man/man1/g_anaeig.1

   1 .TH g_anaeig 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_anaeig - analyzes the eigenvectors
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_anaeig\fP
   8 .BI "-v" " eigenvec.trr "
   9 .BI "-v2" " eigenvec2.trr "
  10 .BI "-f" " traj.xtc "
  11 .BI "-s" " topol.tpr "
  12 .BI "-n" " index.ndx "
  13 .BI "-eig" " eigenval.xvg "
  14 .BI "-eig2" " eigenval2.xvg "
  15 .BI "-comp" " eigcomp.xvg "
  16 .BI "-rmsf" " eigrmsf.xvg "
  17 .BI "-proj" " proj.xvg "
  18 .BI "-2d" " 2dproj.xvg "
  19 .BI "-3d" " 3dproj.pdb "
  20 .BI "-filt" " filtered.xtc "
  21 .BI "-extr" " extreme.pdb "
  22 .BI "-over" " overlap.xvg "
  23 .BI "-inpr" " inprod.xpm "
  24 .BI "-[no]h" ""
  25 .BI "-nice" " int "
  26 .BI "-b" " time "
  27 .BI "-e" " time "
  28 .BI "-dt" " time "
  29 .BI "-tu" " enum "
  30 .BI "-[no]w" ""
  31 .BI "-[no]xvgr" ""
  32 .BI "-first" " int "
  33 .BI "-last" " int "
  34 .BI "-skip" " int "
  35 .BI "-max" " real "
  36 .BI "-nframes" " int "
  37 .BI "-[no]split" ""
  38 .BI "-[no]entropy" ""
  39 .BI "-temp" " real "
  40 .BI "-nevskip" " int "
  41 .SH DESCRIPTION
  42
  43 .B g_anaeig
  44 analyzes eigenvectors. The eigenvectors can be of a
  45 covariance matrix (
  46 .B g_covar
  47 ) or of a Normal Modes anaysis
  48 (
  49 .B g_nmeig
  50 ).
  51
  52
  53 When a trajectory is projected on eigenvectors, all structures are
  54 fitted to the structure in the eigenvector file, if present, otherwise
  55 to the structure in the structure file. When no run input file is
  56 supplied, periodicity will not be taken into account. Most analyses
  57 are performed on eigenvectors
  58 .B -first
  59 to
  60 .B -last
  61 , but when
  62
  63 .B -first
  64 is set to -1 you will be prompted for a selection.
  65
  66
  67
  68 .B -comp
  69 : plot the vector components per atom of eigenvectors
  70
  71 .B -first
  72 to
  73 .B -last
  74 .
  75
  76
  77
  78 .B -rmsf
  79 : plot the RMS fluctuation per atom of eigenvectors
  80
  81 .B -first
  82 to
  83 .B -last
  84 (requires
  85 .B -eig
  86 ).
  87
  88
  89
  90 .B -proj
  91 : calculate projections of a trajectory on eigenvectors
  92
  93 .B -first
  94 to
  95 .B -last
  96 .
  97 The projections of a trajectory on the eigenvectors of its
  98 covariance matrix are called principal components (pc's).
  99 It is often useful to check the cosine content the pc's,
 100 since the pc's of random diffusion are cosines with the number
 101 of periods equal to half the pc index.
 102 The cosine content of the pc's can be calculated with the program
 103
 104 .B g_analyze
 105 .
 106
 107
 108
 109 .B -2d
 110 : calculate a 2d projection of a trajectory on eigenvectors
 111
 112 .B -first
 113 and
 114 .B -last
 115 .
 116
 117
 118
 119 .B -3d
 120 : calculate a 3d projection of a trajectory on the first
 121 three selected eigenvectors.
 122
 123
 124
 125 .B -filt
 126 : filter the trajectory to show only the motion along
 127 eigenvectors
 128 .B -first
 129 to
 130 .B -last
 131 .
 132
 133
 134
 135 .B -extr
 136 : calculate the two extreme projections along a trajectory
 137 on the average structure and interpolate
 138 .B -nframes
 139 frames
 140 between them, or set your own extremes with
 141 .B -max
 142 . The
 143 eigenvector
 144 .B -first
 145 will be written unless
 146 .B -first
 147 and
 148
 149 .B -last
 150 have been set explicitly, in which case all eigenvectors
 151 will be written to separate files. Chain identifiers will be added
 152 when writing a
 153 .B .pdb
 154 file with two or three structures (you
 155 can use
 156 .B rasmol -nmrpdb
 157 to view such a pdb file).
 158
 159
 160   Overlap calculations between covariance analysis:
 161
 162   NOTE: the analysis should use the same fitting structure
 163
 164
 165
 166 .B -over
 167 : calculate the subspace overlap of the eigenvectors in
 168 file
 169 .B -v2
 170 with eigenvectors
 171 .B -first
 172 to
 173 .B -last
 174
 175 in file
 176 .B -v
 177 .
 178
 179
 180
 181 .B -inpr
 182 : calculate a matrix of inner-products between
 183 eigenvectors in files
 184 .B -v
 185 and
 186 .B -v2
 187 . All eigenvectors
 188 of both files will be used unless
 189 .B -first
 190 and
 191 .B -last
 192
 193 have been set explicitly.
