CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
   2
   3 project(Gromacs)
   4 include(Dart)
   5 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
   6 # VERSION[-dev-SUFFIX] where the VERSION can have any form and the suffix
   7 set(PROJECT_VERSION "4.0.99-dev-20100315"
   8     CACHE STRING "Gromacs version string")
   9
  10 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  11 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  12
  13 ########################################################################
  14 # User input options                                                   #
  15 ########################################################################
  16 option(GMX_DOUBLE "Use double precision" OFF)
  17 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
  18 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (threaded-based) version of GROMACS: (doesn't work yet!)" ON)
  19 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
  20 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
  21 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library" OFF)
  22 set(GMX_ACCELERATION "none"
  23     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
  24
  25 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
  26     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
  27 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
  28        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
  29 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
  30     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess")
  31 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
  32 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI)" OFF)
  33 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
  34 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
  35 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
  36
  37 enable_language(C)
  38
  39 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
  40 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
  41 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
  42
  43 #######################################################################
  44 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
  45 #######################################################################
  46 if(GMX_OPENMM)
  47     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
  48     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
  49     set (GMX_FFT_LIBRARY "fftpack")
  50     if(GMX_MPI)
  51         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
  52     endif(GMX_MPI)
  53     if(GMX_THREADS)
  54         message(STATUS "Threads not compatible with OpenMM build, disabled")
  55         set(GMX_THREADS OFF)
  56     endif(GMX_THREADS)
  57     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  58         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF)
  59     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  60     if(NOT GMX_ACCELERATION MATCHES "none")
  61         message(WARNING "The OpenMM build does not support other acceleration modes!")
  62         set(GMX_ACCELERATION "none")
  63     endif()
  64     if(GMX_FAHCORE)
  65         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
  66     endif(GMX_FAHCORE)
  67 endif(GMX_OPENMM)
  68
  69
  70 ########################################################################
  71 # Fix stupid flags on MSVC
  72 ########################################################################
  73 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  74     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  75     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  76     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  77     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  78 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  79
  80 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  81
  82 ########################################################################
  83 #Process MPI settings
  84 ########################################################################
  85 if(GMX_MPI)
  86     if(GMX_THREADS)
  87         #message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
  88         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL
  89             "Thread-based parallelization conflicts with MPI." FORCE)
  90     endif(GMX_THREADS)
  91     find_package(MPI)
  92     if(MPI_FOUND)
  93         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
  94         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
  95
  96         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
  97         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
  98         add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
  99         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
 100         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
 101             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
 102         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
 103     else(MPI_FOUND)
 104         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
 105     endif(MPI_FOUND)
 106     include(gmxTestCatamount)
 107     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
 108     if(GMX_CRAY_XT3)
 109         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
 110         set(GMX_NO_NICE 1)
 111     endif(GMX_CRAY_XT3)
 112     set(GMX_LIB_MPI 1)
 113 endif(GMX_MPI)
 114
 115 ########################################################################
 116 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 117 ########################################################################
 118 include(CheckIncludeFiles)
 119 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 120 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 121 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 122 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 123 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 124 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 125 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 126 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 127 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 128 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 129 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 130 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 131 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 132 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 133 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 134 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 135 # SSE support
 136 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 137 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
 138 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 139 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 140
 141 include(CheckFunctionExists)
 142 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 143 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 144 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 145 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 146 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 147 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 148 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 149 check_function_exists(isfinite          HAVE_ISFINITE)
 150 check_function_exists(_isfinite         HAVE__ISFINITE)
 151 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
 152 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
 153 # After large files? check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 154
 155 include(CheckLibraryExists)
 156 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 157
 158 include(CheckTypeSize)
 159 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 160 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 161 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 162 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 163 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 164 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 165
 166 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 167 check_type_size(uid_t uid_t)
 168 if(NOT uid_t)
 169   set(uid_t int)
 170 else(NOT uid_t)
 171   set(uid_t 0)
 172 endif(NOT uid_t)
 173
 174 check_type_size(gid_t gid_t)
 175 if(NOT gid_t)
 176   set(gid_t 1)
 177 else(NOT gid_t)
 178   set(gid_t 0)
 179 endif(NOT gid_t)
 180
 181 check_type_size(size_t size_t)
 182 if(NOT size_t)
 183   set(size_t int)
 184 else(NOT size_t)
 185   set(size_t 0)
 186 endif(NOT size_t)
 187
 188 check_type_size(off_t off_t)
 189 if(NOT off_t)
 190   set(off_t int)
 191 else(NOT off_t)
 192   set(off_t 0)
 193 endif(NOT off_t)
 194
 195 include(TestBigEndian)
 196 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 197
 198
 199
 200 ########################################################################
 201 # Find external packages                                               #
 202 ########################################################################
 203
 204 find_package(LibXml2)
 205 if(LIBXML2_FOUND)
 206     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 207     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 208     set(HAVE_LIBXML2 1)
 209 endif(LIBXML2_FOUND)
 210
 211 find_package(X11)
 212 # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 213 if(X11_FOUND)
 214     set(HAVE_X11 1)
 215 endif(X11_FOUND)
 216
 217 if(GMX_THREADS)
 218     include(ThreadMPI)
 219     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 220     set(GMX_MPI 1)
 221     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 222     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 223         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
 224     endif()
 225 endif(GMX_THREADS)
 226
 227 if(GMX_OPENMM)
 228     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 229     find_package(CUDA 2.3 REQUIRED)
 230     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 231     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 232         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 233     endif()
 234     find_package(OpenMM)
 235 endif(GMX_OPENMM)
 236
 237 if(APPLE)
 238    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 239    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 240 endif(APPLE)
 241
 242 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 243 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 244     if(USE_VERSION_H)
 245         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not
 246         # fund or the version is too small, we can't generate version information.
