CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
   2
   3 project(Gromacs)
   4 include(Dart)
   5 # PROJECT_VERSION should have the following structure:
   6 # VERSION[-dev-SUFFIX] where the VERSION can have any form and the suffix
   7 set(PROJECT_VERSION "4.0.99-dev-20100315"
   8     CACHE STRING "Gromacs version string")
   9
  10 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
  11 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
  12
  13 ########################################################################
  14 # User input options                                                   #
  15 ########################################################################
  16 option(GMX_DOUBLE "Use double precision" OFF)
  17 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
  18 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (threaded-based) version of GROMACS: (doesn't work yet!)" ON)
  19 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
  20 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
  21 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library" OFF)
  22 set(GMX_ACCELERATION "none"
  23     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
  24
  25 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
  26     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
  27 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
  28        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
  29 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
  30     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess")
  31 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
  32 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI)" OFF)
  33 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
  34 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
  35 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
  36
  37 enable_language(C)
  38
  39 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
  40 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
  41 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
  42
  43 #######################################################################
  44 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
  45 #######################################################################
  46 if(GMX_OPENMM)
  47     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
  48     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
  49     set (GMX_FFT_LIBRARY "fftpack")
  50     if(GMX_MPI)
  51         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
  52     endif(GMX_MPI)
  53     if(GMX_THREADS)
  54         message(STATUS "Threads not compatible with OpenMM build, disabled")
  55         set(GMX_THREADS OFF)
  56     endif(GMX_THREADS)
  57     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  58         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF)
  59     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  60     if(NOT GMX_ACCELERATION MATCHES "none")
  61         message(WARNING "The OpenMM build does not support other acceleration modes!")
  62         set(GMX_ACCELERATION "none")
  63     endif()
  64     if(GMX_FAHCORE)
  65         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
  66     endif(GMX_FAHCORE)
  67 endif(GMX_OPENMM)
  68
  69
  70 ########################################################################
  71 # Fix stupid flags on MSVC
  72 ########################################################################
  73 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  74     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  75     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  76     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  77     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  78 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  79
  80 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  81
  82 ########################################################################
  83 #Process MPI settings
  84 ########################################################################
  85 if(GMX_MPI)
  86     if(GMX_THREADS)
  87         #message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
  88         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL
  89             "Thread-based parallelization conflicts with MPI." FORCE)
  90     endif(GMX_THREADS)
  91     find_package(MPI)
  92     if(MPI_FOUND)
  93         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
  94         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
  95
  96         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
  97         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
  98         add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
  99         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
 100         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
 101             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
 102         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
 103     else(MPI_FOUND)
 104         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
 105     endif(MPI_FOUND)
 106     include(gmxTestCatamount)
 107     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
 108     if(GMX_CRAY_XT3)
 109         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
 110         set(GMX_NO_NICE 1)
 111     endif(GMX_CRAY_XT3)
 112     set(GMX_LIB_MPI 1)
 113 endif(GMX_MPI)
 114
 115 ########################################################################
 116 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 117 ########################################################################
 118 include(CheckIncludeFiles)
 119 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 120 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 121 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 122 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 123 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 124 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 125 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 126 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 127 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 128 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 129 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 130 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 131 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 132 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 133 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 134 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 135 # SSE support
 136 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 137 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
 138 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 139 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 140
 141 include(CheckFunctionExists)
 142 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 143 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 144 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 145 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 146 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 147 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 148 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 149 check_function_exists(isfinite          HAVE_ISFINITE)
 150 check_function_exists(_isfinite         HAVE__ISFINITE)
 151 # After large files? check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 152
 153 include(CheckLibraryExists)
 154 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 155
 156 include(CheckTypeSize)
 157 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 158 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 159 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 160 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 161 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 162 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 163
 164 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 165 check_type_size(uid_t uid_t)
 166 if(NOT uid_t)
 167   set(uid_t int)
 168 else(NOT uid_t)
 169   set(uid_t 0)
 170 endif(NOT uid_t)
 171
 172 check_type_size(gid_t gid_t)
 173 if(NOT gid_t)
 174   set(gid_t 1)
 175 else(NOT gid_t)
 176   set(gid_t 0)
 177 endif(NOT gid_t)
 178
 179 check_type_size(size_t size_t)
 180 if(NOT size_t)
 181   set(size_t int)
 182 else(NOT size_t)
 183   set(size_t 0)
 184 endif(NOT size_t)
 185
 186 check_type_size(off_t off_t)
 187 if(NOT off_t)
 188   set(off_t int)
 189 else(NOT off_t)
 190   set(off_t 0)
 191 endif(NOT off_t)
 192
 193 include(TestBigEndian)
 194 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 195
 196
 197
 198 ########################################################################
 199 # Find external packages                                               #
 200 ########################################################################
 201
 202 find_package(LibXml2)
 203 if(LIBXML2_FOUND)
 204     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 205     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 206     set(HAVE_LIBXML2 1)
 207 endif(LIBXML2_FOUND)
 208
 209 find_package(X11)
 210 # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 211 if(X11_FOUND)
 212     set(HAVE_X11 1)
 213 endif(X11_FOUND)
 214
 215 if(GMX_THREADS)
 216     include(ThreadMPI)
 217     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 218     set(GMX_MPI 1)
 219     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 220     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 221         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
 222     endif()
 223 endif(GMX_THREADS)
 224
 225 if(GMX_OPENMM)
 226     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 227     find_package(CUDA 2.3 REQUIRED)
 228     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 229     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 230         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 231     endif()
 232     find_package(OpenMM)
 233 endif(GMX_OPENMM)
 234
 235 if(APPLE)
 236    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 237    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 238 endif(APPLE)
 239
 240 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
 241 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
 242     if(USE_VERSION_H)
 243         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not
 244         # fund or the version is too small, we can't generate version information.
