man/man1/g_gyrate.1

   1 .TH g_gyrate 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_gyrate - calculates the radius of gyration
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_gyrate\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-o" " gyrate.xvg "
  12 .BI "-acf" " moi-acf.xvg "
  13 .BI "-[no]h" ""
  14 .BI "-nice" " int "
  15 .BI "-b" " time "
  16 .BI "-e" " time "
  17 .BI "-dt" " time "
  18 .BI "-[no]w" ""
  19 .BI "-[no]xvgr" ""
  20 .BI "-nmol" " int "
  21 .BI "-[no]q" ""
  22 .BI "-[no]p" ""
  23 .BI "-[no]moi" ""
  24 .BI "-nz" " int "
  25 .BI "-acflen" " int "
  26 .BI "-[no]normalize" ""
  27 .BI "-P" " enum "
  28 .BI "-fitfn" " enum "
  29 .BI "-ncskip" " int "
  30 .BI "-beginfit" " real "
  31 .BI "-endfit" " real "
  32 .SH DESCRIPTION
  33 g_gyrate computes the radius of gyration of a group of atoms
  34 and the radii of gyration about the x, y and z axes,
  35 as a function of time. The atoms are explicitly mass weighted.
  36
  37
  38 With the
  39 .B -nmol
  40 option the radius of gyration will be calculated
  41 for multiple molecules by splitting the analysis group in equally
  42 sized parts.
  43
  44
  45 With the option
  46 .B -nz
  47 2D radii of gyration in the x-y plane
  48 of slices along the z-axis are calculated.
  49 .SH FILES
  50 .BI "-f" " traj.xtc"
  51 .B Input
  52  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  53
  54 .BI "-s" " topol.tpr"
  55 .B Input
  56  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  57
  58 .BI "-n" " index.ndx"
  59 .B Input, Opt.
  60  Index file
  61
  62 .BI "-o" " gyrate.xvg"
  63 .B Output
  64  xvgr/xmgr file
  65
  66 .BI "-acf" " moi-acf.xvg"
  67 .B Output, Opt.
  68  xvgr/xmgr file
  69
  70 .SH OTHER OPTIONS
  71 .BI "-[no]h"  "no    "
  72  Print help info and quit
  73
  74 .BI "-nice"  " int" " 19"
  75  Set the nicelevel
  76
  77 .BI "-b"  " time" " 0     "
  78  First frame (ps) to read from trajectory
  79
  80 .BI "-e"  " time" " 0     "
  81  Last frame (ps) to read from trajectory
  82
  83 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  84  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  85
  86 .BI "-[no]w"  "no    "
  87  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  88
  89 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  90  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  91
  92 .BI "-nmol"  " int" " 1"
  93  The number of molecules to analyze
  94
  95 .BI "-[no]q"  "no    "
  96  Use absolute value of the charge of an atom as weighting factor instead of mass
  97
  98 .BI "-[no]p"  "no    "
  99  Calculate the radii of gyration about the principal axes.
 100
 101 .BI "-[no]moi"  "no    "
 102  Calculate the moments of inertia (defined by the principal axes).
 103
 104 .BI "-nz"  " int" " 0"
 105  Calculate the 2D radii of gyration of  slices along the z-axis
 106
 107 .BI "-acflen"  " int" " -1"
 108  Length of the ACF, default is half the number of frames
 109
 110 .BI "-[no]normalize"  "yes   "
 111  Normalize ACF
 112
 113 .BI "-P"  " enum" " 0"
 114  Order of Legendre polynomial for ACF (0 indicates none):
 115 .B 0
 116 ,
 117 .B 1
 118 ,
 119 .B 2
 120 or
 121 .B 3
 122
 123
 124 .BI "-fitfn"  " enum" " none"
 125  Fit function:
 126 .B none
 127 ,
 128 .B exp
 129 ,
 130 .B aexp
 131 ,
 132 .B exp_exp
 133 ,
 134 .B vac
 135 ,
 136 .B exp5
 137 ,
 138 .B exp7
 139 or
 140 .B exp9
 141
 142
 143 .BI "-ncskip"  " int" " 0"
 144  Skip N points in the output file of correlation functions
 145
 146 .BI "-beginfit"  " real" " 0     "
 147  Time where to begin the exponential fit of the correlation function
 148
 149 .BI "-endfit"  " real" " -1    "
 150  Time where to end the exponential fit of the correlation function, -1 is till the end
 151