 247         find_package(Git 1.5.1)
 248         if(NOT Git_FOUND OR Git_VERSION VERSION_LESS "1.5.1")
 249             message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 250         endif()
 251     endif()
 252 else()
 253     set(USE_VERSION_H OFF)
 254 endif()
 255
 256 ########################################################################
 257 # Generate development version info for cache
 258 ########################################################################
 259 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 260 # include(gmxGenerateVersionString)
 261
 262 ########################################################################
 263 # Our own GROMACS tests
 264 ########################################################################
 265
 266 include(gmxCFlags)
 267 gmx_c_flags()
 268
 269 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 270 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 271 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 272
 273 include(gmxCheckBuildUserTime)
 274 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 275
 276 include(gmxTestFloatFormat)
 277 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 278                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 279                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 280
 281 include(gmxTestLargeFiles)
 282 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 283
 284 include(gmxTestSignal)
 285 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
 286
 287 include(gmxTestInline)
 288 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 289
 290 include(gmxTestPipes)
 291 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 292
 293 include(gmxTestInlineASM)
 294 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 295 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 296
 297
 298 include(gmxTestXDR)
 299 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 300 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 301     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 302 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 303
 304 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 305     enable_language(Fortran)
 306     include(FortranCInterface)
 307     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 308     if(extra_under_score)
 309         set(extrasuffix "_")
 310     endif(extra_under_score)
 311
 312     if(isupper)
 313         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## NAME ## ${suffix}")
 314         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## NAME ## ${suffix}${extrasuffix}")
 315     else(isupper)
 316         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## name ## ${suffix}")
 317         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## name ## ${suffix}${extrasuffix}")
 318     endif(isupper)
 319 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 320         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 321         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 322 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 323
 324
 325 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 326 option(GMX_ASM_USECCOMPILER "Use C compiler for assembly" ON)
 327 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 328 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 329   # nothing to do
 330 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 331     if(HAVE_XMMINTRIN_H)
 332         if(GMX_IA32_ASM)
 333           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 334           set(GMX_IA32_SSE 1)
 335         else(GMX_IA32_ASM) #only use intrinsic if not using the ASM loops
 336           set(GMX_SSE 1)
 337         endif(GMX_IA32_ASM)
 338     endif(HAVE_XMMINTRIN_H)
 339     if(HAVE_EMMINTRIN_H)
 340         if(GMX_X86_64_ASM)
 341           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 342           set(GMX_X86_64_SSE 1)
 343         else(GMX_X86_64_ASM)  #only use intrinsic if not using the ASM loops
 344           if(NOT GMX_IA32_ASM)
 345             set(GMX_SSE2 1)
 346           endif(NOT GMX_IA32_ASM)
 347         endif(GMX_X86_64_ASM)
 348     endif(HAVE_EMMINTRIN_H)
 349 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 350 #        set(GMX_SSE3 1)
 351 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 352 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 353 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 354 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 355
 356 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 357     set(GMX_FORTRAN 1)
 358 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 359     set(GMX_BLUEGENE 1)
 360 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 361     set(GMX_POWER6 1)
 362 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 363     set(GMX_IA64_ASM 1)
 364     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 365     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 366 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 367     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 368     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 369         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 370     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 371 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 372     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 373 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 374
 375
 376
 377
 378
 379
 380
 381 # Process QM/MM Settings
 382 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 383 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 384     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 385 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 386     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 387 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 388     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 389 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 390     # nothing to do
 391 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 392     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, None")
 393 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 394
 395 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 396 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 397 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 398 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
 399     if(GMX_DOUBLE)
 400         find_package(FFTW3 REQUIRED)
 401     else(GMX_DOUBLE)
 402         find_package(FFTW3F REQUIRED)
 403     endif(GMX_DOUBLE)
 404
 405     if(NOT FFTW3_FOUND)
 406         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 407     endif(NOT FFTW3_FOUND)
 408
 409     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 410     include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
 411     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
 412
 413 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 414 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
 415     if(GMX_DOUBLE)
 416         find_package(FFTW2 REQUIRED)
 417     else(GMX_DOUBLE)
 418         find_package(FFTW2F REQUIRED)
 419     endif(GMX_DOUBLE)
 420
 421     if(NOT FFTW2_FOUND)
 422            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 423     endif(NOT FFTW2_FOUND)
 424     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
 425     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
 426
 427     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 428         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
 429     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
 430         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
 431     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 432         set(FFTW2_NAME_FFTW 1)
 433     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 434
 435     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
 436 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 437 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 438     find_package(MKL REQUIRED)
 439     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 440     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 441
 442     set(GMX_FFT_MKL 1)
 443     set(HAVE_MKL 1)
 444
 445 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 446 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 447 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 448 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 449     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 450     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 451 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 452     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
 453 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 454
 455 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 456 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 457   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 458   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 459 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 460   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 461   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 462 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 463
 464 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 465 if(HAVE_LIBM)
 466     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 467 endif(HAVE_LIBM)
 468
 469
 470
 471 if(GMX_FAHCORE)
 472   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 473       "Path to swindirect.h")
 474   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 475 endif(GMX_FAHCORE)
 476
 477 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 478 set(CMAKE_C_FLAGS ${GROMACS_C_FLAGS} CACHE STRING "Compiler flags")
 479 set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} CACHE STRING "Linker flags")
 480
 481 ########################################################################
 482 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 483 ########################################################################
 484 set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 485 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 486 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 487 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 488
 489 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 490
 491
 492 add_subdirectory(share)
 493 add_subdirectory(include)
 494 add_subdirectory(man)
 495
 496 add_subdirectory(src)
 497
 498