share/top/fa.itp

   1 ; topology voor lauroic acid. Peter Tieleman, April 2 1995
   2
   3 [ moleculetype ]
   4 ;name    nrexcl
   5 LAU         3
   6
   7 [ atoms ]
   8 ;   nr    type   resnr  residu    atom    cgnr        charge   ; total charge
   9      1      HO       1    LAU     H2        1     0.398        ; 0.398 Lading van GLUH PT 21/4/95
  10      2      OA       1    LAU     O4        1    -0.548        ; -0.150
  11      3       C       1    LAU     C3        1     0.53         ; 0.38
  12      4       O       1    LAU     O5        1    -0.38         ; 0
  13      5     CP2       1    LAU     C4        2     0
  14      6     CP2       1    LAU     C5        3     0
  15      7     CP2       1    LAU     C6        4     0
  16      8     CP2       1    LAU     C7        5     0
  17      9     CP2       1    LAU     C8        6     0
  18     10     CP2       1    LAU     C9        7     0
  19     11     CP2       1    LAU     C10       8     0
  20     12     CP2       1    LAU     C11       9     0
  21     13     CP2       1    LAU     C12      10     0
  22     14     CP2       1    LAU     C13      11     0
  23     15     CP3       1    LAU     C14      12     0
  24
  25 [ bonds ]
  26 ;
  27 ;  ai    aj funct           c0           c1
  28     1     2     1  ;
  29     2     3     1  ;
  30     3     4     1  ;
  31     3     5     1  ;
  32     5     6     1  ;
  33     6     7     1  ;
  34     7     8     1  ;
  35     8     9     1  ;
  36     9    10     1  ;
  37    10    11     1  ;
  38    11    12     1  ;
  39    12    13     1  ;
  40    13    14     1  ;
  41    14    15     1  ;
  42
  43 [ pairs ]
  44 ;  ai    aj funct           c0           c1
  45 ;    1     4     1  ; taken out, causes trouble when using SHAKE
  46     1     5     1  ;
  47     2     6     1  ;
  48     3     7     1  ;
  49     4     6     1  ;
  50 ; Klopt dit?
  51
  52 [ angles ]
  53 ;  ai    aj    ak funct
  54     1     2     3     1
  55     2     3     4     1
  56     2     3     5     1
  57     4     3     5     1
  58     3     5     6     1
  59     5     6     7     1
  60     6     7     8     1
  61     7     8     9     1
  62     8     9    10     1
  63     9    10    11     1
  64    10    11    12     1
  65    11    12    13     1
  66    12    13    14     1
  67    13    14    15     1
  68
  69 [ dihedrals ]
  70 ;  ai    aj    ak    al funct
  71     1     2     3     5     1
  72     1     2     3     4     1
  73     2     3     5     6     1
  74     4     3     5     6     1
  75     3     5     6     7     1
  76     5     6     7     8     3
  77     6     7     8     9     3
  78     7     8     9    10     3
  79     8     9    10    11     3
  80     9    10    11    12     3
  81    10    11    12    13     3
  82    11    12    13    14     3
  83    12    13    14    15     3
  84
  85 [ dihedrals ]
  86 ;  ai    aj    ak    al funct
  87     3     2     5     4     2
  88
  89
  90
  91
  92
  93
  94
  95
  96
  97
  98
  99
 100
 101
 102
 103