man/man1/g_rama.1

   1 .TH g_rama 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_rama - computes Ramachandran plots
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_rama\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-o" " rama.xvg "
  11 .BI "-[no]h" ""
  12 .BI "-nice" " int "
  13 .BI "-b" " time "
  14 .BI "-e" " time "
  15 .BI "-dt" " time "
  16 .BI "-[no]w" ""
  17 .BI "-[no]xvgr" ""
  18 .SH DESCRIPTION
  19 g_rama selects the Phi/Psi dihedral combinations from your topology file
  20 and computes these as a function of time.
  21 Using simple Unix tools such as
  22 .I grep
  23 you can select out
  24 specific residues.
  25 .SH FILES
  26 .BI "-f" " traj.xtc"
  27 .B Input
  28  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  29
  30 .BI "-s" " topol.tpr"
  31 .B Input
  32  Run input file: tpr tpb tpa
  33
  34 .BI "-o" " rama.xvg"
  35 .B Output
  36  xvgr/xmgr file
  37
  38 .SH OTHER OPTIONS
  39 .BI "-[no]h"  "no    "
  40  Print help info and quit
  41
  42 .BI "-nice"  " int" " 19"
  43  Set the nicelevel
  44
  45 .BI "-b"  " time" " 0     "
  46  First frame (ps) to read from trajectory
  47
  48 .BI "-e"  " time" " 0     "
  49  Last frame (ps) to read from trajectory
  50
  51 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  52  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  53
  54 .BI "-[no]w"  "no    "
  55  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  56
  57 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  58  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  59