man/man1/g_density.1

   1 .TH g_density 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_density - calculates the density of the system
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_density\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-n" " index.ndx "
  10 .BI "-s" " topol.tpr "
  11 .BI "-ei" " electrons.dat "
  12 .BI "-o" " density.xvg "
  13 .BI "-[no]h" ""
  14 .BI "-nice" " int "
  15 .BI "-b" " time "
  16 .BI "-e" " time "
  17 .BI "-dt" " time "
  18 .BI "-[no]w" ""
  19 .BI "-[no]xvgr" ""
  20 .BI "-d" " string "
  21 .BI "-sl" " int "
  22 .BI "-dens" " enum "
  23 .BI "-ng" " int "
  24 .BI "-[no]symm" ""
  25 .BI "-[no]center" ""
  26 .SH DESCRIPTION
  27 Compute partial densities across the box, using an index file. Densities
  28 in kg/m3, number densities or electron densities can be
  29 calculated. For electron densities, a file describing the number of
  30 electrons for each type of atom should be provided using
  31 .B -ei
  32 .
  33 It should look like:
  34
  35    2
  36
  37    atomname = nrelectrons
  38
  39    atomname = nrelectrons
  40
  41 The first line contains the number of lines to read from the file.
  42 There should be one line for each unique atom name in your system.
  43 The number of electrons for each atom is modified by its atomic
  44 partial charge.
  45 .SH FILES
  46 .BI "-f" " traj.xtc"
  47 .B Input
  48  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  49
  50 .BI "-n" " index.ndx"
  51 .B Input, Opt.
  52  Index file
  53
  54 .BI "-s" " topol.tpr"
  55 .B Input
  56  Run input file: tpr tpb tpa
  57
  58 .BI "-ei" " electrons.dat"
  59 .B Input, Opt.
  60  Generic data file
  61
  62 .BI "-o" " density.xvg"
  63 .B Output
  64  xvgr/xmgr file
  65
  66 .SH OTHER OPTIONS
  67 .BI "-[no]h"  "no    "
  68  Print help info and quit
  69
  70 .BI "-nice"  " int" " 19"
  71  Set the nicelevel
  72
  73 .BI "-b"  " time" " 0     "
  74  First frame (ps) to read from trajectory
  75
  76 .BI "-e"  " time" " 0     "
  77  Last frame (ps) to read from trajectory
  78
  79 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  80  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  81
  82 .BI "-[no]w"  "no    "
  83  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  84
  85 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  86  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  87
  88 .BI "-d"  " string" " Z"
  89  Take the normal on the membrane in direction X, Y or Z.
  90
  91 .BI "-sl"  " int" " 50"
  92  Divide the box in nr slices.
  93
  94 .BI "-dens"  " enum" " mass"
  95  Density:
  96 .B mass
  97 ,
  98 .B number
  99 ,
 100 .B charge
 101 or
 102 .B electron
 103
 104
 105 .BI "-ng"  " int" " 1"
 106  Number of groups to compute densities of
 107
 108 .BI "-[no]symm"  "no    "
 109  Symmetrize the density along the axis, with respect to the center. Useful for bilayers.
 110
 111 .BI "-[no]center"  "no    "
 112  Shift the center of mass along the axis to zero. This means if your axis is Z and your box is bX, bY, bZ, the center of mass will be at bX/2, bY/2, 0.
 113
 114 .SH KNOWN PROBLEMS
 115 \- When calculating electron densities, atomnames are used instead of types. This is bad.
 116