man/man1/pdb2gmx.1

   1 .TH pdb2gmx 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 pdb2gmx - converts pdb files to topology and coordinate files
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3pdb2gmx\fP
   8 .BI "-f" " eiwit.pdb "
   9 .BI "-o" " conf.gro "
  10 .BI "-p" " topol.top "
  11 .BI "-i" " posre.itp "
  12 .BI "-n" " clean.ndx "
  13 .BI "-q" " clean.pdb "
  14 .BI "-[no]h" ""
  15 .BI "-nice" " int "
  16 .BI "-[no]merge" ""
  17 .BI "-ff" " string "
  18 .BI "-water" " enum "
  19 .BI "-[no]inter" ""
  20 .BI "-[no]ss" ""
  21 .BI "-[no]ter" ""
  22 .BI "-[no]lys" ""
  23 .BI "-[no]arg" ""
  24 .BI "-[no]asp" ""
  25 .BI "-[no]glu" ""
  26 .BI "-[no]gln" ""
  27 .BI "-[no]his" ""
  28 .BI "-angle" " real "
  29 .BI "-dist" " real "
  30 .BI "-[no]una" ""
  31 .BI "-[no]ignh" ""
  32 .BI "-[no]missing" ""
  33 .BI "-[no]v" ""
  34 .BI "-posrefc" " real "
  35 .BI "-vsite" " enum "
  36 .BI "-[no]heavyh" ""
  37 .BI "-[no]deuterate" ""
  38 .SH DESCRIPTION
  39 This program reads a pdb file, reads
  40 some database files, adds hydrogens to the molecules and generates
  41 coordinates in Gromacs (Gromos) format and a topology in Gromacs format.
  42 These files can subsequently be processed to generate a run input file.
  43
  44
  45
  46 The force fields in the distribution are currently:
  47
  48
  49 oplsaa OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)
  50
  51 G43b1  GROMOS96 43b1 Vacuum Forcefield
  52
  53 G43a1  GROMOS96 43a1 Forcefield
  54
  55 G43a2  GROMOS96 43a2 Forcefield (improved alkane dihedrals)
  56
  57 G45a3  GROMOS96 45a3 Forcefield
  58
  59 G53a5  GROMOS96 53a5 Forcefield
  60
  61 G53a6  GROMOS96 53a6 Forcefield
  62
  63 gmx    Gromacs Forcefield (a modified GROMOS87, see manual)
  64
  65 encads Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges
  66
  67 encadv Encad all-atom force field, using full solvent charges
  68
  69
  70 The corresponding data files can be found in the library directory
  71 with names like ffXXXX.YYY. Check chapter 5 of the manual for more
  72 information about file formats. By default the forcefield selection
  73 is interactive, but you can use the
  74 .B -ff
  75 option to specify
  76 one of the short names above on the command line instead. In that
  77 case pdb2gmx just looks for the corresponding file.
  78
  79
  80 Note that a pdb file is nothing more than a file format, and it
  81 need not necessarily contain a protein structure. Every kind of
  82 molecule for which there is support in the database can be converted.
  83 If there is no support in the database, you can add it yourself.
  84
  85
  86 The program has limited intelligence, it reads a number of database
  87 files, that allow it to make special bonds (Cys-Cys, Heme-His, etc.),
  88 if necessary this can be done manually. The program can prompt the
  89 user to select which kind of LYS, ASP, GLU, CYS or HIS residue she
  90 wants. For LYS the choice is between LYS (two protons on NZ) or LYSH
  91 (three protons, default), for ASP and GLU unprotonated (default) or
  92 protonated, for HIS the proton can be either on ND1 (HISA), on NE2
  93 (HISB) or on both (HISH). By default these selections are done
  94 automatically. For His, this is based on an optimal hydrogen bonding
  95 conformation. Hydrogen bonds are defined based on a simple geometric
  96 criterium, specified by the maximum hydrogen-donor-acceptor angle
  97 and donor-acceptor distance, which are set by
  98 .B -angle
  99 and
 100
 101 .B -dist
 102 respectively.
 103
 104
 105 Option
 106 .B -merge
 107 will ask if you want to merge consecutive chains
 108 into one molecule definition, this can be useful for connecting chains
 109 with a disulfide brigde or intermolecular distance restraints.
 110
 111
 112 pdb2gmx will also check the occupancy field of the pdb file.
 113 If any of the occupanccies are not one, indicating that the atom is
 114 not resolved well in the structure, a warning message is issued.
 115 When a pdb file does not originate from an X-Ray structure determination
 116 all occupancy fields may be zero. Either way, it is up to the user
 117 to verify the correctness of the input data (read the article!).
 118
 119
 120 During processing the atoms will be reordered according to Gromacs
 121 conventions. With
 122 .B -n
 123 an index file can be generated that
 124 contains one group reordered in the same way. This allows you to
 125 convert a Gromos trajectory and coordinate file to Gromos. There is
 126 one limitation: reordering is done after the hydrogens are stripped
 127 from the input and before new hydrogens are added. This means that
 128 you should not use
 129 .B -ignh
 130 .
