man/man1/g_dyndom.1

   1 .TH g_dyndom 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_dyndom - interpolate and extrapolate structure rotations
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_dyndom\fP
   8 .BI "-f" " dyndom.pdb "
   9 .BI "-o" " rotated.xtc "
  10 .BI "-n" " domains.ndx "
  11 .BI "-[no]h" ""
  12 .BI "-nice" " int "
  13 .BI "-firstangle" " real "
  14 .BI "-lastangle" " real "
  15 .BI "-nframe" " int "
  16 .BI "-maxangle" " real "
  17 .BI "-trans" " real "
  18 .BI "-head" " vector "
  19 .BI "-tail" " vector "
  20 .SH DESCRIPTION
  21 g_dyndom reads a pdb file output from DynDom
  22 http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/
  23 It reads the coordinates, and the coordinates of the rotation axis
  24 furthermore it reads an index file containing the domains.
  25 Furthermore it takes the first and last atom of the arrow file
  26 as command line arguments (head and tail) and
  27 finally it takes the translation vector (given in DynDom info file)
  28 and the angle of rotation (also as command line arguments). If the angle
  29 determined by DynDom is given, one should be able to recover the
  30 second structure used for generating the DynDom output.
  31 Because of limited numerical accuracy this should be verified by
  32 computing an all-atom RMSD (using
  33 .B g_confrms
  34 ) rather than by file
  35 comparison (using diff).
  36
  37
  38 The purpose of this program is to interpolate and extrapolate the
  39 rotation as found by DynDom. As a result unphysical structures with
  40 long or short bonds, or overlapping atoms may be produced. Visual
  41 inspection, and energy minimization may be necessary to
  42 validate the structure.
  43 .SH FILES
  44 .BI "-f" " dyndom.pdb"
  45 .B Input
  46  Protein data bank file
  47
  48 .BI "-o" " rotated.xtc"
  49 .B Output
  50  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  51
  52 .BI "-n" " domains.ndx"
  53 .B Input
  54  Index file
  55
  56 .SH OTHER OPTIONS
  57 .BI "-[no]h"  "no    "
  58  Print help info and quit
  59
  60 .BI "-nice"  " int" " 0"
  61  Set the nicelevel
  62
  63 .BI "-firstangle"  " real" " 0     "
  64  Angle of rotation about rotation vector
  65
  66 .BI "-lastangle"  " real" " 0     "
  67  Angle of rotation about rotation vector
  68
  69 .BI "-nframe"  " int" " 11"
  70  Number of steps on the pathway
  71
  72 .BI "-maxangle"  " real" " 0     "
  73  DymDom dtermined angle of rotation about rotation vector
  74
  75 .BI "-trans"  " real" " 0     "
  76  Translation (Aangstroem) along rotation vector (see DynDom info file)
  77
  78 .BI "-head"  " vector" " 0 0 0"
  79  First atom of the arrow vector
  80
  81 .BI "-tail"  " vector" " 0 0 0"
  82  Last atom of the arrow vector
  83