 194
 195
 196 When
 197 .B -v
 198 ,
 199 .B -eig
 200 ,
 201 .B -v2
 202 and
 203 .B -eig2
 204 are given,
 205 a single number for the overlap between the covariance matrices is
 206 generated. The formulas are:
 207
 208         difference = sqrt(tr((sqrt(M1) - sqrt(M2))2))
 209
 210 normalized overlap = 1 - difference/sqrt(tr(M1) + tr(M2))
 211
 212      shape overlap = 1 - sqrt(tr((sqrt(M1/tr(M1)) - sqrt(M2/tr(M2)))2))
 213
 214 where M1 and M2 are the two covariance matrices and tr is the trace
 215 of a matrix. The numbers are proportional to the overlap of the square
 216 root of the fluctuations. The normalized overlap is the most useful
 217 number, it is 1 for identical matrices and 0 when the sampled
 218 subspaces are orthogonal.
 219
 220
 221 When the
 222 .B -entropy
 223 flag is given an entropy estimate will be
 224 computed based on the Quasiharmonic approach and based on
 225 Schlitter's formula.
 226 .SH FILES
 227 .BI "-v" " eigenvec.trr"
 228 .B Input
 229  Full precision trajectory: trr trj cpt
 230
 231 .BI "-v2" " eigenvec2.trr"
 232 .B Input, Opt.
 233  Full precision trajectory: trr trj cpt
 234
 235 .BI "-f" " traj.xtc"
 236 .B Input, Opt.
 237  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 238
 239 .BI "-s" " topol.tpr"
 240 .B Input, Opt.
 241  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
 242
 243 .BI "-n" " index.ndx"
 244 .B Input, Opt.
 245  Index file
 246
 247 .BI "-eig" " eigenval.xvg"
 248 .B Input, Opt.
 249  xvgr/xmgr file
 250
 251 .BI "-eig2" " eigenval2.xvg"
 252 .B Input, Opt.
 253  xvgr/xmgr file
 254
 255 .BI "-comp" " eigcomp.xvg"
 256 .B Output, Opt.
 257  xvgr/xmgr file
 258
 259 .BI "-rmsf" " eigrmsf.xvg"
 260 .B Output, Opt.
 261  xvgr/xmgr file
 262
 263 .BI "-proj" " proj.xvg"
 264 .B Output, Opt.
 265  xvgr/xmgr file
 266
 267 .BI "-2d" " 2dproj.xvg"
 268 .B Output, Opt.
 269  xvgr/xmgr file
 270
 271 .BI "-3d" " 3dproj.pdb"
 272 .B Output, Opt.
 273  Structure file: gro g96 pdb
 274
 275 .BI "-filt" " filtered.xtc"
 276 .B Output, Opt.
 277  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 278
 279 .BI "-extr" " extreme.pdb"
 280 .B Output, Opt.
 281  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 282
 283 .BI "-over" " overlap.xvg"
 284 .B Output, Opt.
 285  xvgr/xmgr file
 286
 287 .BI "-inpr" " inprod.xpm"
 288 .B Output, Opt.
 289  X PixMap compatible matrix file
 290
 291 .SH OTHER OPTIONS
 292 .BI "-[no]h"  "no    "
 293  Print help info and quit
 294
 295 .BI "-nice"  " int" " 19"
 296  Set the nicelevel
 297
 298 .BI "-b"  " time" " 0     "
 299  First frame (ps) to read from trajectory
 300
 301 .BI "-e"  " time" " 0     "
 302  Last frame (ps) to read from trajectory
 303
 304 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 305  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 306
 307 .BI "-tu"  " enum" " ps"
 308  Time unit:
 309 .B ps
 310 ,
 311 .B fs
 312 ,
 313 .B ns
 314 ,
 315 .B us
 316 ,
 317 .B ms
 318 or
 319 .B s
 320
 321
 322 .BI "-[no]w"  "no    "
 323  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 324
 325 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
 326  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
 327
 328 .BI "-first"  " int" " 1"
 329  First eigenvector for analysis (-1 is select)
 330
 331 .BI "-last"  " int" " 8"
 332  Last eigenvector for analysis (-1 is till the last)
 333
 334 .BI "-skip"  " int" " 1"
 335  Only analyse every nr-th frame
 336
 337 .BI "-max"  " real" " 0     "
 338  Maximum for projection of the eigenvector on the average structure, max=0 gives the extremes
 339
 340 .BI "-nframes"  " int" " 2"
 341  Number of frames for the extremes output
 342
 343 .BI "-[no]split"  "no    "
 344  Split eigenvector projections where time is zero
 345
 346 .BI "-[no]entropy"  "no    "
 347  Compute entropy according to the Quasiharmonic formula or Schlitter's method.
 348
 349 .BI "-temp"  " real" " 298.15"
 350  Temperature for entropy calculations
 351
 352 .BI "-nevskip"  " int" " 6"
 353  Number of eigenvalues to skip when computing the entropy due to the quasi harmonic approximation. When you do a rotational and/or translational fit prior to the covariance analysis, you get 3 or 6 eigenvalues that are very close to zero, and which should not be taken into account when computing the entropy.
 354