 245         find_package(Git 1.5.1)
 246         if(NOT Git_FOUND OR Git_VERSION VERSION_LESS "1.5.1")
 247             message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
 248         endif()
 249     endif()
 250 else()
 251     set(USE_VERSION_H OFF)
 252 endif()
 253
 254 ########################################################################
 255 # Generate development version info for cache
 256 ########################################################################
 257 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
 258 # include(gmxGenerateVersionString)
 259
 260 ########################################################################
 261 # Our own GROMACS tests
 262 ########################################################################
 263
 264 include(gmxCFlags)
 265 gmx_c_flags()
 266
 267 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 268 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 269 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 270
 271 include(gmxCheckBuildUserTime)
 272 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 273
 274 include(gmxTestFloatFormat)
 275 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 276                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 277                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 278
 279 include(gmxTestLargeFiles)
 280 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 281
 282 include(gmxTestSignal)
 283 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
 284
 285 include(gmxTestInline)
 286 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 287
 288 include(gmxTestPipes)
 289 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 290
 291 include(gmxTestInlineASM)
 292 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 293 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 294
 295 include(gmxTestXDR)
 296 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 297 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 298     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 299 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 300
 301 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 302     enable_language(Fortran)
 303     include(FortranCInterface)
 304     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 305     if(extra_under_score)
 306         set(extrasuffix "_")
 307     endif(extra_under_score)
 308
 309     if(isupper)
 310         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## NAME ## ${suffix}")
 311         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## NAME ## ${suffix}${extrasuffix}")
 312     else(isupper)
 313         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## name ## ${suffix}")
 314         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## name ## ${suffix}${extrasuffix}")
 315     endif(isupper)
 316 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 317         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 318         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 319 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 320
 321
 322 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 323 option(GMX_ASM_USECCOMPILER "Use C compiler for assembly" ON)
 324 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 325 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 326   # nothing to do
 327 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 328     if(HAVE_XMMINTRIN_H)
 329         if(GMX_IA32_ASM)
 330           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 331           set(GMX_IA32_SSE 1)
 332         else(GMX_IA32_ASM) #only use intrinsic if not using the ASM loops
 333           set(GMX_SSE 1)
 334         endif(GMX_IA32_ASM)
 335     endif(HAVE_XMMINTRIN_H)
 336     if(HAVE_EMMINTRIN_H)
 337         if(GMX_X86_64_ASM)
 338           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 339           set(GMX_X86_64_SSE 1)
 340         else(GMX_X86_64_ASM)  #only use intrinsic if not using the ASM loops
 341           if(NOT GMX_IA32_ASM)
 342             set(GMX_SSE2 1)
 343           endif(NOT GMX_IA32_ASM)
 344         endif(GMX_X86_64_ASM)
 345     endif(HAVE_EMMINTRIN_H)
 346 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 347 #        set(GMX_SSE3 1)
 348 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 349 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 350 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 351 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 352
 353 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 354     set(GMX_FORTRAN 1)
 355 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 356     set(GMX_BLUEGENE 1)
 357 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 358     set(GMX_POWER6 1)
 359 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 360     set(GMX_IA64_ASM 1)
 361     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 362     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 363 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 364     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 365     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 366         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 367     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 368 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 369     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 370 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 371
 372
 373
 374
 375
 376
 377
 378 # Process QM/MM Settings
 379 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 380 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 381     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 382 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 383     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 384 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 385     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 386 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 387     # nothing to do
 388 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 389     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, None")
 390 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 391
 392 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 393 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 394 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 395 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
 396     if(GMX_DOUBLE)
 397         find_package(FFTW3 REQUIRED)
 398     else(GMX_DOUBLE)
 399         find_package(FFTW3F REQUIRED)
 400     endif(GMX_DOUBLE)
 401
 402     if(NOT FFTW3_FOUND)
 403         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 404     endif(NOT FFTW3_FOUND)
 405
 406     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 407     include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
 408     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
 409
 410 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 411 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
 412     if(GMX_DOUBLE)
 413         find_package(FFTW2 REQUIRED)
 414     else(GMX_DOUBLE)
 415         find_package(FFTW2F REQUIRED)
 416     endif(GMX_DOUBLE)
 417
 418     if(NOT FFTW2_FOUND)
 419            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 420     endif(NOT FFTW2_FOUND)
 421     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
 422     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
 423
 424     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 425         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
 426     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
 427         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
 428     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 429         set(FFTW2_NAME_FFTW 1)
 430     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 431
 432     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
 433 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 434 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 435     find_package(MKL REQUIRED)
 436     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 437     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 438
 439     set(GMX_FFT_MKL 1)
 440     set(HAVE_MKL 1)
 441
 442 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 443 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 444 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 445 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 446     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 447     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 448 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 449     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
 450 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 451
 452 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 453 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 454   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 455   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 456 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 457   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 458   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 459 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 460
 461 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 462 if(HAVE_LIBM)
 463     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 464 endif(HAVE_LIBM)
 465
 466
 467
 468 if(GMX_FAHCORE)
 469   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 470       "Path to swindirect.h")
 471   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 472 endif(GMX_FAHCORE)
 473
 474 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 475 set(CMAKE_C_FLAGS ${GROMACS_C_FLAGS} CACHE STRING "Compiler flags")
 476 set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} CACHE STRING "Linker flags")
 477
 478 ########################################################################
 479 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 480 ########################################################################
 481 set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 482 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 483 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 484 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 485
 486 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 487
 488
 489 add_subdirectory(share)
 490 add_subdirectory(include)
 491 add_subdirectory(man)
 492
 493 add_subdirectory(src)
 494
 495