28
45 34 H 3 SER H 22 0.28 ; qtot: 2.98023e-08
46 35 C1 3 SER CA 23 0 ; qtot: 2.98023e-08
47 36 HC 3 SER HA 24 0 ; qtot: 2.98023e-08
48 37 C2 3 SER CB 25 0.15 ; qtot: 0.15
49 38 HC 3 SER HB1 25 0 ; qtot: 0.15
50 39 HC 3 SER HB2 25 0 ; qtot: 0.15
51 40 OA 3 SER OG 25 -0.548 ; qtot: -0.398
52 41 HO 3 SER HG 25 0.398 ; qtot: 5.96046e-08
53 42 C 3 SER C 26 0.38 ; qtot: 0.38
54 43 O 3 SER O 26 -0.38 ; qtot: 5.96046e-08
55 44 N 4 THR N 27 -0.28 ; qtot: -0.28
56 45 H 4 THR H 27 0.28 ; qtot: 5.96046e-08
57 46 C1 4 THR CA 28 0 ; qtot: 5.96046e-08
58 47 HC 4 THR HA 29 0 ; qtot: 5.96046e-08
59 48 C1 4 THR CB 30 0.15 ; qtot: 0.15
60 49 HC 4 THR HB 30 0 ; qtot: 0.15
61 50 OA 4 THR OG1 30 -0.548 ; qtot: -0.398
62 51 HO 4 THR HG1 30 0.398 ; qtot: 8.9407e-08
63 52 C3 4 THR CG2 31 0 ; qtot: 8.9407e-08
64 53 HC 4 THR HG21 32 0 ; qtot: 8.9407e-08
65 54 HC 4 THR HG22 33 0 ; qtot: 8.9407e-08
66 55 HC 4 THR HG23 34 0 ; qtot: 8.9407e-08
67 56 C 4 THR C 35 0.53 ; qtot: 0.53
68 57 O 4 THR OT 35 -0.38 ; qtot: 0.15
69 58 OA 4 THR O 35 -0.548 ; qtot: -0.398
70 59 HO 4 THR HO 35 0.398 ; qtot: 1.19209e-07
72 [ bonds ]
73 ; ai aj funct
74 1 2 1
75 1 3 1
76 1 4 1
77 4 5 1
78 4 6 1
79 4 21 1
80 6 7 1
81 6 8 1
82 6 9 1
83 9 10 1
84 9 12 1
85 10 11 1
86 10 14 1
87 12 13 1
88 12 16 1
89 14 15 1
90 14 18 1
91 16 17 1
92 16 18 1
93 18 19 1
94 19 20 1
95 21 22 1
96 21 23 1
97 23 24 1
98 23 25 1
99 25 26 1
100 25 27 1
101 25 31 1
102 27 28 1
103 27 29 1
104 27 30 1
105 31 32 1
106 31 33 1
107 33 34 1
108 33 35 1
109 35 36 1
110 35 37 1
111 35 42 1
112 37 38 1
113 37 39 1
114 37 40 1
115 40 41 1
116 42 43 1
117 42 44 1
118 44 45 1
119 44 46 1
120 46 47 1
121 46 48 1
122 46 56 1
123 48 49 1
124 48 50 1
125 48 52 1
126 50 51 1
127 52 53 1
128 52 54 1
129 52 55 1
130 56 57 1
131 56 58 1
132 58 59 1
134 [ pairs ]
135 ; ai aj funct
136 1 7 1
137 1 8 1
138 1 9 1
139 1 22 1
140 1 23 1
141 2 6 1
142 2 21 1
143 3 6 1
144 3 21 1
145 4 10 1
146 4 12 1
147 4 24 1
148 4 25 1
149 5 9 1
150 5 22 1
151 5 23 1
152 6 11 1
153 6 13 1
154 6 14 1
155 6 16 1
156 6 22 1
157 6 23 1
158 7 10 1
159 7 12 1
160 7 21 1
161 8 10 1
162 8 12 1
163 8 21 1
164 9 15 1
165 9 17 1
166 9 18 1
167 9 21 1
168 10 13 1
169 10 16 1
170 10 19 1
171 11 12 1
172 11 18 1
173 12 14 1
174 12 19 1
175 13 18 1
176 14 17 1
177 14 20 1
178 15 16 1
179 15 19 1
180 16 20 1
181 17 19 1
182 21 26 1
183 21 27 1
184 21 31 1
185 22 24 1
186 22 25 1
187 23 28 1
188 23 29 1
189 23 30 1
190 23 32 1
191 23 33 1
192 24 27 1
193 24 31 1
194 25 34 1
195 25 35 1
196 26 32 1
197 26 33 1
198 27 32 1
199 27 33 1
200 28 31 1
201 29 31 1
202 30 31 1
203 31 36 1
204 31 37 1
205 31 42 1
206 32 34 1
207 32 35 1
208 33 38 1
209 33 39 1
210 33 40 1
211 33 43 1
212 33 44 1
213 34 37 1
214 34 42 1
215 35 41 1
216 35 45 1
217 35 46 1
218 36 40 1
219 36 43 1
220 36 44 1
221 37 43 1
222 37 44 1
223 38 42 1
224 39 42 1
