share/top/tfe.itp

   1 [ moleculetype ]
   2 ; name  nrexcl
   3 TFE     1
   4
   5 [ atoms ]
   6 ;   nr    type   resnr  residu    atom    cgnr        charge          mass
   7 #ifdef DeLoof
   8 ; Use Charges from De Loof
   9 ; De Loof et al., JACS 114, 1992, 4028-4035
  10      1       C       1     TFE       C       1           0.74
  11      2       F       1     TFE       F       1          -0.25
  12      3       F       1     TFE       F       1          -0.25
  13      4       F       1     TFE       F       1          -0.25
  14      5     CH2       1     TFE     CH2       1           0.25
  15      6      OA       1     TFE      OA       1          -0.65
  16      7      HO       1     TFE      HO       1           0.41
  17 #else
  18 ; Use Charges from VanB
  19 ; Van Buuren & Berendsen, Biopolymers 33, 1993, 1159-1166
  20      1       C       1     TFE       C       1           0.59
  21      2       F       1     TFE       F       1          -0.2
  22      3       F       1     TFE       F       1          -0.2
  23      4       F       1     TFE       F       1          -0.2
  24      5     CH2       1     TFE     CH2       1           0.26
  25      6      OA       1     TFE      OA       1          -0.55
  26      7      HO       1     TFE      HO       1           0.3
  27 #endif
  28
  29 [ bonds ]
  30 ;  ai    aj funct           c0           c1
  31     6     7     1 1.000000e-01 3.138000e+05
  32     1     2     1 1.360000e-01 4.184000e+05
  33     1     3     1 1.360000e-01 4.184000e+05
  34     1     4     1 1.360000e-01 4.184000e+05
  35     1     5     1 1.530000e-01 3.347000e+05
  36     5     6     1 1.430000e-01 3.347000e+05
  37
  38 [ angles ]
  39 ;  ai    aj    ak funct           c0           c1
  40     5     6     7     1 1.095000e+02 3.975000e+02
  41     2     1     3     1 1.076000e+02 4.602000e+02
  42     2     1     4     1 1.076000e+02 4.602000e+02
  43     3     1     4     1 1.076000e+02 4.602000e+02
  44     2     1     5     1 1.114000e+02 4.602000e+02
  45     3     1     5     1 1.114000e+02 4.602000e+02
  46     4     1     5     1 1.114000e+02 4.602000e+02
  47     1     5     6     1 1.109000e+02 4.602000e+02
  48
  49 [ dihedrals ]
  50 ;  ai    aj    ak    al funct           c0           c1           c2
  51     1     5     6     7     1 0.000000e+00 1.255200e+00 3.000000e+00
  52     2     1     5     6     1 0.000000e+00 4.184000e-01 6.000000e+00
  53     3     1     5     6     1 0.000000e+00 4.184000e-01 6.000000e+00
  54     4     1     5     6     1 0.000000e+00 4.184000e-01 6.000000e+00
  55
  56 [ exclusions ]
  57 ;    i    excluded from i
  58      1    2    3    4    5    6
  59      2    1    3    4    5
  60      3    1    2    4    5
  61      4    1    2    3    5
  62      5    1    2    3    4    6    7
  63      6    1    5    7
  64      7    5    6
  65