man/man1/g_order.1

   1 .TH g_order 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_order - computes the order parameter per atom for carbon tails
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_order\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-n" " index.ndx "
  10 .BI "-s" " topol.tpr "
  11 .BI "-o" " order.xvg "
  12 .BI "-od" " deuter.xvg "
  13 .BI "-os" " sliced.xvg "
  14 .BI "-Sg" " sg-ang.xvg "
  15 .BI "-Sk" " sk-dist.xvg "
  16 .BI "-[no]h" ""
  17 .BI "-nice" " int "
  18 .BI "-b" " time "
  19 .BI "-e" " time "
  20 .BI "-dt" " time "
  21 .BI "-[no]w" ""
  22 .BI "-[no]xvgr" ""
  23 .BI "-d" " enum "
  24 .BI "-sl" " int "
  25 .BI "-[no]szonly" ""
  26 .BI "-[no]unsat" ""
  27 .SH DESCRIPTION
  28 Compute the order parameter per atom for carbon tails. For atom i the
  29 vector i-1, i+1 is used together with an axis. The index file has to contain
  30 a group with all equivalent atoms in all tails for each atom the
  31 order parameter has to be calculated for. The program can also give all
  32 diagonal elements of the order tensor and even calculate the deuterium
  33 order parameter Scd (default). If the option -szonly is given, only one
  34 order tensor component (specified by the -d option) is given and the
  35 order parameter per slice is calculated as well. If -szonly is not
  36 selected, all diagonal elements and the deuterium order parameter is
  37 given.
  38
  39 The tetrahedrality order parameters can be determined
  40 around an atom. Both angle an distance order parameters are calculated. See
  41 P.-L. Chau and A.J. Hardwick, Mol. Phys., 93, (1998), 511-518.
  42 for more details.
  43
  44
  45 .SH FILES
  46 .BI "-f" " traj.xtc"
  47 .B Input
  48  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  49
  50 .BI "-n" " index.ndx"
  51 .B Input
  52  Index file
  53
  54 .BI "-s" " topol.tpr"
  55 .B Input
  56  Run input file: tpr tpb tpa
  57
  58 .BI "-o" " order.xvg"
  59 .B Output
  60  xvgr/xmgr file
  61
  62 .BI "-od" " deuter.xvg"
  63 .B Output
  64  xvgr/xmgr file
  65
  66 .BI "-os" " sliced.xvg"
  67 .B Output
  68  xvgr/xmgr file
  69
  70 .BI "-Sg" " sg-ang.xvg"
  71 .B Output
  72  xvgr/xmgr file
  73
  74 .BI "-Sk" " sk-dist.xvg"
  75 .B Output
  76  xvgr/xmgr file
  77
  78 .SH OTHER OPTIONS
  79 .BI "-[no]h"  "no    "
  80  Print help info and quit
  81
  82 .BI "-nice"  " int" " 19"
  83  Set the nicelevel
  84
  85 .BI "-b"  " time" " 0     "
  86  First frame (ps) to read from trajectory
  87
  88 .BI "-e"  " time" " 0     "
  89  Last frame (ps) to read from trajectory
  90
  91 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  92  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  93
  94 .BI "-[no]w"  "no    "
  95  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  96
  97 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  98  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  99
 100 .BI "-d"  " enum" " z"
 101  Direction of the normal on the membrane:
 102 .B z
 103 ,
 104 .B x
 105 or
 106 .B y
 107
 108
 109 .BI "-sl"  " int" " 1"
 110  Calculate order parameter as function of boxlength, dividing the box in nr slices.
 111
 112 .BI "-[no]szonly"  "no    "
 113  Only give Sz element of order tensor. (axis can be specified with -d)
 114
 115 .BI "-[no]unsat"  "no    "
 116  Calculate order parameters for unsaturated carbons. Note that this cannot be mixed with normal order parameters.
 117