share/top/ff_dum.itp

   1 ; These constraints are used for dummy constructions as generated by pdb2gmx.
   2 ; Values depend on the details of the forcefield, vis. bondlengths and angles
   3 ; These parameters are designed to be used with the GROMACS forcefields
   4 ; ffgmx and ffgmx2 and with the GROMOS96 forcefields G43a1, G43a2 and G43b1.
   5
   6 ; Constraints for the rigid NH3/CH3 groups depend on the hygrogen mass,
   7 ; since an increased hydrogen mass translates into increased momentum of
   8 ; inertia which translates into a larger distance between the dummy masses.
   9 #ifdef HEAVY_H
  10 ; now the constraints for the rigid NH3 groups
  11 #define DC_MNC1 0.175695
  12 #define DC_MNC2 0.188288
  13 #define DC_MNMN 0.158884
  14 ; now the constraints for the rigid CH3 groups
  15 #define DC_MCN  0.198911
  16 #define DC_MCS  0.226838
  17 #define DC_MCC  0.204247
  18 #define DC_MCNR 0.199798
  19 #define DC_MCMC 0.184320
  20 #else
  21 ; now the constraints for the rigid NH3 groups
  22 #define DC_MNC1 0.144494
  23 #define DC_MNC2 0.158002
  24 #define DC_MNMN 0.079442
  25 ; now the constraints for the rigid CH3 groups
  26 #define DC_MCN  0.161051
  27 #define DC_MCS  0.190961
  28 #define DC_MCC  0.166809
  29 #define DC_MCNR 0.162009
  30 #define DC_MCMC 0.092160
  31 #endif
  32 ; and the angle-constraints for OH and SH groups in proteins:
  33 #define DC_CS  0.23721
  34 #define DC_CO  0.19849
  35 #define DC_PO  0.21603