 131
 132
 133 The
 134 .B .gro
 135 and
 136 .B .g96
 137 file formats do not support chain
 138 identifiers. Therefore it is useful to enter a pdb file name at
 139 the
 140 .B -o
 141 option when you want to convert a multichain pdb file.
 142
 143
 144
 145 The option
 146 .B -vsite
 147 removes hydrogen and fast improper dihedral
 148 motions. Angular and out-of-plane motions can be removed by changing
 149 hydrogens into virtual sites and fixing angles, which fixes their
 150 position relative to neighboring atoms. Additionally, all atoms in the
 151 aromatic rings of the standard amino acids (i.e. PHE, TRP, TYR and HIS)
 152 can be converted into virtual sites, elminating the fast improper dihedral
 153 fluctuations in these rings. Note that in this case all other hydrogen
 154 atoms are also converted to virtual sites. The mass of all atoms that are
 155 converted into virtual sites, is added to the heavy atoms.
 156
 157
 158 Also slowing down of dihedral motion can be done with
 159 .B -heavyh
 160
 161 done by increasing the hydrogen-mass by a factor of 4. This is also
 162 done for water hydrogens to slow down the rotational motion of water.
 163 The increase in mass of the hydrogens is subtracted from the bonded
 164 (heavy) atom so that the total mass of the system remains the same.
 165 .SH FILES
 166 .BI "-f" " eiwit.pdb"
 167 .B Input
 168  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
 169
 170 .BI "-o" " conf.gro"
 171 .B Output
 172  Structure file: gro g96 pdb
 173
 174 .BI "-p" " topol.top"
 175 .B Output
 176  Topology file
 177
 178 .BI "-i" " posre.itp"
 179 .B Output
 180  Include file for topology
 181
 182 .BI "-n" " clean.ndx"
 183 .B Output, Opt.
 184  Index file
 185
 186 .BI "-q" " clean.pdb"
 187 .B Output, Opt.
 188  Structure file: gro g96 pdb
 189
 190 .SH OTHER OPTIONS
 191 .BI "-[no]h"  "no    "
 192  Print help info and quit
 193
 194 .BI "-nice"  " int" " 0"
 195  Set the nicelevel
 196
 197 .BI "-[no]merge"  "no    "
 198  Merge chains into one molecule definition
 199
 200 .BI "-ff"  " string" " select"
 201  Force field, interactive by default. Use -h for information.
 202
 203 .BI "-water"  " enum" " spc"
 204  Water model to use: with GROMOS we recommend SPC, with OPLS, TIP4P:
 205 .B spc
 206 ,
 207 .B spce
 208 ,
 209 .B tip3p
 210 ,
 211 .B tip4p
 212 ,
 213 .B tip5p
 214 or
 215 .B f3c
 216
 217
 218 .BI "-[no]inter"  "no    "
 219  Set the next 8 options to interactive
 220
 221 .BI "-[no]ss"  "no    "
 222  Interactive SS bridge selection
 223
 224 .BI "-[no]ter"  "no    "
 225  Interactive termini selection, iso charged
 226
 227 .BI "-[no]lys"  "no    "
 228  Interactive Lysine selection, iso charged
 229
 230 .BI "-[no]arg"  "no    "
 231  Interactive Arganine selection, iso charged
 232
 233 .BI "-[no]asp"  "no    "
 234  Interactive Aspartic Acid selection, iso charged
 235
 236 .BI "-[no]glu"  "no    "
 237  Interactive Glutamic Acid selection, iso charged
 238
 239 .BI "-[no]gln"  "no    "
 240  Interactive Glutamine selection, iso neutral
 241
 242 .BI "-[no]his"  "no    "
 243  Interactive Histidine selection, iso checking H-bonds
 244
 245 .BI "-angle"  " real" " 135   "
 246  Minimum hydrogen-donor-acceptor angle for a H-bond (degrees)
 247
 248 .BI "-dist"  " real" " 0.3   "
 249  Maximum donor-acceptor distance for a H-bond (nm)
 250
 251 .BI "-[no]una"  "no    "
 252  Select aromatic rings with united CH atoms on Phenylalanine, Tryptophane and Tyrosine
 253
 254 .BI "-[no]ignh"  "no    "
 255  Ignore hydrogen atoms that are in the pdb file
 256
 257 .BI "-[no]missing"  "no    "
 258  Continue when atoms are missing, dangerous
 259
 260 .BI "-[no]v"  "no    "
 261  Be slightly more verbose in messages
 262
 263 .BI "-posrefc"  " real" " 1000  "
 264  Force constant for position restraints
 265
 266 .BI "-vsite"  " enum" " none"
 267  Convert atoms to virtual sites:
 268 .B none
 269 ,
 270 .B hydrogens
 271 or
 272 .B aromatics
 273
 274
 275 .BI "-[no]heavyh"  "no    "
 276  Make hydrogen atoms heavy
 277
 278 .BI "-[no]deuterate"  "no    "
 279  Change the mass of hydrogens to 2 amu
 280