225 40 42 1
226 42 47 1
227 42 48 1
228 42 56 1
229 43 45 1
230 43 46 1
231 44 49 1
232 44 50 1
233 44 52 1
234 44 57 1
235 44 58 1
236 45 48 1
237 45 56 1
238 46 51 1
239 46 53 1
240 46 54 1
241 46 55 1
242 46 59 1
243 47 50 1
244 47 52 1
245 47 57 1
246 47 58 1
247 48 57 1
248 48 58 1
249 49 56 1
250 50 53 1
251 50 54 1
252 50 55 1
253 50 56 1
254 51 52 1
255 52 56 1
256 57 59 1
258 [ angles ]
259 ; ai aj ak funct
260 2 1 3 1
261 2 1 4 1
262 3 1 4 1
263 1 4 5 1
264 1 4 6 1
265 1 4 21 1
266 5 4 6 1
267 5 4 21 1
268 6 4 21 1
269 4 6 7 1
270 4 6 8 1
271 4 6 9 1
272 7 6 8 1
273 7 6 9 1
274 8 6 9 1
275 6 9 10 1
276 6 9 12 1
277 10 9 12 1
278 9 10 11 1
279 9 10 14 1
280 11 10 14 1
281 9 12 13 1
282 9 12 16 1
283 13 12 16 1
284 10 14 15 1
285 10 14 18 1
286 15 14 18 1
287 12 16 17 1
288 12 16 18 1
289 17 16 18 1
290 14 18 16 1
291 14 18 19 1
292 16 18 19 1
293 18 19 20 1
294 4 21 22 1
295 4 21 23 1
296 22 21 23 1
297 21 23 24 1
298 21 23 25 1
299 24 23 25 1
300 23 25 26 1
301 23 25 27 1
302 23 25 31 1
303 26 25 27 1
304 26 25 31 1
305 27 25 31 1
306 25 27 28 1
307 25 27 29 1
308 25 27 30 1
309 28 27 29 1
310 28 27 30 1
311 29 27 30 1
312 25 31 32 1
313 25 31 33 1
314 32 31 33 1
315 31 33 34 1
316 31 33 35 1
317 34 33 35 1
318 33 35 36 1
319 33 35 37 1
320 33 35 42 1
321 36 35 37 1
322 36 35 42 1
323 37 35 42 1
324 35 37 38 1
325 35 37 39 1
326 35 37 40 1
327 38 37 39 1
328 38 37 40 1
329 39 37 40 1
330 37 40 41 1
331 35 42 43 1
332 35 42 44 1
333 43 42 44 1
334 42 44 45 1
335 42 44 46 1
336 45 44 46 1
337 44 46 47 1
338 44 46 48 1
339 44 46 56 1
340 47 46 48 1
341 47 46 56 1
342 48 46 56 1
343 46 48 49 1
344 46 48 50 1
345 46 48 52 1
346 49 48 50 1
347 49 48 52 1
348 50 48 52 1
349 48 50 51 1
350 48 52 53 1
351 48 52 54 1
352 48 52 55 1
353 53 52 54 1
354 53 52 55 1
355 54 52 55 1
356 46 56 57 1
357 46 56 58 1
358 57 56 58 1
359 56 58 59 1
361 [ dihedrals ]
362 ; ai aj ak al funct
363 2 1 4 6 1
364 1 4 6 9 1
365 1 4 21 22 1
366 4 6 9 10 1
367 14 18 19 20 1
368 4 21 23 25 1
369 21 23 25 27 1
370 23 25 27 28 1
371 23 25 31 32 1
372 25 31 33 35 1
373 31 33 35 37 1
374 33 35 37 40 1
375 33 35 42 43 1
376 35 37 40 41 1
377 35 42 44 46 1
378 42 44 46 48 1
379 44 46 48 50 1
380 44 46 56 57 1
381 46 48 50 51 1
382 46 48 52 53 1
383 46 56 58 59 1
385 [ dihedrals ]
386 ; ai aj ak al funct
387 9 10 12 6 2
388 9 10 14 18 2
389 9 12 16 18 2
390 10 14 9 11 2
391 10 9 12 16 2
392 10 14 18 16 2
393 12 16 9 13 2
394 12 9 10 14 2
395 12 16 18 14 2
396 14 10 18 15 2
397 16 18 12 17 2
398 18 14 16 19 2
399 21 4 23 22 2
400 23 21 25 24 2
401 31 25 33 32 2
402 33 31 35 34 2
403 42 35 44 43 2
404 44 42 46 45 2
406 ; Include water topology
407 #ifdef FLEX_SPC
408 #include "flexspc.itp"
409 #else
410 #include "spc.itp"
411 #endif
413 [ system ]
414 ; Name
415 Protein in Water
417 [ molecules ]
418 ; Compound #mols
419 Protein 1