man/man1/eneconv.1

   1 .TH eneconv 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 eneconv - converts energy files
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3eneconv\fP
   8 .BI "-f" " ener.edr "
   9 .BI "-o" " fixed.edr "
  10 .BI "-[no]h" ""
  11 .BI "-nice" " int "
  12 .BI "-b" " real "
  13 .BI "-e" " real "
  14 .BI "-dt" " real "
  15 .BI "-offset" " real "
  16 .BI "-[no]settime" ""
  17 .BI "-[no]sort" ""
  18 .BI "-scalefac" " real "
  19 .BI "-[no]error" ""
  20 .SH DESCRIPTION
  21 With
  22 .I multiple files
  23 specified for the
  24 .B -f
  25 option:
  26
  27 Concatenates several energy files in sorted order.
  28 In case of double time frames the one
  29 in the later file is used. By specifying
  30 .B -settime
  31 you will be
  32 asked for the start time of each file. The input files are taken
  33 from the command line,
  34 such that the command
  35 .B eneconv -o fixed.edr *.edr
  36 should do
  37 the trick.
  38
  39
  40 With
  41 .I one file
  42 specified for
  43 .B -f
  44 :
  45
  46 Reads one energy file and writes another, applying the
  47 .B -dt
  48 ,
  49
  50 .B -offset
  51 ,
  52 .B -t0
  53 and
  54 .B -settime
  55 options and
  56 converting to a different format if necessary (indicated by file
  57 extentions).
  58
  59
  60
  61 .B -settime
  62 is applied first, then
  63 .B -dt
  64 /
  65 .B -offset
  66
  67 followed by
  68 .B -b
  69 and
  70 .B -e
  71 to select which frames to write.
  72 .SH FILES
  73 .BI "-f" " ener.edr"
  74 .B Input, Mult.
  75  Energy file: edr ene
  76
  77 .BI "-o" " fixed.edr"
  78 .B Output
  79  Energy file: edr ene
  80
  81 .SH OTHER OPTIONS
  82 .BI "-[no]h"  "no    "
  83  Print help info and quit
  84
  85 .BI "-nice"  " int" " 19"
  86  Set the nicelevel
  87
  88 .BI "-b"  " real" " -1    "
  89  First time to use
  90
  91 .BI "-e"  " real" " -1    "
  92  Last time to use
  93
  94 .BI "-dt"  " real" " 0     "
  95  Only write out frame when t MOD dt = offset
  96
  97 .BI "-offset"  " real" " 0     "
  98  Time offset for -dt option
  99
 100 .BI "-[no]settime"  "no    "
 101  Change starting time interactively
 102
 103 .BI "-[no]sort"  "yes   "
 104  Sort energy files (not frames)
 105
 106 .BI "-scalefac"  " real" " 1     "
 107  Multiply energy component by this factor
 108
 109 .BI "-[no]error"  "yes   "
 110  Stop on errors in the file
 111
 112 .SH KNOWN PROBLEMS
 113 \- When combining trajectories the sigma and E2 (necessary for statistics) are not updated correctly. Only the actual energy is correct. One thus has to compute statistics in another way.
 114