man/man1/g_morph.1

   1 .TH g_morph 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_morph - linear interpolation of conformations
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_morph\fP
   8 .BI "-f1" " conf1.gro "
   9 .BI "-f2" " conf2.gro "
  10 .BI "-o" " interm.xtc "
  11 .BI "-or" " rms-interm.xvg "
  12 .BI "-n" " index.ndx "
  13 .BI "-[no]h" ""
  14 .BI "-nice" " int "
  15 .BI "-[no]w" ""
  16 .BI "-[no]xvgr" ""
  17 .BI "-ninterm" " int "
  18 .BI "-first" " real "
  19 .BI "-last" " real "
  20 .BI "-[no]fit" ""
  21 .SH DESCRIPTION
  22 g_morph does a linear interpolation of conformations in order to
  23 create intermediates. Of course these are completely unphysical, but
  24 that you may try to justify yourself. Output is in the form of a
  25 generic trajectory. The number of intermediates can be controlled with
  26 the -ninterm flag. The first and last flag correspond to the way of
  27 interpolating: 0 corresponds to input structure 1 while
  28 1 corresponds to input strucutre 2.
  29 If you specify first  0 or last  1 extrapolation will be
  30 on the path from input structure x1 to x2. In general the coordinates
  31 of the intermediate x(i) out of N total intermidates correspond to:
  32
  33
  34 x(i) = x1 + (first+(i/(N-1))*(last-first))*(x2-x1)
  35
  36
  37 Finally the RMSD with respect to both input structures can be computed
  38 if explicitly selected (-or option). In that case an index file may be
  39 read to select what group RMS is computed from.
  40 .SH FILES
  41 .BI "-f1" " conf1.gro"
  42 .B Input
  43  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
  44
  45 .BI "-f2" " conf2.gro"
  46 .B Input
  47  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
  48
  49 .BI "-o" " interm.xtc"
  50 .B Output
  51  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  52
  53 .BI "-or" " rms-interm.xvg"
  54 .B Output, Opt.
  55  xvgr/xmgr file
  56
  57 .BI "-n" " index.ndx"
  58 .B Input, Opt.
  59  Index file
  60
  61 .SH OTHER OPTIONS
  62 .BI "-[no]h"  "no    "
  63  Print help info and quit
  64
  65 .BI "-nice"  " int" " 0"
  66  Set the nicelevel
  67
  68 .BI "-[no]w"  "no    "
  69  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  70
  71 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  72  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  73
  74 .BI "-ninterm"  " int" " 11"
  75  Number of intermediates
  76
  77 .BI "-first"  " real" " 0     "
  78  Corresponds to first generated structure (0 is input x0, see above)
  79
  80 .BI "-last"  " real" " 1     "
  81  Corresponds to last generated structure (1 is input x1, see above)
  82
  83 .BI "-[no]fit"  "yes   "
  84  Do a least squares fit of the second to the first structure before interpolating
  85