man/man1/trjorder.1

   1 .TH trjorder 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 trjorder - orders molecules according to their distance to a group
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3trjorder\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-o" " ordered.xtc "
  12 .BI "-nshell" " nshell.xvg "
  13 .BI "-[no]h" ""
  14 .BI "-nice" " int "
  15 .BI "-b" " time "
  16 .BI "-e" " time "
  17 .BI "-dt" " time "
  18 .BI "-[no]xvgr" ""
  19 .BI "-na" " int "
  20 .BI "-da" " int "
  21 .BI "-[no]com" ""
  22 .BI "-r" " real "
  23 .SH DESCRIPTION
  24 trjorder orders molecules according to the smallest distance
  25 to atoms in a reference group. It will ask for a group of reference
  26 atoms and a group of molecules. For each frame of the trajectory
  27 the selected molecules will be reordered according to the shortest
  28 distance between atom number
  29 .B -da
  30 in the molecule and all the
  31 atoms in the reference group. All atoms in the trajectory are written
  32 to the output trajectory.
  33
  34
  35 trjorder can be useful for e.g. analyzing the n waters closest to a
  36 protein.
  37 In that case the reference group would be the protein and the group
  38 of molecules would consist of all the water atoms. When an index group
  39 of the first n waters is made, the ordered trajectory can be used
  40 with any Gromacs program to analyze the n closest waters.
  41
  42
  43
  44 If the output file is a pdb file, the distance to the reference target
  45 will be stored in the B-factor field in order to color with e.g. rasmol.
  46
  47
  48
  49 With option
  50 .B -nshell
  51 the number of molecules within a shell
  52 of radius
  53 .B -r
  54 around the refernce group are printed.
  55 .SH FILES
  56 .BI "-f" " traj.xtc"
  57 .B Input
  58  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  59
  60 .BI "-s" " topol.tpr"
  61 .B Input
  62  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  63
  64 .BI "-n" " index.ndx"
  65 .B Input, Opt.
  66  Index file
  67
  68 .BI "-o" " ordered.xtc"
  69 .B Output, Opt.
  70  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  71
  72 .BI "-nshell" " nshell.xvg"
  73 .B Output, Opt.
  74  xvgr/xmgr file
  75
  76 .SH OTHER OPTIONS
  77 .BI "-[no]h"  "no    "
  78  Print help info and quit
  79
  80 .BI "-nice"  " int" " 19"
  81  Set the nicelevel
  82
  83 .BI "-b"  " time" " 0     "
  84  First frame (ps) to read from trajectory
  85
  86 .BI "-e"  " time" " 0     "
  87  Last frame (ps) to read from trajectory
  88
  89 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  90  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  91
  92 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  93  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  94
  95 .BI "-na"  " int" " 3"
  96  Number of atoms in a molecule
  97
  98 .BI "-da"  " int" " 1"
  99  Atom used for the distance calculation
 100
 101 .BI "-[no]com"  "no    "
 102  Use the distance to the center of mass of the reference group
 103
 104 .BI "-r"  " real" " 0     "
 105  Cutoff used for the distance calculation when computing the number of molecules in a shell around e.g. a protein
 106