man/man1/g_helix.1

   1 .TH g_helix 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_helix - calculates basic properties of alpha helices
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_helix\fP
   8 .BI "-s" " topol.tpr "
   9 .BI "-n" " index.ndx "
  10 .BI "-f" " traj.xtc "
  11 .BI "-to" " gtraj.g87 "
  12 .BI "-cz" " zconf.gro "
  13 .BI "-co" " waver.gro "
  14 .BI "-[no]h" ""
  15 .BI "-nice" " int "
  16 .BI "-b" " time "
  17 .BI "-e" " time "
  18 .BI "-dt" " time "
  19 .BI "-[no]w" ""
  20 .BI "-r0" " int "
  21 .BI "-[no]q" ""
  22 .BI "-[no]F" ""
  23 .BI "-[no]db" ""
  24 .BI "-prop" " enum "
  25 .BI "-[no]ev" ""
  26 .BI "-ahxstart" " int "
  27 .BI "-ahxend" " int "
  28 .SH DESCRIPTION
  29 g_helix computes all kind of helix properties. First, the peptide
  30 is checked to find the longest helical part. This is determined by
  31 Hydrogen bonds and Phi/Psi angles.
  32 That bit is fitted
  33 to an ideal helix around the Z-axis and centered around the origin.
  34 Then the following properties are computed:
  35
  36
  37
  38 .B 1.
  39 Helix radius (file radius.xvg). This is merely the
  40 RMS deviation in two dimensions for all Calpha atoms.
  41 it is calced as sqrt((SUM i(x2(i)+y2(i)))/N), where N is the number
  42 of backbone atoms. For an ideal helix the radius is 0.23 nm
  43
  44
  45 .B 2.
  46 Twist (file twist.xvg). The average helical angle per
  47 residue is calculated. For alpha helix it is 100 degrees,
  48 for 3-10 helices it will be smaller,
  49 for 5-helices it will be larger.
  50
  51
  52 .B 3.
  53 Rise per residue (file rise.xvg). The helical rise per
  54 residue is plotted as the difference in Z-coordinate between Ca
  55 atoms. For an ideal helix this is 0.15 nm
  56
  57
  58 .B 4.
  59 Total helix length (file len-ahx.xvg). The total length
  60 of the
  61 helix in nm. This is simply the average rise (see above) times the
  62 number of helical residues (see below).
  63
  64
  65 .B 5.
  66 Number of helical residues (file n-ahx.xvg). The title says
  67 it all.
  68
  69
  70 .B 6.
  71 Helix Dipole, backbone only (file dip-ahx.xvg).
  72
  73
  74 .B 7.
  75 RMS deviation from ideal helix, calculated for the Calpha
  76 atoms only (file rms-ahx.xvg).
  77
  78
  79 .B 8.
  80 Average Calpha-Calpha dihedral angle (file phi-ahx.xvg).
  81
  82
  83 .B 9.
  84 Average Phi and Psi angles (file phipsi.xvg).
  85
  86
  87 .B 10.
  88 Ellipticity at 222 nm according to
  89 .I Hirst and Brooks
  90
  91
  92
  93
  94 .SH FILES
  95 .BI "-s" " topol.tpr"
  96 .B Input
  97  Run input file: tpr tpb tpa
  98
  99 .BI "-n" " index.ndx"
 100 .B Input
 101  Index file
 102
 103 .BI "-f" " traj.xtc"
 104 .B Input
 105  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 106
 107 .BI "-to" " gtraj.g87"
 108 .B Output, Opt.
 109  Gromos-87 ASCII trajectory format
 110
 111 .BI "-cz" " zconf.gro"
 112 .B Output
 113  Structure file: gro g96 pdb
 114
 115 .BI "-co" " waver.gro"
 116 .B Output
 117  Structure file: gro g96 pdb
 118
 119 .SH OTHER OPTIONS
 120 .BI "-[no]h"  "no    "
 121  Print help info and quit
 122
 123 .BI "-nice"  " int" " 19"
 124  Set the nicelevel
 125
 126 .BI "-b"  " time" " 0     "
 127  First frame (ps) to read from trajectory
 128
 129 .BI "-e"  " time" " 0     "
 130  Last frame (ps) to read from trajectory
 131
 132 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 133  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 134
 135 .BI "-[no]w"  "no    "
 136  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 137
 138 .BI "-r0"  " int" " 1"
 139  The first residue number in the sequence
 140
 141 .BI "-[no]q"  "no    "
 142  Check at every step which part of the sequence is helical
 143
 144 .BI "-[no]F"  "yes   "
 145  Toggle fit to a perfect helix
 146
 147 .BI "-[no]db"  "no    "
 148  Print debug info
 149
 150 .BI "-prop"  " enum" " RAD"
 151  Select property to weight eigenvectors with. WARNING experimental stuff:
 152 .B RAD
 153 ,
 154 .B TWIST
 155 ,
 156 .B RISE
 157 ,
 158 .B LEN
 159 ,
 160 .B NHX
 161 ,
 162 .B DIP
 163 ,
 164 .B RMS
 165 ,
 166 .B CPHI
 167 ,
 168 .B RMSA
 169 ,
 170 .B PHI
 171 ,
 172 .B PSI
 173 ,
 174 .B HB3
 175 ,
 176 .B HB4
 177 ,
 178 .B HB5
 179 or
 180 .B CD222
 181
 182
 183 .BI "-[no]ev"  "no    "
 184  Write a new 'trajectory' file for ED
 185
 186 .BI "-ahxstart"  " int" " 0"
 187  First residue in helix
 188
 189 .BI "-ahxend"  " int" " 0"
 190  Last residue in helix
 191