man/man1/g_nmeig.1

   1 .TH g_nmeig 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_nmeig - diagonalizes the Hessian
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_nmeig\fP
   8 .BI "-f" " hessian.mtx "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-of" " eigenfreq.xvg "
  11 .BI "-ol" " eigenval.xvg "
  12 .BI "-v" " eigenvec.trr "
  13 .BI "-[no]h" ""
  14 .BI "-nice" " int "
  15 .BI "-[no]xvgr" ""
  16 .BI "-[no]m" ""
  17 .BI "-first" " int "
  18 .BI "-last" " int "
  19 .SH DESCRIPTION
  20 g_nmeig calculates the eigenvectors/values of a (Hessian) matrix,
  21 which can be calculated with
  22 .B mdrun
  23 .
  24 The eigenvectors are written to a trajectory file (
  25 .B -v
  26 ).
  27 The structure is written first with t=0. The eigenvectors
  28 are written as frames with the eigenvector number as timestamp.
  29 The eigenvectors can be analyzed with
  30 .B g_anaeig
  31 .
  32 An ensemble of structures can be generated from the eigenvectors with
  33
  34 .B g_nmens
  35 . When mass weighting is used, the generated eigenvectors
  36 will be scaled back to plain cartesian coordinates before generating the
  37 output - in this case they will no longer be exactly orthogonal in the
  38 standard cartesian norm (But in the mass weighted norm they would be).
  39 .SH FILES
  40 .BI "-f" " hessian.mtx"
  41 .B Input
  42  Hessian matrix
  43
  44 .BI "-s" " topol.tpr"
  45 .B Input
  46  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  47
  48 .BI "-of" " eigenfreq.xvg"
  49 .B Output
  50  xvgr/xmgr file
  51
  52 .BI "-ol" " eigenval.xvg"
  53 .B Output
  54  xvgr/xmgr file
  55
  56 .BI "-v" " eigenvec.trr"
  57 .B Output
  58  Full precision trajectory: trr trj cpt
  59
  60 .SH OTHER OPTIONS
  61 .BI "-[no]h"  "no    "
  62  Print help info and quit
  63
  64 .BI "-nice"  " int" " 19"
  65  Set the nicelevel
  66
  67 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  68  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  69
  70 .BI "-[no]m"  "yes   "
  71  Divide elements of Hessian by product of sqrt(mass) of involved atoms prior to diagonalization. This should be used for 'Normal Modes' analysis
  72
  73 .BI "-first"  " int" " 1"
  74  First eigenvector to write away
  75
  76 .BI "-last"  " int" " 50"
  77  Last eigenvector to write away
  78